source: extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/resources/reports/case_summary.jsp @ 6220

Last change on this file since 6220 was 6220, checked in by Nicklas Nordborg, 14 months ago

References #1302: Qubit concentration instead of NanoDrop? on RNA and DNA items

Fixed in case summary, the outtake wizards and release exporter.

File size: 29.4 KB
Line 
1<%@ page
2  pageEncoding="UTF-8"
3  session="false"
4  import="net.sf.basedb.core.Application"
5  import="net.sf.basedb.core.User"
6  import="net.sf.basedb.core.Role"
7  import="net.sf.basedb.core.Group"
8  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
9  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
10  import="net.sf.basedb.core.SystemItems"
11  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
12  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
13  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
14  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
15  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
16  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
17  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
18  import="net.sf.basedb.util.Values"
19  import="java.util.List"
20%>
21<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
22<%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
23<%
24final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(request, "net.sf.basedb.reggie", true);
25final String ID = sc.getId();
26final float scale = Base.getScale(sc);
27final String home = ExtensionsControl.getHomeUrl("net.sf.basedb.reggie");
28final String homeLabEnv = ExtensionsControl.getHomeUrl("net.sf.basedb.labenv.service");
29DbControl dc = null;
30try
31{
32  dc = sc.newDbControl();
33  final User user = User.getById(dc, sc.getLoggedInUserId());
34 
35  boolean isAdmin = user.getId() == SystemItems.getId(User.ROOT);
36  boolean isPatientCurator = false;
37  if (!isAdmin)
38  {
39    try
40    {
41      Role admin = Role.getById(dc, SystemItems.getId(Role.ADMINISTRATOR));
42      isAdmin = sc.isMemberOf(admin);
43    }
44    catch (RuntimeException ex)
45    {}
46  }
47  try
48  {
49    ItemQuery<Group> query = Group.getQuery();
50    query.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("name"), Expressions.string("PatientCurator")));
51    List<Group> result = query.list(dc);
52    if (result.size() == 1)
53    {
54      isPatientCurator = sc.isMemberOf(result.get(0));
55    }
56  }
57  catch (RuntimeException ex)
58  {}
59 
60  final String caseName = request.getParameter("caseName");
61  final String highlight = request.getParameter("highlight");
62  final String pageType = Values.getString(request.getParameter("pageType"), "default");
63 
64  boolean iframe = "iframe".equals(pageType);
65  boolean popup = "popup".equals(pageType);
66  boolean fullPage = !iframe && !popup;
67%>
68<base:page type="<%=pageType %>" >
69<base:head 
70  scripts="~case-summary.js,~../reggie-2.js" 
71  styles="path.css,~../css/reggie-2.css,~../css/case_summary.css" 
72/>
73<base:body data-read-only="1">
74  <div id="page-data" class="datacontainer"
75    data-case-name="<%=HTML.encodeTags(caseName)%>"
76    data-highlight="<%=HTML.encodeTags(highlight)%>"
77    data-admin="<%=isAdmin ? 1 : 0%>"
78    data-patient-curator="<%=isPatientCurator ? 1 : 0%>"
79    data-page-type="<%=pageType%>"
80    data-home-reggie="<%=HTML.encodeTags(home) %>"
81    data-home-labenv="<%=HTML.encodeTags(homeLabEnv)%>"
82  ></div>
83  <div id="all-content">
84  <%
85  if (fullPage)
86  {
87    %>
88    <p:path><p:pathelement id="path-reggie" subclass="noprint"
89      title="Reggie" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>"
90      /><p:pathelement id="path-case-summary" title="<%="Case summary - " + HTML.encodeTags(caseName)%>" 
91      /></p:path>
92    <%
93  }
94  else if (popup)
95  {
96    %>
97    <h1 id="path-case-summary">Case summary - <%= HTML.encodeTags(caseName)%></h1>
98    <%
99  }
100  %>
101  <div class="content">
102  <form name="reggie" id="wizard" class="wizard">
103  <%
104  if (fullPage || popup)
105  {
106    %>
107    <div class="bg-filled-100 noprint" id="toolbar">
108      <table>
109      <tr>
110        <th style="padding: 0.5em 0.75em 0.5em 0.75em;">Find another case</th>
111        <td><input type="text" class="text auto-init" data-auto-init="focus" style="width: 25em;"
112          name="caseName" id="caseName" title="Please enter a 7-digit case id"></td>
113        <td class="dottedright" style="padding-left: 0.5em; padding-right: 0.5em;"><base:icon id="btnCaseSummary" image="<%=home+"/images/gonext.png"%>" /></td>
114        <%
115        if (isAdmin || isPatientCurator)
116        {
117          %>
