Changeset 7589


Ignore:
Timestamp:
Feb 18, 2019, 11:21:20 AM (5 years ago)
Author:
Nicklas Nordborg
Message:

References #2149: Batch item importers should be able to use an annotation for item identification

Implemented support in all other batch item importers.

Location:
trunk/src/plugins/core/net/sf/basedb/plugins/batchimport
Files:
9 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/src/plugins/core/net/sf/basedb/plugins/batchimport/ArrayBatchImporter.java

    r7331 r7589  
    120120 
    121121  /**
     122    Enable annotations as item identifier.
     123  */
     124  @Override
     125  protected Item getItemForAnnotationTypes()
     126  {
     127    return Item.ARRAYBATCH;
     128  }
     129
     130  /**
    122131    Adds column mappings for name, description,
    123132    protocol, robot, and array design
    … …  
    128137    parameters.add(internalIdColumnMapping);
    129138    parameters.add(nameColumnMapping);
     139    parameters.add(idAnnotationColumnMapping);
    130140    parameters.add(descriptionColumnMapping);
    131141    parameters.add(registeredColumnMapping);

  • trunk/src/plugins/core/net/sf/basedb/plugins/batchimport/ArrayDesignImporter.java

    r7331 r7589  
    158158 
    159159  /**
     160    Enable annotations as item identifier.
     161  */
     162  @Override
     163  protected Item getItemForAnnotationTypes()
     164  {
     165    return Item.ARRAYDESIGN;
     166  }
     167
     168  /**
    160169    Add parameter for "Data directory" directory where data files may be located.
    161170  */
    … …  
    184193    parameters.add(internalIdColumnMapping);
    185194    parameters.add(nameColumnMapping);
     195    parameters.add(idAnnotationColumnMapping);
    186196    parameters.add(descriptionColumnMapping);
    187197    parameters.add(registeredColumnMapping);

  • trunk/src/plugins/core/net/sf/basedb/plugins/batchimport/ArraySlideImporter.java

    r7331 r7589  
    137137 
    138138  /**
     139    Enable annotations as item identifier.
     140  */
     141  @Override
     142  protected Item getItemForAnnotationTypes()
     143  {
     144    return Item.ARRAYSLIDE;
     145  }
     146
     147  /**
    139148    Adds column mappings for name, description,
    140149    array batch, batch index, barcode and destroyed
    … …  
    145154    parameters.add(internalIdColumnMapping);
    146155    parameters.add(nameColumnMapping);
     156    parameters.add(idAnnotationColumnMapping);
    147157    parameters.add(descriptionColumnMapping);
    148158    parameters.add(registeredColumnMapping);

  • trunk/src/plugins/core/net/sf/basedb/plugins/batchimport/BioPlateImporter.java

    r7331 r7589  
    171171 
    172172  /**
     173    Enable annotations as item identifier.
     174  */
     175  @Override
     176  protected Item getItemForAnnotationTypes()
     177  {
     178    return Item.BIOPLATE;
     179  }
     180
     181  /**
    173182    Adds column mappings for name, description, plate type, plate
    174183    geometry, barcode and freezer.
    … …  
    179188    parameters.add(internalIdColumnMapping);
    180189    parameters.add(nameColumnMapping);
     190    parameters.add(idAnnotationColumnMapping);
    181191    parameters.add(descriptionColumnMapping);
    182192    parameters.add(bioPlateTypeColumnMapping);

  • trunk/src/plugins/core/net/sf/basedb/plugins/batchimport/DerivedBioAssayImporter.java

    r7331 r7589  
    205205 
    206206  /**
     207    Enable annotations as item identifier.
     208  */
     209  @Override
     210  protected Item getItemForAnnotationTypes()
     211  {
     212    return Item.DERIVEDBIOASSAY;
     213  }
     214
     215  /**
    207216    Add parameter for "Data directory" directory where data files may be located.
    208217  */
    … …  
    231240    parameters.add(nameColumnMapping);
    232241    parameters.add(subtypeColumnMapping);
     242    parameters.add(idAnnotationColumnMapping);
    233243    parameters.add(descriptionColumnMapping);
    234244    parameters.add(registeredColumnMapping);

  • trunk/src/plugins/core/net/sf/basedb/plugins/batchimport/ExtractImporter.java

    r7330 r7589  
    128128    return Item.EXTRACT;
    129129  }
     130 
     131  /**
     132    Enable annotations as item identifier.
     133  */
     134  @Override
     135  protected Item getItemForAnnotationTypes()
     136  {
     137    return Item.EXTRACT;
     138  }
    130139
    131140  /**
    … …  
    141150    parameters.add(subtypeColumnMapping);
    142151    parameters.add(externalIdColumnMapping);
     152    parameters.add(idAnnotationColumnMapping);
    143153    parameters.add(tagColumnMapping);
    144154    parameters.add(descriptionColumnMapping);

  • trunk/src/plugins/core/net/sf/basedb/plugins/batchimport/KitImporter.java

    r7331 r7589  
    124124 
    125125  /**
     126    Enable annotations as item identifier.
     127  */
     128  @Override
     129  protected Item getItemForAnnotationTypes()
     130  {
     131    return Item.KIT;
     132  }
     133
     134  /**
    126135    Adds column mappings for name and description.
    127136  */
    … …  
    132141    parameters.add(nameColumnMapping);
    133142    parameters.add(subtypeColumnMapping);
     143    parameters.add(idAnnotationColumnMapping);
    134144    parameters.add(registeredColumnMapping);
    135145    parameters.add(expirationDateColumnMapping);

  • trunk/src/plugins/core/net/sf/basedb/plugins/batchimport/PhysicalBioAssayImporter.java

    r7331 r7589  
    173173    return Item.PHYSICALBIOASSAY;
    174174  }
     175 
     176  /**
     177    Enable annotations as item identifier.
     178  */
     179  @Override
     180  protected Item getItemForAnnotationTypes()
     181  {
     182    return Item.PHYSICALBIOASSAY;
     183  }
    175184
    176185  /**
    … …  
    185194    parameters.add(nameColumnMapping);
    186195    parameters.add(subtypeColumnMapping);
     196    parameters.add(idAnnotationColumnMapping);
    187197    parameters.add(descriptionColumnMapping);
    188198    parameters.add(sizeColumnMapping);

  • trunk/src/plugins/core/net/sf/basedb/plugins/batchimport/RawBioAssayImporter.java

    r7331 r7589  
    216216 
    217217  /**
     218    Enable annotations as item identifier.
     219  */
     220  @Override
     221  protected Item getItemForAnnotationTypes()
     222  {
     223    return Item.RAWBIOASSAY;
     224  }
     225
     226  /**
    218227    Add parameter for "Data directory" directory where data files may be located.
    219228  */
    … …  
    242251    parameters.add(internalIdColumnMapping);
    243252    parameters.add(nameColumnMapping);
     253    parameters.add(idAnnotationColumnMapping);
    244254    parameters.add(descriptionColumnMapping);
    245255    parameters.add(registeredColumnMapping);
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.