Ignore:
Timestamp:
May 7, 2013, 3:15:37 PM (9 years ago)
Author:
Nicklas Nordborg
Message:

References #479: Generate lab protocol for pooling and flow cell preparation

Fixed bug in calculations for list view. Some style changes to the list view protocol. Better document title for saving to pdf.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/resources/libprep/pool_protocol2.jsp

    r1959 r1965  
    4747<html>
    4848<head>
    49   <title>Lab tracking protocol for library pooling</title>
     49  <%
     50  if (libPlate != null)
     51  {
     52    %>
     53    <title>Lab protocol for pooling <%=HTML.encodeTags(libPlate.getName())%> - <%=view.equals("list") ? "list" : "table"%></title>
     54    <%
     55  }
     56  else
     57  {
     58    %>
     59    <title>Lab protocol for library pooling - <%=view.equals("list") ? "list" : "table"%></title>
     60    <%
     61  }
     62  %>
    5063  <link rel="SHORTCUT ICON" href="<%=home%>/images/flowcell.png">
    5164  <link rel="stylesheet" type="text/css" href="<%=home %>/css/printable.css">
     
    5972 
    6073  <script language="JavaScript">
    61   var debug = true;
     74  var debug = false;
    6275  var currentStep = 1;
    6376 
     
    7184  {
    7285    // Load information about Library bioplate
     86    var libPlate;
    7387    <%
    7488    if (libPlateId != 0)
     
    97111      }
    98112     
    99       var libPlate = response.libPlate;
    100      
     113      libPlate = response.libPlate;
    101114      POOL_SCHEMA = PoolSchema.getById(libPlate.poolSchema);
    102115      POOL_BARCODE_VARIANT = PoolSchema.getBarcodeVariantByName(POOL_SCHEMA, libPlate.barcodeVariant);
     
    134147    TARGET_VOLUME_IN_POOL_PER_LIB = poolInfo.targetVolumePerLib;
    135148
    136     var list = [];
     149    var pageTitle = 'Lab protocol for pooling ';
    137150    // Pre-process the Library items
    138151    for (var i = 0; i < pools.length; i++)
    139152    {
    140153      var pool = pools[i];
     154      if (i > 0) pageTitle += ','
     155      pageTitle += ' ' + pool.name;
    141156      for (var j = 0; j < pool.libraries.length; j++)
    142157      {
    143158        checkAndPreProcessLibrary(pool.libraries[j], POOL_SCHEMA, POOL_BARCODE_VARIANT);       
    144159      }
     160    }
     161   
     162    if (!libPlate)
     163    {
     164      document.title = pageTitle + ' - <%=view%>';
    145165    }
    146166   
     
    263283        }
    264284        %>
    265         addColumn(tr, "mix", '<span class="volume">'+Numbers.formatNumber(lib.volume, 2)+'</span>+<span class="eb">'+Numbers.formatNumber(lib.eb, 2)+'</span>');
     285        var mixFactor = 1+(lib.extraMixFactor || 0);
     286        addColumn(tr, "mix", '<span class="volume">'+Numbers.formatNumber(lib.volume*mixFactor, 2)+'</span>+<span class="eb">'+Numbers.formatNumber(lib.eb*mixFactor, 2)+'</span>');
    266287        addColumn(tr, "remarks", lib.remarks.join('; '));
    267288        tbody.appendChild(tr);
    268         /*
    269         var idSuffix = well.column + '.' + well.row;
    270         Main.removeClass(document.getElementById('row.'+idSuffix), 'empty');
    271         setInnerHTML('lib.'+idSuffix, lib.name);
    272         setInnerHTML('pool.'+idSuffix, pool.name);
    273         setInnerHTML('remain.'+idSuffix, Numbers.formatNumber((lib.remainingQuantity+lib.usedQuantity)*1000, 2));
    274         setInnerHTML('molarity.'+idSuffix, Numbers.formatNumber(lib.molarity, 2));
    275        
    276         setInnerHTML('volume.'+idSuffix, Numbers.formatNumber(lib.volume, 2));
    277         setInnerHTML('eb.'+idSuffix, Numbers.formatNumber(lib.eb, 2));
    278        
    279         var indexSet = barcodeVariant.indexSets[well.column];
    280         if (indexSet)
    281         {
    282           var color = lib.barcode.modified ? 'bg-modified' : indexSet.color;
    283           Main.addClass(document.getElementById('pool.'+idSuffix), color);
    284         }
    285        
    286         setInnerHTML('remarks.'+idSuffix, lib.remarks.join('; '));
    287         */
    288        
    289289      }
    290290     
     
    379379  }
    380380
     381  .pool-section
     382  {
     383    page-break-inside: avoid;
     384  }
     385
    381386  table.poolheader
    382387  {
    383388    margin-top: 1em;
    384389    width: 100%;
     390    border: 1px solid #000000;
     391    border-bottom: 0px;
     392    border-collapse: collapse;
    385393  }
    386394
     
    394402    text-align: left;
    395403    font-size: 1em;
     404    padding: 1px;
    396405  }
    397406 
     
    413422    border: 1px solid #000000;
    414423    background-color: #F0F0F0;
    415   }
    416  
    417   .listview tbody
    418   {
    419     page-break-inside: avoid;
    420     border-top: 1px solid #000000;
    421     border-bottom: 1px solid #000000;
    422424  }
    423425 
     
    600602      Extract pool = Extract.getById(dc, poolId);
    601603      %>
    602       <div id="pool.<%=poolId%>" style="display: none;">
    603       <table style="width: 100%; border: 0px;" class="poolheader">
     604      <div id="pool.<%=poolId%>" style="display: none;" class="pool-section">
     605      <table style="width: 100%;" class="poolheader">
    604606      <tr valign="top">
    605607        <th style="width: 40%;"><%=HTML.encodeTags(pool.getName())%></th>
     
    607609      </tr>
    608610      <tr valign="top">
    609         <td style="width: 40%;"><span id="molarity.<%=poolId%>" </td>
     611        <td style="width: 40%;"><span id="molarity.<%=poolId%>"></span></td>
    610612        <td><%=HTML.niceFormat(pool.getDescription()) %></td>
    611613      </tr>
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.