118          <th class="dottedright" style="padding-left: 0.5em; padding-right: 0.5em;">
119            <label for="showConfidential">Show confidential information</label>
120            <input type="checkbox" id="showConfidential" name="showConfidential">
121          </th>
122          <%
123        }
124        %>
125        <th class="dottedright" style="padding-left: 0.5em; padding-right: 0.5em;">
126          <span id="printButton" class="link"><img src="../images/print.png" style="padding-right: 0.5em;">Print version&hellip;</span>
127        </th>
128        <td id="columnBalanceOptions" class="dottedright" style="padding-left: 0.5em; padding-right: 0.5em;">
129          LEFT
130          <input id="columnBalance" type="range" min="1" max="5" value="3" step="1" 
131            title="Slide LEFT to show more of the LEFT column and RIGHT to show more of the RIGHT column">
132          RIGHT
133        </td>
134        <th style="width: 90%;"></th>
135      </tr>
136      </table>
137    </div>
138    <%
139  }
140  %>
141  <div class="hide-confidential" id="all-info" style="display: none;">
142    <div id="left-column">
143      <div>
144        <div class="info-section bg-filled-100" id="case-info">
145          <div>
146          <table class="info-table">
147          <thead>
148            <tr id="case.name">
149              <th id="case-header">Case</th>
150            </tr>
151          </thead>
152          <tbody id="case-details" class="info-details">
153            <tr id="case.registrationDate">
154              <th>Registration date</th>
155            </tr>
156            <tr id="case.site">
157              <th>Site</th>
158            </tr>
159            <tr id="case.laterality" class="dynamic-column">
160              <th>Laterality</th>
161            </tr>
162            <tr id="case.consent">
163              <th>Consent</th>
164            </tr>
165            <tr id="case.frozenTissueDate">
166              <th>Frozen tissue date</th>
167            </tr>
168            <tr id="case.comment" class="comment dynamic-column">
169              <th>Comment</th>
170            </tr>
171          </tbody>
172          </table>
173          </div>
174        </div>
175
176        <div class="info-section bg-filled-100 bg-filled-100" id="patient-info">
177          <div>
178          <table class="info-table">
179          <thead>
180            <tr id="patient.name">
181              <th id="patient-header">Patient</th>
182            </tr>
183          </thead>
184          <tbody id="patient-details" class="info-details">
185            <tr id="patient.registrationDate">
186              <th>Registration date</th>
187            </tr>
188            <tr id="patient.personalNumber" class="confidential">
189              <th>Personal number</th>
190            </tr>
191            <tr id="patient.allFirstNames" class="confidential">
192              <th>All first names</th>
193            </tr>
194            <tr id="patient.familyName" class="confidential">
195              <th>Family name</th>
196            </tr>
197            <tr id="patient.gender">
198              <th>Gender</th>
199            </tr>
200            <tr id="patient.allCases" class="dynamic-column">
201              <th>All cases</th>
202            </tr>
203          </tbody>
204          </table>
205          </div>
206        </div>
207
208        <div class="info-section bg-filled-100" id="blood-info">
209          <div>
210          <table class="info-table">
211          <thead>
212            <tr id="blood.name">
213              <th id="blood-header">Blood</th>
214            </tr>
215          </thead>
216          <tbody id="blood-details" class="info-details">
217            <tr id="blood.registrationDate">
218              <th>Registration date</th>
219            </tr>
220            <tr id="blood.consent">
221              <th>Consent</th>
222            </tr>
223            <tr id="blood.bloodSample">
224              <th>Blood sample</th>
225            </tr>
226            <tr id="blood.samplingDate">
227              <th>Sampling date</th>
228            </tr>
229            <tr id="blood.freezerDate">
230              <th>Freezer date</th>
231            </tr>
232            <tr id="blood.serum">
233              <th>Serum</th>
234            </tr>
235            <tr id="blood.comment" class="comment dynamic-column">
236              <th>Comment</th>
237            </tr>
238          </tbody>
239          </table>
240          </div>
241        </div>
242       
243        <div class="info-section bg-filled-100" id="bdna-info">
244          <div>
245          <table class="info-table dynamic-columns">
246          <thead>
247            <tr id="bdna.name">
248              <th id="bdna-header">Blood DNA</th>
