Changeset 1732


Ignore:
Timestamp:
Nov 13, 2012, 4:15:41 PM (9 years ago)
Author:
olle
Message:

Fixes #426. First version of the consent count report generator added.

Location:
extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk
Files:
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/resources/index.jsp

    r1683 r1732  
    270270            <ul>
    271271            <li>Sample count report</li>
     272            <li>Consent count report</li>
    272273            </ul>
    273274          </dd>

  • extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/resources/samplereportgenerator.jsp

    r1730 r1732  
    6767      Main.show('sampleCountSection');
    6868    }
     69    else if (frm.reporttype[frm.reporttype.selectedIndex].value == 'consentcount')
     70    {
     71      Main.show('consentCountSection');
     72    }
    6973       
    7074    Main.show('gocreate');   
    … …  
    162166        reportTable = createSampleCountReport(report);
    163167      }
     168      else if ('consentcount' == reportType)
     169      {     
     170        reportTable = createConsentCountReport(report);
     171      }
    164172    }
    165173    else
    … …  
    177185    if (unknownSite == null) unknownSite = 0;
    178186    if (unknownCreation == null) unknownCreation = 0;
    179     summaryList.appendChild(getListElement(unknownSite + ' specimens registered to unknown sites.'));
    180     summaryList.appendChild(getListElement(unknownCreation + ' specimens without creation date. These are included in the \'Total\' column.'));
     187    if ('samplecount' == reportType)
     188    {     
     189      summaryList.appendChild(getListElement(unknownSite + ' specimens registered to unknown sites.'));
     190      summaryList.appendChild(getListElement(unknownCreation + ' specimens without creation date. These are included in the \'Total\' column.'));
     191    }
     192    else if ('consentcount' == reportType)
     193    {
     194      var numDuplicates = 0;
     195      if (report != null)
     196      {
     197        var statistics = report.statistics;
     198        numDuplicates = statistics.duplicateKey;
     199      }
     200      if (numDuplicates == null)
     201      {
     202        numDuplicates = 0;
     203      }
     204      summaryList.appendChild(getListElement(unknownSite + ' consents registered to unknown sites.'));
     205      summaryList.appendChild(getListElement(unknownCreation + ' consents without known date.'));
     206      summaryList.appendChild(getListElement(numDuplicates + ' duplicates ignored.'));
     207
     208      var patientsWithMultipleDates = statistics.patientsWithMultipleDatesKey;
     209      var counter = 0;
     210      for (var key in patientsWithMultipleDates)
     211      {
     212        counter++;
     213      }
     214      var patientsWithMultipleDatesText = counter + ' patients with multiple dates.';
     215      summaryList.appendChild(getListElement(patientsWithMultipleDatesText));
     216    }
    181217    cellElement.appendChild(summaryList);
     218    if ('consentcount' == reportType)
     219    {
     220      // Add table with patients with consents with multiple dates
     221      var multipleDatesTable = createConsentTablePatientsWithMultipleDates(report);
     222      cellElement.appendChild(multipleDatesTable);
     223    }
    182224    Main.show('gorestart');   
    183225  }
    … …  
    354396    {
    355397      key = sortedKeyArray[arrayIndex];
    356       var data = getJsonData(sitesCombined, key);
     398      var data = getJSONData(sitesCombined, key);
    357399      // Add entry with sample sum for site for selected time period
    358400      sitesCombinedRow.appendChild(getTableCellElement(data,'colsummary'));
    … …  
    371413  }
    372414 
    373   function getJsonData(jsonObject, key)
     415  function createConsentCountReport(report)
     416  {
     417    var reportTable = getReportTable();
     418/*
     419    var sdString = report.beginDate;
     420    var edString = report.endDate;
     421    var psdString = report.periodBeginDate;
     422    var ldString = report.latestDate;
     423    var startDate = new Date();
     424    startDate.setYear(sdString.substr(0,4));
     425    startDate.setMonth(sdString.substr(4,2)-1);
     426    startDate.setDate(sdString.substr(6));
     427    var endDate = new Date();
     428    endDate.setYear(edString.substr(0,4));
     429    endDate.setMonth(edString.substr(4,2)-1);
     430    endDate.setDate(edString.substr(6));
     431    var periodStartDate = new Date();
     432    periodStartDate.setYear(psdString.substr(0,4));
     433    periodStartDate.setMonth(psdString.substr(4,2)-1);
     434    periodStartDate.setDate(psdString.substr(6));
     435    var latestDate;
     436    if (ldString != null)
     437    {
     438      latestDate = new Date();
