Changeset 252


Ignore:
Timestamp:
Apr 10, 2007, 4:40:47 PM (16 years ago)
Author:
Johan Enell
Message:

Calculates RankProduct? and creates output

Location:
trunk/se/lu/onk/OneClass/src/oneclass/rankproduct
Files:
2 added
4 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/se/lu/onk/OneClass/src/oneclass/rankproduct/RankProduct.java

    r246 r252  
    2424package oneclass.rankproduct;
    2525
     26import java.io.File;
     27import java.io.IOException;
     28import java.io.PrintWriter;
     29import java.text.DecimalFormat;
    2630import java.util.Comparator;
    27 
     31import java.util.List;
     32
     33import basefile.BASEFile;
     34import basefile.BASEFileAssaySection;
     35import basefile.BASEFileException;
    2836import basefile.BASEFileSpotSection;
    2937
    3038public class RankProduct
    3139{
    32   public void calculate(BASEFileSpotSection<Reporter, Spot> bfss, boolean up)
    33   {
    34     for (int i = 0; i < bfss.getWidth(); ++i)
    35     {
    36       // to be able use i in the comparator it has to be final
    37       final int finali = i;
    38       final boolean finalup = up;
    39      
    40       bfss.sortReporter(new Comparator<Reporter>()
    41       {
    42         public int compare(Reporter r1, Reporter r2)
    43         {
    44           double s1 = r1.getSpot(finali).getM();
    45           double s2 = r2.getSpot(finali).getM();
    46          
    47           int ret = 0;
    48           if (!Double.isNaN(s1) && !Double.isNaN(s2))
    49           {
    50             ret = Double.compare(s1, s2);
    51             if (finalup)
    52               ret *= -1;
    53           }
    54           else if (Double.isNaN(s1) && Double.isNaN(s2))
    55             ret = 0;
    56           else if (Double.isNaN(s1))
    57             ret = 1;
    58           else if (Double.isNaN(s2))
    59             ret = -1;
    60           return ret;
    61         }
    62       });
    63      
    64       // set the rank
     40  private final File dataFolder;
     41 
     42  private final BASEFile<Reporter, Spot> basefile;
     43
     44  private final BASEFile<ReporterOut, SpotOut> basefileOut;
     45 
     46  private final BASEFileSpotSection<Reporter, Spot> bfss;
     47
     48  private final BASEFileSpotSection<ReporterOut, SpotOut> bfssOutDown;
     49 
     50  private final BASEFileSpotSection<ReporterOut, SpotOut> bfssOutUp;
     51 
     52  public RankProduct(BASEFile<Reporter, Spot> basefile) throws BASEFileException
     53  {
     54    dataFolder = new File("lib");
     55    dataFolder.mkdir();
     56   
     57    this.basefile = basefile;
     58    readAssaySection();
     59    readSpotSection();
     60    bfss = this.basefile.getSpotSection();
     61   
     62    this.basefileOut = new BASEFile<ReporterOut, SpotOut>(new File("stdout.txt"), "rw");
     63    BASEFileSpotSection<Reporter, Spot> bfss = this.basefile.getSpotSection();
     64    BASEFileAssaySection bfas = new BASEFileAssaySection();
     65    bfas.setAnnotationColumns("");
     66    bfas.setColumns("id", "name", "parents");
     67    bfas.setCount(2);
     68    String parents = bfss.findStringOpt("assays").replaceAll("\t", "/");
     69    bfas.addData("1", "RankProduct down", parents);
     70    bfas.addData("2", "RankProduct up", parents);
     71    basefileOut.setAssaySection(bfas);
     72   
     73    bfssOutDown = new BASEFileSpotSection<ReporterOut, SpotOut>();
     74    bfssOutDown.setChannels(2);
     75    bfssOutDown.setExtraFloats("JE_nbrOfElements", "JE_rank", "JE_rankProduct");
     76    bfssOutDown.setAssayFields("l2ratio1_2", "l10intgmean1_2", "JE_nbrOfElements", "JE_rank", "JE_rankProduct");
     77    bfssOutDown.setColumns("position", "reporter", "assayData");
     78    bfssOutDown.setAssays(1);
     79    bfssOutDown.setCount(bfss.getCount());