249            </tr>
250          </thead>
251          <tbody id="bdna-details" class="info-details">
252            <tr id="bdna.registrationDate">
253              <th>Registration date</th>
254            </tr>
255            <tr id="bdna.storageBox">
256              <th>Storage box</th>
257            </tr>
258            <tr id="bdna.remainingQuantity">
259              <th>Remaining quantity</th>
260            </tr>
261            <tr id="bdna.originalQuantity">
262              <th>Original quantity</th>
263            </tr>
264            <tr id="bdna.ndConc" class="dynamic-column">
265              <th>ND Conc.</th>
266            </tr>
267            <tr id="bdna.comment" class="comment dynamic-column">
268              <th>Comment</th>
269            </tr>
270          </tbody>
271          </table>
272          </div>
273        </div>
274       
275        <div class="info-section bg-filled-100" id="specimen-info">
276          <div>
277          <table class="info-table">
278          <thead>
279            <tr id="specimen.name">
280              <th id="specimen-header">Specimen</th>
281            </tr>
282          </thead>
283          <tbody id="specimen-details" class="info-details">
284            <tr id="specimen.donotuse" class="dynamic-column">
285              <th>DoNotUse</th>
286            </tr>
287            <tr id="specimen.registrationDate">
288              <th>Registration date</th>
289            </tr>
290            <tr id="specimen.storageBox">
291              <th>Storage box</th>
292            </tr>
293            <tr id="specimen.laterality">
294              <th>Laterality</th>
295            </tr>
296            <tr id="specimen.samplingDate">
297              <th>Sampling date</th>
298            </tr>
299            <tr id="specimen.rnaLaterDate">
300              <th>RNA later date</th>
301            </tr>
302            <tr id="specimen.pad" class="confidential">
303              <th>PAD</th>
304            </tr>
305            <tr id="specimen.biopsyType">
306              <th>Biopsy type</th>
307            </tr>
308            <tr id="specimen.remainingQuantity">
309              <th>Remaining quantity</th>
310            </tr>
311            <tr id="specimen.originalQuantity">
312              <th>Original quantity</th>
313            </tr>
314            <tr id="specimen.nofPieces">
315              <th>No. pieces</th>
316            </tr>
317            <tr id="specimen.partitionComment">
318              <th>Partition comment</th>
319            </tr>
320            <tr id="specimen.comment" class="comment dynamic-column">
321              <th>Comment</th>
322            </tr>
323          </tbody>
324          </table>
325          </div>
326        </div>
327       
328        <div class="info-section bg-filled-100" id="nospecimen-info">
329          <div>
330          <table class="info-table">
331          <thead>
332            <tr id="nospecimen.name">
333              <th id="nospecimen-header">NoSpecimen</th>
334            </tr>
335          </thead>
336          <tbody id="nospecimen-details" class="info-details">
337            <tr id="nospecimen.registrationDate">
338              <th>Registration date</th>
339            </tr>
340            <tr id="nospecimen.laterality">
341              <th>Laterality</th>
342            </tr>
343            <tr id="nospecimen.samplingDate">
344              <th>Sampling date</th>
345            </tr>
346            <tr id="nospecimen.pad" class="confidential">
347              <th>PAD</th>
348            </tr>
349            <tr id="nospecimen.reasonIfNoSpecimen" class="comment">
350              <th>Reason</th>
351            </tr>
352            <tr id="nospecimen.comment" class="comment dynamic-column">
353              <th>Comment</th>
354            </tr>
355          </tbody>
356          </table>
357          </div>
358        </div>
359       
360        <div class="info-section bg-filled-100" id="futurespecimen-info">
361          <div>
362          <table class="info-table">
363          <thead>
364            <tr id="futurespecimen.name">
365              <th id="futurespecimen-header">Future specimen</th>
366            </tr>
367          </thead>
368          <tbody id="futurespecimen-details" class="info-details">
369            <tr id="futurespecimen.donotuse" class="dynamic-column">
370              <th>DoNotUse</th>
371            </tr>
372            <tr id="futurespecimen.registrationDate">
373              <th>Registration date</th>
374            </tr>
375            <tr id="futurespecimen.laterality">
376              <th>Laterality</th>
377            </tr>
378            <tr id="futurespecimen.samplingDate">
379              <th>Sampling date</th>
