Changeset 3547


Ignore:
Timestamp:
Oct 16, 2015, 11:53:46 AM (7 years ago)
Author:
olle
Message:

Refs #801. Refs #816. Sub-section "Reagent kit management wizards" extended with a new "Inspect library preparation kit data" wizard for inspecting the stored library preparation kit data.

i. Step 1 includes a menu for selecting a library preparation kit filter, with the following options:
a. "All"
b. "Used & available"
c. "Used & unavailable"
d. "Used"
e. "Unused"
f. "Available"
g. "Unavailable"

ii. Step 2 presents the filtered data in a table with specification keys in a header row, with data for each kit on a single row. Basically, this is the same table format as used in step 2 of the "Add new consumables lot number file" wizard, but with added columns for:
a. Registration date.
b. Last updated date.
c. Expiration date.
d. "Available", a boolean flag indicating if a kit is available.
e. "#Times used", the number of times a kit has been thawed (6 times is the maximum allowed).
f. "Unused FPA plate locations", a string of comma-separated FPA plate locations, from A1 to H6.
g. "Comment".

iii. Step 2 also allows the filtered kit storage data table to be downloaded in a file with semi-colon-separated columns:

  1. JSP file index.jsp in resources/ updated in "Library preparation wizards" section, sub-section "Reagent kit management wizards", with new "Inspect library preparation kit data" wizard. It is linked to new JSP file inspect_lib_prep_kit_data.jsp in resources/libprep/.
  2. JSP and javascript files inspect_lib_prep_kit_data.jsp and inspect_lib_prep_kit_data.js in resources/libprep/ added. The latter communicates with the server using the following functions:
    a. Function initializeStep2() sends a "GET" request to command "GetLibPrepKitData" in servet LibPrepServlet, with callback function libPrepKitDataResults(response).
    b. Function libPrepKitDataResults(response) retrieves data for the filtered library preparation kit data in JSON format, and creates a table to present it.
    c. Function downloadLibPrepKitDataFile sends a "POST" request to command "PrepareDownloadLibPrepKitDataFile" in servet LibPrepServlet, with callback function downloadLibPrepKitDataFileResults(response).
    d. Function downloadLibPrepKitDataFileResults(response) retrieves the path to a temporary file on the server and constructs a url for a "GET" request to command "DownloadLibPrepKitDataFile" in servet LibPrepServlet, after which "window.open(url)" is called to present a download file dialog.
  3. Java servlet class/file LibPrepServlet.java in src/net/sf/basedb/meludi/servlet/ updated:
    a. Protected method void doGet(HttpServletRequest req, HttpServletResponse resp) updated with new command "GetLibPrepKitData". It retrieves the selected library preparation kit filter and applies it when retrieving the stored library preparation kit data, which is returned in JSON format.
    b. Protected method void doGet(HttpServletRequest req, HttpServletResponse resp) updated with new command "DownloadLibPrepKitDataFile". It retrieves a path to a temporary file, reads the data and adds it to an output buffer, after which it removes the temporary file.
    c. Protected method void doPost(HttpServletRequest req, HttpServletResponse resp) updated with new command "PrepareDownloadLibPrepKitDataFile". It stores the sent data in a temporary file on the server and sends back the file path.
Location:
extensions/net.sf.basedb.meludi/trunk
Files:
2 added
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • extensions/net.sf.basedb.meludi/trunk/resources/index.jsp

    r3538 r3547  
    447447              title="Number of processed start item lists">∙</span>
    448448-->
    449           </ul>
    450         </dd>
    451 
     449          <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="libprep/inspect_lib_prep_kit_data.jsp?ID=<%=ID%>"
     450            >Inspect library preparation kit data</span>
     451<!--
     452            <span class="counter" data-counter="start-lists-processed"
     453              title="Number of processed start item lists">∙</span>
     454-->
     455          </ul>
     456        </dd>
    452457        <dt>
    453458          <base:icon image="<%=home+"/images/pipette.png" %>" />

  • extensions/net.sf.basedb.meludi/trunk/src/net/sf/basedb/meludi/servlet/LibPrepServlet.java

    r3546 r3547  
    105105  private static final long serialVersionUID = 2133738736983511172L;
    106106 
     107  public static String LIB_PREP_KIT_FILTER_ALL = "all";
     108  public static String LIB_PREP_KIT_FILTER_USED_AVAILABLE = "used_available";
     109  public static String LIB_PREP_KIT_FILTER_USED_UNAVAILABLE = "used_unavailable";
     110  public static String LIB_PREP_KIT_FILTER_USED = "used";
     111  public static String LIB_PREP_KIT_FILTER_UNUSED = "unused";
     112  public static String LIB_PREP_KIT_FILTER_AVAILABLE = "available";
     113  public static String LIB_PREP_KIT_FILTER_UNAVAILABLE = "unavailable";
     114
    107115  public LibPrepServlet()
    108116  {}
    … …  
    451459        // Delete temporary file after download
    452460        file.delete();
     461      }
     462      else if ("DownloadLibPrepKitDataFile".equals(cmd))
     463      {
     464        String kitFilterValue = req.getParameter("kitFilterValue");
     465        String tmpFilePath = req.getParameter("tmpFilePath");
     466
     467        DateToStringConverter d1 = new DateToStringConverter(new SimpleDateFormat("yyyyMMdd_HHmm"));
     468        Date now = new Date();
     469        String dateStr1 = d1.convert(now);
     470
     471        resp.setHeader("Content-Disposition", "attachment; filename=library-preparation-kits-" + kitFilterValue + "-" + dateStr1 + ".csv");
     472        resp.setContentType("text/plain");