     80    basefileOut.addSpotSection(bfssOutDown);
     81   
     82    bfssOutUp = new BASEFileSpotSection<ReporterOut, SpotOut>(bfssOutDown);
     83    bfssOutUp.setAssays(2);
     84    basefileOut.addSpotSection(bfssOutUp);
     85  }
     86
     87  public void calculate() throws BASEFileException
     88  {
     89    ReporterComparator comp = new ReporterComparator();
     90    calculateRank(reverse(comp));
     91    calculateRankProduct(bfssOutDown);
     92    calculateRank(comp);
     93    calculateRankProduct(bfssOutUp);
     94  }
     95
     96  private void calculateRank(ReporterComparator comp)
     97  {
     98    for (int i = 0; i < bfss.getAssays().size(); ++i)
     99    {
     100      comp.setSpot(i);
     101      bfss.sortReporter(comp);
     102      int count = countAssay(bfss, i);
     103      int rank = 1;
    65104      for (int j = 0; j < bfss.getHeight(); ++j)
    66105      {
    … …  
    68107        if (!Double.isNaN(s.getM()))
    69108        {
    70           s.setRank(j+1);
     109          s.setRank((double) rank / (double) count);
     110          ++rank;
    71111        }
    72       }
     112        else
     113        {
     114          s.setRank(Double.NaN);
     115        }
     116      }
     117    }
     118  }
     119
     120  private void calculateRankProduct(BASEFileSpotSection<ReporterOut, SpotOut> bfssOut) throws BASEFileException
     121  {
     122    bfss.sortReporter(new Comparator<Reporter>()
     123    {
     124      public int compare(Reporter r1, Reporter r2)
     125      {
     126        return Double.compare(r1.getRankProduct(), r2.getRankProduct());
     127      }
     128    });
     129    for (int i = 0; i < bfss.getHeight(); ++i)
     130    {
     131      Reporter r = bfss.getReporter(i);
     132      SpotOut sOut = new SpotOut((float)r.getM(), (float)r.getM(), r.getSize(), i+1, (float)r.getRankProduct());
     133      ReporterOut rOut = new ReporterOut(r, sOut);
     134      bfssOut.addData(rOut, sOut);
     135    }
     136  }
     137
     138  public void printTab() throws BASEFileException
     139  {
     140    bfss.sortReporter(new Comparator<Reporter>()
     141    {
     142      public int compare(Reporter r1, Reporter r2)
     143      {
     144        return Double.compare(r1.getRankProduct(), r2.getRankProduct());
     145      }
     146    });
     147
     148    writeTabFile(basefileOut.getSpotSection(0), new File(dataFolder, "resultUP.csv"));
     149    writeTabFile(basefileOut.getSpotSection(1), new File(dataFolder, "resultDOWN.csv"));
     150  }
     151 
     152  private void writeTabFile(BASEFileSpotSection<ReporterOut, SpotOut> bfss, File file) throws BASEFileException
     153  {
     154    try
     155    {
     156      PrintWriter tab = new PrintWriter(file);
     157     
     158      List<Integer> assays = this.bfss.getAssays();
     159      String[] tableRow = new String[8 + 2 * basefile.getAssaySection().getCount()];
     160      tableRow[0] = "Reporter";
     161      tableRow[1] = "GeneSymbol";
     162      tableRow[2] = "LocusLink";
     163      tableRow[3] = "AverageM";
     164      tableRow[4] = "up/down";
     165      tableRow[5] = "Rank";
     166      tableRow[6] = "Rank product";
     167      tableRow[7] = "NumberOfValues";
     168      for (int i = 0; i < assays.size(); ++i)
     169      {
     170        int assay = assays.get(i);
     171        tableRow[8 + i] = "log-ratio " + basefile.getAssaySection().getAssayName(assay);
     172        tableRow[8 + i + assays.size()] = "rank " + basefile.getAssaySection().getAssayName(assay);
     173      }
     174      tab.println(formatArray("", "", "\t", tableRow));
     175     
     176      for (int i = 0; i < bfss.getHeight(); i++)
     177      {
     178        ReporterOut r = bfss.getReporter(i);
     179        SpotOut s = r.getSpot();