     439      latestDate.setYear(ldString.substr(0,4));
     440      latestDate.setMonth(ldString.substr(4,2)-1);
     441      latestDate.setDate(ldString.substr(6));
     442    }   
     443   
     444    var viewType = report.viewType;
     445*/ 
     446 
     447    var headerRow = document.createElement('tr');   
     448    var subHeaderRow = document.createElement('tr');
     449    var columnHeaderRow = document.createElement('tr');
     450   
     451    var numCols = 8;
     452    var numDecimals = 0;
     453    var headerText = '# Consent forms of different types for cases and blood samples';
     454    headerRow.appendChild(getTableCellElement(headerText, 'reportheader', (numCols+3)));
     455   
     456    // Subheader   
     457    subHeaderRow.appendChild(getTableCellElement('', 'reportsubheader'));
     458    subHeaderRow.appendChild(getTableCellElement('', 'reportsubheader'));
     459   
     460    //subHeaderRow.appendChild(getTableCellElement('Yes', 'reportsubheader'));
     461    subHeaderRow.appendChild(getTableCellElement('Yes', 'reportsubheader'));
     462    subHeaderRow.appendChild(getTableCellElement('Yes', 'reportsubheader'));
     463    subHeaderRow.appendChild(getTableCellElement('Yes', 'reportsubheader'));
     464    subHeaderRow.appendChild(getTableCellElement('No', 'reportsubheader'));
     465    subHeaderRow.appendChild(getTableCellElement('No', 'reportsubheader'));
     466    subHeaderRow.appendChild(getTableCellElement('Not asked', 'reportsubheader'));
     467    subHeaderRow.appendChild(getTableCellElement('Not asked', 'reportsubheader'));
     468    //subHeaderRow.appendChild(getTableCellElement('Other', 'reportsubheader'));
     469    subHeaderRow.appendChild(getTableCellElement('Missing', 'reportsubheader'));
     470    subHeaderRow.appendChild(getTableCellElement('', 'reportsubheader'));
     471    //subHeaderRow.appendChild(getTableCellElement('', 'reportsubheader'));
     472
     473    // Columnsheader   
     474    var siteHeader = getTableCellElement('Site', 'reportsubheader');     
     475    var startDateHeader = getTableCellElement('Start date','reportsubheader');
     476    columnHeaderRow.appendChild(siteHeader);
     477    columnHeaderRow.appendChild(startDateHeader);
     478   
     479    //columnHeaderRow.appendChild(getTableCellElement('Yes', 'reportsubheader'));
     480    columnHeaderRow.appendChild(getTableCellElement('date, PAT#', 'reportsubheader'));
     481    columnHeaderRow.appendChild(getTableCellElement('date, no PAT#', 'reportsubheader'));
     482    columnHeaderRow.appendChild(getTableCellElement('no date', 'reportsubheader'));
     483    columnHeaderRow.appendChild(getTableCellElement('date', 'reportsubheader'));
     484    columnHeaderRow.appendChild(getTableCellElement('no date', 'reportsubheader'));
     485    columnHeaderRow.appendChild(getTableCellElement('date', 'reportsubheader'));
     486    columnHeaderRow.appendChild(getTableCellElement('no date', 'reportsubheader'));
     487    //columnHeaderRow.appendChild(getTableCellElement('', 'reportsubheader'));
     488    columnHeaderRow.appendChild(getTableCellElement('', 'reportsubheader'));
     489    columnHeaderRow.appendChild(getTableCellElement('Sum', 'reportsubheader'));
     490    //columnHeaderRow.appendChild(getTableCellElement('Total', 'reportsubheader'));
     491
     492    // Build table     
     493    reportTable.appendChild(headerRow);
     494    reportTable.appendChild(subHeaderRow);
     495    reportTable.appendChild(columnHeaderRow);
     496         
     497    // Data rows     
     498    addDataRowsToConsentTable(report, reportTable);
     499     
     500    // Add a row with the combined numbers for all sites for each period
     501    var sitesCombinedRow = document.createElement('tr');
     502    sitesCombinedRow.appendChild(getTableCellElement('Sites combined', 'colsummary'));
     503    sitesCombinedRow.appendChild(getTableCellElement('', 'colsummary'));
     504    // Get combined numbers for all sites for each period
     505    var sumKey = 'sumKey';
     506    var statistics = report.statistics;
     507    var sitesCombined = statistics.sitesCombinedKey;
     508    if (sitesCombined != null)
     509    {
     510      //data = getJSONDataRightPadded(sitesCombined, 'yes', sumKey, numDecimals);
     511      //sitesCombinedRow.appendChild(getTableCellElement(data, 'colsummary'));
     512      data = getJSONDataWithPercent(sitesCombined, 'yesPatient', sumKey, numDecimals);
     513      sitesCombinedRow.appendChild(getTableCellElement(data, 'colsummary'));
     514      data = getJSONDataWithPercent(sitesCombined, 'yesNoPatient', sumKey, numDecimals);
     515      sitesCombinedRow.appendChild(getTableCellElement(data, 'colsummary'));
     516      data = getJSONDataWithPercent(sitesCombined, 'yesNoDate', sumKey, numDecimals);
     517      sitesCombinedRow.appendChild(getTableCellElement(data, 'colsummary'));
