source: trunk/se/lu/onk/build.xml @ 200

Last change on this file since 200 was 200, checked in by Johan Enell, 16 years ago

added targets for ztest

  • Property svn:eol-style set to native
File size: 14.8 KB
Line 
1<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
2<!-- ======================================================================
3   Oct 10, 2005 3:32:31 PM
4
5   Base plugins
6   This buildfile is used for base-plugins created at the oncology department in Lund, Sweden
7
8   johan
9   ====================================================================== -->
10<project name="Base plugins" default="dist" basedir=".">
11  <description>This buildfile is used for base-plugins created at the oncology department in Lund, Sweden</description>
12
13  <!-- doc -->
14  <property name="doc" value="doc"/>
15
16  <property name="replicateerror.lib" location="ReplicateError/lib" />
17  <property name="virtualarray.lib" location="VirtualArray/lib" />
18  <property name="mergebioassay.doc" location="MergeBioAssay/doc" />
19  <property name="qpackage.lib" location="QPackage/lib" />
20  <property name="smooth.doc" location="smooth/doc" />
21
22  <!-- src -->
23  <property name="basefile.src" location="BaseFile/src" />
24  <property name="virtualarray.src" location="VirtualArray/src" />
25  <property name="replicateerror.src" location="ReplicateError/src" />
26  <property name="mergebioassay.src" location="MergeBioAssay/src" />
27  <property name="qpackage.src" location="QPackage/src" />
28  <property name="center.src" location="Center/src" />
29  <property name="normalization.src" location="Normalization/src" />
30  <property name="null.src" location="NullPlugin/src" />
31  <property name="smooth.src" location="Smooth/src" />
32  <property name="gominer.src" location="GoMiner/src" />
33  <property name="ztest.src" location="ZTest/src" />
34
35  <!-- bin -->
36  <property name="bin" location="build" />
37  <property name="basefile.bin" location="${bin}/BaseFile" />
38  <property name="virtualarray.bin" location="${bin}/VirtualArray" />
39  <property name="replicateerror.bin" location="${bin}/ReplicateError" />
40  <property name="mergebioassay.bin" location="${bin}/MergeBioAssay" />
41  <property name="qpackage.bin" location="${bin}/QPackage" />
42  <property name="center.bin" location="${bin}/Center" />
43  <property name="normalization.bin" location="${bin}/Normalization" />
44  <property name="null.bin" location="${bin}/NullPlugin" />
45  <property name="smooth.bin" location="${bin}/Smooth" />
46  <property name="gominer.bin" location="${bin}/GoMiner" />
47  <property name="ztest.bin" location="${bin}/ZTest" />
48
49  <!-- dist -->
50  <property name="dist" location="dist" />
51 
52  <!-- package -->
53  <property name="mergebioassay.pac" value="${dist}/mergebioassay"/>
54  <property name="smooth.pac" value="${dist}/smooth"/>
55
56 
57  <!-- =================================
58      target: compile
59    ================================== -->
60  <target name="compile" description="--> Compiles all the packages">
61    <ant target="virtualarray.compile" />
62    <ant target="replicateerror.compile" />
63    <ant target="mergebioassay.compile" />
64    <ant target="qpackage.compile" />
65    <ant target="center.compile" />
66    <ant target="normalization.compile" />
67    <ant target="smooth.compile" />
68  </target>
69 
70  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
71      target: basefile.compile                     
72     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
73  <target name="basefile.compile">
74    <mkdir dir="${basefile.bin}"/>
75    <javac
76      srcdir="${basefile.src}"
77      destdir="${basefile.bin}"
78      debug="true"
79      deprecation="true"
80      encoding="ISO-8859-1"
81    />
82  </target>
83
84  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
85      target: virtualarray.compile
86     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
87    <target name="virtualarray.compile" depends="basefile.compile">
88      <mkdir dir="${virtualarray.bin}"/>
89      <javac
90        srcdir="${virtualarray.src}"
91        destdir="${virtualarray.bin}"
92        classpath="${basefile.bin}"
93        debug="true"
94        deprecation="true"
95        encoding="ISO-8859-1"
96      />
97    </target>
98 
99  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
100      target: replicateerror.compile
101     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