     180        tableRow[0] = String.valueOf(r.getId());
     181        tableRow[1] = r.getSymbol();
     182        tableRow[2] = r.getLocusLink();
     183        tableRow[3] = String.valueOf(s.getM());
     184        tableRow[4] = s.getM() > 0 ? "+" : "-";
     185        tableRow[5] = String.valueOf(s.getRank());
     186        tableRow[6] = String.valueOf(s.getRankProduct());
     187        tableRow[7] = String.valueOf(s.getNbrOfElements());
     188        for (int j = 0; j < assays.size(); ++j)
     189        {
     190          Spot ss = r.getReporter().getSpot(j);
     191          tableRow[8 + j] = String.valueOf(ss.getM());
     192          tableRow[8 + j + assays.size()] = String.valueOf(ss.getRank());
     193        }
     194        tab.println(formatArray("", "", "\t", tableRow));
     195      }
     196      tab.close();
     197    }
     198    catch (IOException e)
     199    {
     200      throw new BASEFileException(e);
     201    }
     202  }
     203
     204  public void printHTML() throws BASEFileException
     205  {
     206    bfss.sortReporter(new Comparator<Reporter>()
     207    {
     208      public int compare(Reporter r1, Reporter r2)
     209      {
     210        return Double.compare(r1.getRankProduct(), r2.getRankProduct());
     211      }
     212    });
     213   
     214    writeHTMLFile(basefileOut.getSpotSection(0), new File(dataFolder, "resultUP.html"));
     215    writeHTMLFile(basefileOut.getSpotSection(1), new File(dataFolder, "resultDOWN.html"));
     216  }
     217 
     218  private void writeHTMLFile(BASEFileSpotSection<ReporterOut, SpotOut> bfss, File file) throws BASEFileException
     219  {
     220    try
     221    {
     222      PrintWriter html = new PrintWriter(file);
     223      html.println("<!DOCTYPE html PUBLIC \"-//W3C//DTD XHTML 1.0 Frameset//EN\" \"http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-frameset.dtd\">");
     224      html.println("<html>");
     225      html.println("<head>");
     226      html.println("<link rel=\"stylesheet\" type=\"text/css\" href=\"base.css\" />");
     227      html.println("</head>");
     228      html.println("<table>");
     229     
     230      String[] tableRow = new String[8];
     231      tableRow[0] = "Reporter";
     232      tableRow[1] = "GeneSymbol";
     233      tableRow[2] = "LocusLink";
     234      tableRow[3] = "AverageM";
     235      tableRow[4] = "up/down";
     236      tableRow[5] = "Rank";
     237      tableRow[6] = "Rank product";
     238      tableRow[7] = "NumberOfValues";
     239      html.println("<tr>" + formatArray("<th>", "</th>", "", tableRow) + "</tr>");
     240
     241      DecimalFormat df = new DecimalFormat("#&nbsp;##0.000");
     242      for (int i = 0; i < 1000 && i < bfss.getHeight(); i++)
     243      {
     244        ReporterOut r = bfss.getReporter(i);
     245        SpotOut s = r.getSpot();
     246        tableRow[0] = String.valueOf(r.getId());
     247        tableRow[1] = r.getSymbol();
     248        tableRow[2] = r.getLocusLink();
     249        tableRow[3] = df.format(s.getM());
     250        tableRow[4] = s.getM() > 0 ? "+" : "-";
     251        tableRow[5] = df.format(s.getRank());
     252        tableRow[6] = df.format(s.getRankProduct());
     253        tableRow[7] = df.format(s.getNbrOfElements());
     254       
     255        html.println("<tr class=\"row" + (i % 2 + 1) + "\">" + formatArray("<th>", "</th>", "", tableRow) + "</tr>");
     256      }
     257      html.println("</table>");
     258      html.print("</html>");
     259      html.close();
     260    }
     261    catch (IOException e)
     262    {
     263      throw new BASEFileException(e);
     264    }
     265  }
     266 
     267  public void printBASE() throws BASEFileException
     268  {
     269    basefileOut.write();
     270  }
     271 
