source: plugins/base1/se.lu.onk/trunk/build.xml @ 875

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1<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
2<!-- ======================================================================
3   Oct 10, 2005 3:32:31 PM
4
5   Base plugins
6   This buildfile is used for base-plugins created at the oncology department in Lund, Sweden
7
8   johan
9   ====================================================================== -->
10<project name="Base plugins" default="dist" basedir=".">
11  <description>This buildfile is used for base-plugins created at the oncology department in Lund, Sweden</description>
12
13  <!-- doc -->
14  <property name="doc" value="doc"/>
15
16  <!-- lib -->
17  <property name="lib" location="lib" />
18  <property name="virtualarray.lib" location="VirtualArray/lib" />
19  <property name="qpackage.lib" location="QPackage/lib" />
20  <property name="smooth.doc" location="smooth/doc" />
21
22  <!-- src -->
23  <property name="basefile.src" location="BaseFile/src" />
24  <property name="virtualarray.src" location="VirtualArray/src" />
25  <property name="qpackage.src" location="QPackage/src" />
26  <property name="normalization.src" location="Normalization/src" />
27  <property name="null.src" location="NullPlugin/src" />
28  <property name="smooth.src" location="Smooth/src" />
29  <property name="gominer.src" location="GoMiner/src" />
30  <property name="ztest.src" location="ZTest/src" />
31  <property name="annotationfilter.src" location="AnnotationFilter/src" />
32
33  <!-- bin -->
34  <property name="bin" location="build" />
35  <property name="basefile.bin" location="${bin}/BaseFile" />
36  <property name="virtualarray.bin" location="${bin}/VirtualArray" />
37  <property name="qpackage.bin" location="${bin}/QPackage" />
38  <property name="normalization.bin" location="${bin}/Normalization" />
39  <property name="null.bin" location="${bin}/NullPlugin" />
40  <property name="smooth.bin" location="${bin}/Smooth" />
41  <property name="gominer.bin" location="${bin}/GoMiner" />
42  <property name="ztest.bin" location="${bin}/ZTest" />
43  <property name="annotationfilter.bin" location="${bin}/AnnotationFilter" />
44
45  <!-- dist -->
46  <property name="dist" location="dist" />
47 
48  <!-- package -->
49  <property name="smooth.pac" value="${dist}/smooth"/>
50
51 
52  <path id="classpath">
53    <fileset dir="${lib}">
54      <include name="**/*.jar"/>
55    </fileset>
56    <pathelement path="${basefile.bin}"/>
57  </path>
58 
59  <!-- =================================
60      target: compile
61    ================================== -->
62  <target name="compile" description="--> Compiles all the packages">
63    <ant target="virtualarray.compile" />
64    <ant target="qpackage.compile" />
65    <ant target="normalization.compile" />
66    <ant target="smooth.compile" />
67  </target>
68 
69  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
70      target: basefile.compile                     
71     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
72  <target name="basefile.compile">
73    <mkdir dir="${basefile.bin}"/>
74    <javac
75      srcdir="${basefile.src}"
76      destdir="${basefile.bin}"
77      debug="true"
78      deprecation="true"
79      encoding="ISO-8859-1"
80    />
81  </target>
82
83  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
84      target: virtualarray.compile
85     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
86    <target name="virtualarray.compile" depends="basefile.compile">
87      <mkdir dir="${virtualarray.bin}"/>
88      <javac
89        srcdir="${virtualarray.src}"
90        destdir="${virtualarray.bin}"
91        classpath="${basefile.bin}"
92        debug="true"
93        deprecation="true"
94        encoding="ISO-8859-1"
95      />
96    </target>
97 
98  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
99      target: qpackage.compile
100     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
101    <target name="qpackage.compile" depends="basefile.compile">
102      <mkdir dir="${qpackage.bin}"/>
103      <javac
104        srcdir="${qpackage.src}"
105        destdir="${qpackage.bin}"
106        classpath="${basefile.bin}"
107        debug="true"
108        deprecation="true"
109        encoding="ISO-8859-1"
110      />
111    </target>
112 
113  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
114      target: normalization.compile
115     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
116    <target name="normalization.compile" depends="basefile.compile">
117      <mkdir dir="${normalization.bin}"/>
118      <javac
119        srcdir="${normalization.src}"
120        destdir="${normalization.bin}"
121        classpath="${basefile.bin}"
122        debug="true"
123        deprecation="true"
124        encoding="ISO-8859-1"
