Changeset 6993


Ignore:
Timestamp:
Nov 3, 2015, 9:03:01 AM (7 years ago)
Author:
Nicklas Nordborg
Message:

References #1958: Add Kit item

Kits can now be selected for samples and other events in the web client.

Location:
trunk
Files:
14 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/src/core/net/sf/basedb/core/Install.java

    r6992 r6993  
    474474 
    475475      // Kit subtypes
     476      createItemSubtype(Item.KIT, Kit.SAMPLING, "Sampling", "Kits used for creating samples.");
    476477      createItemSubtype(Item.KIT, Kit.EXTRACTION, "Extraction", "Kits used for creating extracts.");
    477478      ItemSubtypeData labelingKit = createItemSubtype(Item.KIT, Kit.LABELING,

  • trunk/src/core/net/sf/basedb/core/Kit.java

    r6992 r6993  
    4747
    4848  /**
     49    The ID for the sampling kit type, for example a kit
     50    used when creating a {@link Sample} from a {@link
     51    Biosource}.
     52  */
     53  public static final String SAMPLING = "net.sf.basedb.core.KitType.SAMPLING";
     54
     55/**
    4956    The ID for the extraction kit type, for example a kit
    5057    used when creating an {@link Extract} from a {@link

  • trunk/src/core/net/sf/basedb/core/Sample.java

    r6881 r6993  
    144144  @Override
    145145  @SupportsPushAnnotations
    146   @SubtypableRelatedItems({Item.PROTOCOL, Item.HARDWARE, Item.BIOSOURCE, Item.SAMPLE})
     146  @SubtypableRelatedItems({Item.PROTOCOL, Item.KIT, Item.HARDWARE, Item.BIOSOURCE, Item.SAMPLE})
    147147  public ItemSubtype getItemSubtype()
    148148  {

  • trunk/www/biomaterials/events/edit_event.jsp

    r6306 r6993  
    3232  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
    3333  import="net.sf.basedb.core.MeasuredBioMaterial"
     34  import="net.sf.basedb.core.Kit"
    3435  import="net.sf.basedb.core.Protocol"
    3536  import="net.sf.basedb.core.BaseException"
    … …  
    7172  boolean readCurrentProtocol = true;
    7273  Protocol currentProtocol = null;
    73 
     74  boolean readCurrentKit = true;
     75  Kit currentKit = null;
     76 
    7477  // Load recently used items
    7578  List<Protocol> recentProtocols = (List<Protocol>)cc.getRecent(dc, Item.PROTOCOL);
     79  List<Kit> recentKits = (List<Kit>)cc.getRecent(dc, Item.KIT);
    7680 
    7781  if (itemId == 0)
    … …  
    8084    cc.removeObject("item");
    8185    eventDate = (Date)cc.getPropertyObject("eventDate");
     86    if (cc.getPropertyFilter("protocol.name") != null)
     87    {
     88      currentProtocol = Base.getFirstMatching(dc, Protocol.getQuery(), "name", cc.getPropertyFilter("protocol.name"));
     89    }
     90    if (cc.getPropertyFilter("kit.name") != null)
     91    {
     92      currentKit = Base.getFirstMatching(dc, Kit.getQuery(), "name", cc.getPropertyFilter("kit.name"));
     93    }
    8294  }
    8395  else
    … …  
    96108    {
    97109      readCurrentProtocol = false;
     110    }
     111    try
     112    {
     113      currentKit = event.getKit();
     114    }
     115    catch (PermissionDeniedException ex)
     116    {
     117      readCurrentKit = false;
    98118    }
    99119  }
    … …  
    167187        <td></td>
    168188      </tr>
     189      <tr>
     190        <th>Kit</th>
     191        <td>
     192          <base:select
     193            id="kit_id"
     194            clazz="selectionlist"
     195            required="false"
     196            current="<%=currentKit%>"
     197            denied="<%=!readCurrentKit%>"
     198            recent="<%=recentKits%>"
     199            newitem="<%=event == null%>"
     200          />
     201        </td>
     202        <td></td>
     203      </tr>
    169204      <tr class="dynamic">
    170205        <th>Comment</th>

