Changeset 2236


Ignore:
Timestamp:
Feb 20, 2014, 8:57:39 AM (9 years ago)
Author:
Nicklas Nordborg
Message:

References #545 and #546. Load and display information about pools and library plate to make it easier to relate a sequencing run to the correct lab protocols.

Location:
extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk
Files:
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/resources/analysis/sequencing_confirm.jsp

    r2235 r2236  
    4646    {
    4747      var seqRun = seqRuns[runNo];
    48 
    49       var option = new Option(seqRun.name+' (' + formatDate(seqRun.SequencingStart)+')', seqRun.id);
    50       //option.title = title;
     48      var flowCell = seqRun.flowCell;
     49      var name = seqRun.name+': ';
     50
     51      var numPools = flowCell.pools.length;
     52      var firstPoolNum = getPoolNum(flowCell.pools[0].name);
     53      var lastPoolNum = getPoolNum(flowCell.pools[flowCell.pools.length-1].name);
     54
     55      if (lastPoolNum - firstPoolNum == numPools - 1)
     56      {
     57        // Display: PoolN -- PoolY
     58        name += flowCell.pools[0].name + ' — ' + flowCell.pools[flowCell.pools.length-1].name;
     59      }
     60      else
     61      {
     62        // Display: PoolN + x more...
     63        name += flowCell.pools[0].name + ' + ' + (numPools-1) + ' more...';
     64      }
     65
     66      // Tooltip is always all pools
     67      var title = '';
     68      for (var poolNo=0; poolNo < numPools; poolNo++)
     69      {
     70        var pool = flowCell.pools[poolNo];
     71        if (poolNo > 0) title += ', ';
     72        title += pool.name;
     73      }
     74
     75      var option = new Option(name, seqRun.id);
     76      option.title = title;
    5177      option.seqRun = seqRun;
    5278      frm.seqRuns.options[frm.seqRuns.length] = option;
    … …  
    6591}
    6692
     93function getPoolNum(poolName)
     94{
     95  var num = poolName.match(/Pool(\d+)/);
     96  return num ? parseInt(num[1], 10) : null;
     97}
     98
     99
    67100function goNextAuto()
    68101{
    … …  
    131164  Forms.checkRadio(frm.outcome, seqRun.SequencingResult || 'Successful');
    132165  outcomeOnChange();
    133  
     166   
     167  var fc = seqRun.flowCell;
     168  setInnerHTML('flowCellInRun', '<b>['+seqRun.HiSeqPosition+']</b> ' + fc.FlowCellID);
     169 
     170  var pools = fc.pools;
    134171  var html = '';
    135   var fc = seqRun.flowCell;
    136   html += '<b>['+seqRun.HiSeqPosition+']</b> ' + fc.FlowCellID;
    137  
    138   setInnerHTML('flowCellInRun', html);
     172  var libPlateHtml = '';
     173  for (var poolNo = 0; poolNo < pools.length; poolNo++)
     174  {
     175    var pool = pools[poolNo];
     176    if (poolNo > 0) html += ', ';
     177    html += Main.encodeTags(pool.name);
     178    if (pool.LibPlate && libPlateHtml.indexOf(pool.LibPlate.name) == -1)
     179    {
     180      if (libPlateHtml.length > 0) libPlateHtml += ', ';
     181      libPlateHtml += Main.encodeTags(pool.LibPlate.name);
     182    }
     183  }
     184  setInnerHTML('pools', html);
     185  setInnerHTML('libPlate', libPlateHtml || 'n/a');
    139186  setInnerHTML('comments', Main.encodeTags(seqRun.comments));
    140187}
    … …  
    374421        <td class="help"></td>
    375422      </tr>
    376      
    377423      <tr valign="top">
    378424        <td class="subprompt">Flow cell</td>
    379425        <td class="input" id="flowCellInRun"></td>
     426        <td class="status"></td>
     427        <td class="help"></td>
     428      </tr>
     429      <tr valign="top">
     430        <td class="subprompt">Pools</td>
     431        <td class="input" id="pools"></td>
     432        <td class="status"></td>
     433        <td class="help"></td>
     434      </tr>
     435      <tr valign="top">
     436        <td class="subprompt">LibPlate</td>
     437        <td class="input" id="libPlate"></td>
    380438        <td class="status"></td>
    381439        <td class="help"></td>

  • extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/resources/libprep/sequencing_ended.jsp