     473        resp.setCharacterEncoding("UTF-8");
     474
     475        PrintWriter out = resp.getWriter();
     476
     477        // Copy contents from temporary file to download buffer
     478        java.io.File file = null;
     479        try
     480        {
     481          file = new java.io.File(tmpFilePath);
     482        }
     483        catch (NullPointerException ex)
     484        {
     485          System.out.println(new Date() + " LibPrepServlet::doGet(): cmd = \"" + cmd + "\" NullPointerException when trying to get file for  = \"" + tmpFilePath + "\" e: " + ex);
     486          return;
     487        }
     488        java.io.FileReader fileReader = null;
     489        try
     490        {
     491          fileReader = new java.io.FileReader(file);
     492        }
     493        catch (IOException ex)
     494        {
     495          System.out.println(new Date() + " LibPrepServlet::doGet(): cmd = \"" + cmd + "\" IOException when trying to get file reader for  = \"" + tmpFilePath + "\" e: " + ex);
     496          return;
     497        }
     498        java.io.BufferedReader bufferedReader = new java.io.BufferedReader(fileReader);
     499        StringBuffer stringBuffer = new StringBuffer();
     500        String inline;
     501        while ((inline = bufferedReader.readLine()) != null)
     502        {
     503          out.println(inline);
     504        }
     505        fileReader.close();
     506        out.flush();
     507        out.close();
     508        // Delete temporary file after download
     509        file.delete();
     510      }
     511      else if ("GetLibPrepKitData".equals(cmd))
     512      {
     513        String libPrepKitNameFilter = req.getParameter("libPrepKitNameFilter");
     514        if (libPrepKitNameFilter != null && libPrepKitNameFilter.equals(""))
     515        {
     516          libPrepKitNameFilter = null;
     517        }
     518        String libPrepKitFilter = req.getParameter("libPrepKitFilter");
     519        Boolean availableFilter = null;
     520        Boolean usedFilter = null;
     521        if (libPrepKitFilter != null)
     522        {
     523          if (libPrepKitFilter.equals(LIB_PREP_KIT_FILTER_USED_AVAILABLE)
     524            || libPrepKitFilter.equals(LIB_PREP_KIT_FILTER_AVAILABLE))
     525          {
     526            availableFilter = true;
     527          }
     528          else if (libPrepKitFilter.equals(LIB_PREP_KIT_FILTER_USED_UNAVAILABLE)
     529              || libPrepKitFilter.equals(LIB_PREP_KIT_FILTER_UNAVAILABLE))
     530          {
     531            availableFilter = false;
     532          }
     533          if (libPrepKitFilter.equals(LIB_PREP_KIT_FILTER_USED_AVAILABLE)
     534              || libPrepKitFilter.equals(LIB_PREP_KIT_FILTER_USED_UNAVAILABLE)
     535              || libPrepKitFilter.equals(LIB_PREP_KIT_FILTER_USED))
     536          {
     537            usedFilter = true;
     538          }
     539          else if (libPrepKitFilter.equals(LIB_PREP_KIT_FILTER_UNUSED))
     540          {
     541            usedFilter = false;
     542          }
     543        }
     544//System.out.println(new Date() + " LibPrepServlet::doGet(): cmd = \"" + cmd + "\" libPrepKitFilter = " + libPrepKitFilter);
     545
     546        List<String> reagentsDataLineList = new ArrayList<String>();
     547        List<String> kitNameList = new ArrayList<String>();
     548
     549        int kitNameColumn = 0;
     550        int libraryPrepBox1Column = 0;
     551        int indexKitColumn = 0;
     552        int contentSetBox3Column = 0;
     553        int oligoPoolA_FPAColumn = 0;
     554        int oligoPoolB_FPBColumn = 0;
     555        int oligoHybridizationSequencingReagent3Column = 0;
     556        int stringentWash1_SW1Column = 0;
     557        int extensionLigationMix3Column = 0;
     558        int pcrMasterMix2_PMM2Column = 0;
     559        int UB1Column = 0;
     560        int TDPColumn = 0;
     561        int filterplateColumn = 0;
     562
     563        int indexPrimerA701Column = 0;
     564        int indexPrimerA702Column = 0;
     565        int indexPrimerA703Column = 0;
     566        int indexPrimerA704Column = 0;
     567        int indexPrimerA705Column = 0;
     568        int indexPrimerA706Column = 0;
     569        int indexPrimerA707Column = 0;
     570        int indexPrimerA708Column = 0;
     571        int indexPrimerA709Column = 0;
     572        int indexPrimerA710Column = 0;
     573        int indexPrimerA711Column = 0;
     574        int indexPrimerA712Column = 0;
     575
     576        int indexPrimerA501Column = 0;
     577        int indexPrimerA502Column = 0;
     578        int indexPrimerA503Column = 0;
     579        int indexPrimerA504Column = 0;
     580        int indexPrimerA505Column = 0;
     581        int indexPrimerA506Column = 0;
     582        int indexPrimerA507Column = 0;
     583        int indexPrimerA508Column = 0;
     584
     585        int registrationDateColumn = 0;
     586        int lastUpdatedDateColumn = 0;
     587        int expirationDateColumn = 0;
     588        int availableColumn = 0;
     589        int timesUsedColumn = 0;
     590        int unusedFpaPlateLocsColumn = 0;
     591        int commentColumn = 0;
     592       
     593        JSONArray jsonHeaders = new JSONArray();
     594        int numItemsTot = 0;
     595        int numItemsFiltered = 0;
     596
     597        // Place library preparation reagent lot number file in BASE user files directory
     598        String libPrepReagentsFileName = "Library_Preparation_Reagents.csv";
     599        java.io.File userFilesDir = Application.getUserFilesDirectory();
