source: trunk/se/lu/onk/build.xml @ 205

Last change on this file since 205 was 205, checked in by Johan Enell, 16 years ago

added classpath ref

  • Property svn:eol-style set to native
File size: 15.0 KB
Line 
1<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
2<!-- ======================================================================
3   Oct 10, 2005 3:32:31 PM
4
5   Base plugins
6   This buildfile is used for base-plugins created at the oncology department in Lund, Sweden
7
8   johan
9   ====================================================================== -->
10<project name="Base plugins" default="dist" basedir=".">
11  <description>This buildfile is used for base-plugins created at the oncology department in Lund, Sweden</description>
12
13  <!-- doc -->
14  <property name="doc" value="doc"/>
15
16  <!-- lib -->
17  <property name="lib" location="lib" />
18  <property name="replicateerror.lib" location="ReplicateError/lib" />
19  <property name="virtualarray.lib" location="VirtualArray/lib" />
20  <property name="mergebioassay.doc" location="MergeBioAssay/doc" />
21  <property name="qpackage.lib" location="QPackage/lib" />
22  <property name="smooth.doc" location="smooth/doc" />
23
24  <!-- src -->
25  <property name="basefile.src" location="BaseFile/src" />
26  <property name="virtualarray.src" location="VirtualArray/src" />
27  <property name="replicateerror.src" location="ReplicateError/src" />
28  <property name="mergebioassay.src" location="MergeBioAssay/src" />
29  <property name="qpackage.src" location="QPackage/src" />
30  <property name="center.src" location="Center/src" />
31  <property name="normalization.src" location="Normalization/src" />
32  <property name="null.src" location="NullPlugin/src" />
33  <property name="smooth.src" location="Smooth/src" />
34  <property name="gominer.src" location="GoMiner/src" />
35  <property name="ztest.src" location="ZTest/src" />
36
37  <!-- bin -->
38  <property name="bin" location="build" />
39  <property name="basefile.bin" location="${bin}/BaseFile" />
40  <property name="virtualarray.bin" location="${bin}/VirtualArray" />
41  <property name="replicateerror.bin" location="${bin}/ReplicateError" />
42  <property name="mergebioassay.bin" location="${bin}/MergeBioAssay" />
43  <property name="qpackage.bin" location="${bin}/QPackage" />
44  <property name="center.bin" location="${bin}/Center" />
45  <property name="normalization.bin" location="${bin}/Normalization" />
46  <property name="null.bin" location="${bin}/NullPlugin" />
47  <property name="smooth.bin" location="${bin}/Smooth" />
48  <property name="gominer.bin" location="${bin}/GoMiner" />
49  <property name="ztest.bin" location="${bin}/ZTest" />
50
51  <!-- dist -->
52  <property name="dist" location="dist" />
53 
54  <!-- package -->
55  <property name="mergebioassay.pac" value="${dist}/mergebioassay"/>
56  <property name="smooth.pac" value="${dist}/smooth"/>
57
58  <path id="classpath">
59    <fileset dir="${lib}">
60      <include name="**/*.jar"/>
61    </fileset>
62    <fileset dir="${basefile.bin}">
63      <include name="**/*.class"/>
64    </fileset>
65  </path>
66 
67  <!-- =================================
68      target: compile
69    ================================== -->
70  <target name="compile" description="--> Compiles all the packages">
71    <ant target="virtualarray.compile" />
72    <ant target="replicateerror.compile" />
73    <ant target="mergebioassay.compile" />
74    <ant target="qpackage.compile" />
75    <ant target="center.compile" />
76    <ant target="normalization.compile" />
77    <ant target="smooth.compile" />
78  </target>
79 
80  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
81      target: basefile.compile                     
82     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
83  <target name="basefile.compile">
84    <mkdir dir="${basefile.bin}"/>
85    <javac
86      srcdir="${basefile.src}"
87      destdir="${basefile.bin}"
88      debug="true"
89      deprecation="true"
90      encoding="ISO-8859-1"
91    />
92  </target>
93
94  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
95      target: virtualarray.compile
96     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
97    <target name="virtualarray.compile" depends="basefile.compile">
98      <mkdir dir="${virtualarray.bin}"/>
99      <javac
100        srcdir="${virtualarray.src}"
101        destdir="${virtualarray.bin}"
102        classpath="${basefile.bin}"
103        debug="true"
104        deprecation="true"
105        encoding="ISO-8859-1"
106      />
107    </target>