     518      data = getJSONDataWithPercent(sitesCombined, 'no', sumKey, numDecimals);
     519      sitesCombinedRow.appendChild(getTableCellElement(data, 'colsummary'));
     520      data = getJSONDataWithPercent(sitesCombined, 'noNoDate', sumKey, numDecimals);
     521      sitesCombinedRow.appendChild(getTableCellElement(data, 'colsummary'));
     522      data = getJSONDataWithPercent(sitesCombined, 'notAsked', sumKey, numDecimals);
     523      sitesCombinedRow.appendChild(getTableCellElement(data, 'colsummary'));
     524      data = getJSONDataWithPercent(sitesCombined, 'notAskedNoDate', sumKey, numDecimals);
     525      sitesCombinedRow.appendChild(getTableCellElement(data, 'colsummary'));
     526      //data = getJSONDataWithPercent(sitesCombined, 'other', sumKey, numDecimals);
     527      //sitesCombinedRow.appendChild(getTableCellElement(data, 'colsummary'));
     528      data = getJSONDataWithPercent(sitesCombined, 'missing', sumKey, numDecimals);
     529      sitesCombinedRow.appendChild(getTableCellElement(data, 'colsummary'));
     530    }
     531    // Add entry with total number of consents with chosen restrictions
     532    data = getJSONData(sitesCombined, sumKey);
     533    sitesCombinedRow.appendChild(getTableCellElement(data, 'colsummary'));
     534/*
     535    // Add entry with total number of consents, regardless of restrictions
     536    data = getJSONData(sitesCombined, totalKey);
     537    sitesCombinedRow.appendChild(getTableCellElement(data, 'colsummary'));
     538*/
     539    reportTable.appendChild(sitesCombinedRow); 
     540
     541    return reportTable;
     542  }
     543 
     544  function createConsentTablePatientsWithMultipleDates(report)
     545  {
     546    var multipleDatesTable = getReportTable();
     547    var headerRow = document.createElement('tr');   
     548    var columnHeaderRow = document.createElement('tr');
     549   
     550    // Table header
     551    var numCols = 3;
     552    var headerText = 'Consent forms with multiple dates for same patient';
     553    headerRow.appendChild(getTableCellElement(headerText, 'reportheader', numCols));
     554   
     555    // Columnsheader
     556    columnHeaderRow.appendChild(getTableCellElement('Patient ID', 'reportsubheader'));
     557    columnHeaderRow.appendChild(getTableCellElement('Date 1', 'reportsubheader'));
     558    columnHeaderRow.appendChild(getTableCellElement('Date 2', 'reportsubheader'));
     559
     560    // Build table     
     561    multipleDatesTable.appendChild(headerRow);
     562    multipleDatesTable.appendChild(columnHeaderRow);
     563         
     564    // Data rows
     565    if (report != null)
     566    {
     567      var statistics = report.statistics;
     568      var sessionId = statistics.sessionIdKey;
     569      var patientsWithMultipleDates = statistics.patientsWithMultipleDatesKey;
     570      var patientnamePatientid = statistics.patientnamePatientidKey;
     571      for (var patientName in patientsWithMultipleDates)
     572      {
     573        var tableRow = document.createElement('tr');
     574        // Add patient name to table
     575        var patientIdStr = patientnamePatientid[patientName];
     576        var columnCell = document.createElement('td');
     577        var patientLinkStr = createLinkStr(patientName, patientIdStr, 'BIOSOURCE', 'View this sample', sessionId);
     578        var tableCol = createTableCellElementHtml(patientLinkStr, 'reportdata');
     579        tableRow.appendChild(tableCol);
     580        // Add dates to table in chronological order
     581        var dateSet = patientsWithMultipleDates[patientName];
     582        var dateStr1 = '';
     583        var dateStr2 = '';
     584        for (var key in dateSet)
     585        {
     586          var dateStr = dateSet[key];
     587          if (dateStr1 == '')
     588          {
     589            dateStr1 = dateStr;
     590          }
     591          else if (dateStr > dateStr1)
     592          {
     593            dateStr2 = dateStr;
     594          }
     595          else
     596          {
     597            dateStr2 = dateStr1;
     598            dateStr1 = dateStr;
     599          }
     600        }
     601        var dateCol = '';
     602        dateCol = getTableCellElement(dateStr1, 'reportdata');
     603        tableRow.appendChild(dateCol);
     604        dateCol = getTableCellElement(dateStr2, 'reportdata');
     605        tableRow.appendChild(dateCol);
     606        multipleDatesTable.appendChild(tableRow);
     607      }
     608    }
     609
     610    return multipleDatesTable;
     611  }
     612 
     613  function addDataRowsToConsentTable(report, reportTable, numDecimals)
     614  {
     615    var sites = report.sites;   
     616    var statistics = report.statistics;
     617    unknownCreation = statistics.noDate;