     600        String fileDir = userFilesDir.getAbsolutePath();
     601        String libPrepReagentsFilePath = fileDir + "/" + libPrepReagentsFileName;
     602        java.io.File reagentsFile = new java.io.File(libPrepReagentsFilePath);
     603        String separator = ";";
     604        if (reagentsFile.exists() && !reagentsFile.isDirectory())
     605        {
     606          // Load data from file
     607          java.io.FileReader fileReader = null;
     608          try
     609          {
     610            fileReader = new java.io.FileReader(reagentsFile);
     611          }
     612          catch (IOException ex)
     613          {
     614            System.out.println(new Date() + " LibPrepServlet::doGet(): cmd = \"" + cmd + "\" IOException when trying to get file reader for  = \"" + libPrepReagentsFilePath + "\" e: " + ex);
     615            return;
     616          }
     617          java.io.BufferedReader bufferedReader = new java.io.BufferedReader(fileReader);
     618          StringBuffer stringBuffer = new StringBuffer();
     619          String inline;
     620          while ((inline = bufferedReader.readLine()) != null)
     621          {
     622            // Find header line
     623            if (inline != null && inline.startsWith("TruSight Tumor Library Preparation partI"))
     624            {
     625              String[] columns = inline.split(separator, -1);
     626              for (int i = 0; i < columns.length; i++)
     627              {
     628                jsonHeaders.add(columns[i]);
     629
     630                if (columns[i].equals("TruSight Tumor Library Preparation partI"))
     631                {
     632                  kitNameColumn = i;
     633                }
     634                else if (columns[i].equals("TruSight Tumor Library Prep Box 1"))
     635                {
     636                  libraryPrepBox1Column = i;
     637                }
     638                else if (columns[i].equals("TruSight Tumor Index Kit"))
     639                {
     640                  indexKitColumn = i;
     641                }
     642                else if (columns[i].equals("TruSight Tumor Content Set Box 3"))
     643                {
     644                  contentSetBox3Column = i;
     645                }
     646                else if (columns[i].equals("TruSight Tumor Oligo Pool A (FPA)"))
     647                {
     648                  oligoPoolA_FPAColumn = i;
     649                }
     650                else if (columns[i].equals("TruSight Tumor Oligo Pool B (FPB)"))
     651                {
     652                  oligoPoolB_FPBColumn = i;
     653                }
     654                else if (columns[i].equals("Oligo Hybridization for Sequencing Reagent 3 (OHS3)"))
     655                {
     656                  oligoHybridizationSequencingReagent3Column = i;
     657                }
     658                else if (columns[i].equals("Stringent Wash 1 (SW1)"))
     659                {
     660                  stringentWash1_SW1Column = i;
     661                }
     662                else if (columns[i].equals("Extension Ligation Mix 3 (ELM3)"))
     663                {
     664                  extensionLigationMix3Column = i;
     665                }
     666                else if (columns[i].equals("PCR Master Mix 2 (PMM2)"))
     667                {
     668                  pcrMasterMix2_PMM2Column = i;
     669                }
     670                else if (columns[i].equals("UB1"))
     671                {
     672                  UB1Column = i;
     673                }
     674                else if (columns[i].equals("TDP"))
     675                {
     676                  TDPColumn = i;
     677                }
     678                else if (columns[i].equals("Filterplate"))
     679                {
     680                  filterplateColumn = i;
     681                }
     682                //
     683                else if (columns[i].equals("A701"))
     684                {
     685                  indexPrimerA701Column = i;
     686                }
     687                else if (columns[i].equals("A702"))
     688                {
     689                  indexPrimerA702Column = i;
     690                }
     691                else if (columns[i].equals("A703"))
     692                {
     693                  indexPrimerA703Column = i;
     694                }
     695                else if (columns[i].equals("A704"))
     696                {
     697                  indexPrimerA704Column = i;
     698                }
     699                else if (columns[i].equals("A705"))
     700                {
     701                  indexPrimerA705Column = i;
     702                }
     703                else if (columns[i].equals("A706"))
     704                {
     705                  indexPrimerA706Column = i;
     706                }
     707                else if (columns[i].equals("A707"))
     708                {
     709                  indexPrimerA707Column = i;
     710                }
     711                else if (columns[i].equals("A708"))
     712                {
     713                  indexPrimerA708Column = i;
     714                }
     715                else if (columns[i].equals("A709"))
     716                {
     717                  indexPrimerA709Column = i;
     718                }
     719                else if (columns[i].equals("A710"))
     720                {
     721                  indexPrimerA710Column = i;
     722                }
     723                else if (columns[i].equals("A711"))
     724                {
     725                  indexPrimerA711Column = i;