  • trunk/www/biomaterials/events/events.js

    r6400 r6993  
    4545      Buttons.addClickHandler('protocol_id.select', biomaterialevents.selectProtocol);
    4646      Events.addEventHandler('protocol_id', 'base-selected', biomaterialevents.setProtocolCallback);
     47      // Kit
     48      Buttons.addClickHandler('kit_id.select', biomaterialevents.selectKit);
     49      Events.addEventHandler('kit_id', 'base-selected', biomaterialevents.setKitCallback);
    4750     
    4851      // Used quantity
    … …  
    135138  }
    136139
     140  biomaterialevents.selectKit = function()
     141  {
     142    var frm = document.forms['event'];
     143    var url = '&resetTemporary=1';
     144    url += '&tmpfilter:BOOLEAN:inactive=0';
     145    if (frm.kit_id.length > 1)
     146    {
     147      var id = Math.abs(parseInt(frm.kit_id[1].value));       
     148      url += '&item_id='+id;
     149    }
     150    Dialogs.selectItem('KIT', 'kit_id', 0, url);
     151  }
    137152 
     153  biomaterialevents.setKitCallback = function(event)
     154  {
     155    var id = event.detail.id;
     156    var name = event.detail.name;
     157    var frm = document.forms['event'];
     158    var list = frm.kit_id;
     159    if (list.length < 2 || list[1].value == '0')
     160    {
     161      Forms.addListOption(list, 1, new Option());
     162    }
     163    list[1].value = id;
     164    list[1].text = name;
     165    list.selectedIndex = 1;
     166  }
     167
    138168  return biomaterialevents;
    139169}();

  • trunk/www/biomaterials/events/index.jsp

    r6192 r6993  
    3131  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
    3232  import="net.sf.basedb.core.MeasuredBioMaterial"
     33  import="net.sf.basedb.core.Kit"
    3334  import="net.sf.basedb.core.Protocol"
    3435  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
    … …  
    159160        if (pt != null) cc.setRecent(pt, maxRecent);
    160161      }
     162      int kitId = Values.getInt(request.getParameter("kit_id"), -1);
     163      if (kitId >= 0) // < 0 = denied or unchanged
     164      {
     165        Kit kit = kitId == 0 ? null : Kit.getById(dc, kitId);
     166        event.setKit(kit);
     167        if (kit != null) cc.setRecent(kit, maxRecent);
     168      }
    161169
    162170      // OnSave extensions

  • trunk/www/biomaterials/events/list_events.jsp

    r6834 r6993  
    248248        datatype="string"
    249249        title="Protocol"
     250        sortable="true"
     251        filterable="true"
     252        exportable="true"
     253      />
     254      <tbl:columndef
     255        id="kit"
     256        property="kit.name"
     257        datatype="string"
     258        title="Kit"
    250259        sortable="true"
    251260        filterable="true"
    … …  
    589598                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
    590599                  /></tbl:cell>
     600                <tbl:cell column="kit"
     601                  ><base:propertyvalue
     602                    item="<%=item%>"
     603                    property="kit"
     604                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>"
     605                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
     606                  /></tbl:cell>
    591607                <tbl:cell column="user"
    592608                  ><base:propertyvalue

  • trunk/www/biomaterials/events/view_event.jsp

    r6605 r6993  
    314314      </tr>
    315315      <tr>
     316        <th>Kit</th>
     317        <td><base:propertyvalue item="<%=event%>" property="kit"/></td>
     318      </tr>
     319      <tr>
    316320        <th>User</th>
    317321        <td><base:propertyvalue item="<%=event%>" property="user"/></td>