108 
109  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
110      target: replicateerror.compile
111     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
112    <target name="replicateerror.compile" depends="basefile.compile">
113      <mkdir dir="${replicateerror.bin}"/>
114      <javac
115        srcdir="${replicateerror.src}"
116        destdir="${replicateerror.bin}"
117        classpath="${basefile.bin}"
118        debug="true"
119        deprecation="true"
120        encoding="ISO-8859-1"
121      />
122    </target>
123 
124  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
125      target: mergebioassay.compile
126     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
127    <target name="mergebioassay.compile" depends="basefile.compile">
128      <mkdir dir="${mergebioassay.bin}"/>
129      <javac
130        srcdir="${mergebioassay.src}"
131        destdir="${mergebioassay.bin}"
132        classpath="${basefile.bin}"
133        debug="true"
134        deprecation="true"
135        encoding="ISO-8859-1"
136      />
137    </target>
138 
139  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
140      target: qpackage.compile
141     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
142    <target name="qpackage.compile" depends="basefile.compile">
143      <mkdir dir="${qpackage.bin}"/>
144      <javac
145        srcdir="${qpackage.src}"
146        destdir="${qpackage.bin}"
147        classpath="${basefile.bin}"
148        debug="true"
149        deprecation="true"
150        encoding="ISO-8859-1"
151      />
152    </target>
153 
154  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
155      target: center.compile
156     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
157    <target name="center.compile" depends="basefile.compile">
158      <mkdir dir="${center.bin}"/>
159      <javac
160        srcdir="${center.src}"
161        destdir="${center.bin}"
162        classpath="${basefile.bin}"
163        debug="true"
164        deprecation="true"
165        encoding="ISO-8859-1"
166      />
167    </target>
168 
169  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
170      target: normalization.compile
171     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
172    <target name="normalization.compile" depends="basefile.compile">
173      <mkdir dir="${normalization.bin}"/>
174      <javac
175        srcdir="${normalization.src}"
176        destdir="${normalization.bin}"
177        classpath="${basefile.bin}"
178        debug="true"
179        deprecation="true"
180        encoding="ISO-8859-1"
181      />
182    </target>
183 
184  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
185      target: smooth.compile
186     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
187    <target name="smooth.compile" depends="basefile.compile">
188      <mkdir dir="${smooth.bin}"/>
189      <javac
190        srcdir="${smooth.src}"
191        destdir="${smooth.bin}"
192        classpath="${basefile.bin}"
193        debug="true"
194        deprecation="true"
195        encoding="ISO-8859-1"
196      />
197    </target>
198 
199  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
200      target: null.compile
201     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
202    <target name="null.compile" depends="basefile.compile">
203      <mkdir dir="${null.bin}"/>
204      <javac
205        srcdir="${null.src}"
206        destdir="${null.bin}"
207        classpath="${basefile.bin}"
208        debug="true"
209        deprecation="true"
210        encoding="ISO-8859-1"
211      />
212    </target>
213 
214  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
215      target: gominer.compile
216     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
217    <target name="gominer.compile" depends="basefile.compile">
218      <mkdir dir="${gominer.bin}"/>
219      <javac
220        srcdir="${gominer.src}"
221        destdir="${gominer.bin}"
222        classpath="${basefile.bin}"
223        debug="true"
224        deprecation="true"
225        encoding="ISO-8859-1"
226      />
227    </target>
228 
229  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
230      target: ztest.compile
231     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
232    <target name="ztest.compile" depends="basefile.compile">
233      <mkdir dir="${ztest.bin}"/>
234      <javac
235        srcdir="${ztest.src}"
236        destdir="${ztest.bin}"
237        classpathref="classpath"
238        debug="true"
239        deprecation="true"
240        encoding="ISO-8859-1"