380            </tr>
381            <tr id="futurespecimen.rnaLaterDate">
382              <th>RNA later date</th>
383            </tr>
384            <tr id="futurespecimen.pad" class="confidential">
385              <th>PAD</th>
386            </tr>
387            <tr id="futurespecimen.biopsyType">
388              <th>Biopsy type</th>
389            </tr>
390            <tr id="futurespecimen.comment" class="comment dynamic-column">
391              <th>Comment</th>
392            </tr>
393          </tbody>
394          </table>
395          </div>
396        </div>
397       
398        <div class="info-section bg-filled-100" id="histology-info">
399          <div>
400          <table class="info-table">
401          <thead>
402            <tr id="histology.name">
403              <th id="histology-header">Histology</th>
404            </tr>
405          </thead>
406          <tbody id="histology-details" class="info-details">
407            <tr id="histology.donotuse" class="dynamic-column">
408              <th>DoNotUse</th>
409            </tr>
410            <tr id="histology.registrationDate">
411              <th>Registration date</th>
412            </tr>
413            <tr id="histology.storageBox" class="dynamic-column">
414              <th>Storage box</th>
415            </tr>
416            <tr id="histology.partitionDate">
417              <th>Partition date</th>
418            </tr>
419            <tr id="histology.usedQuantity">
420              <th>Used quantity</th>
421            </tr>
422            <tr id="histology.embedded" class="subtitle">
423              <th>Embedded</th>
424            </tr>
425            <tr id="histology.paraffinBlock" class="dynamic-column">
426              <th>Paraffin block</th>
427            </tr>
428            <tr id="histology.embedProtocol" class="dynamic-column">
429              <th>Protocol</th>
430            </tr>
431            <tr id="histology.stained" class="subtitle">
432              <th>Stained</th>
433            </tr>
434            <tr id="histology.nofSlides" class="dynamic-column">
435              <th>No. slides</th>
436            </tr>
437            <tr id="histology.heGlass" class="dynamic-column">
438              <th>Best slide</th>
439            </tr>
440            <tr id="histology.stainProtocol" class="dynamic-column">
441              <th>Protocol</th>
442            </tr>
443            <tr id="histology.scored" class="subtitle">
444              <th>Scored</th>
445            </tr>
446            <tr id="histology.scoreInvasiveCancer" class="dynamic-column">
447              <th>Invasive cancer</th>
448            </tr>
449            <tr id="histology.scoreInsituCancer" class="dynamic-column">
450              <th>Insitu cancer</th>
451            </tr>
452            <tr id="histology.scoreLymphocytes" class="dynamic-column">
453              <th>Lymphocytes</th>
454            </tr>
455            <tr id="histology.scoreNormal" class="dynamic-column">
456              <th>Normal</th>
457            </tr>
458            <tr id="histology.scoreStroma" class="dynamic-column">
459              <th>Stroma</th>
460            </tr>
461            <tr id="histology.scoreFat" class="dynamic-column">
462              <th>Fat</th>
463            </tr>
464            <tr id="histology.scoreComments" class="comment dynamic-column">
465              <th>Comments</th>
466            </tr>
467          </tbody>
468          </table>
469          </div>
470        </div>
471     
472      </div>
473    </div>
474    <div id="right-column">
475      <div>
476        <div class="info-section bg-filled-100" id="lysate-info">
477          <div>
478          <table class="info-table dynamic-columns">
479          <thead>
480            <tr id="lysate.name">
481              <th id="lysate-header">Lysate</th>
482            </tr>
483          </thead>
484          <tbody id="lysate-details" class="info-details">
485            <tr id="lysate.donotuse" class="dynamic-column">
486              <th>DoNotUse</th>
487            </tr>
488            <tr id="lysate.registrationDate">
489              <th>Registration date</th>
490            </tr>
491            <tr id="lysate.partitionDate">
492              <th>Partition date</th>
493            </tr>
494            <tr id="lysate.usedQuantity">
495              <th>Used quantity</th>
496            </tr>
497            <tr id="lysate.multiplePieces">
498              <th>Multiple pieces</th>
499            </tr>
500            <tr id="lysate.lysisDate" class="subtitle">
501              <th>Lysis date</th>
502            </tr>
503            <tr id="lysate.storageBox" class="dynamic-column">
504              <th>Storage box</th>