     618    unknownSite = statistics.unknownSite;
     619    for (namePrefix in sites)
     620    {
     621      if (!sites.hasOwnProperty(namePrefix)) continue;       
     622      var site = sites[namePrefix];
     623      var siteName = site.name;       
     624      var year = site.startDate.substr(0,4);
     625      var month = site.startDate.substr(5,2);
     626      var date = site.startDate.substr(8,2);     
     627      var siteStartDate = new Date(year, month-1, date);
     628     
     629      var siteData = statistics[namePrefix];     
     630      var tableRow = document.createElement('tr');
     631      var tableCol = getTableCellElement(siteName, 'rowtitle');
     632      tableRow.appendChild(tableCol);
     633      tableRow.appendChild(getTableCellElement(year+'-'+(month)+'-'+date, 'reportdata'));
     634      //var currentDate = new Date(periodStartDate.getFullYear(), periodStartDate.getMonth(), periodStartDate.getDate());     
     635      var sumKey = 'sumKey';
     636      if (siteData != null)
     637      {
     638        //data = getJSONDataWithPercent(siteData, 'yes', sumKey, numDecimals);
     639        //tableRow.appendChild(getTableCellElement(data, 'reportdata'));
     640        data = getJSONDataWithPercent(siteData, 'yesPatient', sumKey, numDecimals);
     641        tableRow.appendChild(getTableCellElement(data, 'reportdata'));
     642        data = getJSONDataWithPercent(siteData, 'yesNoPatient', sumKey, numDecimals);
     643        tableRow.appendChild(getTableCellElement(data, 'reportdata'));
     644        data = getJSONDataWithPercent(siteData, 'yesNoDate', sumKey, numDecimals);
     645        tableRow.appendChild(getTableCellElement(data, 'reportdata'));
     646        data = getJSONDataWithPercent(siteData, 'no', sumKey, numDecimals);
     647        tableRow.appendChild(getTableCellElement(data, 'reportdata'));
     648        data = getJSONDataWithPercent(siteData, 'noNoDate', sumKey, numDecimals);
     649        tableRow.appendChild(getTableCellElement(data, 'reportdata'));
     650        data = getJSONDataWithPercent(siteData, 'notAsked', sumKey, numDecimals);
     651        tableRow.appendChild(getTableCellElement(data, 'reportdata'));
     652        data = getJSONDataWithPercent(siteData, 'notAskedNoDate', sumKey, numDecimals);
     653        tableRow.appendChild(getTableCellElement(data, 'reportdata'));
     654        //data = getJSONDataWithPercent(siteData, 'other', sumKey, numDecimals);
     655        //tableRow.appendChild(getTableCellElement(data, 'reportdata'));
     656        data = getJSONDataWithPercent(siteData, 'missing', sumKey, numDecimals);
     657        tableRow.appendChild(getTableCellElement(data, 'reportdata'));
     658        // Add column with summed values for site
     659        var siteSum = 0;
     660        if (siteData != null)
     661        {
     662          if (siteData[sumKey] != null)
     663          {
     664            siteSum = siteData[sumKey];
     665          }
     666        }
     667        tableRow.appendChild(getTableCellElement(siteSum, 'rowsummary'));
     668      }
     669/*
     670      // Add column with total number of samples for site, regardless of creation date
     671      var siteTotal = 0;
     672      if (siteData != null)
     673      {
     674        var totalKey = 'totalKey';
     675        if (siteData[totalKey] != null)
     676        {
     677          siteTotal = siteData[totalKey];
     678        }
     679      }
     680      tableRow.appendChild(getTableCellElement(siteTotal, 'rowsummary'));
     681*/
     682      reportTable.appendChild(tableRow);
     683    }
     684  }
     685
     686  function createLinkStr(linkName, idStr, itemTypeStr, titleStr, sessionId)
     687  {
     688    var linkStr = '<span class="link" onclick="Main.itemOnClick(event, \'' + sessionId + '\', \'' + itemTypeStr + '\', ' + idStr + ', false)" title="' + titleStr + '">' + linkName + '</span>';
     689    return linkStr;
     690  }
     691
     692  function createTableCellElementHtml(html, clazz, colspan, rowspan)
     693  {
     694    var htmlStr = new String(html);
     695    var cellElement = document.createElement('td');
     696    cellElement.innerHTML = htmlStr;
     697    cellElement.setAttribute('class', clazz);
     698    if (colspan != null) cellElement.setAttribute('colspan', colspan);
     699    if (rowspan != null) cellElement.setAttribute('rowspan', rowspan);
     700   
     701    return cellElement;
     702  }
     703 
     704  function getJSONDataWithPercent(jsonObject, key, sumKey, numDecimals)
     705  {
     706    var dataNum = getJSONData(jsonObject, key);
     707    var dataSum = getJSONData(jsonObject, sumKey);
     708    var dataPct = '0';
     709    if (dataSum != null || dataSum != 0)
     710    {
     711      dataPct = 100*dataNum/dataSum;