125      />
126    </target>
127 
128  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
129      target: smooth.compile
130     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
131    <target name="smooth.compile" depends="basefile.compile">
132      <mkdir dir="${smooth.bin}"/>
133      <javac
134        srcdir="${smooth.src}"
135        destdir="${smooth.bin}"
136        classpathref="classpath"
137        debug="true"
138        deprecation="true"
139        encoding="ISO-8859-1"
140      />
141    </target>
142 
143  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
144      target: null.compile
145     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
146    <target name="null.compile" depends="basefile.compile">
147      <mkdir dir="${null.bin}"/>
148      <javac
149        srcdir="${null.src}"
150        destdir="${null.bin}"
151        classpath="${basefile.bin}"
152        debug="true"
153        deprecation="true"
154        encoding="ISO-8859-1"
155      />
156    </target>
157 
158  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
159      target: gominer.compile
160     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
161    <target name="gominer.compile" depends="basefile.compile">
162      <mkdir dir="${gominer.bin}"/>
163      <javac
164        srcdir="${gominer.src}"
165        destdir="${gominer.bin}"
166        classpath="${basefile.bin}"
167        debug="true"
168        deprecation="true"
169        encoding="ISO-8859-1"
170      />
171    </target>
172 
173  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
174      target: ztest.compile
175     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
176    <target name="ztest.compile" depends="basefile.compile">
177      <mkdir dir="${ztest.bin}"/>
178      <javac
179        srcdir="${ztest.src}"
180        destdir="${ztest.bin}"
181        classpathref="classpath"
182        debug="true"
183        deprecation="true"
184        encoding="ISO-8859-1"
185      />
186    </target>
187 
188  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
189      target: annotationfilter.compile
190     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
191    <target name="annotationfilter.compile" depends="basefile.compile">
192      <mkdir dir="${annotationfilter.bin}"/>
193      <javac
194        srcdir="${annotationfilter.src}"
195        destdir="${annotationfilter.bin}"
196        classpathref="classpath"
197        debug="true"
198        deprecation="true"
199        encoding="ISO-8859-1"
200      />
201    </target>
202
203
204
205  <!-- =================================
206      target: clean
207     ================================= -->
208  <target name="clean" description="--> Remove all generated files">
209    <delete dir="${dist}" />
210    <delete dir="${bin}" />
211  </target>
212
213 
214  <!-- =================================
215      target: dist
216    ================================== -->
217  <target name="dist"
218    depends="virtualarray.dist,
219      qpackage.dist, lowess.dist, smooth.dist"
220    description="--> Creates a ditributable gzipfile for each package">
221  </target>
222 
223  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
224      target: virtualarray.dist                     
225     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
226  <target name="virtualarray.dist" depends="virtualarray.compile">
227    <mkdir dir="${dist}" />
228    <jar destfile="${dist}/virtualarray.jar">
229      <fileset dir="${basefile.src}" />
230      <fileset dir="${basefile.bin}" />
231      <fileset dir="${virtualarray.bin}" />
232      <fileset dir="${virtualarray.src}" />
233        <manifest>
234          <attribute name="Built-By" value="${user.name}" />
235          <attribute name="Main-Class" value="virtualarray.VirtualArray" />
236        </manifest>
237    </jar>
238  </target>
239 
240  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
241      target: qpackage.dist                     
242     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
243  <target name="qpackage.dist" depends="qpackage.compile">
244    <mkdir dir="${dist}" />
245    <jar destfile="${dist}/qpackage.jar">
246      <fileset dir="${basefile.src}" />
247      <fileset dir="${basefile.bin}" />
248      <fileset dir="${qpackage.bin}" />
249      <fileset dir="${qpackage.src}" />
250        <manifest>
251          <attribute name="Built-By" value="${user.name}"/>
252        </manifest>
253    </jar>
254  </target>
255 
256  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
257      target: lowess.dist                     
258     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
259  <target name="lowess.dist" depends="normalization.compile">
260    <mkdir dir="${dist}" />
261    <jar destfile="${dist}/lowess.jar">
262      <fileset dir="${basefile.src}" />