241      />
242    </target>
243
244
245
246  <!-- =================================
247      target: clean
248     ================================= -->
249  <target name="clean" description="--> Remove all generated files">
250    <delete dir="${dist}" />
251    <delete dir="${bin}" />
252  </target>
253
254 
255  <!-- =================================
256      target: dist
257    ================================== -->
258  <target name="dist"
259    depends="virtualarray.dist, replicateerror.dist, mergebioassay.dist,
260      qpackage.dist, center.dist, lowess.dist, smooth.dist"
261    description="--> Creates a ditributable gzipfile for each package">
262  </target>
263 
264  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
265      target: virtualarray.dist                     
266     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
267  <target name="virtualarray.dist" depends="virtualarray.compile">
268    <mkdir dir="${dist}" />
269    <jar destfile="${dist}/virtualarray.jar">
270      <fileset dir="${basefile.src}" />
271      <fileset dir="${basefile.bin}" />
272      <fileset dir="${virtualarray.bin}" />
273      <fileset dir="${virtualarray.src}" />
274        <manifest>
275          <attribute name="Built-By" value="${user.name}" />
276          <attribute name="Main-Class" value="virtualarray.VirtualArray" />
277        </manifest>
278    </jar>
279  </target>
280 
281  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
282      target: replicateerror.dist                     
283     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
284  <target name="replicateerror.dist" depends="replicateerror.compile">
285    <mkdir dir="${dist}" />
286    <jar destfile="${dist}/replicateerror.jar">
287      <fileset dir="${basefile.src}" />
288      <fileset dir="${basefile.bin}" />
289      <fileset dir="${replicateerror.bin}" />
290      <fileset dir="${replicateerror.src}" />
291        <manifest>
292          <attribute name="Built-By" value="${user.name}"/>
293          <attribute name="Main-Class" value="replicateerror.ReplicateError"/>
294        </manifest>
295    </jar>
296  </target>
297 
298  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
299      target: mergebioassay.dist                     
300     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
301  <target name="mergebioassay.dist" depends="mergebioassay.compile">
302    <mkdir dir="${dist}" />
303    <jar destfile="${dist}/mergebioassay.jar">
304      <fileset dir="${basefile.src}" />
305      <fileset dir="${basefile.bin}" />
306      <fileset dir="${mergebioassay.bin}" />
307      <fileset dir="${mergebioassay.src}" />
308        <manifest>
309          <attribute name="Built-By" value="${user.name}"/>
310          <attribute name="Main-Class" value="mergebioassay.MergeBioAssay"/>
311        </manifest>
312    </jar>
313  </target>
314 
315  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
316      target: qpackage.dist                     
317     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
318  <target name="qpackage.dist" depends="qpackage.compile">
319    <mkdir dir="${dist}" />
320    <jar destfile="${dist}/qpackage.jar">
321      <fileset dir="${basefile.src}" />
322      <fileset dir="${basefile.bin}" />
323      <fileset dir="${qpackage.bin}" />
324      <fileset dir="${qpackage.src}" />
325        <manifest>
326          <attribute name="Built-By" value="${user.name}"/>
327        </manifest>
328    </jar>
329  </target>
330 
331  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
332      target: center.dist                     
333     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
334  <target name="center.dist" depends="center.compile">
335    <mkdir dir="${dist}" />
336    <jar destfile="${dist}/center.jar">
337      <fileset dir="${basefile.src}" />
338      <fileset dir="${basefile.bin}" />
339      <fileset dir="${center.bin}" />
340      <fileset dir="${center.src}" />
341        <manifest>
342          <attribute name="Built-By" value="${user.name}"/>
343          <attribute name="Main-Class" value="center.Center"/>
344        </manifest>
345    </jar>
346  </target>
347 
348  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
349      target: lowess.dist                     
350     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
351  <target name="lowess.dist" depends="normalization.compile">
352    <mkdir dir="${dist}" />
353    <jar destfile="${dist}/lowess.jar">
354      <fileset dir="${basefile.src}" />
355      <fileset dir="${basefile.bin}" />