  • trunk/www/biomaterials/extracts/extracts.js

    r6992 r6993  
    318318    var frm = document.forms['extract'];
    319319    var url = '&resetTemporary=1';
     320    url += '&tmpfilter:BOOLEAN:inactive=0';
    320321    url += ItemSubtype.createRelatedFilter('subtype_id', 'PROTOCOL', Data.int('page-data', 'extraction-protocoltype-id'));
    321322    if (frm.protocol_id.length > 1)

  • trunk/www/biomaterials/samples/edit_sample.jsp

    r6947 r6993  
    3939  import="net.sf.basedb.core.BioPlate"
    4040  import="net.sf.basedb.core.BioWell"
     41  import="net.sf.basedb.core.Kit"
    4142  import="net.sf.basedb.core.Protocol"
    4243  import="net.sf.basedb.core.Project"
    … …  
    99100  boolean readCurrentProtocol = true;
    100101  Protocol currentProtocol = null;
     102  boolean readCurrentKit = true;
     103  Kit currentKit = null;
    101104  boolean readCurrentBioSource = true;
    102105  BioSource currentBioSource = null;
    … …  
    119122      currentProtocol = Base.getFirstMatching(dc, Protocol.getQuery(), "name", cc.getPropertyFilter("creationEvent.protocol.name"));
    120123    }
     124    if (cc.getPropertyFilter("creationEvent.kit.name") != null)
     125    {
     126      currentKit = Base.getFirstMatching(dc, Kit.getQuery(), "name", cc.getPropertyFilter("creationEvent.kit.name"));
     127    }
    121128    int bioSourceId = Values.getInt(request.getParameter("biosource_id"));
    122129    int sampleId = Values.getInt(request.getParameter("sample_id"));
    … …  
    203210    {
    204211      readCurrentProtocol = false;
     212    }
     213   
     214    try
     215    {
     216      currentKit = creationEvent.getKit();
     217    }
     218    catch (PermissionDeniedException ex)
     219    {
     220      readCurrentKit = false;
    205221    }
    206222 
    … …  
    252268  // Load recently used items
    253269  List<Protocol> recentProtocols = (List<Protocol>)cc.getRecent(dc, Item.PROTOCOL, currentSubtype);
     270  List<Kit> recentKits = (List<Kit>)cc.getRecent(dc, Item.KIT, currentSubtype);
    254271  List<BioSource> recentBioSources = (List<BioSource>)cc.getRecent(dc, Item.BIOSOURCE);
    255272  List<BioPlate> recentBioPlates = (List<BioPlate>)cc.getRecent(dc, Item.BIOPLATE, currentSubtype);
    … …  
    303320    <div id="page-data" class="datacontainer"
    304321      data-sampling-protocoltype-id="<%=SystemItems.getId(Protocol.SAMPLING)%>"
     322      data-sampling-kittype-id="<%=SystemItems.getId(Kit.SAMPLING)%>"
    305323      data-sample-type="<%=Item.SAMPLE.getValue()%>"
    306324      <%
    … …  
    415433            recent="<%=recentProtocols%>"
    416434            defaultitems="<%=defaultProtocols%>"
     435            newitem="<%=sample == null%>"
     436            disabled="<%=lockEventProperties %>"
     437          />
     438        </td>
     439        <td></td>
     440      </tr>
     441      <tr>
     442        <th>Kit</th>
     443        <td>
     444          <base:select
     445            id="kit_id"
     446            clazz="selectionlist"
     447            required="false"
     448            current="<%=currentKit%>"
     449            denied="<%=!readCurrentKit%>"
     450            recent="<%=recentKits%>"
    417451            newitem="<%=sample == null%>"
    418452            disabled="<%=lockEventProperties %>"