102    <target name="replicateerror.compile" depends="basefile.compile">
103      <mkdir dir="${replicateerror.bin}"/>
104      <javac
105        srcdir="${replicateerror.src}"
106        destdir="${replicateerror.bin}"
107        classpath="${basefile.bin}"
108        debug="true"
109        deprecation="true"
110        encoding="ISO-8859-1"
111      />
112    </target>
113 
114  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
115      target: mergebioassay.compile
116     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
117    <target name="mergebioassay.compile" depends="basefile.compile">
118      <mkdir dir="${mergebioassay.bin}"/>
119      <javac
120        srcdir="${mergebioassay.src}"
121        destdir="${mergebioassay.bin}"
122        classpath="${basefile.bin}"
123        debug="true"
124        deprecation="true"
125        encoding="ISO-8859-1"
126      />
127    </target>
128 
129  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
130      target: qpackage.compile
131     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
132    <target name="qpackage.compile" depends="basefile.compile">
133      <mkdir dir="${qpackage.bin}"/>
134      <javac
135        srcdir="${qpackage.src}"
136        destdir="${qpackage.bin}"
137        classpath="${basefile.bin}"
138        debug="true"
139        deprecation="true"
140        encoding="ISO-8859-1"
141      />
142    </target>
143 
144  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
145      target: center.compile
146     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
147    <target name="center.compile" depends="basefile.compile">
148      <mkdir dir="${center.bin}"/>
149      <javac
150        srcdir="${center.src}"
151        destdir="${center.bin}"
152        classpath="${basefile.bin}"
153        debug="true"
154        deprecation="true"
155        encoding="ISO-8859-1"
156      />
157    </target>
158 
159  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
160      target: normalization.compile
161     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
162    <target name="normalization.compile" depends="basefile.compile">
163      <mkdir dir="${normalization.bin}"/>
164      <javac
165        srcdir="${normalization.src}"
166        destdir="${normalization.bin}"
167        classpath="${basefile.bin}"
168        debug="true"
169        deprecation="true"
170        encoding="ISO-8859-1"
171      />
172    </target>
173 
174  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
175      target: smooth.compile
176     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
177    <target name="smooth.compile" depends="basefile.compile">
178      <mkdir dir="${smooth.bin}"/>
179      <javac
180        srcdir="${smooth.src}"
181        destdir="${smooth.bin}"
182        classpath="${basefile.bin}"
183        debug="true"
184        deprecation="true"
185        encoding="ISO-8859-1"
186      />
187    </target>
188 
189  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
190      target: null.compile
191     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
192    <target name="null.compile" depends="basefile.compile">
193      <mkdir dir="${null.bin}"/>
194      <javac
195        srcdir="${null.src}"
196        destdir="${null.bin}"
197        classpath="${basefile.bin}"
198        debug="true"
199        deprecation="true"
200        encoding="ISO-8859-1"
201      />
202    </target>
203 
204  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
205      target: gominer.compile
206     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
207    <target name="gominer.compile" depends="basefile.compile">
208      <mkdir dir="${gominer.bin}"/>
209      <javac
210        srcdir="${gominer.src}"
211        destdir="${gominer.bin}"
212        classpath="${basefile.bin}"
213        debug="true"
214        deprecation="true"
215        encoding="ISO-8859-1"
216      />
217    </target>
218 
219  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
220      target: ztest.compile
221     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
222    <target name="ztest.compile" depends="basefile.compile">
223      <mkdir dir="${ztest.bin}"/>
224      <javac
225        srcdir="${ztest.src}"
226        destdir="${ztest.bin}"
227        classpath="${basefile.bin}"
228        debug="true"
229        deprecation="true"
230        encoding="ISO-8859-1"
231      />
232    </target>
233
234
235
236  <!-- =================================
237      target: clean
238     ================================= -->
