Ignore:
Timestamp:
Dec 4, 2007, 3:46:31 PM (14 years ago)
Author:
mbayer
Message:
  • have tied the interface to the importer plugin class now -- all parameters get picked up fine by the plugin
Location:
branches/uk_ac_ebi_Tab2MageImporter/src/uk/ac/ebi/nugo/plugins
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • branches/uk_ac_ebi_Tab2MageImporter/src/uk/ac/ebi/nugo/plugins/DataBean.java

    r497 r512  
    33public class DataBean
    44{
     5
     6  String domain;
     7  String accession;
     8  String qualityControl;
     9  String experimentalDesign;
     10  String experimentName;
     11  String description;
     12  String releaseDate;
     13  String submissionDate;
     14  String submitter;
     15  String organization;
     16  String publicationTitle;
     17  String authors;
     18  String journal;
     19  String volume;
     20  String issue;
     21  String pages;
     22  String year;
     23  String pubmedId;
     24  String treatmentProtocol;
     25  String extractionProtocol;
     26  String labelingProtocol;
     27  String hybridizationProtocol;
     28  String scanningProtocol;
     29  String treatmentProtocolParams;
     30  String extractionProtocolParams;
     31  String labelingProtocolParams;
     32  String hybridizationProtocolParams;
     33  String scanningProtocolParams;
     34  String platform;
     35  String organism;
     36  String numDesigns;
     37  String dyeSwap;
     38  String refSample;
     39  String numTreatments;
     40  String expFactors;
     41  String numReplicates;
     42  String tissues;
     43  String pooling;
     44  String zipFile;
    545 
    6   String experimentName;
    7   String treatmentProtocol;
    8 
     46 
     47  public String getAccession()
     48  {
     49    return accession;
     50  }
     51  public void setAccession(String accession)
     52  {
     53    this.accession = accession;
     54  }
     55  public String getAuthors()
     56  {
     57    return authors;
     58  }
     59  public void setAuthors(String authors)
     60  {
     61    this.authors = authors;
     62  }
     63  public String getDescription()
     64  {
     65    return description;
     66  }
     67  public void setDescription(String description)
     68  {
     69    this.description = description;
     70  }
     71  public String getDomain()
     72  {
     73    return domain;
     74  }
     75  public void setDomain(String domain)
     76  {
     77    this.domain = domain;
     78  }
     79  public String getDyeSwap()
     80  {
     81    return dyeSwap;
     82  }
     83  public void setDyeSwap(String dyeSwap)
     84  {
     85    this.dyeSwap = dyeSwap;
     86  }
     87  public String getExperimentalDesign()
     88  {
     89    return experimentalDesign;
     90  }
     91  public void setExperimentalDesign(String experimentalDesign)
     92  {
     93    this.experimentalDesign = experimentalDesign;
     94  }
    995  public String getExperimentName()
    1096  {
    1197    return experimentName;
    1298  }
    13 
    1499  public void setExperimentName(String experimentName)
    15100  {
    16     System.out.println("setting experimentName to " + experimentName);
    17101    this.experimentName = experimentName;
    18102  }
    19 
     103  public String getExpFactors()
     104  {
     105    return expFactors;
     106  }
     107  public void setExpFactors(String expFactors)
     108  {
     109    this.expFactors = expFactors;
     110  }
     111  public String getExtractionProtocol()
     112  {
     113    return extractionProtocol;
     114  }
     115  public void setExtractionProtocol(String extractionProtocol)
     116  {
     117    this.extractionProtocol = extractionProtocol;
     118  }
     119  public String getExtractionProtocolParams()
     120  {
     121    return extractionProtocolParams;
     122  }
     123  public void setExtractionProtocolParams(String extractionProtocolParams)
     124  {
     125    this.extractionProtocolParams = extractionProtocolParams;
     126  }
     127  public String getHybridizationProtocol()
     128  {
     129    return hybridizationProtocol;
     130  }
     131  public void setHybridizationProtocol(String hybridizationProtocol)
     132  {
     133    this.hybridizationProtocol = hybridizationProtocol;
     134  }
     135  public String getHybridizationProtocolParams()
     136  {
     137    return hybridizationProtocolParams;
     138  }
     139  public void setHybridizationProtocolParams(String hybridizationProtocolParams)
     140  {
     141    this.hybridizationProtocolParams = hybridizationProtocolParams;
     142  }
     143  public String getIssue()
     144  {
     145    return issue;
     146  }
     147  public void setIssue(String issue)
     148  {
     149    this.issue = issue;
     150  }
     151  public String getJournal()
     152  {
     153    return journal;
     154  }
     155  public void setJournal(String journal)
     156  {
     157    this.journal = journal;
     158  }
     159  public String getLabelingProtocol()
     160  {
     161    return labelingProtocol;
     162  }
     163  public void setLabelingProtocol(String labelingProtocol)
     164  {
     165    this.labelingProtocol = labelingProtocol;
     166  }
     167  public String getLabelingProtocolParams()
     168  {
     169    return labelingProtocolParams;
     170  }
     171  public void setLabelingProtocolParams(String labelingProtocolParams)