505            </tr>
506            <tr id="lysate.lysisProtocol" class="dynamic-column">
507              <th>Protocol</th>
508            </tr>
509            <tr id="lysate.remainingQuantity" class="dynamic-column">
510              <th>Remaining quantity</th>
511            </tr>
512            <tr id="lysate.originalQuantity" class="dynamic-column">
513              <th>Original quantity</th>
514            </tr>
515            <tr id="lysate.comment" class="comment dynamic-column">
516              <th>Comment</th>
517            </tr>
518          </tbody>
519          </table>
520          </div>
521        </div>
522         
523        <div class="info-section bg-filled-100" id="rna-info">
524          <div>
525          <table class="info-table dynamic-columns">
526          <thead>
527            <tr id="rna.name">
528              <th id="rna-header">RNA</th>
529            </tr>
530          </thead>
531          <tbody id="rna-details" class="info-details">
532            <tr id="rna.flag" class="dynamic-column">
533              <th>Flag</th>
534            </tr>
535            <tr id="rna.donotuse" class="dynamic-column">
536              <th>DoNotUse</th>
537            </tr>
538            <tr id="rna.registrationDate">
539              <th>Registration date</th>
540            </tr>
541            <tr id="rna.storageBox">
542              <th>Storage box</th>
543            </tr>
544            <tr id="rna.extractionDate">
545              <th>Extraction date</th>
546            </tr>
547            <tr id="rna.usedQuantity">
548              <th>Used quantity</th>
549            </tr>
550            <tr id="rna.extractionProtocol">
551              <th>Protocol</th>
552            </tr>
553            <tr id="rna.remainingQuantity">
554              <th>Remaining quantity</th>
555            </tr>
556            <tr id="rna.originalQuantity">
557              <th>Original quantity</th>
558            </tr>
559            <tr id="rna.conc">
560              <th>Conc.</th>
561            </tr>
562            <tr id="rna.comment" class="comment dynamic-column">
563              <th>Comment</th>
564            </tr>
565            <tr id="rna.qc" class="subtitle">
566              <th>QC (last)</th>
567            </tr>
568            <tr id="rna.nofQc" class="dynamic-column">
569              <th>No. QC</th>
570            </tr>
571            <tr id="rna.qcProtocol" class="dynamic-column">
572              <th>Protocol</th>
573            </tr>
574            <tr id="rna.qcPlate" class="dynamic-column">
575              <th>Plate</th>
576            </tr>
577            <tr id="rna.qcRqs" class="dynamic-column">
578              <th>RQS</th>
579            </tr>
580            <tr id="rna.qcRin" class="dynamic-column">
581              <th>RIN</th>
582            </tr>
583            <tr id="rna.qcComment" class="comment dynamic-column">
584              <th>Comment</th>
585            </tr>
586          </tbody>
587          </table>
588          </div>
589        </div>
590
591        <div class="info-section bg-filled-100" id="dna-info">
592          <div>
593          <table class="info-table dynamic-columns">
594          <thead>
595            <tr id="dna.name">
596              <th id="dna-header">DNA</th>
597            </tr>
598          </thead>
599          <tbody id="dna-details" class="info-details">
600            <tr id="dna.donotuse" class="dynamic-column">
601              <th>DoNotUse</th>
602            </tr>
603            <tr id="dna.registrationDate">
604              <th>Registration date</th>
605            </tr>
606            <tr id="dna.storageBox">
607              <th>Storage box</th>
608            </tr>
609            <tr id="dna.extractionDate">
610              <th>Extraction date</th>
611            </tr>
612            <tr id="dna.extractionProtocol">
613              <th>Protocol</th>
614            </tr>
615            <tr id="dna.remainingQuantity">
616              <th>Remaining quantity</th>
617            </tr>
618            <tr id="dna.originalQuantity">
619              <th>Original quantity</th>
620            </tr>
621            <tr id="dna.conc">
622              <th>Conc.</th>
623            </tr>
624            <tr id="dna.comment" class="comment dynamic-column">
625              <th>Comment</th>
626            </tr>
627          </tbody>
628          </table>
629          </div>
630        </div>
631
632        <div class="info-section bg-filled-100" id="ft-info">
633          <div>
634          <table class="info-table dynamic-columns">
635          <thead>
636            <tr id="ft.name">
637              <th id="ft-header">FlowThrough</th>
638            </tr>
639          </thead>