356      <fileset dir="${normalization.bin}" includes="lowess/**" />
357      <fileset dir="${normalization.src}" includes="lowess/**" />
358        <manifest>
359          <attribute name="Built-By" value="${user.name}" />
360          <attribute name="Main-Class" value="lowess.Lowess" />
361        </manifest>
362    </jar>
363  </target>
364 
365  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
366      target: smooth.dist                     
367     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
368  <target name="smooth.dist" depends="smooth.compile">
369    <mkdir dir="${dist}" />
370    <jar destfile="${dist}/smooth.jar">
371      <fileset dir="${basefile.src}" />
372      <fileset dir="${basefile.bin}" />
373      <fileset dir="${smooth.bin}" />
374      <fileset dir="${smooth.src}" />
375        <manifest>
376          <attribute name="Built-By" value="${user.name}"/>
377          <attribute name="Main-Class" value="smooth.SmoothMain"/>
378        </manifest>
379    </jar>
380  </target>
381 
382  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
383      target: null.dist                     
384     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
385  <target name="null.dist" depends="null.compile">
386    <mkdir dir="${dist}" />
387    <jar destfile="${dist}/nullbase1plugin.jar">
388      <fileset dir="${basefile.src}" />
389      <fileset dir="${basefile.bin}" />
390      <fileset dir="${null.bin}" />
391      <fileset dir="${null.src}" />
392        <manifest>
393          <attribute name="Built-By" value="${user.name}"/>
394          <attribute name="Main-Class" value="base1null.Base1NullPlugin"/>
395        </manifest>
396    </jar>
397  </target>
398 
399  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
400      target: gominer.dist                     
401     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
402  <target name="gominer.dist" depends="gominer.compile">
403    <mkdir dir="${dist}" />
404    <jar destfile="${dist}/gominer.jar">
405      <fileset dir="${basefile.src}" />
406      <fileset dir="${basefile.bin}" />
407      <fileset dir="${gominer.bin}" />
408      <fileset dir="${gominer.src}" />
409        <manifest>
410          <attribute name="Built-By" value="${user.name}"/>
411          <attribute name="Main-Class" value="net.sf.basedb.plugin.gominer.GoMinerExport"/>
412        </manifest>
413    </jar>
414  </target>
415 
416  <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
417      target: ztest.dist                     
418     - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
419  <target name="ztest.dist" depends="ztest.compile">
420    <mkdir dir="${dist}" />
421    <jar destfile="${dist}/ztest.jar">
422      <fileset dir="${basefile.src}" />
423      <fileset dir="${basefile.bin}" />
424      <fileset dir="${ztest.bin}" />
425      <fileset dir="${ztest.src}" />
426        <manifest>
427          <attribute name="Built-By" value="${user.name}"/>
428          <attribute name="Main-Class" value="net.sf.basedb.plugin.ztest.Start"/>
429        </manifest>
430    </jar>
431  </target>
432 
433 
434  <!-- =================================
435      target: mergebioassay.package             
436     ================================= -->
437  <target name="mergebioassay.package" depends="mergebioassay.dist" description="--> Create a zip file containting all files necessary for distribution.">
438    <mkdir dir="${mergebioassay.pac}"/>
439    <copy file="${dist}/mergebioassay.jar" todir="${mergebioassay.pac}" />
440    <copy file="${doc}/gpl.txt" todir="${mergebioassay.pac}" />
441    <copy file="${mergebioassay.doc}/run" todir="${mergebioassay.pac}" />
442    <copy file="${mergebioassay.doc}/mergebioassay.base" todir="${mergebioassay.pac}" />
443    <zip destfile="mergebioassay.zip" basedir="${mergebioassay.pac}" />
444  </target>
445
446  <!-- =================================
447      target: smooth.package             
448     ================================= -->
449  <target name="smooth.package" depends="smooth.dist" description="--> Create a zip file containting all files necessary for distribution.">
450    <mkdir dir="${smooth.pac}"/>
451    <copy file="${dist}/smooth.jar" todir="${smooth.pac}" />
452    <copy file="${doc}/gpl.txt" todir="${smooth.pac}" />
453    <copy file="${smooth.doc}/run" todir="${smooth.pac}" />
454    <copy file="${smooth.doc}/smooth.base" todir="${smooth.pac}" />
455    <zip destfile="smooth.zip" basedir="${smooth.pac}" />
456  </target> 
457 
458</project>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.