Ignore:
Timestamp:
Nov 28, 2008, 6:27:49 PM (13 years ago)
Author:
Peter Johansson
Message:

refs #63. Fixed vpath issues in test so make distcheck no works in stand-alone and base1.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • plugins/base1/se.lu.thep.wenni/trunk/test/wenni_test.cc

    r825 r836  
    33/*
    44  Copyright (C) 2005, 2006 Jari Häkkinen
    5   Copyright (C) 2007 Peter Johansson
     5  Copyright (C) 2007 2008 Peter Johansson
    66
    77  This file is part of WeNNI,
     
    2424#include "c++_tools/gslapi/matrix.h"
    2525
     26#include <cassert>
    2627#include <cmath>
    2728#include <cstdlib>
    2829#include <iostream>
    2930#include <fstream>
     31#include <sstream>
    3032#include <string>
    3133#include <unistd.h>
     
    4850  teststatus|=check_default_results();
    4951
    50   std::string system_call= "./nni -data default_results/wenni_logratio.data";
    51   system_call+=" -neighbours 10 -weight ../data/wenni_snr.data -weight_is_snr";
    52   system_call+=" > wenni_imputed.data";
    53   if (system(system_call.c_str())) {
     52  char* buf=std::getenv("srcdir");
     53  assert(buf);
     54  std::string srcdir(buf);
     55  std::stringstream system_call;
     56  system_call << "./nni -data default_results/wenni_logratio.data"
     57              << " -neighbours 10 -weight " << srcdir
     58              << "/../data/wenni_snr.data -weight_is_snr"
     59              << " > wenni_imputed.data";
     60  if (system(system_call.str().c_str())) {
    5461    teststatus|=true;
    5562    std::cerr << "ERROR: system call failed:\n\t" << system_call << std::endl;
     
    5764  teststatus|=check_wenni_snr_results();
    5865
    59   system_call= "./nni -data default_results/wenni_logratio.data -neighbours 10";
    60   system_call+=" -nni_algorithm kNNI -weight default_results/wenni_weight.data";
    61   system_call+=" -weight_cutoff 0.5 > knni_imputed.data";
    62   if (system(system_call.c_str())) {
     66  system_call.str("");
     67  system_call << "./nni -data default_results/wenni_logratio.data -neighbours 10"
     68              << " -nni_algorithm kNNI -weight default_results/wenni_weight.data"
     69              << " -weight_cutoff 0.5 > knni_imputed.data";
     70  if (system(system_call.str().c_str())) {
    6371    teststatus|=true;
    6472    std::cerr << "ERROR: system call failed:\n\t" << system_call << std::endl;
     
    7482bool check_default_results(void)
    7583{
    76   bool teststatus=false;
    77   teststatus|=diff("default_results/BASEfile.data","../data/basefile_in.data");
     84  char* buf=std::getenv("srcdir");
     85  assert(buf);
     86  std::string srcdir(buf);
     87
     88  bool teststatus=false;
     89  teststatus|=diff("default_results/BASEfile.data",
     90                   srcdir+"/../data/basefile_in.data");
    7891  teststatus|=diff("default_results/basefile_out.data",
    79                    "../data/basefile_out.data");
     92                   srcdir+"/../data/basefile_out.data");
    8093  teststatus|=compare("default_results/wenni_BCh1SD.data",
    81                       "../data/wenni_BCh1SD.data");
     94                      srcdir+"/../data/wenni_BCh1SD.data");
    8295  teststatus|=compare("default_results/wenni_BCh2SD.data",
    83                       "../data/wenni_BCh2SD.data");
     96                      srcdir+"/../data/wenni_BCh2SD.data");
    8497  teststatus|=compare("default_results/wenni_imputed.data",
    85                       "../data/wenni_imputed.data");
     98                      srcdir+"/../data/wenni_imputed.data");
    8699  teststatus|=compare("default_results/wenni_intensity1.data",
    87                       "../data/wenni_intensity1.data");
     100                      srcdir+"/../data/wenni_intensity1.data");
    88101  teststatus|=compare("default_results/wenni_intensity2.data",
    89                       "../data/wenni_intensity2.data");
     102                      srcdir+"/../data/wenni_intensity2.data");
    90103  teststatus|=compare("default_results/wenni_logratio.data",
    91                       "../data/wenni_logratio.data");
     104                      srcdir+"/../data/wenni_logratio.data");
    92105  teststatus|=compare("default_results/wenni_weight.data",
    93                       "../data/wenni_weight.data");
     106                      srcdir+"/../data/wenni_weight.data");
    94107  if (teststatus)
    95108    std::cerr << "ERROR: check_default_results failed." << std::endl;
     
