Changeset 207


Ignore:
Timestamp:
Dec 4, 2006, 4:25:30 PM (15 years ago)
Author:
Johan Enell
Message:

Fixes #31 external id, symbol and locuslink is written to table

Location:
trunk/se/lu/onk/ZTest/src/ztest
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/se/lu/onk/ZTest/src/ztest/Reporter.java

    r197 r207  
    2727{
    2828 
    29   private int reporter;
     29  private String reporter;
    3030  private double m;
    3131  private double p;
    3232  private int size;
     33  private String symbol;
     34  private String locusLink;
    3335 
    3436 
    35   public Reporter(String reporter)
     37  public Reporter(String reporter, String symbol, String locusLink)
    3638  {
    37     this.reporter = new Integer(reporter);
     39    this.reporter = reporter;
     40    this.symbol = symbol;
     41    this.locusLink = locusLink;
    3842  }
    3943
     
    4246    this.p = p;
    4347  }
     48 
     49  public double getP()
     50  {
     51    return p;
     52  }
    4453
    4554  public void setM(double m)
     
    4756    this.m = m;
    4857  }
    49 
    50   public double getP()
     58 
     59  public double getM()
    5160  {
    52     return p;
     61    return m;
    5362  }
    5463
    55   public int getReporter()
     64  public String getReporter()
    5665  {
    5766    return reporter;
    5867  }
     68 
     69  public final String getLocusLink()
     70  {
     71    return locusLink;
     72  }
    5973
    60   public double getM()
     74  public final String getSymbol()
    6175  {
    62     return m;
     76    return symbol;
    6377  }
    6478
  • trunk/se/lu/onk/ZTest/src/ztest/Start.java

    r206 r207  
    5656      int mCol = assayFields.indexOf("l2ratio1_2");
    5757      int repCol = columns.indexOf("reporter");
     58      int repidCol = columns.indexOf("reporterId");
     59      int symCol = columns.indexOf("geneSymbol");
     60      int llCol = columns.indexOf("locusLink");
    5861      int assayDataCol = columns.indexOf("assayData");
    5962
    60       if (mCol == -1 || repCol == -1 || assayDataCol == -1)
     63      if (mCol == -1 || repCol == -1 || repidCol == -1 || symCol == -1 || llCol == -1 || assayDataCol == -1)
    6164      {
    6265        throw new BASEFileException("Cant find the columns l2ratio1_2, reporter or assayData");
     
    8083          spots[i] = new Spot(m);
    8184        }
    82         Reporter r = new Reporter(data[repCol]);
     85        Reporter r = new Reporter(data[repidCol], data[symCol], data[llCol]);
    8386        bfss.addData(r, spots);
    8487        data = bfr.readDataRow(dataLength);
     
    135138      html.println("<table>");
    136139      html.println("<tr><th>Reporter</th>" +
     140          "<th>Gene symbol</th>" +
     141          "<th>Locus Link</th>" +
    137142          "<th>Average M</th>" +
    138143          "<th>P</th>" +
     
    143148
    144149      tab.println("Reporter\t" +
    145           "Average M\t" +
     150          "GeneSymbol\t" +
     151          "LocusLink\t" +
     152          "AverageM\t" +
    146153          "P\t" +
    147           "Number of values\t" +
     154          "NumberOfValues\t" +
    148155          "Rank\t" +
    149156          "Expected\t" +
     
    157164        double fdr = (expected / rank);
    158165       
    159         html.printf("<tr class=\"row"+(i%2+1)+"\">" +
    160           "<td>%1$d</td>" +
    161           "<td>%2$f</td>" +
    162           "<td>%3$f</td>" +
    163           "<td>%4$d</td>" +
    164           "<td>%5$d</td>" +
    165           "<td>%6$f</td>" +
    166           "<td>%7$.2f</td></tr>\n",
     166        if (i < 1000)
     167        {
     168          html.printf(
     169            "<tr class=\"row" + (i % 2 + 1) + "\"><td>%s</td><td>%s</td><td>%s</td>" +
     170            "<td>%f</td><td>%f</td><td>%d</td><td>%d</td><td>%f</td><td>%.2f</td></tr>\n",
     171            r.getReporter(),
     172            r.getSymbol(),
     173            r.getLocusLink(),
     174            r.getM(),
     175            r.getP(),
     176            r.getSize(),
     177            rank,
     178            expected,
     179            fdr);
     180        }
     181        tab.printf("%s\t%s\t%s\t%f\t%f\t%d\t%d\t%f\t%f\n",
    167182          r.getReporter(),
    168           r.getM(),
    169           r.getP(),
    170           r.getSize(),
    171           rank,
    172           expected,
    173           fdr);
    174        
    175         tab.printf("%d\t%f\t%f\t%d\t%d\t%f\t%f\n",
    176           r.getReporter(),
     183          r.getSymbol(),
     184          r.getLocusLink(),
    177185          r.getM(),
    178186          r.getP(),
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.