     726                }
     727                else if (columns[i].equals("A712"))
     728                {
     729                  indexPrimerA712Column = i;
     730                }
     731                //
     732                else if (columns[i].equals("A501"))
     733                {
     734                  indexPrimerA501Column = i;
     735                }
     736                else if (columns[i].equals("A502"))
     737                {
     738                  indexPrimerA502Column = i;
     739                }
     740                else if (columns[i].equals("A503"))
     741                {
     742                  indexPrimerA503Column = i;
     743                }
     744                else if (columns[i].equals("A504"))
     745                {
     746                  indexPrimerA504Column = i;
     747                }
     748                else if (columns[i].equals("A505"))
     749                {
     750                  indexPrimerA505Column = i;
     751                }
     752                else if (columns[i].equals("A506"))
     753                {
     754                  indexPrimerA506Column = i;
     755                }
     756                else if (columns[i].equals("A507"))
     757                {
     758                  indexPrimerA507Column = i;
     759                }
     760                else if (columns[i].equals("A508"))
     761                {
     762                  indexPrimerA508Column = i;
     763                }
     764                //
     765                else if (columns[i].equals("Registration date"))
     766                {
     767                  registrationDateColumn = i;
     768                }
     769                else if (columns[i].equals("Last updated"))
     770                {
     771                  lastUpdatedDateColumn = i;
     772                }
     773                else if (columns[i].equals("Expiration date"))
     774                {
     775                  expirationDateColumn = i;
     776                }
     777                else if (columns[i].equals("Available"))
     778                {
     779                  availableColumn = i;
     780                }
     781                else if (columns[i].equals("#Times used"))
     782                {
     783                  timesUsedColumn = i;
     784                }
     785                else if (columns[i].equals("Unused FPA plate locations"))
     786                {
     787                  unusedFpaPlateLocsColumn = i;
     788                }
     789                else if (columns[i].equals("Comment"))
     790                {
     791                  commentColumn = i;
     792                }
     793              }
     794            }               
     795           
     796            if (inline != null && inline.startsWith("ML"))
     797            {
     798              numItemsTot++;
     799              String[] columns = inline.split(separator, -1);
     800              if (columns.length > 0)
     801              {
     802                String kitName = columns[kitNameColumn];
     803                // Get "available" flag
     804                String availableStr = columns[availableColumn];
     805                boolean available = false;
     806                if (availableStr != null && availableStr.equals("yes"))
     807                {
     808                  available = true;
     809                }
     810                // Get "used" flag
     811                int timesUsed = Integer.parseInt(columns[timesUsedColumn]);
     812                boolean used = false;
     813                if (timesUsed > 0)
     814                {
     815                  used = true;
     816                }
     817                // Check kit filter
     818                boolean passed = true;
     819                if (libPrepKitNameFilter != null)
     820                {
     821                  if (kitName == null || !kitName.equals(libPrepKitNameFilter))
     822                  {
     823                    passed = false;
     824                  }
     825                }
     826                if (availableFilter != null)
     827                {
     828                  if (available != availableFilter)
     829                  {
     830                    passed = false;
     831                  }
     832                }
     833                if (usedFilter != null)
     834                {
     835                  if (used != usedFilter)
     836                  {
     837                    passed = false;
     838                  }
     839                }
     840                if (passed)
     841                {
     842                  numItemsFiltered++;
     843                  reagentsDataLineList.add(inline);
     844                  kitNameList.add(kitName);
     845                }
     846              }
     847            }               
     848          }
     849          fileReader.close();
     850        }
     851//System.out.println(new Date() + " LibPrepServlet::doGet(): cmd = \"" + cmd + "\" kitNameList = " + kitNameList);
     852
     853        JSONArray jsonKitNames = new JSONArray();
     854        JSONArray jsonLibraryPrepBox1 = new JSONArray();
     855        JSONArray jsonIndexKit = new JSONArray();
     856        JSONArray jsonContentSetBox3 = new JSONArray();
     857        JSONArray jsonOligoPoolA_FPA = new JSONArray();
     858        JSONArray jsonOligoPoolB_FPB = new JSONArray();
     859        JSONArray jsonOligoHybridizationSequencingReagent3 = new JSONArray();
     860        JSONArray jsonStringentWash1_SW1 = new JSONArray();