     712      dataPct = dataPct.toFixed(numDecimals);
     713    }
     714    var data = dataNum + ' (' + dataPct + '%)';
     715    return data;
     716  }
     717
     718  function getJSONData(jsonObject, key)
    374719  {
    375720    var data = '';
    … …  
    387732    return data;
    388733  }
    389  
     734
    390735  function addQuarterColumnHeaders(columnHeaderRow, startDate)
    391736  {
    … …  
    7931138            <td class="input">
    7941139              <select name="reporttype">
    795                 <option value="samplecount">Sample count report</option>
     1140                <option value="samplecount" selected="yes">Sample count report</option>
     1141                <option value="consentcount">Consent count report</option>
    7961142              </select>
    7971143            </td>
    … …  
    8591205      </div>
    8601206     
     1207      <div id="consentCountSection" style="display:none;">
     1208        <p></p>
     1209        <!-- 2. Report parameters-->
     1210        <table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0" class="stepform">
     1211        <tr>
     1212          <td rowspan="3" class="stepno">2</td>
     1213          <td class="steptitle">Report parameters</td>
     1214        </tr>
     1215        <tr>
     1216          <td class="stepfields">
     1217            <table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0" width="100%">           
     1218            <tr>
     1219              <td valign="top" class="prompt">No report parameters</td>
     1220              <td valign="top" class="input">
     1221              </td>
     1222              <td valign="top" class="status" id="displayInterval.status"></td>
     1223              <td class="help">
     1224                <span id="displayInterval.message" class="message" style="display: none;"></span>
     1225                Consent report will be generated irrespective of date for consent.<br>
     1226              </td>
     1227            </tr>
     1228            </table>
     1229          </td>
     1230        </tr>
     1231        </table>
     1232      </div>
     1233     
    8611234      <div id="reportSection" style="display:none;">
    8621235        <p></p>

  • extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/src/net/sf/basedb/reggie/servlet/SampleReportServlet.java

    r1731 r1732  
    66import java.util.Date;
    77import java.util.GregorianCalendar;
     8import java.util.HashMap;
    89import java.util.ArrayList;
    910import java.util.List;
     11import java.util.HashSet;
     12import java.util.Set;
    1013
    1114import javax.servlet.ServletException;
    … …  
    1518
    1619import net.sf.basedb.core.Application;
     20import net.sf.basedb.core.BioMaterial;
    1721import net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent;
    1822import net.sf.basedb.core.DbControl;
    … …  
    2327import net.sf.basedb.core.query.Hql;
    2428import net.sf.basedb.core.query.Orders;
     29import net.sf.basedb.core.query.Restrictions;
     30import net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager;
    2531import net.sf.basedb.reggie.Reggie;
    2632import net.sf.basedb.reggie.Site;
    2733import net.sf.basedb.reggie.converter.DateToStringConverter;
     34import net.sf.basedb.reggie.dao.Annotationtype;
    2835import net.sf.basedb.reggie.dao.Subtype;
    2936import net.sf.basedb.util.Values;
    … …  
    107114        json = createSampleCountReport(dc, json, startDate, endDate, viewType);
    108115      }
     116      else if ("consentcount".equals(cmd))
     117      {       
     118        json = createConsentCountReport(dc, json);
     119      }
    109120    }
    110121    catch (Throwable t)
    … …  
    158169  }
    159170   
     171  private JSONObject createConsentCountReport(DbControl dc, JSONObject json)
     172      throws ServletException, IOException
     173  {
     174    JSONObject jsonReport = new JSONObject();
     175    jsonReport.put("sites", getJSONSites());
     176   
     177    ItemQuery<Sample> sampleQuery = Sample.getQuery();
     178    sampleQuery.joinPermanent(Hql.innerJoin(null, "creationEvent", "ce", true));
     179    // ...only include 'Case' or 'Blood' items
     180    sampleQuery.restrict(
     181      Restrictions.or(
     182        Subtype.CASE.restriction(dc, null),
     183        Subtype.BLOOD.restriction(dc, null)
     184      ));
     185    sampleQuery.setIncludes(Reggie.INCLUDE_IN_CURRENT_PROJECT);
     186    sampleQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
     187    sampleQuery.order(Orders.asc(Hql.property("ce", "eventDate")));
     188    sampleQuery.setCacheResult(true);
     189    //List<Sample> samples = sampleQuery.list(dc);
     190    ItemResultIterator<Sample> sampleIterator = sampleQuery.iterate(dc);       
     191    // Use stored annotation snapshots for performance reasons