     272  private int countAssay(BASEFileSpotSection<Reporter, Spot> bfss, int i)
     273  {
     274    int count = 0;
     275    for (int j = 0; j < bfss.getReporterSize(); ++j)
     276    {
     277      Spot s = bfss.getReporter(j).getSpot(i);
     278      if (!Double.isNaN(s.getM()))
     279      {
     280        ++count;
     281      }
     282    }
     283    return count;
     284  }
     285
     286  private static Object formatArray(String begin, String end, String del, String... array)
     287  {
     288    StringBuffer sb = new StringBuffer();
     289    if (array.length > 0)
     290    {
     291      sb.append(begin + array[0] + end);
     292      for (int i = 1; i < array.length; ++i)
     293      {
     294        sb.append(del);
     295        sb.append(begin);
     296        sb.append(array[i]);
     297        sb.append(end);
     298      }
     299    }
     300    return sb;
     301  }
     302
     303  private void readAssaySection() throws BASEFileException
     304  {
     305    //Read assay section
     306    basefile.setCurrentSection(basefile.getAssaySection());
     307    String[] data = basefile.readData();
     308    while (data != null)
     309    {
     310      basefile.getAssaySection().addData(data);
     311      data = basefile.readData();
     312    }
     313  }
     314 
     315  private void readSpotSection() throws BASEFileException
     316  {   
     317    //Read spot section
     318    BASEFileSpotSection<Reporter, Spot> bfss = basefile.getSpotSection();
     319
     320    int mCol = bfss.getAssayFieldsColIndex("l2ratio1_2");
     321    int aCol = bfss.getAssayFieldsColIndex("l10intgmean1_2");
     322    int repCol = bfss.getColumnsColIndex("reporter");
     323    int repidCol = bfss.getColumnsColIndex("reporterId");
     324    int symCol = bfss.getColumnsColIndex("geneSymbol");
     325    int llCol = bfss.getColumnsColIndex("locusLink");
     326    int assayDataCol = bfss.getColumnsColIndex("assayData");
     327   
     328    mCol += assayDataCol;
     329    aCol += assayDataCol;
     330
     331    int pos = 0;
     332    basefile.setCurrentSection(bfss);
     333    String[] data = basefile.readData();
     334    while (data != null)
     335    {
     336      double a = 0;
     337      int aCount = 0;
     338      Spot[] spots = new Spot[basefile.getAssaySection().getCount()];
     339      for (int i = 0; i < spots.length; i++)
     340      {
     341        int index = i * bfss.getAssayFields().size();
     342        Double m = Double.NaN;
     343        if (!data[mCol + index].equals(""))
     344        {
     345          m = new Double(data[mCol + index]);
     346        }
     347        if (!data[aCol + index].equals(""))
     348        {
     349          a += new Double(data[aCol + index]);
     350          ++aCount;
     351        }
     352        spots[i] = new Spot(m);
     353      }
     354      Reporter r = new Reporter(--pos, new Integer(data[repCol]), data[repidCol], data[symCol], data[llCol], a/aCount, spots);
     355      bfss.addData(r, spots);
     356      data = basefile.readData();
     357    }
     358   
     359    basefile.validate();
     360  }
     361
     362  private ReporterComparator reverse(ReporterComparator comp)
     363  {
     364    return new ReporterComparator()
     365    {
     366      @Override
     367      public int compare(Reporter r1, Reporter r2)
     368      {
     369        return super.compare(r2, r1);
     370      }
     371     
     372    };
     373  }
     374 
     375  private class ReporterComparator implements Comparator<Reporter>
     376  {
     377    int i;
     378
     379    public void setSpot(int i)
     380    {
     381      this.i = i;
     382    }
     383
     384    /*
     385     * Will sort the i'th assay with upregulated first. NaN is
     386     * always sorted last.
