Changeset 1815


Ignore:
Timestamp:
Jan 31, 2013, 9:48:19 AM (10 years ago)
Author:
Nicklas Nordborg
Message:

References #422 and #423. Rearranged the Reggie main page since it was becoming a bit unbalanced. Moved all lab-related wizards to the left column and all administrative wizards to the right column. Added a new section for pooling and flow-cell related wizards and changed the icon for the barcoding and library preparation wizards.

Location:
extensions/net.sf.basedb.reggie/branches/ticket-422/resources
Files:
1 added
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • extensions/net.sf.basedb.reggie/branches/ticket-422/resources/index.jsp

    r1804 r1815  
    109109    <div class="absolutefull" style="width: 50%;">
    110110      <div class="absolutefull" style="left: 1em; right: 0.5em; ">
    111        
    112         <%
    113         if (isAdmin)
    114         {
    115           %>
    116           <h3>Server administrator wizards</h3>
    117           <dl class="leftborder rightborder bottomborder">
    118           <dt>
    119             <base:icon image="<%=home + "/images/install.png" %>" />
    120             <a href="install.jsp?ID=<%=ID%>">Installation wizard</a>
    121           </dt>
    122           <dd>
    123             <ul>
    124             <li>Check that annotation types and other items used by Reggie exists in BASE.
    125             <li>Create missing items.
    126             </ul>
    127           </dd>
    128           </dl>
    129           <%
    130         }
    131         if (isPatientCurator || isAdmin)
    132         {
    133           %>
    134           <h3>Personal information wizards</h3>
    135           <dl class="leftborder rightborder bottomborder">
    136           <dt>
    137             <base:icon image="<%=home + "/images/personal.png" %>"/>
    138             <a href="persinfo.jsp?ID=<%=ID%>">Pathology referral form registration</a>
    139           </dt>
    140           <dd>
    141             <ul>
    142             <li>Register new cases and patients.
    143             <li>Update existing cases and specimen tubes.
    144             </ul>
    145           </dd>
    146          
    147           <dt>
    148             <base:icon image="<%=home + "/images/blood.png" %>"/>
    149             <a href="bloodform.jsp?ID=<%=ID%>">Blood referral form registration</a>
    150           </dt>
    151           <dd>
    152             <ul>
    153             <li>Register new blood referral forms and patients.
    154             <li>Update information for existing blood referral forms.
    155             </ul>
    156           </dd>
    157          
    158           <dt>
    159             <base:icon image="<%=home+"/images/consent.png" %>"/>
    160             <a href="consentform.jsp?ID=<%=ID%>">Consent form registration</a>
    161           </dt>
    162           <dd>
    163             <ul>
    164             <li>Register consent forms.
    165             </ul>
    166           </dd>
    167          
    168           <dt>
    169             <base:icon image="<%=home+"/images/export_import.png" %>" />
    170             Export/import information to/from external registers.
    171           </dt>
    172           <dd>
    173             <ul>
    174             <li><a href="export_monthly_oplist.jsp?ID=<%=ID%>">Export monthly operation list</a>
    175             </ul>
    176           </dd>
    177           </dl>
    178           <%
    179         }
    180         %>
    181        
    182         <h3>Laboratory wizards</h3>
     111     
     112        <h3>Sample processing wizards</h3>
    183113        <dl class="leftborder rightborder bottomborder">
    184114        <%
     
    255185        }
    256186        %>       
    257         </dl>
    258       </div>
    259     </div>
    260    
    261     <div class="absolutefull" style="width: 50%; left: auto;">
    262       <div class="absolutefull" style="left: 0.5em; right: 1em;">
    263         <h3>Reggie reports</h3>
    264         <dl class="leftborder rightborder bottomborder">
    265           <dt>
    266             <base:icon image="<%=home+"/images/report.png" %>" />
    267             <a href="samplereportgenerator.jsp?ID=<%=ID%>">Report generator</a>
    268           </dt>       
    269           <dd>       
    270             <ul>
    271             <li>Sample count report</li>
    272             <li>Consent count report</li>
    273             <li>Patient count report</li>
    274             <li>Overview report</li>
    275             <li>Missing sample data report</li>
    276             </ul>
    277           </dd>
    278187        </dl>
    279188     
     
    299208         
    300209          <dt>
    301             <base:icon image="<%=home+"/images/flowcell.png" %>" />
     210            <base:icon image="<%=home+"/images/libprep.png" %>" />
    302211            Library preparation wizards
    303212          </dt>
     