  • trunk/www/biomaterials/samples/index.jsp

    r6756 r6993  
    3636  import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
    3737  import="net.sf.basedb.core.Extract"
     38  import="net.sf.basedb.core.Kit"
    3839  import="net.sf.basedb.core.Protocol"
    3940  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
    … …  
    248249          if (pt != null) cc.setRecent(pt, subtype, maxRecent);
    249250        }
     251        int kitId = Values.getInt(request.getParameter("kit_id"), -1);
     252        if (kitId >= 0) // < 0 = denied or unchanged
     253        {
     254          Kit kit = kitId == 0 ? null : Kit.getById(dc, kitId);
     255          creationEvent.setKit(kit);
     256          if (kit != null) cc.setRecent(kit, subtype, maxRecent);
     257        }
    250258      }
    251259 

  • trunk/www/biomaterials/samples/list_samples.jsp

    r6834 r6993  
    290290      />
    291291      <tbl:columndef
     292        id="kit"
     293        property="creationEvent.kit"
     294        sortproperty="creationEvent.kit.name"
     295        filterproperty="creationEvent.kit.name"
     296        exportproperty="creationEvent.kit.name"
     297        datatype="string"
     298        title="Kit"
     299        sortable="true"
     300        filterable="true"
     301        exportable="true"
     302      />
     303      <tbl:columndef
    292304        id="eventDate"
    293305        property="creationEvent.eventDate"
    … …  
    718730                    item="<%=creationEvent%>"
    719731                    property="protocol"
     732                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>"
     733                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
     734                  /></tbl:cell>
     735                <tbl:cell column="kit"
     736                  ><base:propertyvalue
     737                    item="<%=creationEvent%>"
     738                    property="kit"
    720739                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>"
    721740                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"

  • trunk/www/biomaterials/samples/samples.js

    r6947 r6993  
    4949      Buttons.addClickHandler('protocol_id.select', samples.selectProtocol);
    5050      Events.addEventHandler('protocol_id', 'base-selected', samples.setProtocolCallback);
     51      // Protocol
     52      Buttons.addClickHandler('kit_id.select', samples.selectKit);
     53      Events.addEventHandler('kit_id', 'base-selected', samples.setKitCallback);
    5154      // Subtype
    5255      Events.addEventHandler('subtype_id', 'change', samples.subtypeOnChange);
    … …  
    340343    list.selectedIndex = 1;
    341344  }
     345 
     346  samples.selectKit = function()
     347  {
     348    var frm = document.forms['sample'];
     349    var url = '&resetTemporary=1';
     350    url += '&tmpfilter:BOOLEAN:inactive=0';
     351    url += ItemSubtype.createRelatedFilter('subtype_id', 'KIT', Data.int('page-data', 'sampling-kittype-id'));
     352    if (frm.kit_id.length > 1)
     353    {
     354      var id = Math.abs(parseInt(frm.kit_id[1].value));       
     355      url += '&item_id='+id;
     356    }
     357    Dialogs.selectItem('KIT', 'kit_id', 0, url);
     358  }
     359 
     360  samples.setKitCallback = function(event)
     361  {
     362    var frm = document.forms['sample'];
     363    var list = frm.kit_id;
     364    if (list.length < 2 || list[1].value == '0')
     365    {
     366      Forms.addListOption(list, 1, new Option());
     367    }
     368    list[1].value = event.detail.id;
     369    list[1].text = event.detail.name;
     370    list.selectedIndex = 1;
     371  }
    342372
    343373  samples.subtypeOnChange = function()

  • trunk/www/biomaterials/samples/view_sample.jsp

    r6605 r6993  
    271271      <tr>
    272272        <th>Protocol</th>
    273         <td><base:propertyvalue item="<%=creationEvent%>"
    274             property="protocol" /></td>
     273        <td><base:propertyvalue item="<%=creationEvent%>" property="protocol" /></td>
     274      </tr>
     275      <tr>
     276        <th>Kit</th>
     277        <td><base:propertyvalue item="<%=creationEvent%>" property="kit" /></td>
    275278      </tr>
    276279      <tr>
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.