239  <target name="clean" description="--> Remove all generated files">
240    <delete dir="${dist}" />
241    <delete dir="${bin}" />
242  </target>
243
244 
245  <!-- =================================
246      target: dist
247    ================================== -->
248  <target name="dist"
249    depends="virtualarray.dist, replicateerror.dist, mergebioassay.dist,
250      qpackage.dist, center.dist, lowess.dist, smooth.dist"
251    description="--> Creates a ditributable gzipfile for each package">
252  </target>
253 
254  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
255      target: virtualarray.dist                     
256     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
257  <target name="virtualarray.dist" depends="virtualarray.compile">
258    <mkdir dir="${dist}" />
259    <jar destfile="${dist}/virtualarray.jar">
260      <fileset dir="${basefile.src}" />
261      <fileset dir="${basefile.bin}" />
262      <fileset dir="${virtualarray.bin}" />
263      <fileset dir="${virtualarray.src}" />
264        <manifest>
265          <attribute name="Built-By" value="${user.name}" />
266          <attribute name="Main-Class" value="virtualarray.VirtualArray" />
267        </manifest>
268    </jar>
269  </target>
270 
271  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
272      target: replicateerror.dist                     
273     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
274  <target name="replicateerror.dist" depends="replicateerror.compile">
275    <mkdir dir="${dist}" />
276    <jar destfile="${dist}/replicateerror.jar">
277      <fileset dir="${basefile.src}" />
278      <fileset dir="${basefile.bin}" />
279      <fileset dir="${replicateerror.bin}" />
280      <fileset dir="${replicateerror.src}" />
281        <manifest>
282          <attribute name="Built-By" value="${user.name}"/>
283          <attribute name="Main-Class" value="replicateerror.ReplicateError"/>
284        </manifest>
285    </jar>
286  </target>
287 
288  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
289      target: mergebioassay.dist                     
290     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
291  <target name="mergebioassay.dist" depends="mergebioassay.compile">
292    <mkdir dir="${dist}" />
293    <jar destfile="${dist}/mergebioassay.jar">
294      <fileset dir="${basefile.src}" />
295      <fileset dir="${basefile.bin}" />
296      <fileset dir="${mergebioassay.bin}" />
297      <fileset dir="${mergebioassay.src}" />
298        <manifest>
299          <attribute name="Built-By" value="${user.name}"/>
300          <attribute name="Main-Class" value="mergebioassay.MergeBioAssay"/>
301        </manifest>
302    </jar>
303  </target>
304 
305  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
306      target: qpackage.dist                     
307     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
308  <target name="qpackage.dist" depends="qpackage.compile">
309    <mkdir dir="${dist}" />
310    <jar destfile="${dist}/qpackage.jar">
311      <fileset dir="${basefile.src}" />
312      <fileset dir="${basefile.bin}" />
313      <fileset dir="${qpackage.bin}" />
314      <fileset dir="${qpackage.src}" />
315        <manifest>
316          <attribute name="Built-By" value="${user.name}"/>
317        </manifest>
318    </jar>
319  </target>
320 
321  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
322      target: center.dist                     
323     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
324  <target name="center.dist" depends="center.compile">
325    <mkdir dir="${dist}" />
326    <jar destfile="${dist}/center.jar">
327      <fileset dir="${basefile.src}" />
328      <fileset dir="${basefile.bin}" />
329      <fileset dir="${center.bin}" />
330      <fileset dir="${center.src}" />
331        <manifest>
332          <attribute name="Built-By" value="${user.name}"/>
333          <attribute name="Main-Class" value="center.Center"/>
334        </manifest>
335    </jar>
336  </target>
337 
338  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
339      target: lowess.dist                     
340     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
341  <target name="lowess.dist" depends="normalization.compile">
342    <mkdir dir="${dist}" />
343    <jar destfile="${dist}/lowess.jar">
344      <fileset dir="${basefile.src}" />
345      <fileset dir="${basefile.bin}" />
346      <fileset dir="${normalization.bin}" includes="lowess/**" />