     192    SnapshotManager manager = new SnapshotManager();       
     193                   
     194    JSONObject jsonStatistics = new JSONObject();
     195    JSONObject jsonSitesCombined = new JSONObject();
     196    String yesKey = "yes";
     197    String noKey = "no";
     198    String noNoDateKey = "noNoDate";
     199    String notAskedKey = "notAsked";
     200    String notAskedNoDateKey = "notAskedNoDate";
     201    String yesPatientKey = "yesPatient";
     202    String yesNoPatientKey = "yesNoPatient";
     203    String yesNoDateKey = "yesNoDate";
     204    String otherKey = "other";
     205    String missingKey = "missing";
     206    String sitesCombinedKey = "sitesCombinedKey";
     207    String sumKey = "sumKey";
     208    String totalKey = "totalKey";
     209    String noDateKey = "noDate";
     210    String duplicateKey = "duplicateKey";
     211    jsonStatistics.put(sitesCombinedKey, jsonSitesCombined);
     212    // Initialize site data to 0 for the different keys
     213    jsonStatistics = initializeJSONSiteData(jsonStatistics, yesKey);
     214    jsonStatistics = initializeJSONSiteData(jsonStatistics, noKey);
     215    jsonStatistics = initializeJSONSiteData(jsonStatistics, noNoDateKey);
     216    jsonStatistics = initializeJSONSiteData(jsonStatistics, notAskedKey);
     217    jsonStatistics = initializeJSONSiteData(jsonStatistics, notAskedNoDateKey);
     218    jsonStatistics = initializeJSONSiteData(jsonStatistics, yesPatientKey);
     219    jsonStatistics = initializeJSONSiteData(jsonStatistics, yesNoPatientKey);
     220    jsonStatistics = initializeJSONSiteData(jsonStatistics, yesNoDateKey);
     221    jsonStatistics = initializeJSONSiteData(jsonStatistics, otherKey);
     222    jsonStatistics = initializeJSONSiteData(jsonStatistics, missingKey);
     223    //jsonStatistics = initializeJSONSiteData(jsonStatistics, sumKey);
     224    //jsonStatistics = initializeJSONSiteData(jsonStatistics, totalKey);
     225    // Initialize combined data to 0 for the different keys
     226    jsonSitesCombined.put(yesKey, 0);
     227    jsonSitesCombined.put(noKey, 0);
     228    jsonSitesCombined.put(noNoDateKey, 0);
     229    jsonSitesCombined.put(notAskedKey, 0);
     230    jsonSitesCombined.put(notAskedNoDateKey, 0);
     231    jsonSitesCombined.put(yesPatientKey, 0);
     232    jsonSitesCombined.put(yesNoPatientKey, 0);
     233    jsonSitesCombined.put(yesNoDateKey, 0);
     234    jsonSitesCombined.put(otherKey, 0);
     235    jsonSitesCombined.put(missingKey, 0);
     236    jsonSitesCombined.put(sumKey, 0);
     237    jsonSitesCombined.put(totalKey, 0);
     238    // Initialize other data to 0 for different keys
     239    jsonStatistics.put(noDateKey, 0);
     240    jsonStatistics.put(duplicateKey, 0);
     241    // Create HashMap to keep track of processed dates for each patient
     242    HashMap<String, Set<Date>>patientDateSetHashMap = new HashMap<String, Set<Date>>();
     243    JSONObject jsonPatientnamePatientid = new JSONObject();
     244    while (sampleIterator.hasNext())
     245    {
     246      Sample s = sampleIterator.next();
     247      BioMaterialEvent creationEvent = s.getCreationEvent();
     248      Date creationDate = creationEvent.getEventDate();
     249             
     250      Site site = Site.findByCaseName(s.getName());
     251      if (site == Site.UNKNOWN)
     252      {
     253        String key = "unknownSite";
     254        jsonStatistics = updateJSONObjectCounter(jsonStatistics, key);
     255      }
     256      else
     257      {
     258        // Get site info           
     259        JSONObject jsonSite = (JSONObject)jsonStatistics.get(site.getPrefix());
     260        if (jsonSite == null)
     261        {
     262          jsonSite = new JSONObject();
     263          jsonStatistics.put(site.getPrefix(), jsonSite);
     264        }
     265
     266        String consent = (String) Annotationtype.CONSENT.getAnnotationValue(dc, manager, s);
     267        // Get consent date
     268        Date consentDate = (Date) Annotationtype.CONSENT_DATE.getAnnotationValue(dc, manager, s);
     269        String key = missingKey;
     270        Boolean duplicate = false;
     271        if (consent != null)
     272        {
     273          if (consent.equals("Yes"))
     274          {
     275            key = yesKey;
     276            // Check if a consent already exists for the same patient and date
     277            if (consentDate != null)
     278            {
     279              // The parent is the 'Patient'
     280              BioMaterial patient = s.getParent();
     281              if (patient != null)
     282              {
     283                // Store patient ID value
     284                jsonPatientnamePatientid = updateJSONItemnameItemid(jsonPatientnamePatientid, patient);
     285                key = yesPatientKey;