     387     */
     388    public int compare(Reporter r1, Reporter r2)
     389    {
     390      double s1 = r1.getSpot(i).getM();
     391      double s2 = r2.getSpot(i).getM();
     392
     393      int ret = 0;
     394      if (!Double.isNaN(s1) && !Double.isNaN(s2))
     395      {
     396        ret = Double.compare(s1, s2);
     397      }
     398      else if (Double.isNaN(s1) && Double.isNaN(s2)) ret = 0;
     399      else if (Double.isNaN(s1)) ret = 1;
     400      else if (Double.isNaN(s2)) ret = -1;
     401     
     402      return ret;
    73403    }
    74404  }

  • trunk/se/lu/onk/OneClass/src/oneclass/rankproduct/Reporter.java

    r246 r252  
    3030  private final String locusLink;
    3131  private final int id;
     32  private final int pos;
    3233  private final Spot[] spots;
    3334  private double a;
    … …  
    3536  private int size = 0;;
    3637 
    37   public Reporter(int id, String reporter, String symbol, String locusLink, double a, Spot ... spots)
     38  public Reporter(int pos, int id, String reporter, String symbol, String locusLink, double a, Spot ... spots)
    3839  {
     40    this.pos = pos;
    3941    this.id = id;
    4042    this.reporter = reporter;
    … …  
    8688      }
    8789    }
    88    
    89     return Math.pow(rankProduct, 1.0/getSize());
     90    return rankProduct;
    9091  }
    9192 
    … …  
    114115    return size;
    115116  }
     117
     118  public int getPos()
     119  {
     120    // TODO Auto-generated method stub
     121    return 0;
     122  }
    116123}

  • trunk/se/lu/onk/OneClass/src/oneclass/rankproduct/Spot.java

    r246 r252  
    2828  private double m;
    2929 
    30   private int rank = -1;
     30  private double rank = Double.NaN;
    3131 
    3232  public Spot(Double m)
    … …  
    4040  }
    4141 
    42   public final int getRank()
     42  public final double getRank()
    4343  {
    4444    return rank;
    4545  }
    4646 
    47   public final void setRank(int rank)
     47  public final void setRank(double rank)
    4848  {
    4949    this.rank = rank;

  • trunk/se/lu/onk/OneClass/src/oneclass/rankproduct/Start.java

    r246 r252  
    2424package oneclass.rankproduct;
    2525
    26 import oneclass.plot.HistogramDataset;
    27 import oneclass.plot.Plot;
    28 
    29 import org.jfree.data.xy.XYSeries;
    30 
     26import basefile.BASEFile;
    3127import basefile.BASEFileException;
    32 import basefile.BASEFileReader;
    33 import basefile.BASEFileSpotSection;
    34 import basefile.BadFormatException;
    3528
    3629import java.io.File;
    37 import java.io.FileNotFoundException;
    38 import java.io.IOException;
    39 import java.io.PrintWriter;
    40 import java.util.Comparator;
    41 import java.util.List;
    4230
    4331public class Start
    4432{
    45 
    46   private static RankProduct rankproduct = new RankProduct();
    4733 
    4834  /**
    4935   * @param args
    5036   */
    51   public static void main(String[] args)
     37  public static void main(String[] args) throws BASEFileException
    5238  {
    53     BASEFileReader bfr;
    5439    try
    5540    {
    56       bfr = new BASEFileReader(new File(args.length == 1 ? args[0] : "stdin.txt"));
    57       BASEFileSpotSection<Reporter, Spot> bfss = bfr.readSpotSection();
    58 
    59       List<String> columns = bfss.findFieldList("columns");
    60       List<Integer> assays = bfss.findFieldIntList("assays");
    61       List<String> assayFields = bfss.findFieldList("assayFields");
    62 
    63       int mCol = assayFields.indexOf("l2ratio1_2");
    64       int aCol = assayFields.indexOf("l10intgmean1_2");
    65       int repCol = columns.indexOf("reporter");
    66       int repidCol = columns.indexOf("reporterId");
    67       int symCol = columns.indexOf("geneSymbol");
    68       int llCol = columns.indexOf("locusLink");
    69       int assayDataCol = columns.indexOf("assayData");
    70 
    71       if (mCol == -1 || repCol == -1 || repidCol == -1 || symCol == -1 || llCol == -1 || assayDataCol == -1)
    72       {
    73         throw new BASEFileException("Cant find the columns l2ratio1_2, reporter or assayData");
    74       }
    75       mCol += assayDataCol;
    76       aCol += assayDataCol;
    77 
    78       int dataLength = columns.size() + assays.size() * assayFields.size() - 1;