347      <fileset dir="${normalization.src}" includes="lowess/**" />
348        <manifest>
349          <attribute name="Built-By" value="${user.name}" />
350          <attribute name="Main-Class" value="lowess.Lowess" />
351        </manifest>
352    </jar>
353  </target>
354 
355  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
356      target: smooth.dist                     
357     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
358  <target name="smooth.dist" depends="smooth.compile">
359    <mkdir dir="${dist}" />
360    <jar destfile="${dist}/smooth.jar">
361      <fileset dir="${basefile.src}" />
362      <fileset dir="${basefile.bin}" />
363      <fileset dir="${smooth.bin}" />
364      <fileset dir="${smooth.src}" />
365        <manifest>
366          <attribute name="Built-By" value="${user.name}"/>
367          <attribute name="Main-Class" value="smooth.SmoothMain"/>
368        </manifest>
369    </jar>
370  </target>
371 
372  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
373      target: null.dist                     
374     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
375  <target name="null.dist" depends="null.compile">
376    <mkdir dir="${dist}" />
377    <jar destfile="${dist}/nullbase1plugin.jar">
378      <fileset dir="${basefile.src}" />
379      <fileset dir="${basefile.bin}" />
380      <fileset dir="${null.bin}" />
381      <fileset dir="${null.src}" />
382        <manifest>
383          <attribute name="Built-By" value="${user.name}"/>
384          <attribute name="Main-Class" value="base1null.Base1NullPlugin"/>
385        </manifest>
386    </jar>
387  </target>
388 
389  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
390      target: gominer.dist                     
391     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
392  <target name="gominer.dist" depends="gominer.compile">
393    <mkdir dir="${dist}" />
394    <jar destfile="${dist}/gominer.jar">
395      <fileset dir="${basefile.src}" />
396      <fileset dir="${basefile.bin}" />
397      <fileset dir="${gominer.bin}" />
398      <fileset dir="${gominer.src}" />
399        <manifest>
400          <attribute name="Built-By" value="${user.name}"/>
401          <attribute name="Main-Class" value="net.sf.basedb.plugin.gominer.GoMinerExport"/>
402        </manifest>
403    </jar>
404  </target>
405 
406  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
407      target: ztest.dist                     
408     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
409  <target name="ztest.dist" depends="ztest.compile">
410    <mkdir dir="${dist}" />
411    <jar destfile="${dist}/ztest.jar">
412      <fileset dir="${basefile.src}" />
413      <fileset dir="${basefile.bin}" />
414      <fileset dir="${ztest.bin}" />
415      <fileset dir="${ztest.src}" />
416        <manifest>
417          <attribute name="Built-By" value="${user.name}"/>
418          <attribute name="Main-Class" value="net.sf.basedb.plugin.ztest.Start"/>
419        </manifest>
420    </jar>
421  </target>
422 
423 
424  <!-- =================================
425      target: mergebioassay.package             
426     ================================= -->
427  <target name="mergebioassay.package" depends="mergebioassay.dist" description="--> Create a zip file containting all files necessary for distribution.">
428    <mkdir dir="${mergebioassay.pac}"/>
429    <copy file="${dist}/mergebioassay.jar" todir="${mergebioassay.pac}" />
430    <copy file="${doc}/gpl.txt" todir="${mergebioassay.pac}" />
431    <copy file="${mergebioassay.doc}/run" todir="${mergebioassay.pac}" />
432    <copy file="${mergebioassay.doc}/mergebioassay.base" todir="${mergebioassay.pac}" />
433    <zip destfile="mergebioassay.zip" basedir="${mergebioassay.pac}" />
434  </target>
435
436  <!-- =================================
437      target: smooth.package             
438     ================================= -->
439  <target name="smooth.package" depends="smooth.dist" description="--> Create a zip file containting all files necessary for distribution.">
440    <mkdir dir="${smooth.pac}"/>
441    <copy file="${dist}/smooth.jar" todir="${smooth.pac}" />
442    <copy file="${doc}/gpl.txt" todir="${smooth.pac}" />
443    <copy file="${smooth.doc}/run" todir="${smooth.pac}" />
444    <copy file="${smooth.doc}/smooth.base" todir="${smooth.pac}" />
445    <zip destfile="smooth.zip" basedir="${smooth.pac}" />
446  </target> 
447 
448</project>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.