     286                String patientName = patient.getName();
     287                if (inStringDateSetHashMap(patientDateSetHashMap, patientName, consentDate))
     288                {
     289                  duplicate = true;
     290                }
     291                else
     292                {
     293                  patientDateSetHashMap = updateStringDateSetHashMap(patientDateSetHashMap, patientName, consentDate);
     294                }
     295              }
     296              else
     297              {
     298                key = yesNoPatientKey;
     299              }
     300            }
     301            else
     302            {
     303              key = yesNoDateKey;
     304            }
     305          }
     306          else if (consent.equals("No"))
     307          {
     308            key = noKey;
     309            // Check if consent date exists
     310            if (consentDate == null)
     311            {
     312              key = noNoDateKey;
     313            }
     314          }
     315          else if (consent.equals("Not asked"))
     316          {
     317            key = notAskedKey;
     318            // Check if consent date exists
     319            if (consentDate == null)
     320            {
     321              key = notAskedNoDateKey;
     322            }
     323          }
     324          else
     325          {
     326            key = otherKey;
     327          }
     328        }
     329        // Note that items with duplicate == false include missing consent items
     330        if (!duplicate)
     331        {
     332          // Update consent counters
     333          jsonSite = updateJSONObjectCounter(jsonSite, key);
     334          jsonSite = updateJSONObjectCounter(jsonSite, sumKey);
     335          jsonSitesCombined = updateJSONObjectCounter(jsonSitesCombined, key);
     336          jsonSitesCombined = updateJSONObjectCounter(jsonSitesCombined, sumKey);
     337          if (consentDate == null)
     338          {
     339            jsonStatistics = updateJSONObjectCounter(jsonStatistics, noDateKey);
     340          }
     341        }
     342        else
     343        {
     344          jsonStatistics = updateJSONObjectCounter(jsonStatistics, duplicateKey);
     345        }
     346      }
     347    }
     348    // Create JSONObject (patient, dates) for patients with multiple dates
     349    JSONObject jsonPatientsWithMultipleDates = createJSONPatientsWithMultipleDates(patientDateSetHashMap);
     350    String patientsWithMultipleDatesKey = "patientsWithMultipleDatesKey";
     351    jsonStatistics.put(patientsWithMultipleDatesKey, jsonPatientsWithMultipleDates);
     352    String patientnamePatientidKey = "patientnamePatientidKey";
     353    jsonStatistics.put(patientnamePatientidKey, jsonPatientnamePatientid);
     354    String sessionIdKey = "sessionIdKey";
     355    jsonStatistics.put(sessionIdKey, dc.getSessionControl().getId());
     356    //
     357    jsonReport.put("statistics", jsonStatistics);       
     358    json.put("report", jsonReport);
     359    return json;
     360  }
     361
     362  private Boolean inStringDateSetHashMap(HashMap<String, Set<Date>> stringDateSetHashMap, String string, Date date)
     363  {
     364    Boolean inHashMap = false;
     365    if (stringDateSetHashMap != null && string != null && !string.equals("") && date != null)
     366    {
     367      Set<Date> dateSet = stringDateSetHashMap.get(string);
     368      if (dateSet != null)
     369      {
     370        for (Date d: dateSet)
     371        {
     372          if (date.equals(d))
     373          {
     374            inHashMap = true;
     375            break;
     376          }
     377        }
     378      }
     379    }
     380    return inHashMap;
     381  }
     382
     383  private JSONObject updateJSONItemnameItemid(JSONObject jsonObject, BioMaterial item)
     384  {
     385    // Increase the counter for current key for the site
     386    if (jsonObject == null)
     387    {
     388      jsonObject = new JSONObject();
     389    }
     390    if (item != null)
     391    {
     392      int itemId = item.getId();
     393      String itemIdStr = Integer.toString(itemId);
     394      jsonObject.put(item.getName(), itemIdStr);
     395    }
     396    return jsonObject;
     397  }
     398
     399  private HashMap<String, Set<Date>> updateStringDateSetHashMap(HashMap<String, Set<Date>> stringDateSetHashMap, String string, Date date)
     400  {
     401    if (stringDateSetHashMap == null)
     402    {
     403      stringDateSetHashMap = new HashMap<String, Set<Date>>();
     404    }
     405    if (string != null && !string.equals("") && date != null)
     406    {
     407      Set<Date> dateSet = stringDateSetHashMap.get(string);
     408      Boolean dateInSet = false;
