Changeset 1036


Ignore:
Timestamp:
Apr 8, 2009, 12:07:44 AM (12 years ago)
Author:
Jari Häkkinen
Message:

Fixes #197. Abort functionality implemented.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • plugins/base2/net.sf.basedb.normalizers/trunk/src/net/sf/basedb/plugins/qQuantileNormalization.java

    r1014 r1036  
    118118    if (debug_output) System.err.println("qQN: exportData()");
    119119    FileOutputStream os = new FileOutputStream(new File(getExecDirectory(),
    120                                                         subprocess_stdin));
     120                                                        data_before));
    121121    BioAssaySetExporter base=new BioAssaySetExporter();
    122122    try
     
    209209  {
    210210    if (debug_output) System.err.println("qQN: runBinary()");
    211     subprocess_stdin="in.data";
    212     subprocess_stdout="out.data";
    213211    reporterdata="reporter.data";
    214212    assaydata="assay.data";
    215213    exportData();
    216     String[] cmd = { "qQN", "--assay-data", assaydata };
     214    String[] cmd = { "qQN",
     215                     "--assay-data", assaydata,
     216                     "--in-data", data_before,
     217                     "--out-data", data_after };
    217218    execute(cmd);
    218219  }
     
    246247        new BufferedReader(new FileReader(getExecDirectory() +
    247248                                          java.io.File.separator +
    248                                           subprocess_stdout));
    249 
     249                                          data_after));
     250
     251      int line=0;
    250252      while ((inputline = input.readLine()) != null)
    251253      {
     
    256258          throw new BaseException("Data and result file size mismatch");
    257259        int position = Integer.parseInt(inputline);
     260        if (++line%5000 == 0) checkInterrupted();
    258261        for (int i=0; i<column.size(); ++i)
    259262        {
     
    275278    }
    276279  }
     280
     281  private String data_after="qQN_out.data";
     282  private String data_before="qQN_in.data";
    277283}
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.