640          <tbody id="ft-details" class="info-details">
641            <tr id="ft.donotuse" class="dynamic-column">
642              <th>DoNotUse</th>
643            </tr>
644            <tr id="ft.registrationDate">
645              <th>Registration date</th>
646            </tr>
647            <tr id="ft.storageBox">
648              <th>Storage box</th>
649            </tr>
650            <tr id="ft.extractionDate">
651              <th>Extraction date</th>
652            </tr>
653            <tr id="ft.extractionProtocol">
654              <th>Protocol</th>
655            </tr>
656            <tr id="ft.remainingQuantity">
657              <th>Remaining quantity</th>
658            </tr>
659            <tr id="ft.originalQuantity">
660              <th>Original quantity</th>
661            </tr>
662            <tr id="ft.comment" class="comment dynamic-column">
663              <th>Comment</th>
664            </tr>
665          </tbody>
666          </table>
667          </div>
668        </div>
669       
670        <div class="info-section bg-filled-100" id="mrna-info">
671          <div>
672          <table class="info-table dynamic-columns">
673          <thead>
674            <tr id="mrna.name">
675              <th id="mrna-header">mRNA</th>
676            </tr>
677          </thead>
678          <tbody id="mrna-details" class="info-details">
679            <tr id="mrna.donotuse" class="dynamic-column">
680              <th>DoNotUse</th>
681            </tr>
682            <tr id="mrna.registrationDate">
683              <th>Registration date</th>
684            </tr>
685            <tr id="mrna.storageBox">
686              <th>Work plate</th>
687            </tr>
688            <tr id="mrna.result" class="dynamic-column">
689              <th>Plate result</th>
690            </tr>
691            <tr id="mrna.cleanupDate">
692              <th>Cleanup date</th>
693            </tr>
694            <tr id="mrna.usedQuantity">
695              <th>Used quantity</th>
696            </tr>
697            <tr id="mrna.comment" class="comment dynamic-column">
698              <th>Comment</th>
699            </tr>
700          </tbody>
701          </table>
702          </div>
703        </div>
704       
705        <div class="info-section bg-filled-100" id="cdna-info">
706          <div>
707          <table class="info-table dynamic-columns">
708          <thead>
709            <tr id="cdna.name">
710              <th id="cdna-header">cDNA</th>
711            </tr>
712          </thead>
713          <tbody id="cdna-details" class="info-details">
714            <tr id="cdna.donotuse" class="dynamic-column">
715              <th>DoNotUse</th>
716            </tr>
717            <tr id="cdna.registrationDate">
718              <th>Registration date</th>
719            </tr>
720            <tr id="cdna.storageBox">
721              <th>Work plate</th>
722            </tr>
723            <tr id="cdna.result" class="dynamic-column">
724              <th>Plate result</th>
725            </tr>
726            <tr id="cdna.synthesisDate">
727              <th>Synthesis date</th>
728            </tr>
729            <tr id="cdna.comment" class="comment dynamic-column">
730              <th>Comment</th>
731            </tr>
732          </tbody>
733          </table>
734          </div>
735        </div>
736       
737        <div class="info-section bg-filled-100" id="lib-info">
738          <div>
739          <table class="info-table dynamic-columns">
740          <thead>
741            <tr id="lib.name">
742              <th id="lib-header">Library</th>
743            </tr>
744          </thead>
745          <tbody id="lib-details" class="info-details">
746            <tr id="lib.donotuse" class="dynamic-column">
747              <th>DoNotUse</th>
748            </tr>
749            <tr id="lib.pipeline">
750              <th>Pipeline</th>
751            </tr>
752            <tr id="lib.registrationDate">
753              <th>Registration date</th>
754            </tr>
755            <tr id="lib.storageBox">
756              <th>Library plate</th>
757            </tr>
758            <tr id="lib.result" class="dynamic-column">
759              <th>Plate result</th>
760            </tr>
761            <tr id="lib.libDate">
762              <th title="CleanupDate if available, otherwise NeoPrepDate or creation date">Date</th>
763            </tr>
764            <tr id="lib.remainingQuantity">
765              <th>Remaining quantity</th>
766            </tr>
767            <tr id="lib.originalQuantity">
768              <th>Original quantity</th>
769            </tr>
770            <tr id="lib.barcode.name">
771              <th>Tag</th>
772            </tr>
773            <tr id="lib.size">
