Changeset 791


Ignore:
Timestamp:
Sep 24, 2008, 9:16:08 PM (13 years ago)
Author:
Jari Häkkinen
Message:

References #129. Removed unused code, moved common code to super class, added a few comments.

Location:
plugins/base1/se.lu.onk.ReplicateError/trunk/src/replicateerror
Files:
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • plugins/base1/se.lu.onk.ReplicateError/trunk/src/replicateerror/AcrossAssays/ReplicateErrorAA.java

    r784 r791  
    209209     
    210210      Iterator<String> it = groups.keySet().iterator();
    211       PrintStream groupsFile = new PrintStream(new File("data", "groups.data"));
    212211      while (it.hasNext())
    213212      {
     
    222221        else
    223222        {
    224           groupsFile.println(key);
    225223          HTML.addGroup(key, assayIdToName(group));
    226224        }
     
    325323        }
    326324
    327         Iterator<Integer> i = replicates.keySet().iterator();
    328         while (i.hasNext())
    329         {
    330           Integer reporter = i.next();
    331           Replicate r = replicates.get(reporter);
    332           if (r.valid())
    333           {
    334             Iterator<Spot[]> dupI = r.duplicateIterator();
    335             while (dupI.hasNext())
    336             {
    337               Spot[] d = dupI.next();
    338               R.replica1Range(d[0].getM());
    339               R.replica2Range(d[1].getM());
    340               R.replicaMRange(Replicate.getReplicateM(d[0], d[1]));
    341             }
    342           }
    343           else
    344           {
    345             i.remove();
    346             if (leaveSingletons && r.size() == 1)
    347             {
    348               singletons.put(reporter, r);
    349             }
    350           }
    351         }
     325        // remove unusable replicates
     326        purgeUnusableReplicates(replicates, singletons);
    352327       
    353328        // calculate mean or median befor filter
     
    368343        R.setABRBefore(groupName, caluculateABR(replicates.values()));
    369344
    370         // print result
     345        // print result to file for later use in R
    371346        printDuplicates(replicates.values(), groupName + ".data");
    372347       
     
    376351          r.filter(averageBefore, sdLimit * sdBefore);
    377352        }
     353        // print result to file for later use in R
    378354        printDuplicates(replicates.values(), groupName + "good.data");
    379355       
  • plugins/base1/se.lu.onk.ReplicateError/trunk/src/replicateerror/ReplicateError.java

    r784 r791  
    241241  }
    242242
     243  protected void purgeUnusableReplicates(HashMap<Integer, Replicate> replicates,
     244                                         HashMap<Integer, Replicate> singletons)
     245  {
     246    Iterator<Integer> i = replicates.keySet().iterator();
     247    while (i.hasNext())
     248    {
     249      Integer reporter = i.next();
     250      Replicate r = replicates.get(reporter);
     251      if (r.valid())
     252      {
     253        Iterator<Spot[]> dupI = r.duplicateIterator();
     254        while (dupI.hasNext())
     255        {
     256          Spot[] d = dupI.next();
     257          R.replica1Range(d[0].getM());
     258          R.replica2Range(d[1].getM());
     259          R.replicaMRange(Replicate.getReplicateM(d[0], d[1]));
     260        }
     261      }
     262      else
     263      {
     264        i.remove();
     265        if (leaveSingletons && r.size() == 1) singletons.put(reporter, r);
     266      }
     267    }
     268  }
     269
    243270  protected List<Float> getMList(Collection<Replicate> replicates)
    244271  {
  • plugins/base1/se.lu.onk.ReplicateError/trunk/src/replicateerror/WithinAssays/ReplicateErrorWA.java

    r784 r791  
    6161    {
    6262      HTML.openGroup();
    63       PrintStream groupsFile = new PrintStream(new File("data", "groups.data"));
    6463      String[] vals;
    6564      while ((vals = bfr.readDataRow()) != null)
    6665      {
    6766        assayName.put(new Integer(vals[idCol]), vals[nameCol]);
    68         groupsFile.println(vals[nameCol]);
    6967      }
    70       groupsFile.close();
    7168      HTML.closeGroup();
    7269    }
     
    139136       
    140137        // remove unusable replicates
    141         Iterator<Integer> it = replicates.keySet().iterator();
    142         while (it.hasNext())
    143         {
    144           Integer reporter = it.next();
    145           Replicate r = replicates.get(reporter);
    146           if (leaveSingletons && r.size() == 1)
    147           {
    148             singletons.put(reporter, r);
    149             it.remove();
    150           }
    151           else
    152           {
    153             Iterator<Spot[]> dupI = r.duplicateIterator();
    154             while (dupI.hasNext())
    155             {
    156               Spot[] d = dupI.next();
    157               R.replica1Range(d[0].getM());
    158               R.replica2Range(d[1].getM());
    159               R.replicaMRange(Replicate.getReplicateM(d[0], d[1]));
    160             }
    161           }
    162         }
     138        purgeUnusableReplicates(replicates, singletons);
    163139       
    164140        int nbrBefore = replicates.size();
     
    180156        R.setABRBefore(assayName.get(assay), caluculateABR(replicates.values()));
    181157       
    182         // print result
     158        // print result to file for later use in R
    183159        printDuplicates(replicates.values(), assayName.get(assay) + ".data");
    184160       
     
    188164          r.filter(averageBefore, sdLimit * sdBefore);
    189165        }
     166        // print result to file for later use in R
    190167        printDuplicates(replicates.values(), assayName.get(assay) + "good.data");
    191168       
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.