    79       bfss.setDataMatrix(bfss.findIntOpt("count"), assays.size());
    80       String[] data = bfr.readDataRow(dataLength);
    81       while (data != null)
    82       {
    83         double a = 0;
    84         int aCount = 0;
    85         Spot[] spots = new Spot[assays.size()];
    86         for (int i = 0; i < assays.size(); i++)
    87         {
    88           int index = i * assayFields.size();
    89           Double m = Double.NaN;
    90           if (!data[mCol + index].equals(""))
    91           {
    92             m = new Double(data[mCol + index]);
    93           }
    94           if (!data[aCol + index].equals(""))
    95           {
    96             a += new Double(data[aCol + index]);
    97             ++aCount;
    98           }
    99           spots[i] = new Spot(m);
    100         }
    101         Reporter r = new Reporter(new Integer(data[repCol]), data[repidCol], data[symCol], data[llCol], a/aCount, spots);
    102         bfss.addData(r, spots);
    103         data = bfr.readDataRow(dataLength);
    104       }
     41      BASEFile<Reporter, Spot> basefile;
     42      basefile = new BASEFile<Reporter, Spot>(new File(args.length == 1 ? args[0] : "stdin.txt"), "r");
    10543     
    106       System.out.println("BASEfile");
    107       System.out.println("section\tassays");
    108       System.out.println("annotationColumns\t");
    109       System.out.println("columns\tid\tname\tparents");
    110       System.out.println("count\t1");
    111       System.out.println("%");
    112       System.out.println("1\tRankProduct down\t"+bfss.findStringOpt("assays").replaceAll("\t", "/"));
    113       System.out.println("2\tRankProduct up\t"+bfss.findStringOpt("assays").replaceAll("\t", "/"));
    114       System.out.println();
    115      
    116       rankproduct.calculate(bfss, false);
    117 
    118       System.out.println("section\tspots");
    119       System.out.println("channels\t2");
    120       System.out.println("setExtraFloats\tJE_nbrOfElements\tJE_rank\tJE_rankProduct");
    121       System.out.println("assayFields\tl2ratio1_2\tl10intgmean1_2\tJJE_nbrOfElements\tJE_rank\tE_rankProduct");
    122       System.out.println("columns\tposition\treporter\tassayData");
    123       System.out.println("assays\t1");
    124       System.out.println("count\t"+bfss.getReporterSize());
    125       System.out.println("%");
    126      
    127       print(bfss, "down");
    128 
    129       rankproduct.calculate(bfss, true);
    130 
    131       System.out.println("section\tspots");
    132       System.out.println("channels\t2");
    133       System.out.println("setExtraFloats\tJE_nbrOfElements\tJE_rank\tJE_rankProduct");
    134       System.out.println("assayFields\tl2ratio1_2\tl10intgmean1_2\tJJE_nbrOfElements\tJE_rank\tE_rankProduct");
    135       System.out.println("columns\tposition\treporter\tassayData");
    136       System.out.println("assays\t2");
    137       System.out.println("count\t"+bfss.getReporterSize());
    138       System.out.println("%");
    139      
    140       print(bfss, "up");
    141      
    142     }
    143     catch (FileNotFoundException e)
    144     {
    145       System.err.println("Can't find the file " + (args.length == 1 ? args[0] : "stdin.txt"));
    146     }
    147     catch (BadFormatException e)
    148     {
    149       System.err.println((args.length == 1 ? args[0] : "stdin.txt") + " is not a basefile");
    150     }
    151     catch (IOException e)
    152     {
    153       System.err.println("An error when reading file " + (args.length == 1 ? args[0] : "stdin.txt"));
    154       e.printStackTrace();
     44      RankProduct rankproduct = new RankProduct(basefile);
     45      rankproduct.calculate();
     46      rankproduct.printTab();
     47      rankproduct.printHTML();
     48      rankproduct.printBASE();
     49   
    15550    }
    15651    catch (BASEFileException e)
    15752    {
    158       e.printStackTrace();
     53      throw e;
    15954    }
    16055  }
    16156
    162   private static void print(BASEFileSpotSection<Reporter, Spot> bfss, String prefix)
    163   {
    164     try
    165     {
    166       bfss.sortReporter(new Comparator<Reporter>()
    167         {
    168           public int compare(Reporter r1, Reporter r2)
    169           {
    170             return Double.compare(r1.getRankProduct(), r2.getRankProduct());