774              <th title="CA_Size if available, otherwise LIBRARY_SIZE_EST">Size</th>
775            </tr>
776            <tr id="lib.molarity">
777              <th>Molarity</th>
778            </tr>
779            <tr id="lib.conc">
780              <th title="QubitConc if available, otherwise LIBRARY_CONC_EST">Concentration</th>
781            </tr>
782            <tr id="lib.adapterFrac">
783              <th>Adapter fraction</th>
784            </tr>
785            <tr id="lib.comment" class="comment dynamic-column">
786              <th>Comment</th>
787            </tr>
788          </tbody>
789          </table>
790          </div>
791        </div>
792       
793        <div class="info-section bg-filled-100" id="pooledlib-info">
794          <div>
795          <table class="info-table dynamic-columns">
796          <thead>
797            <tr id="pooledlib.name">
798              <th id="pooledlib-header">Pooled Library</th>
799            </tr>
800          </thead>
801          <tbody id="pooledlib-details" class="info-details">
802            <tr id="pooledlib.pipeline">
803              <th>Pipeline</th>
804            </tr>
805            <tr id="pooledlib.registrationDate">
806              <th>Registration date</th>
807            </tr>
808            <tr id="pooledlib.poolDate">
809              <th>Pool date</th>
810            </tr>
811            <tr id="pooledlib.remainingQuantity">
812              <th>Remaining quantity</th>
813            </tr>
814            <tr id="pooledlib.originalQuantity">
815              <th>Original quantity</th>
816            </tr>
817            <tr id="pooledlib.poolMolarity">
818              <th>PoolMolarity</th>
819            </tr>
820            <tr id="pooledlib.poolConc">
821              <th>PoolConc</th>
822            </tr>
823            <tr id="pooledlib.comment" class="comment dynamic-column">
824              <th>Comment</th>
825            </tr>
826          </tbody>
827          </table>
828          </div>
829        </div>
830 
831        <div class="info-section bg-filled-100" id="sequencingRun-info">
832          <div>
833          <table class="info-table dynamic-columns">
834          <thead>
835            <tr id="sequencingRun.name">
836              <th id="sequencingRun-header">Sequencing runs</th>
837            </tr>
838          </thead>
839          <tbody id="sequencingRun-details" class="info-details">
840            <tr id="sequencingRun.flowCell">
841              <th>Flow cell</th>
842            </tr>
843            <tr id="sequencingRun.pipeline">
844              <th>Pipeline</th>
845            </tr>
846            <tr id="sequencingRun.clusterDate">
847              <th>Cluster date</th>
848            </tr>
849            <tr id="sequencingRun.startDate">
850              <th>Start date</th>
851            </tr>
852            <tr id="sequencingRun.endDate">
853              <th>End date</th>
854            </tr>
855            <tr id="sequencingRun.result" class="dynamic-column">
856              <th>Sequencing result</th>
857            </tr>
858            <tr id="sequencingRun.comment" class="comment dynamic-column">
859              <th>Comment</th>
860            </tr>
861          </tbody>
862          </table>
863          </div>
864        </div>
865
866        <div class="info-section bg-filled-100" id="mergedSequences-info">
867          <div>
868          <table class="info-table dynamic-columns">
869          <thead>
870            <tr id="mergedSequences.name">
871              <th id="mergedSequences-header">Demux+merge</th>
872            </tr>
873          </thead>
874          <tbody id="mergedSequences-details" class="info-details">
875            <tr id="mergedSequences.donotuse" class="dynamic-column">
876              <th>DoNotUse</th>
877            </tr>
878            <tr id="mergedSequences.pipeline">
879              <th>Pipeline</th>
880            </tr>
881            <tr id="mergedSequences.date">
882              <th>End date</th>
883            </tr>
884            <tr id="mergedSequences.pfReads">
885              <th>Passed filter</th>
886            </tr>
887            <tr id="mergedSequences.ptReads">
888              <th>Passed Trimmomatic</th>
889            </tr>
890            <tr id="mergedSequences.adapterReads">
891              <th>Adapter reads</th>
892            </tr>
893            <tr id="mergedSequences.result" class="dynamic-column">
894              <th>Result</th>
895            </tr>
896            <tr id="mergedSequences.comment" class="comment dynamic-column">
897              <th>Comment</th>
898            </tr>
899          </tbody>
900          </table>
901          </div>
902        </div>
903