     172  {
     173    this.labelingProtocolParams = labelingProtocolParams;
     174  }
     175  public String getNumDesigns()
     176  {
     177    return numDesigns;
     178  }
     179  public void setNumDesigns(String numDesigns)
     180  {
     181    this.numDesigns = numDesigns;
     182  }
     183  public String getNumReplicates()
     184  {
     185    return numReplicates;
     186  }
     187  public void setNumReplicates(String numReplicates)
     188  {
     189    this.numReplicates = numReplicates;
     190  }
     191  public String getNumTreatments()
     192  {
     193    return numTreatments;
     194  }
     195  public void setNumTreatments(String numTreatments)
     196  {
     197    this.numTreatments = numTreatments;
     198  }
     199  public String getOrganism()
     200  {
     201    return organism;
     202  }
     203  public void setOrganism(String organism)
     204  {
     205    this.organism = organism;
     206  }
     207  public String getOrganization()
     208  {
     209    return organization;
     210  }
     211  public void setOrganization(String organization)
     212  {
     213    this.organization = organization;
     214  }
     215  public String getPages()
     216  {
     217    return pages;
     218  }
     219  public void setPages(String pages)
     220  {
     221    this.pages = pages;
     222  }
     223  public String getPlatform()
     224  {
     225    return platform;
     226  }
     227  public void setPlatform(String platform)
     228  {
     229    this.platform = platform;
     230  }
     231  public String getPooling()
     232  {
     233    return pooling;
     234  }
     235  public void setPooling(String pooling)
     236  {
     237    this.pooling = pooling;
     238  }
     239  public String getPublicationTitle()
     240  {
     241    return publicationTitle;
     242  }
     243  public void setPublicationTitle(String publicationTitle)
     244  {
     245    this.publicationTitle = publicationTitle;
     246  }
     247  public String getPubmedId()
     248  {
     249    return pubmedId;
     250  }
     251  public void setPubmedId(String pubmedId)
     252  {
     253    this.pubmedId = pubmedId;
     254  }
     255  public String getQualityControl()
     256  {
     257    return qualityControl;
     258  }
     259  public void setQualityControl(String qualityControl)
     260  {
     261    this.qualityControl = qualityControl;
     262  }
     263  public String getRefSample()
     264  {
     265    return refSample;
     266  }
     267  public void setRefSample(String refSample)
     268  {
     269    this.refSample = refSample;
     270  }
     271  public String getReleaseDate()
     272  {
     273    return releaseDate;
     274  }
     275  public void setReleaseDate(String releaseDate)
     276  {
     277    this.releaseDate = releaseDate;
     278  }
     279  public String getScanningProtocol()
     280  {
     281    return scanningProtocol;
     282  }
     283  public void setScanningProtocol(String scanningProtocol)
     284  {
     285    this.scanningProtocol = scanningProtocol;
     286  }
     287  public String getScanningProtocolParams()
     288  {
     289    return scanningProtocolParams;
     290  }
     291  public void setScanningProtocolParams(String scanningProtocolParams)
     292  {
     293    this.scanningProtocolParams = scanningProtocolParams;
     294  }
     295  public String getSubmissionDate()
     296  {
     297    return submissionDate;
     298  }
     299  public void setSubmissionDate(String submissionDate)
     300  {
     301    this.submissionDate = submissionDate;
     302  }
     303  public String getSubmitter()
     304  {
     305    return submitter;
     306  }
     307  public void setSubmitter(String submitter)
     308  {
     309    this.submitter = submitter;
     310  }
     311  public String getTissues()
     312  {
     313    return tissues;
     314  }
     315  public void setTissues(String tissues)
     316  {
     317    this.tissues = tissues;
     318  }
    20319  public String getTreatmentProtocol()
    21320  {
    22321    return treatmentProtocol;
    23322  }
    24 
    25323  public void setTreatmentProtocol(String treatmentProtocol)
    26324  {
    27     System.out.println("setting treatmentProtocol to " + treatmentProtocol);
    28325    this.treatmentProtocol = treatmentProtocol;
    29326  }
    30 
     327  public String getTreatmentProtocolParams()
     328  {
     329    return treatmentProtocolParams;
     330  }
     331  public void setTreatmentProtocolParams(String treatmentProtocolParams)
     332  {
     333    this.treatmentProtocolParams = treatmentProtocolParams;
     334  }
     335  public String getVolume()
     336  {
     337    return volume;
     338  }
     339  public void setVolume(String volume)
     340  {
     341    this.volume = volume;
     342  }
     343  public String getYear()
     344  {
     345    return year;
     346  }
     347  public void setYear(String year)
     348  {
     349    this.year = year;
     350  }
     351  public String getZipFile()
     352  {
     353    return zipFile;
     354  }
     355  public void setZipFile(String zipFile)
     356  {
     357    this.zipFile = zipFile;
     358  }
     359 
     360 
    31361
    32362}
  • branches/uk_ac_ebi_Tab2MageImporter/src/uk/ac/ebi/nugo/plugins/Tab2MageImporter.java