     861        JSONArray jsonExtensionLigationMix3 = new JSONArray();
     862        JSONArray jsonPcrMasterMix2_PMM2 = new JSONArray();
     863        JSONArray jsonUB1 = new JSONArray();
     864        JSONArray jsonTDP = new JSONArray();
     865        JSONArray jsonFilterplate = new JSONArray();
     866       
     867        JSONArray jsonIndexPrimerA701 = new JSONArray();
     868        JSONArray jsonIndexPrimerA702 = new JSONArray();
     869        JSONArray jsonIndexPrimerA703 = new JSONArray();
     870        JSONArray jsonIndexPrimerA704 = new JSONArray();
     871        JSONArray jsonIndexPrimerA705 = new JSONArray();
     872        JSONArray jsonIndexPrimerA706 = new JSONArray();
     873        JSONArray jsonIndexPrimerA707 = new JSONArray();
     874        JSONArray jsonIndexPrimerA708 = new JSONArray();
     875        JSONArray jsonIndexPrimerA709 = new JSONArray();
     876        JSONArray jsonIndexPrimerA710 = new JSONArray();
     877        JSONArray jsonIndexPrimerA711 = new JSONArray();
     878        JSONArray jsonIndexPrimerA712 = new JSONArray();
     879       
     880        JSONArray jsonIndexPrimerA501 = new JSONArray();
     881        JSONArray jsonIndexPrimerA502 = new JSONArray();
     882        JSONArray jsonIndexPrimerA503 = new JSONArray();
     883        JSONArray jsonIndexPrimerA504 = new JSONArray();
     884        JSONArray jsonIndexPrimerA505 = new JSONArray();
     885        JSONArray jsonIndexPrimerA506 = new JSONArray();
     886        JSONArray jsonIndexPrimerA507 = new JSONArray();
     887        JSONArray jsonIndexPrimerA508 = new JSONArray();
     888
     889        JSONArray jsonRegistrationDate = new JSONArray();
     890        JSONArray jsonLastUpdatedDate = new JSONArray();
     891        JSONArray jsonExpirationDate = new JSONArray();
     892        JSONArray jsonAvailable = new JSONArray();
     893        JSONArray jsonTimesUsed = new JSONArray();
     894        JSONArray jsonUnusedFpaPlateLocs = new JSONArray();
     895        JSONArray jsonComment = new JSONArray();
     896
     897//System.out.println(new Date() + " LibPrepServlet::doGet(): cmd = \"" + cmd + "\" reagentsDataLineList.size() = " + reagentsDataLineList.size());
     898        // Process lines that passed filter
     899        for (int i = 0; i < reagentsDataLineList.size(); i++)
     900        {
     901          String inline = (String) reagentsDataLineList.get(i);
     902          if (inline != null && inline.startsWith("ML"))
     903          {
     904            String[] columns = inline.split(separator, -1);
     905            if (columns.length > 0)
     906            {
     907              jsonKitNames.add(columns[kitNameColumn]);
     908              jsonLibraryPrepBox1.add(columns[libraryPrepBox1Column]);
     909              jsonIndexKit.add(columns[indexKitColumn]);
     910              jsonContentSetBox3.add(columns[contentSetBox3Column]);
     911              jsonOligoPoolA_FPA.add(columns[oligoPoolA_FPAColumn]);
     912              jsonOligoPoolB_FPB.add(columns[oligoPoolB_FPBColumn]);
     913              jsonOligoHybridizationSequencingReagent3.add(columns[oligoHybridizationSequencingReagent3Column]);
     914              jsonStringentWash1_SW1.add(columns[stringentWash1_SW1Column]);
     915              jsonExtensionLigationMix3.add(columns[extensionLigationMix3Column]);
     916              jsonPcrMasterMix2_PMM2.add(columns[pcrMasterMix2_PMM2Column]);
     917              jsonUB1.add(columns[UB1Column]);
     918              jsonTDP.add(columns[TDPColumn]);
     919              jsonFilterplate.add(columns[filterplateColumn]);
     920
     921              jsonIndexPrimerA701.add(columns[indexPrimerA701Column]);
     922              jsonIndexPrimerA702.add(columns[indexPrimerA702Column]);
     923              jsonIndexPrimerA703.add(columns[indexPrimerA703Column]);
     924              jsonIndexPrimerA704.add(columns[indexPrimerA704Column]);
     925              jsonIndexPrimerA705.add(columns[indexPrimerA705Column]);
     926              jsonIndexPrimerA706.add(columns[indexPrimerA706Column]);
     927              jsonIndexPrimerA707.add(columns[indexPrimerA707Column]);
     928              jsonIndexPrimerA708.add(columns[indexPrimerA708Column]);
     929              jsonIndexPrimerA709.add(columns[indexPrimerA709Column]);
     930              jsonIndexPrimerA710.add(columns[indexPrimerA710Column]);
     931              jsonIndexPrimerA711.add(columns[indexPrimerA711Column]);
     932              jsonIndexPrimerA712.add(columns[indexPrimerA712Column]);
     933
     934              jsonIndexPrimerA501.add(columns[indexPrimerA501Column]);
     935              jsonIndexPrimerA502.add(columns[indexPrimerA502Column]);
     936              jsonIndexPrimerA503.add(columns[indexPrimerA503Column]);
     937              jsonIndexPrimerA504.add(columns[indexPrimerA504Column]);
     938              jsonIndexPrimerA505.add(columns[indexPrimerA505Column]);
     939              jsonIndexPrimerA506.add(columns[indexPrimerA506Column]);
     940              jsonIndexPrimerA507.add(columns[indexPrimerA507Column]);
     941              jsonIndexPrimerA508.add(columns[indexPrimerA508Column]);
     942
     943              jsonRegistrationDate.add(columns[registrationDateColumn]);
     944              jsonLastUpdatedDate.add(columns[lastUpdatedDateColumn]);
     945              jsonExpirationDate.add(columns[expirationDateColumn]);
     946              jsonAvailable.add(columns[availableColumn]);
     947              jsonTimesUsed.add(columns[timesUsedColumn]);
     948              jsonUnusedFpaPlateLocs.add(columns[unusedFpaPlateLocsColumn]);
     949              jsonComment.add(columns[commentColumn]);
     950            }