    r2233 r2236  
    4747    {
    4848      var seqRun = seqRuns[runNo];
    49 
    50       var option = new Option(seqRun.name+' (' + formatDate(seqRun.SequencingStart)+')', seqRun.id);
    51       //option.title = title;
     49      var flowCell = seqRun.flowCell;
     50      var name = seqRun.name+': ';
     51
     52      var numPools = flowCell.pools.length;
     53      var firstPoolNum = getPoolNum(flowCell.pools[0].name);
     54      var lastPoolNum = getPoolNum(flowCell.pools[flowCell.pools.length-1].name);
     55
     56      if (lastPoolNum - firstPoolNum == numPools - 1)
     57      {
     58        // Display: PoolN -- PoolY
     59        name += flowCell.pools[0].name + ' — ' + flowCell.pools[flowCell.pools.length-1].name;
     60      }
     61      else
     62      {
     63        // Display: PoolN + x more...
     64        name += flowCell.pools[0].name + ' + ' + (numPools-1) + ' more...';
     65      }
     66
     67      // Tooltip is always all pools
     68      var title = '';
     69      for (var poolNo=0; poolNo < numPools; poolNo++)
     70      {
     71        var pool = flowCell.pools[poolNo];
     72        if (poolNo > 0) title += ', ';
     73        title += pool.name;
     74      }
     75     
     76      var option = new Option(name, seqRun.id);
     77      option.title = title;
    5278      option.seqRun = seqRun;
    5379      frm.seqRuns.options[frm.seqRuns.length] = option;
    … …  
    6490  // All is ok
    6591  frm.seqRuns.focus();
     92}
     93
     94function getPoolNum(poolName)
     95{
     96  var num = poolName.match(/Pool(\d+)/);
     97  return num ? parseInt(num[1], 10) : null;
    6698}
    6799
    … …  
    127159 
    128160  var fc = seqRun.flowCell;
    129   var html = '<b>['+seqRun.HiSeqPosition+']</b> ' + fc.FlowCellID;
    130  
    131   setInnerHTML('flowCellsInRun', html);
     161  setInnerHTML('flowCellsInRun', '<b>['+seqRun.HiSeqPosition+']</b> ' + fc.FlowCellID);
     162 
     163  var pools = fc.pools;
     164  var html = '';
     165  var libPlateHtml = '';
     166  for (var poolNo = 0; poolNo < pools.length; poolNo++)
     167  {
     168    var pool = pools[poolNo];
     169    if (poolNo > 0) html += ', ';
     170    html += Main.encodeTags(pool.name);
     171    if (pool.LibPlate && libPlateHtml.indexOf(pool.LibPlate.name) == -1)
     172    {
     173      if (libPlateHtml.length > 0) libPlateHtml += ', ';
     174      libPlateHtml += Main.encodeTags(pool.LibPlate.name);
     175    }
     176  }
     177  setInnerHTML('pools', html);
     178  setInnerHTML('libPlate', libPlateHtml || 'n/a');
    132179  setInnerHTML('comments', Main.encodeTags(seqRun.comments));
    133180}
    … …  
    427474        <td class="help"></td>
    428475      </tr>
    429      
    430476      <tr valign="top">
    431477        <td class="subprompt">Flow cell</td>
    432478        <td class="input" id="flowCellsInRun"></td>
     479        <td class="status"></td>
     480        <td class="help"></td>
     481      </tr>
     482      <tr valign="top">
     483        <td class="subprompt">Pools</td>
     484        <td class="input" id="pools"></td>
     485        <td class="status"></td>
     486        <td class="help"></td>
     487      </tr>
     488      <tr valign="top">
     489        <td class="subprompt">LibPlate</td>
     490        <td class="input" id="libPlate"></td>
    433491        <td class="status"></td>
    434492        <td class="help"></td>

  • extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/src/net/sf/basedb/reggie/servlet/SequencingRunServlet.java

    r2235 r2236  
    1616import org.json.simple.parser.JSONParser;
    1717
     18import net.sf.basedb.core.AnyToAny;
    1819import net.sf.basedb.core.Application;
    1920import net.sf.basedb.core.BioMaterialList;
    … …  
    3334import net.sf.basedb.reggie.dao.Annotationtype;
    3435import net.sf.basedb.reggie.dao.BiomaterialList;
     36import net.sf.basedb.reggie.dao.BioplateType;
    3537import net.sf.basedb.reggie.dao.FlowCell;
    3638import net.sf.basedb.reggie.dao.PooledLibrary;
     39import net.sf.basedb.reggie.dao.ReactionPlate;
    3740import net.sf.basedb.reggie.dao.ReggieRole;
    3841import net.sf.basedb.reggie.dao.SequencingRun;
    … …  
    109112          fc.loadAnnotations(dc, "FlowCellID", Annotationtype.FLOWCELL_ID, null);
    110113          fc.setAnnotation("comments", fc.getItem().getDescription());
     114         
     115          // Load pools on flow cell
     116          List<PooledLibrary> pools = PooledLibrary.getByFlowCell(dc, fc);
     117          JSONArray jsonPools = new JSONArray();
     118          for (PooledLibrary pool : pools)
     119          {
     120            try
     121            {
     122              AnyToAny libPlateLink = AnyToAny.getByName(dc, pool.getExtract(), "LibPlate");
     123              ReactionPlate libPlate = ReactionPlate.getById(dc, libPlateLink.getToId(), BioplateType.LIBRARY);
     124              pool.setAnnotation("LibPlate", libPlate.asJSONObject());
     125            }
     126            catch (RuntimeException ex)
     127            {}
     128            jsonPools.add(pool.asJSONObject());
     129          }
     130          fc.setAnnotation("pools", jsonPools);
    111131         
    112132          run.setAnnotation("flowCell", fc.asJSONObject());
    … …  
    163183          run.setAnnotation("comments", run.getDerivedBioAssay().getDescription());
    164184         
     185          // Load flow cell information
    165186          FlowCell fc = FlowCell.getBySequencingRun(dc, run);
    166187          PhysicalBioAssay pba = fc.getItem();
    … …  
    168189          fc.setAnnotation("numLanes", pba.getSize());
    169190          fc.setAnnotation("comments", pba.getDescription());
     191         
     192          // Load pools on flow cell
     193          List<PooledLibrary> pools = PooledLibrary.getByFlowCell(dc, fc);
     194          JSONArray jsonPools = new JSONArray();
     195          for (PooledLibrary pool : pools)
     196          {
     197            try
     198            {
     199              AnyToAny libPlateLink = AnyToAny.getByName(dc, pool.getExtract(), "LibPlate");
     200              ReactionPlate libPlate = ReactionPlate.getById(dc, libPlateLink.getToId(), BioplateType.LIBRARY);
     201              pool.setAnnotation("LibPlate", libPlate.asJSONObject());
     202            }
     203            catch (RuntimeException ex)
     204            {}
     205            jsonPools.add(pool.asJSONObject());
     206          }
     207          fc.setAnnotation("pools", jsonPools);
    170208         
    171209          run.setAnnotation("flowCell", fc.asJSONObject());
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.