    r497 r512  
    9393  private PluginParameter<Boolean> validationParameter;
    9494
    95   // parameters from custom input page (input.jsp)
    96   PluginParameter zipFile;
    97   PluginParameter platform;
    98   PluginParameter organism;
    99   PluginParameter numDesigns;
    100   PluginParameter dyeSwap;
    101   PluginParameter refSample;
    102   PluginParameter numTreatments;
    103   PluginParameter expFactors;
    104   PluginParameter numReplicates;
    105   PluginParameter tissues;
    106   PluginParameter pooling;
    107   PluginParameter experimentName;
    108   PluginParameter treatmentProtocol;
    109 
    11095  //holds the plugin/job config parameters
    11196  LinkedList<PluginParameter<?>> params;
     
    134119  private void initParams()
    135120  {   
    136     // first create the parameter types
     121    //add all the parameter names to a String array for processing
     122    String [] paramNames = new String []{"domain","accession","qualityControl","experimentalDesign",
     123            "experimentName","description","releaseDate","submissionDate","submitter","organization",
     124            "publicationTitle","authors","journal","volume","issue","pages","year","pubmedId","treatmentProtocol",
     125            "extractionProtocol","labelingProtocol","hybridizationProtocol","scanningProtocol",
     126            "treatmentProtocolParams","extractionProtocolParams","labelingProtocolParams",
     127            "hybridizationProtocolParams","scanningProtocolParams","platform","organism",
     128            "numDesigns","dyeSwap","refSample","numTreatments","expFactors","numReplicates",
     129            "tissues","pooling","zipFile"};
     130       
     131    // next create the parameter type
    137132    StringParameterType stringPT = new StringParameterType(255, null, true);
    138 
    139     // create the plugin parameter objects here
    140     experimentName = new PluginParameter<String>("experimentName", "experimentName", "experimentName", stringPT);
    141     treatmentProtocol = new PluginParameter<String>("treatmentProtocol", "treatmentProtocol", "treatmentProtocol", stringPT);
    142 //    zipFile = new PluginParameter<String>("zipFile", " Zip file", "Contains raw data files", stringPT);
    143     platform = new PluginParameter<String>("platform", "Platform", "chip platform used", stringPT);
    144 //    organism = new PluginParameter<String>("organism", "Organism", "First string", stringPT);
    145 //    numDesigns = new PluginParameter<String>("numDesigns", "NumDesigns", "Second string", stringPT);
    146 //    dyeSwap = new PluginParameter<String>("dyeSwap", "dyeSwap", "dyeSwap", stringPT);
    147 //    refSample = new PluginParameter<String>("refSample","refSample","refSample", stringPT);
    148 //    numTreatments = new PluginParameter<String>("numTreatments","numTreatments","numTreatments", stringPT);
    149 //    expFactors = new PluginParameter<String>("expFactors","expFactors","expFactors",stringPT);
    150 //    numReplicates = new PluginParameter<String>("numReplicates","numReplicates","numReplicates", stringPT);
    151 //    tissues = new PluginParameter<String>("tissues","tissues","tissues", stringPT);
    152 //    pooling = new PluginParameter<String>("pooling","pooling","pooling",stringPT);
    153 
    154     //add them all to a list
     133   
     134    //a list to add the parameters to
    155135    params = new LinkedList<PluginParameter<?>>();
    156     params.add(experimentName);
    157     params.add(treatmentProtocol);
    158 //    params.add(zipFile);
    159     params.add(platform);
    160 //    params.add(organism);
    161 //    params.add(numDesigns);
    162 //    params.add(dyeSwap);
    163 //    params.add(refSample);
    164 //    params.add(numTreatments);
    165 //    params.add(expFactors);
    166 //    params.add(numReplicates);
    167 //    params.add(tissues);
    168 //    params.add(pooling);
     136
     137    // create the plugin parameter objects here and add them to the list
     138    for (int i = 0; i < paramNames.length; i++)
     139    {
     140      PluginParameter<String> param = new PluginParameter<String>(paramNames[i],paramNames[i],paramNames[i],stringPT);
     141      params.add(param);
     142    }
    169143  }
    170144
     
    203177
    204178        //print out current values
     179        System.out.println("=================================================================");
    205180        System.out.println("current parameter values:");
    206181        PluginConfigurationRequest pcRequest = (PluginConfigurationRequest) sc.getSessionSetting("plugin.configure.request");
     
    210185          System.out.println(param.getName() + " = " + value);
    211186        }
     187        System.out.println("=================================================================");
    212188      }
    213189    }
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.