     951          }               
     952        }
     953       
     954        JSONObject jsonConsumables = new JSONObject();
     955
     956        jsonConsumables.put("numItemsFiltered", numItemsFiltered);
     957        jsonConsumables.put("numItemsTot", numItemsTot);
     958
     959        // Add JSONArrays
     960        jsonConsumables.put("Headers", jsonHeaders);
     961
     962        jsonConsumables.put("KitNames", jsonKitNames);
     963        jsonConsumables.put("LibraryPrepBox1", jsonLibraryPrepBox1);
     964        jsonConsumables.put("IndexKit", jsonIndexKit);
     965        jsonConsumables.put("ContentSetBox3", jsonContentSetBox3);
     966        jsonConsumables.put("OligoPoolA_FPA", jsonOligoPoolA_FPA);
     967        jsonConsumables.put("OligoPoolB_FPB", jsonOligoPoolB_FPB);
     968        jsonConsumables.put("OligoHybridizationSequencingReagent3", jsonOligoHybridizationSequencingReagent3);
     969        jsonConsumables.put("StringentWash1_SW1", jsonStringentWash1_SW1);
     970        jsonConsumables.put("ExtensionLigationMix3", jsonExtensionLigationMix3);
     971        jsonConsumables.put("PcrMasterMix2_PMM2", jsonPcrMasterMix2_PMM2);
     972        jsonConsumables.put("UB1", jsonUB1);
     973        jsonConsumables.put("TDP", jsonTDP);
     974        jsonConsumables.put("Filterplate", jsonFilterplate);
     975
     976        jsonConsumables.put("IndexPrimerA701", jsonIndexPrimerA701);
     977        jsonConsumables.put("IndexPrimerA702", jsonIndexPrimerA702);
     978        jsonConsumables.put("IndexPrimerA703", jsonIndexPrimerA703);
     979        jsonConsumables.put("IndexPrimerA704", jsonIndexPrimerA704);
     980        jsonConsumables.put("IndexPrimerA705", jsonIndexPrimerA705);
     981        jsonConsumables.put("IndexPrimerA706", jsonIndexPrimerA706);
     982        jsonConsumables.put("IndexPrimerA707", jsonIndexPrimerA707);
     983        jsonConsumables.put("IndexPrimerA708", jsonIndexPrimerA708);
     984        jsonConsumables.put("IndexPrimerA709", jsonIndexPrimerA709);
     985        jsonConsumables.put("IndexPrimerA710", jsonIndexPrimerA710);
     986        jsonConsumables.put("IndexPrimerA711", jsonIndexPrimerA711);
     987        jsonConsumables.put("IndexPrimerA712", jsonIndexPrimerA712);
     988
     989        jsonConsumables.put("IndexPrimerA501", jsonIndexPrimerA501);
     990        jsonConsumables.put("IndexPrimerA502", jsonIndexPrimerA502);
     991        jsonConsumables.put("IndexPrimerA503", jsonIndexPrimerA503);
     992        jsonConsumables.put("IndexPrimerA504", jsonIndexPrimerA504);
     993        jsonConsumables.put("IndexPrimerA505", jsonIndexPrimerA505);
     994        jsonConsumables.put("IndexPrimerA506", jsonIndexPrimerA506);
     995        jsonConsumables.put("IndexPrimerA507", jsonIndexPrimerA507);
     996        jsonConsumables.put("IndexPrimerA508", jsonIndexPrimerA508);
     997
     998        jsonConsumables.put("RegistrationDate", jsonRegistrationDate);
     999        jsonConsumables.put("LastUpdatedDate", jsonLastUpdatedDate);
     1000        jsonConsumables.put("ExpirationDate", jsonExpirationDate);
     1001        jsonConsumables.put("Available", jsonAvailable);
     1002        jsonConsumables.put("TimesUsed", jsonTimesUsed);
     1003        jsonConsumables.put("UnusedFpaPlateLocs", jsonUnusedFpaPlateLocs);
     1004        jsonConsumables.put("Comment", jsonComment);
     1005
     1006        json.put("consumables", jsonConsumables);
    4531007      }
    4541008/*
    … …  
    8351389          line += separator + (String) jsonIndexPrimerA507.get(i);         
    8361390          line += separator + (String) jsonIndexPrimerA508.get(i);
     1391
     1392          fileWriter.write(line + "\n");
     1393        }
     1394        fileWriter.flush();
     1395        fileWriter.close();
     1396
     1397        // Return path to temporary file with desired contents, using '/' as directory separator
     1398        String tmpFilePathNoSlashes = tmpFilePath.replaceAll("\\\\", "/");
     1399        PrintWriter out = resp.getWriter();
     1400        out.print(tmpFilePathNoSlashes);       
     1401        out.flush();
     1402        out.close();
     1403        jsonMessages.add("no comment");
     1404      }
     1405      else if ("PrepareDownloadLibPrepKitDataFile".equals(cmd))
     1406      {
     1407        dc = sc.newDbControl();
     1408
     1409        MeludiRole.checkPermission(dc, "'" + cmd + "' wizard", MeludiRole.LIBRARY_PREP, MeludiRole.ADMINISTRATOR);
     1410
     1411        JSONObject jsonReq = (JSONObject)new JSONParser().parse(req.getReader());
     1412
     1413        String kitFilterValue = req.getParameter("kitFilter");
     1414        String kitFilterName = req.getParameter("kitFilterName");
     1415        String numItemsFiltered = req.getParameter("numItemsFiltered");
     1416        String numItemsTot = req.getParameter("numItemsTot");
     1417        // Get JSON data on reagent lot numbers from POST data
     1418        JSONObject reagentInfo = jsonReq;
     1419       
     1420        JSONArray jsonHeaders = (JSONArray) reagentInfo.get("Headers");
     1421
     1422        JSONArray jsonKitNames = (JSONArray) reagentInfo.get("KitNames");
     1423        JSONArray jsonLibraryPrepBox1 = (JSONArray) reagentInfo.get("LibraryPrepBox1");
     1424        JSONArray jsonIndexKit = (JSONArray) reagentInfo.get("IndexKit");
     1425        JSONArray jsonContentSetBox3 = (JSONArray) reagentInfo.get("ContentSetBox3");
     1426        JSONArray jsonOligoPoolA_FPA = (JSONArray) reagentInfo.get("OligoPoolA_FPA");
     1427        JSONArray jsonOligoPoolB_FPB = (JSONArray) reagentInfo.get("OligoPoolB_FPB");