    171           }
    172         });
    173       XYSeries oSeries = new XYSeries("Observed");
    174       XYSeries eSeries = new XYSeries("Expected");
    175       XYSeries fdrSeries = new XYSeries("FDR");
    176       HistogramDataset mHist = new HistogramDataset("M", 0.1);
    17757
    178       PrintWriter html = new PrintWriter(new File(prefix+"index.html"));
    179       PrintWriter tab = new PrintWriter(new File(prefix+"result.tsv"));
    180      
    181       Object[] tableRow = {"Reporter","GeneSymbol","LocusLink","AverageM","up/down","Rank","Rank product","NumberOfValues"};
    182 
    183      
    184       html.println("<!DOCTYPE html PUBLIC \"-//W3C//DTD XHTML 1.0 Frameset//EN\" \"http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-frameset.dtd\">");
    185       html.println("<html>");
    186       html.println("<head>");
    187       html.println("<meta http-equiv=\"Content-Type\" content=\"text/html; charset=ISO-8859-1\" />");
    188       html.println("<title>BASE 1.2.16dev - Experiment Enell:Enell Plugin</title>");
    189       html.println("<link rel=\"stylesheet\" type=\"text/css\" href=\"base.css\" />");
    190       html.println("</head>");
    191       html.println("<table>");
    192       html.printf("<tr><th>%s</th><th>%s</th><th>%s</th><th>%s</th><th>%s</th><th>%s</th><th>%s</th><th>%s</th></tr>\n", tableRow);
    193      
    194       tab.printf("%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\n", tableRow);
    195 
    196       for (int i = 0; i < bfss.getReporterSize(); i++)
    197       {
    198         int rank = i + 1;
    199         Reporter r = bfss.getReporter(i);
    200         double rankProduct = r.getRankProduct();
    201        
    202         System.out.printf("%d\t%d\t", (-1*rank), r.getId());
    203         System.out.printf("%f\t%f\t", r.getM(), r.getA());
    204         System.out.printf("%d\t%d\t%f\n", r.getSize(), rank, rankProduct);
    205        
    206         tableRow[0] = r.getReporter();
    207         tableRow[1] = r.getSymbol();
    208         tableRow[2] = r.getLocusLink();
    209         tableRow[3] = r.getM();
    210         tableRow[4] = r.getM() > 0 ? "+" : "-";
    211         tableRow[5] = rank;
    212         tableRow[6] = rankProduct;
    213         tableRow[7] = r.getSize();
    214 
    215         if (i < 1000)
    216         {
    217           html.printf(
    218             "<tr class=\"row" + (i % 2 + 1) + "\"><td>%s</td><td>%s</td><td>%s</td><td>%f</td>" +
    219             "<td>%s</td><td>%d</td><td>%f</td><td>%d</td></tr>\n",
    220             tableRow);
    221         }
    222         tab.printf("%s\t%s\t%s\t%f\t%s\t%d\t%f\t%d\n", tableRow);
    223        
    224         oSeries.add(rank, rank);
    225         eSeries.add(rank, rankProduct);
     58//  private static void print(BASEFileSpotSection<Reporter, Spot> bfss, String prefix) throws BASEFileException
     59//  {
     60//      XYSeries oSeries = new XYSeries("Observed");
     61//      XYSeries eSeries = new XYSeries("Expected");
     62//      XYSeries fdrSeries = new XYSeries("FDR");
     63//      HistogramDataset mHist = new HistogramDataset("M", 0.1);
     64//
     65//      for (int i = 0; i < bfss.getReporterSize(); i++)
     66//      {
     67//        int rank = i + 1;
     68//        Reporter r = bfss.getReporter(i);
     69//        double rankProduct = r.getRankProduct();
     70//
     71//       
     72//        oSeries.add(rank, rank);
     73//        eSeries.add(rank, rankProduct);
    22674//        fdrSeries.add(rank, fdr);
    227         mHist.addObservation(r.getM());
    228       }
    229       System.out.println();
    230      
    231       html.println("</table>");
    232       html.print("</html>");
    233       html.close();
    234      
    235       tab.close();
    236      
     75//        mHist.addObservation(r.getM());
     76//      }
     77//
    23778//      Plot.plotFDR(fdrSeries);
    23879//      Plot.plotOE(oSeries, eSeries);
    23980//      Plot.plotOE_FDR(oSeries, eSeries, fdrSeries);
    24081//      Plot.plotMHist(mHist, ztest.getTotalMean(), ztest.getTotalSD());
    241     }
    242     catch (IOException e)
    243     {
    244       e.printStackTrace();
    245     }
    246   }
     82//  }
    24783}
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.