    309218            </ul>
    310219          </dd>
     220          <dt>
     221            <base:icon image="<%=home+"/images/flowcell.png" %>" />
     222            Pooling and clustering wizards
     223          </dt>
     224          <dd>
     225            <ul>
     226            <li><a href="libprep/pool_registration.jsp?ID=<%=ID%>">Register pooled libraries</a>
     227            <li><a href="libprep/flowcell_registration.jsp?ID=<%=ID%>">Register flow cells</a>
     228            </ul>
     229          </dd>
    311230          <%
    312231        }
    313232        %>
    314233        </dl>
    315      
     234      </div>
     235    </div>
     236   
     237    <div class="absolutefull" style="width: 50%; left: auto;">
     238      <div class="absolutefull" style="left: 0.5em; right: 1em;">
     239        <%
     240        if (isAdmin)
     241        {
     242          %>
     243          <h3>Server administrator wizards</h3>
     244          <dl class="leftborder rightborder bottomborder">
     245          <dt>
     246            <base:icon image="<%=home + "/images/install.png" %>" />
     247            <a href="install.jsp?ID=<%=ID%>">Installation wizard</a>
     248          </dt>
     249          <dd>
     250            <ul>
     251            <li>Check that annotation types and other items used by Reggie exists in BASE.
     252            <li>Create missing items.
     253            </ul>
     254          </dd>
     255          </dl>
     256          <%
     257        }
     258        if (isPatientCurator || isAdmin)
     259        {
     260          %>
     261          <h3>Personal information wizards</h3>
     262          <dl class="leftborder rightborder bottomborder">
     263          <dt>
     264            <base:icon image="<%=home + "/images/personal.png" %>"/>
     265            <a href="persinfo.jsp?ID=<%=ID%>">Pathology referral form registration</a>
     266          </dt>
     267          <dd>
     268            <ul>
     269            <li>Register new cases and patients.
     270            <li>Update existing cases and specimen tubes.
     271            </ul>
     272          </dd>
     273         
     274          <dt>
     275            <base:icon image="<%=home + "/images/blood.png" %>"/>
     276            <a href="bloodform.jsp?ID=<%=ID%>">Blood referral form registration</a>
     277          </dt>
     278          <dd>
     279            <ul>
     280            <li>Register new blood referral forms and patients.
     281            <li>Update information for existing blood referral forms.
     282            </ul>
     283          </dd>
     284         
     285          <dt>
     286            <base:icon image="<%=home+"/images/consent.png" %>"/>
     287            <a href="consentform.jsp?ID=<%=ID%>">Consent form registration</a>
     288          </dt>
     289          <dd>
     290            <ul>
     291            <li>Register consent forms.
     292            </ul>
     293          </dd>
     294         
     295          <dt>
     296            <base:icon image="<%=home+"/images/export_import.png" %>" />
     297            Export/import information to/from external registers.
     298          </dt>
     299          <dd>
     300            <ul>
     301            <li><a href="export_monthly_oplist.jsp?ID=<%=ID%>">Export monthly operation list</a>
     302            </ul>
     303          </dd>
     304          </dl>
     305          <%
     306        }
     307        %>
     308       
     309        <h3>Statistics and reporting wizards</h3>
     310        <dl class="leftborder rightborder bottomborder">
     311          <dt>
     312            <base:icon image="<%=home+"/images/report.png" %>" />
     313            <a href="samplereportgenerator.jsp?ID=<%=ID%>">Report generator</a>
     314          </dt>       
     315          <dd>       
     316            <ul>
     317            <li>Sample count report</li>
     318            <li>Consent count report</li>
     319            <li>Patient count report</li>
     320            <li>Overview report</li>
     321            <li>Missing sample data report</li>
     322            </ul>
     323          </dd>
     324        </dl>
     325
    316326      </div>
    317327    </div>
  • extensions/net.sf.basedb.reggie/branches/ticket-422/resources/libprep/libprep_protocol2.jsp

    r1814 r1815  
    4949<head>
    5050  <title>Lab tracking protocol for library preparation</title>
    51   <link rel="SHORTCUT ICON" href="<%=home%>/images/flowcell.png">
     51  <link rel="SHORTCUT ICON" href="<%=home%>/images/libprep.png">
    5252  <link rel="stylesheet" type="text/css" href="<%=home %>/css/printable.css">
    5353  <link rel="stylesheet" type="text/css" href="<%=home %>/css/plate.css">
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.