904        <div class="info-section bg-filled-100" id="alignedSequences-info">
905          <div>
906          <table class="info-table dynamic-columns">
907          <thead>
908            <tr id="alignedSequences.name">
909              <th id="alignedSequences-header">Mask+align</th>
910            </tr>
911          </thead>
912          <tbody id="alignedSequences-details" class="info-details">
913            <tr id="alignedSequences.donotuse" class="dynamic-column">
914              <th>DoNotUse</th>
915            </tr>
916            <tr id="alignedSequences.pipeline">
917              <th>Pipeline</th>
918            </tr>
919            <tr id="alignedSequences.software">
920              <th>Software</th>
921            </tr>
922            <tr id="alignedSequences.date">
923              <th>End date</th>
924            </tr>
925            <tr id="alignedSequences.alignedPairs">
926              <th>Aligned pairs</th>
927            </tr>
928            <tr id="alignedSequences.fractionDuplication">
929              <th>Duplication</th>
930            </tr>
931            <tr id="alignedSequences.genotypeQc" class="dynamic-column">
932              <th>Genotype QC</th>
933            </tr>
934            <tr id="alignedSequences.result" class="dynamic-column">
935              <th>Result</th>
936            </tr>
937            <tr id="alignedSequences.comment" class="comment dynamic-column">
938              <th>Comment</th>
939            </tr>
940          </tbody>
941          </table>
942          </div>
943        </div>
944
945        <div class="info-section bg-filled-100" id="rawBioAssays-info">
946          <div>
947          <table class="info-table dynamic-columns">
948          <thead>
949            <tr id="rawBioAssays.name">
950              <th id="rawBioAssays-header">Expression profiles</th>
951            </tr>
952          </thead>
953          <tbody id="rawBioAssays-details" class="info-details">
954            <tr id="rawBioAssays.donotuse" class="dynamic-column">
955              <th>DoNotUse</th>
956            </tr>
957            <tr id="rawBioAssays.pipeline">
958              <th>Pipeline</th>
959            </tr>
960            <tr id="rawBioAssays.type">
961              <th>Type</th>
962            </tr>
963            <tr id="rawBioAssays.date">
964              <th>Date</th>
965            </tr>
966            <tr id="rawBioAssays.result" class="dynamic-column">
967              <th>Result</th>
968            </tr>
969            <tr id="rawBioAssays.geneReport">
970              <th>Gene report</th>
971            </tr>
972            <tr id="rawBioAssays.pilotReport">
973              <th>Pilot report</th>
974            </tr>
975            <tr id="rawBioAssays.scanbReport">
976              <th>SCAN-B report</th>
977            </tr>
978            <tr id="rawBioAssays.comment" class="comment dynamic-column">
979              <th>Comment</th>
980            </tr>
981          </tbody>
982          </table>
983          </div>
984        </div>
985
986        <div class="info-section bg-filled-100" id="variantCalling-info">
987          <div>
988          <table class="info-table dynamic-columns">
989          <thead>
990            <tr id="variantCalling.name">
991              <th id="variantCalling-header">Variant calling</th>
992            </tr>
993          </thead>
994          <tbody id="variantCalling-details" class="info-details">
995            <tr id="variantCalling.donotuse" class="dynamic-column">
996              <th>DoNotUse</th>
997            </tr>
998            <tr id="variantCalling.pipeline">
999              <th>Pipeline</th>
1000            </tr>
1001            <tr id="variantCalling.date">
1002              <th>Date</th>
1003            </tr>
1004            <tr id="variantCalling.result" class="dynamic-column">
1005              <th>Result</th>
1006            </tr>
1007            <tr id="variantCalling.variants">
1008              <th>Variants</th>
1009            </tr>
1010            <tr id="variantCalling.comment" class="comment dynamic-column">
1011              <th>Comment</th>
1012            </tr>
1013          </tbody>
1014          </table>
1015          </div>
1016        </div>       
1017      </div>
1018    </div>
1019  </div>
1020
1021  <div id="wizard-status"></div>
1022 
1023  </form>
1024  </div>
1025  <%
1026  if (popup)
1027  {
1028    %>
1029    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons topborder" id="dialogbuttons">
1030      <base:button id="close" title="Close" />
1031    </base:buttongroup>
1032    <%
1033  }
1034  %>
1035</base:body>
1036</base:page>
1037<%
1038}
1039finally
1040{
1041  if (dc != null) dc.close();
1042}
1043%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.