Changeset 833


Ignore:
Timestamp:
Nov 28, 2008, 2:15:23 PM (13 years ago)
Author:
Nicklas Nordborg
Message:

Fixes #150: Fix layout of DetectionPValue.java

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • plugins/base2/net.sf.basedb.illumina/trunk/src/net/sf/basedb/illumina/plugins/DetectionPValue.java

    r700 r833  
    6363import net.sf.basedb.core.query.SqlResult;
    6464import net.sf.basedb.core.signal.SignalHandler;
    65 import net.sf.basedb.core.signal.SignalReceivedException;
    6665import net.sf.basedb.core.signal.SignalTarget;
    6766import net.sf.basedb.core.signal.ThreadSignalHandler;
     
    123122      "Illumina Focused Arrays (not yet implemented)",
    124123      new StringParameterType(255, "Whole Genome BeadChip", true, 1, 0, 0,
    125                               Arrays.asList(
    126                                 new String[] { "Whole Genome BeadChip" ,
    127                                                "Focused Array (not yet implemented)" }
    128                                 )
     124        Arrays.asList(
     125          new String[] { "Whole Genome BeadChip", "Focused Array (not yet implemented)" }
    129126        )
    130       );
     127      )
     128    );
    131129
    132130  private static final String defaultChildName="Detection P-value";
     
    167165        {
    168166          response.setError(errors.size() +
    169                             " invalid parameter(s) were found in the request",
    170                             errors);
     167            " invalid parameter(s) were found in the request", errors);
    171168          return;
    172169        }
     
    186183        Job.ExecutionTime execTime = Job.ExecutionTime.SHORT;
    187184        DbControl dc = sc.newDbControl();
    188         try {
     185        try
     186        {
    189187          BioAssaySet source = getSourceBioAssaySet(dc);
    190188          int nofAssays = source.getBioAssays().list(dc).size();
    191189          if (nofAssays>10 && nofAssays<30)
     190          {
    192191            execTime = Job.ExecutionTime.MEDIUM;
     192          }
    193193          else if (nofAssays>=30)
     194          {
    194195            execTime = Job.ExecutionTime.LONG;
     196          }
    195197        }
    196         finally {
    197           if (dc != null)
    198             dc.close();
     198        finally
     199        {
     200          if (dc != null) dc.close();
    199201        }
    200202        response.setDone("Job configuration complete", execTime);
    201203      }
    202     }
    203     catch (SignalReceivedException ex)
    204     {
    205       response.setError("Aborted by user", Arrays.asList(ex));
    206204    }
    207205    catch (Throwable ex)
     
    259257    if (permissions.size() == 0)
    260258    {
    261       permissions.add(new Permissions(Item.EXPERIMENT, null,
    262                                       EnumSet.of(Permission.USE)));
    263       permissions.add(new Permissions(Item.EXTRAVALUETYPE, null,
    264                                       EnumSet.of(Permission.USE)));
    265       permissions.add(new Permissions(Item.JOB, null,
    266                                       EnumSet.of(Permission.READ)));
     259      permissions.add(new Permissions(Item.EXPERIMENT, null, EnumSet.of(Permission.USE)));
     260      permissions.add(new Permissions(Item.EXTRAVALUETYPE, null, EnumSet.of(Permission.USE)));
     261      permissions.add(new Permissions(Item.JOB, null, EnumSet.of(Permission.READ)));
    267262    }
    268263    return permissions;
     
    276271  {
    277272    if (cmd.equals(Request.COMMAND_CONFIGURE_JOB))
     273    {
    278274      return getConfigureJobParameters();
     275    }
    279276    return null;
    280277  }
     
    303300      DbControl dc = null;
    304301      Experiment experiment = null;
    305       try {
     302      try
     303      {
    306304        dc = sc.newDbControl();
    307305        experiment=getCurrentExperiment(dc);
     
    309307      finally
    310308      {
    311         if (dc != null)
    312           dc.close();
     309        if (dc != null) dc.close();
    313310      }
    314311      if (Illumina.getBeadSummaryType() != experiment.getRawDataType())
    315312      {
    316         message = ("The experiment (" + experiment +
    317                    ") is not Illumina expression data");
     313        message = "The experiment (" + experiment + ") is not Illumina expression data";
    318314      }
    319315    }
     
    328324    float[] absMedianDistance=new float[sortedIntensity.length];
    329325    for (int i=0; i<absMedianDistance.length; ++i)
     326    {
    330327      absMedianDistance[i]=Math.abs(sortedIntensity[i]-controlMedian);
     328    }
    331329    Arrays.sort(absMedianDistance);
    332330    float MAD=median(absMedianDistance);
     
    335333    int controlstart=0;
    336334    while ((controlMedian-sortedIntensity[controlstart]) > MADcut)
     335    {
    337336      controlstart++;
     337    }
    338338    int controlend=sortedIntensity.length;
    339339    while ((sortedIntensity[--controlend]-controlMedian) > MADcut);
     
    380380      dc = sc.newDbControl();
    381381      BioAssaySet source = getSourceBioAssaySet(dc);
    382       String childName = Values.getString((String)job.getValue(CHILD_NAME),
    383                                           source.getName());
     382      String childName = Values.getString((String)job.getValue(CHILD_NAME), source.getName());
    384383      String childDescription = (String)job.getValue(CHILD_DESCRIPTION);
    385384
     
    421420      {
    422421        // Batcher for inserting child data
    423         SpotExtraValueBatcher<Float> batcher=
    424           child.getSpotExtraValueBatcher(Float.class,
    425                                          ExtraValueType.getByExternalId(dc,Illumina.DETECTION_PVALUE_ID),
    426                                          thisJob);
     422        SpotExtraValueBatcher<Float> batcher = child.getSpotExtraValueBatcher(
     423          Float.class,
     424          ExtraValueType.getByExternalId(dc, Illumina.DETECTION_PVALUE_ID),
     425          thisJob);
    427426
    428427        // Caluclate one bioassay at a time
     
    435434          if (progress != null)
    436435          {
    437             progress.display(100*assayNo/nofAssays, "Treating assay " +
    438                             (assayNo+1) + " of " + nofAssays + ".");
     436            progress.display(100*assayNo/nofAssays,
     437                "Treating assay " + (assayNo+1) + " of " + nofAssays + ".");
    439438          }
    440439
     
    454453          }
    455454          dri.close();
    456           int[] controlStartStop=
    457             locateOutlierBoundary(sortedControlIntensity,
    458                                   (Float)job.getValue(outlierParameter.getName()));
     455          int[] controlStartStop =  locateOutlierBoundary(sortedControlIntensity,
     456            (Float)job.getValue(outlierParameter.getName()));
    459457
    460458          checkInterrupted();
     
    471469            SqlResult result = dri.next();
    472470            batcher.insert(result.getShort(columnIndex), result.getInt(positionIndex),
    473                            pvalue(sortedControlIntensity, controlStartStop[0],
    474                                   controlStartStop[1], result.getFloat(ch1Index)));
     471              pvalue(sortedControlIntensity, controlStartStop[0],
     472              controlStartStop[1], result.getFloat(ch1Index)));
    475473          }
    476474          dri.close();
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.