Changeset 2112


Ignore:
Timestamp:
Oct 30, 2013, 11:31:42 AM (9 years ago)
Author:
Nicklas Nordborg
Message:

References #501: Generate lab protocol for clustering

Added a section with used pools at the top of the protocol. Color coded the pools to make it easier to find the corresponding pools on the flow cells.

Location:
extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/resources/libprep/flowcell_protocol2.jsp

    r2107 r2112  
    6666 
    6767  <script language="JavaScript">
    68   var debug = false;
     68  var debug = 0;
    6969  var currentStep = 1;
     70 
     71  var COLORS = ['blue', 'green', 'yellow', 'red'];
     72  var nextColor = 0;
    7073 
    7174  function init()
     
    117120    var flowCellNo = -1;
    118121    var flowCellNameList = '';
     122    var poolColors = [];
     123    var useDarker = false;
     124    var numPools = 0;
     125    var poolsRow = document.getElementById('all-pools');
    119126    for (var index in flowCellInfoArray)
    120127    {
     
    135142      for (laneKey in flowCellLanes)
    136143      {
    137         var poolId = flowCellLanes[laneKey];
     144        var poolName = flowCellLanes[laneKey];
     145        var color = poolColors[poolName];
     146        if (!color)
     147        {
     148          numPools++;
     149          color = COLORS[nextColor] + (useDarker ? ' darker' : '');
     150          poolColors[poolName] = color;
     151          var td = document.createElement('td');
     152          td.className = 'pool-legend ' + color;
     153          td.innerHTML = poolName;
     154          poolsRow.appendChild(td);
     155          nextColor++;
     156          if (nextColor == COLORS.length)
     157          {
     158            nextColor = 0;
     159            useDarker = !useDarker;
     160          }
     161        }
    138162        var row = laneKey - 1;
    139163        var idSuffix = flowCellNo + '.' + row;
    140         setInnerHTML('fcPoolName.'+idSuffix, poolId);       
     164        Main.addClass(document.getElementById('fcPoolName.'+idSuffix), color);
     165        setInnerHTML('fcPoolName.'+idSuffix, poolName);       
    141166      }
    142167    }
     168
     169    if (numPools <= 6)
     170    {
     171      var td = document.createElement('td');
     172      td.innerHTML = '';
     173      poolsRow.appendChild(td);
     174    }
     175   
    143176    var pageTitle = 'Lab protocol for ' + flowCellNameList;
    144177    setInnerHTML('pageTitle', pageTitle);       
     
    161194    margin-bottom: 1em;
    162195    border-collapse: collapse;
     196  }
     197 
     198  table.flowcell
     199  {
    163200    min-height: 20em;
    164201    height: 20em;
     
    245282  {
    246283    width: 8em;
    247   }
     284    text-align: center;
     285  }
     286 
     287  .pool-legend
     288  {
     289    width: 8em;
     290    text-align: center !important;
     291  }
     292 
     293  .green
     294  {
     295    background-color: #D8F8D8;
     296  }
     297  .green.darker
     298  {
     299    background-color: #A0F8A0;
     300  }
     301 
     302  .blue
     303  {
     304    background-color: #D8E8FF;
     305  }
     306  .blue.darker
     307  {
     308    background-color: #B8B8FF;
     309  }
     310 
     311  .yellow
     312  {
     313    background-color: #FFFFD8;
     314  }
     315  .yellow.darker
     316  {
     317    background-color: #FFFFA0;
     318  }
     319 
     320  .red
     321  {
     322    background-color: #FFC8C8;
     323  }
     324  .red.darker
     325  {
     326    background-color: #F8A0A0;
     327  }
     328
    248329 
    249330  </style>
     
    270351  <div id="listviewcontainer" style="display: none;">
    271352 
     353  <table class="protocolheader">
     354  <tr id="all-pools">
     355    <th style="width: 15%;">Used pools</th>
     356  </tr>
     357  </table>
    272358 
    273359  <h2>1. Clustering</h2>
    274  
    275360  <%
    276361  // Note: Variable 'c' here indicates a flow cell, not a table column
     
    279364  {
    280365    %>
    281     <table style="width: 100%;" class="protocolheader">
     366    <table style="width: 100%;" class="protocolheader flowcell">
    282367    <tr>
    283368      <th style="width: 15%;">Flow cell</th>
  • extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/src/net/sf/basedb/reggie/servlet/FlowCellServlet.java

    r2111 r2112  
    213213          for (BioMaterialEventSource eventSource : physBA.getCreationEvent().getEventSources().list(dc))
    214214          {
    215             Extract pool = (Extract)eventSource.getBioMaterial();
     215            Extract poolAliquot = (Extract)eventSource.getBioMaterial();
     216            Extract pool = (Extract)poolAliquot.getParent();
    216217            jsonFlowCellLanes.put(eventSource.getPosition(), pool.getName());
    217218          }
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.