     1428        JSONArray jsonOligoHybridizationSequencingReagent3 = (JSONArray) reagentInfo.get("OligoHybridizationSequencingReagent3");
     1429        JSONArray jsonStringentWash1_SW1 = (JSONArray) reagentInfo.get("StringentWash1_SW1");
     1430        JSONArray jsonExtensionLigationMix3 = (JSONArray) reagentInfo.get("ExtensionLigationMix3");
     1431        JSONArray jsonPcrMasterMix2_PMM2 = (JSONArray) reagentInfo.get("PcrMasterMix2_PMM2");
     1432        JSONArray jsonUB1 = (JSONArray) reagentInfo.get("UB1");
     1433        JSONArray jsonTDP = (JSONArray) reagentInfo.get("TDP");
     1434        JSONArray jsonFilterplate = (JSONArray) reagentInfo.get("Filterplate");
     1435       
     1436        JSONArray jsonIndexPrimerA701 = (JSONArray) reagentInfo.get("IndexPrimerA701");
     1437        JSONArray jsonIndexPrimerA702 = (JSONArray) reagentInfo.get("IndexPrimerA702");
     1438        JSONArray jsonIndexPrimerA703 = (JSONArray) reagentInfo.get("IndexPrimerA703");
     1439        JSONArray jsonIndexPrimerA704 = (JSONArray) reagentInfo.get("IndexPrimerA704");
     1440        JSONArray jsonIndexPrimerA705 = (JSONArray) reagentInfo.get("IndexPrimerA705");
     1441        JSONArray jsonIndexPrimerA706 = (JSONArray) reagentInfo.get("IndexPrimerA706");
     1442        JSONArray jsonIndexPrimerA707 = (JSONArray) reagentInfo.get("IndexPrimerA707");
     1443        JSONArray jsonIndexPrimerA708 = (JSONArray) reagentInfo.get("IndexPrimerA708");
     1444        JSONArray jsonIndexPrimerA709 = (JSONArray) reagentInfo.get("IndexPrimerA709");
     1445        JSONArray jsonIndexPrimerA710 = (JSONArray) reagentInfo.get("IndexPrimerA710");
     1446        JSONArray jsonIndexPrimerA711 = (JSONArray) reagentInfo.get("IndexPrimerA711");
     1447        JSONArray jsonIndexPrimerA712 = (JSONArray) reagentInfo.get("IndexPrimerA712");
     1448       
     1449        JSONArray jsonIndexPrimerA501 = (JSONArray) reagentInfo.get("IndexPrimerA501");
     1450        JSONArray jsonIndexPrimerA502 = (JSONArray) reagentInfo.get("IndexPrimerA502");
     1451        JSONArray jsonIndexPrimerA503 = (JSONArray) reagentInfo.get("IndexPrimerA503");
     1452        JSONArray jsonIndexPrimerA504 = (JSONArray) reagentInfo.get("IndexPrimerA504");
     1453        JSONArray jsonIndexPrimerA505 = (JSONArray) reagentInfo.get("IndexPrimerA505");
     1454        JSONArray jsonIndexPrimerA506 = (JSONArray) reagentInfo.get("IndexPrimerA506");
     1455        JSONArray jsonIndexPrimerA507 = (JSONArray) reagentInfo.get("IndexPrimerA507");
     1456        JSONArray jsonIndexPrimerA508 = (JSONArray) reagentInfo.get("IndexPrimerA508");
     1457
     1458        JSONArray jsonRegistrationDate = (JSONArray) reagentInfo.get("RegistrationDate");
     1459        JSONArray jsonLastUpdatedDate = (JSONArray) reagentInfo.get("LastUpdatedDate");
     1460        JSONArray jsonExpirationDate = (JSONArray) reagentInfo.get("ExpirationDate");
     1461        JSONArray jsonAvailable = (JSONArray) reagentInfo.get("Available");
     1462        JSONArray jsonTimesUsed = (JSONArray) reagentInfo.get("TimesUsed");
     1463        JSONArray jsonUnusedFpaPlateLocs = (JSONArray) reagentInfo.get("UnusedFpaPlateLocs");
     1464        JSONArray jsonComment = (JSONArray) reagentInfo.get("Comment");
     1465
     1466        // Place temporary library preparation kit data file in BASE user files directory
     1467        DateToStringConverter d1 = new DateToStringConverter(new SimpleDateFormat("yyyyMMdd_HHmm"));
     1468        DateToStringConverter d2 = new DateToStringConverter(new SimpleDateFormat("yyyy-MM-dd HH:mm"));
     1469        Date now = new Date();
     1470        String dateStr1 = d1.convert(now);
     1471        String dateStr2 = d2.convert(now);
     1472
     1473        resp.setHeader("Content-Disposition", "attachment; filename=library-preparation-kits-" + kitFilterValue + "-" + dateStr1 + ".csv");
     1474        resp.setContentType("text/plain");
     1475        resp.setCharacterEncoding("UTF-8");
     1476
     1477        String tmpFileName = "tmp_libprep_kit_data_file_" + kitFilterValue + "_" + dateStr1 + ".csv";
     1478        java.io.File userFilesDir = Application.getUserFilesDirectory();
     1479        String fileDir = userFilesDir.getAbsolutePath();
     1480        String tmpFilePath = fileDir + "/" + tmpFileName;
     1481        java.io.File file = new java.io.File(tmpFilePath);
     1482        FileWriter fileWriter = null;
     1483        try
     1484        {
     1485          fileWriter = new FileWriter(file);
     1486        }
     1487        catch(IOException ex)
     1488        {
     1489          System.out.println(new Date() + " LibPrepServlet::doPost(): cmd = \"" + cmd + "\" Could not create filewriter for tmpFilePath = " + tmpFilePath);
     1490          return;
     1491        }
     1492        String separator = ";";
     1493        fileWriter.write("Library preparation kit data " + dateStr2 + "\n");
     1494        fileWriter.write("Library preparation kit filter: " + kitFilterName + " (" + numItemsFiltered + " of " + numItemsTot + ")" + "\n");
     1495        //fileWriter.write("TruSight Tumor Sample Preparation Kit (Cat no FC-130-2001, 48 samples, Illumina)" + "\n");
     1496        fileWriter.write("\n");
     1497        // Header line
     1498        String headerLine = "TruSight Tumor Library Preparation partI";
     1499        headerLine += separator + "TruSight Tumor Library Prep Box 1";
     1500        headerLine += separator + "TruSight Tumor Index Kit";
     1501        headerLine += separator + "TruSight Tumor Content Set Box 3";
     1502        headerLine += separator + "TruSight Tumor Oligo Pool A (FPA)";
     1503        headerLine += separator + "TruSight Tumor Oligo Pool B (FPB)";