     409      if (dateSet != null)
     410      {
     411        for (Date d: dateSet)
     412        {
     413          if (date.equals(d))
     414          {
     415            dateInSet = true;
     416            break;
     417          }
     418        }
     419      }
     420      if (!dateInSet)
     421      {
     422        if (dateSet == null)
     423        {
     424          dateSet = new HashSet<Date>();
     425        }
     426        dateSet.add(date);
     427        stringDateSetHashMap.put(string,  dateSet);
     428      }
     429    }
     430    return stringDateSetHashMap;
     431  }
     432
     433  private int numDatesInStringDateSetHashMap(HashMap<String, Set<Date>> stringDateSetHashMap)
     434  {
     435    int numDates = 0;
     436    if (stringDateSetHashMap != null)
     437    {
     438      Set<String> stringSet = stringDateSetHashMap.keySet();
     439      if (stringSet != null)
     440      {
     441        for (String string: stringSet)
     442        {
     443          Set<Date> dateSet = stringDateSetHashMap.get(string);
     444          if (dateSet != null)
     445          {
     446            numDates += dateSet.size();
     447          }
     448        }
     449      }
     450    }
     451    return numDates;
     452  }
     453
     454  private Set<String> keysWithMultipleDates(HashMap<String, Set<Date>> stringDateSetHashMap)
     455  {
     456    Set<String> keysWithMultipleDatesSet = new HashSet<String>();
     457    if (stringDateSetHashMap != null)
     458    {
     459      Set<String> stringSet = stringDateSetHashMap.keySet();
     460      if (stringSet != null)
     461      {
     462        for (String string: stringSet)
     463        {
     464          Set<Date> dateSet = stringDateSetHashMap.get(string);
     465          if (dateSet != null && dateSet.size() > 1)
     466          {
     467            keysWithMultipleDatesSet.add(string);
     468          }
     469        }
     470      }
     471    }
     472    return keysWithMultipleDatesSet;
     473  }
     474
     475  private JSONObject createJSONPatientsWithMultipleDates(HashMap<String, Set<Date>> stringDateSetHashMap)
     476  {
     477    JSONObject jsonPatientsWithMultipleDates = new JSONObject();
     478    if (stringDateSetHashMap != null)
     479    {
     480      Set<String> patientNameSet = stringDateSetHashMap.keySet();
     481      if (patientNameSet != null)
     482      {
     483        for (String patient: patientNameSet)
     484        {
     485          Set<Date> dateSet = stringDateSetHashMap.get(patient);
     486          if (dateSet != null && dateSet.size() > 1)
     487          {
     488            // More than one date
     489            JSONObject jsonMultipleDates = new JSONObject();
     490            int dateCounter = 0;
     491            for (Date date: dateSet)
     492            {
     493              if (date != null)
     494              {
     495                DateToStringConverter converter = new DateToStringConverter(new SimpleDateFormat("yyyy-MM-dd"));
     496                String dateStr = converter.convert(date);
     497                jsonMultipleDates.put(dateCounter, dateStr);
     498                dateCounter++;
     499              }
     500            }
     501            jsonPatientsWithMultipleDates.put(patient, jsonMultipleDates);
     502          }
     503        }
     504      }
     505    }
     506    return jsonPatientsWithMultipleDates;
     507  }
     508
    160509  private JSONObject createJSONStatistics(ItemResultIterator<Sample> sampleIterator, Date startDate, Date endDate, String viewType)
    161510    throws ServletException, IOException
    … …  
    239588  private JSONObject updateJSONObjectCounter(JSONObject jsonObject, String key)
    240589  {
    241    
    242590    // Increase the counter for current key for the site
    243591    Integer counter = (Integer)jsonObject.get(key);
    … …  
    249597    jsonObject.put(key, counter);
    250598    return jsonObject;
     599  }
     600
     601  private JSONObject initializeJSONSiteData(JSONObject jsonSiteContainerObject, String key)
     602  {
     603    if (jsonSiteContainerObject == null)
     604    {
     605      jsonSiteContainerObject = new JSONObject();
     606    }
     607    for (Site site: Site.getAllSites())
     608    {
     609      // Get JSON site object
     610      JSONObject jsonSite = (JSONObject)jsonSiteContainerObject.get(site.getPrefix());
     611      if (jsonSite == null)
     612      {
     613        jsonSite = new JSONObject();
     614        jsonSiteContainerObject.put(site.getPrefix(), jsonSite);
     615      }
     616      // Set site date for key to 0
     617      jsonSite.put(key, 0);
     618    }
     619    return jsonSiteContainerObject;
    251620  }
    252621
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.