263      <fileset dir="${basefile.bin}" />
264      <fileset dir="${normalization.bin}" includes="lowess/**" />
265      <fileset dir="${normalization.src}" includes="lowess/**" />
266        <manifest>
267          <attribute name="Built-By" value="${user.name}" />
268          <attribute name="Main-Class" value="lowess.Lowess" />
269        </manifest>
270    </jar>
271  </target>
272 
273  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
274      target: smooth.dist                     
275     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
276  <target name="smooth.dist" depends="smooth.compile">
277    <mkdir dir="${dist}" />
278    <jar destfile="${dist}/smooth.jar">
279      <fileset dir="${basefile.src}" />
280      <fileset dir="${basefile.bin}" />
281      <fileset dir="${smooth.bin}" />
282      <fileset dir="${smooth.src}" />
283        <manifest>
284          <attribute name="Built-By" value="${user.name}"/>
285          <attribute name="Main-Class" value="smooth.SmoothMain"/>
286        </manifest>
287    </jar>
288  </target>
289 
290  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
291      target: null.dist                     
292     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
293  <target name="null.dist" depends="null.compile">
294    <mkdir dir="${dist}" />
295    <jar destfile="${dist}/nullbase1plugin.jar">
296      <fileset dir="${basefile.src}" />
297      <fileset dir="${basefile.bin}" />
298      <fileset dir="${null.bin}" />
299      <fileset dir="${null.src}" />
300        <manifest>
301          <attribute name="Built-By" value="${user.name}"/>
302          <attribute name="Main-Class" value="base1null.Base1NullPlugin"/>
303        </manifest>
304    </jar>
305  </target>
306 
307  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
308      target: gominer.dist                     
309     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
310  <target name="gominer.dist" depends="gominer.compile">
311    <mkdir dir="${dist}" />
312    <jar destfile="${dist}/gominer.jar">
313      <fileset dir="${basefile.src}" />
314      <fileset dir="${basefile.bin}" />
315      <fileset dir="${gominer.bin}" />
316      <fileset dir="${gominer.src}" />
317        <manifest>
318          <attribute name="Built-By" value="${user.name}"/>
319          <attribute name="Main-Class" value="net.sf.basedb.plugin.gominer.GoMinerExport"/>
320        </manifest>
321    </jar>
322  </target>
323 
324  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
325      target: ztest.dist                     
326     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
327  <target name="ztest.dist" depends="ztest.compile">
328    <mkdir dir="${dist}" />
329    <jar destfile="${dist}/ztest.jar">
330      <fileset dir="${basefile.src}" />
331      <fileset dir="${basefile.bin}" />
332      <fileset dir="${ztest.bin}" />
333      <fileset dir="${ztest.src}" />
334        <manifest>
335          <attribute name="Built-By" value="${user.name}"/>
336          <attribute name="Main-Class" value="ztest.Start"/>
337        </manifest>
338    </jar>
339  </target>
340 
341  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
342      target: annotationfilter.dist                     
343     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
344  <target name="annotationfilter.dist" depends="annotationfilter.compile">
345    <mkdir dir="${dist}" />
346    <jar destfile="${dist}/annotationfilter.jar">
347      <fileset dir="${basefile.src}" />
348      <fileset dir="${basefile.bin}" />
349      <fileset dir="${annotationfilter.bin}" />
350      <fileset dir="${annotationfilter.src}" />
351        <manifest>
352          <attribute name="Built-By" value="${user.name}"/>
353          <attribute name="Main-Class" value="annotationfilter.Main"/>
354        </manifest>
355    </jar>
356  </target>
357 
358 
359  <!-- =================================
360      target: smooth.package             
361     ================================= -->
362  <target name="smooth.package" depends="smooth.dist" description="--> Create a zip file containting all files necessary for distribution.">
363    <mkdir dir="${smooth.pac}"/>
364    <copy file="${dist}/smooth.jar" todir="${smooth.pac}" />
365    <copy file="${doc}/gpl.txt" todir="${smooth.pac}" />
366    <copy file="${lib}/jcommon-1.0.6.jar" todir="${smooth.pac}" />
367    <copy file="${lib}/jfreechart-1.0.3.jar" todir="${smooth.pac}" />
368    <copy file="${smooth.doc}/INSTALL.txt" todir="${smooth.pac}" />
369    <copy file="${smooth.doc}/run" todir="${smooth.pac}" />
370    <copy file="${smooth.doc}/smooth.base" todir="${smooth.pac}" />
371    <zip destfile="smooth.zip" basedir="${smooth.pac}" />
372  </target> 
373 
374</project>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.