     1504        headerLine += separator + "Oligo Hybridization for Sequencing Reagent 3 (OHS3)";
     1505        headerLine += separator + "Stringent Wash 1 (SW1)";
     1506        headerLine += separator + "Extension Ligation Mix 3 (ELM3)";
     1507        headerLine += separator + "PCR Master Mix 2 (PMM2)";
     1508        headerLine += separator + "UB1";
     1509        headerLine += separator + "TDP";
     1510        headerLine += separator + "Filterplate";
     1511        // Index 1 Primers Lot Number       
     1512        headerLine += separator + "A701";
     1513        headerLine += separator + "A702";
     1514        headerLine += separator + "A703";
     1515        headerLine += separator + "A704";
     1516        headerLine += separator + "A705";
     1517        headerLine += separator + "A706";
     1518        headerLine += separator + "A707";
     1519        headerLine += separator + "A708";
     1520        headerLine += separator + "A709";
     1521        headerLine += separator + "A710";
     1522        headerLine += separator + "A711";
     1523        headerLine += separator + "A712";
     1524        // Index 2 Primers Lot Number       
     1525        headerLine += separator + "A501";
     1526        headerLine += separator + "A502";
     1527        headerLine += separator + "A503";
     1528        headerLine += separator + "A504";
     1529        headerLine += separator + "A505";
     1530        headerLine += separator + "A506";
     1531        headerLine += separator + "A507";
     1532        headerLine += separator + "A508";
     1533        // Extra data
     1534        headerLine += separator + "Registration date";
     1535        headerLine += separator + "Last updated";
     1536        headerLine += separator + "Expiration date";
     1537        headerLine += separator + "Available";
     1538        headerLine += separator + "#Times used";
     1539        headerLine += separator + "Unused FPA plate locations";
     1540        headerLine += separator + "Comment";
     1541
     1542        fileWriter.write(headerLine + "\n");
     1543
     1544        int numItems = jsonKitNames.size();
     1545
     1546        for (int i = 0; i < numItems; i++)
     1547        {
     1548          String line = (String) jsonKitNames.get(i);         
     1549          line += separator + (String) jsonLibraryPrepBox1.get(i);         
     1550          line += separator + (String) jsonIndexKit.get(i);         
     1551          line += separator + (String) jsonContentSetBox3.get(i);         
     1552          line += separator + (String) jsonOligoPoolA_FPA.get(i);         
     1553          line += separator + (String) jsonOligoPoolB_FPB.get(i);         
     1554          line += separator + (String) jsonOligoHybridizationSequencingReagent3.get(i);         
     1555          line += separator + (String) jsonStringentWash1_SW1.get(i);         
     1556          line += separator + (String) jsonExtensionLigationMix3.get(i);         
     1557          line += separator + (String) jsonPcrMasterMix2_PMM2.get(i);         
     1558          line += separator + (String) jsonUB1.get(i);         
     1559          line += separator + (String) jsonTDP.get(i);         
     1560          line += separator + (String) jsonFilterplate.get(i);         
     1561          // Index 1 Primers Lot Number       
     1562          line += separator + (String) jsonIndexPrimerA701.get(i);         
     1563          line += separator + (String) jsonIndexPrimerA702.get(i);         
     1564          line += separator + (String) jsonIndexPrimerA703.get(i);         
     1565          line += separator + (String) jsonIndexPrimerA704.get(i);         
     1566          line += separator + (String) jsonIndexPrimerA705.get(i);         
     1567          line += separator + (String) jsonIndexPrimerA706.get(i);         
     1568          line += separator + (String) jsonIndexPrimerA707.get(i);         
     1569          line += separator + (String) jsonIndexPrimerA708.get(i);         
     1570          line += separator + (String) jsonIndexPrimerA709.get(i);         
     1571          line += separator + (String) jsonIndexPrimerA710.get(i);         
     1572          line += separator + (String) jsonIndexPrimerA711.get(i);         
     1573          line += separator + (String) jsonIndexPrimerA712.get(i);         
     1574          // Index 2 Primers Lot Number       
     1575          line += separator + (String) jsonIndexPrimerA501.get(i);         
     1576          line += separator + (String) jsonIndexPrimerA502.get(i);         
     1577          line += separator + (String) jsonIndexPrimerA503.get(i);         
     1578          line += separator + (String) jsonIndexPrimerA504.get(i);         
     1579          line += separator + (String) jsonIndexPrimerA505.get(i);         
     1580          line += separator + (String) jsonIndexPrimerA506.get(i);         
     1581          line += separator + (String) jsonIndexPrimerA507.get(i);         
     1582          line += separator + (String) jsonIndexPrimerA508.get(i);
     1583          // Extra data
     1584          line += separator + (String) jsonRegistrationDate.get(i);
     1585          line += separator + (String) jsonLastUpdatedDate.get(i);
     1586          line += separator + (String) jsonExpirationDate.get(i);
     1587          line += separator + (String) jsonAvailable.get(i);
     1588          line += separator + (String) jsonTimesUsed.get(i);
     1589          line += separator + (String) jsonUnusedFpaPlateLocs.get(i);
     1590          line += separator + (String) jsonComment.get(i);
    8371591
    8381592          fileWriter.write(line + "\n");
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.