    100113bool check_knni_results(void)
    101114{
    102   bool teststatus=false;
    103   teststatus|=diff("knni_imputed.data","../data/knni_imputed.data");
     115  char* buf=std::getenv("srcdir");
     116  assert(buf);
     117  std::string srcdir(buf);
     118  bool teststatus=false;
     119  teststatus|=diff("knni_imputed.data",srcdir+"/../data/knni_imputed.data");
    104120  if (teststatus)
    105121    std::cerr << "ERROR: check_knni_results failed." << std::endl;
     
    110126bool check_raw_results(void)
    111127{
    112   bool teststatus=false;
    113   teststatus|=diff("raw_results/BASEfile.data","../data/basefile_in.data");
     128  char* buf=std::getenv("srcdir");
     129  assert(buf);
     130  std::string srcdir(buf);
     131
     132  bool teststatus=false;
     133  teststatus|=diff("raw_results/BASEfile.data",
     134                   srcdir+"/../data/basefile_in.data");
    114135  teststatus|=diff("raw_results/basefile_out.data","../data/basefile_out.data");
    115136  teststatus|=compare("raw_results/wenni_BCh1Mean.data",
    116                       "../data/wenni_BCh1Mean.data");
     137                      srcdir+"/../data/wenni_BCh1Mean.data");
    117138  teststatus|=compare("raw_results/wenni_BCh1SD.data",
    118                       "../data/wenni_BCh1SD.data");
     139                      srcdir+"/../data/wenni_BCh1SD.data");
    119140  teststatus|=compare("raw_results/wenni_BCh2Mean.data",
    120                       "../data/wenni_BCh2Mean.data");
     141                      srcdir+"/../data/wenni_BCh2Mean.data");
    121142  teststatus|=compare("raw_results/wenni_BCh2SD.data",
    122                       "../data/wenni_BCh2SD.data");
     143                      srcdir+"/../data/wenni_BCh2SD.data");
    123144  teststatus|=compare("raw_results/wenni_FCh1Mean.data",
    124                       "../data/wenni_FCh1Mean.data");
     145                      srcdir+"/../data/wenni_FCh1Mean.data");
    125146  teststatus|=compare("raw_results/wenni_FCh2Mean.data",
    126                       "../data/wenni_FCh2Mean.data");
     147                      srcdir+"/../data/wenni_FCh2Mean.data");
    127148  teststatus|=compare("raw_results/wenni_imputed.data",
    128                       "../data/wenni_imputed.data");
     149                      srcdir+"/../data/wenni_imputed.data");
    129150  teststatus|=compare("raw_results/wenni_logratio.data",
    130                       "../data/wenni_logratio.data");
     151                      srcdir+"/../data/wenni_logratio.data");
    131152  teststatus|=compare("raw_results/wenni_weight.data",
    132                       "../data/wenni_weight.data");
     153                      srcdir+"/../data/wenni_weight.data");
    133154  if (teststatus)
    134155    std::cerr << "ERROR: check_raw_results failed." << std::endl;
     
    140161{
    141162  bool teststatus=false;
    142   teststatus|=compare("wenni_imputed.data","../data/wenni_imputed.data",
     163  char* buf=std::getenv("srcdir");
     164  assert(buf);
     165  std::string srcdir(buf);
     166  teststatus|=compare("wenni_imputed.data",srcdir+"/../data/wenni_imputed.data",
    143167                      1.1e-11);
    144168  if (teststatus)
     
    173197  bool teststatus=false;
    174198  std::ifstream astream(a.c_str());
     199  assert(astream.good());
    175200  std::ifstream bstream(b.c_str());
     201  assert(bstream.good());
    176202  theplu::gslapi::matrix adata(astream);
    177203  theplu::gslapi::matrix bdata(bstream);
     
    193219{
    194220  std::ifstream is1(a.c_str());
     221  assert(is1.good());
    195222  std::ifstream is2(a.c_str());
     223  assert(is2.good());
    196224  std::string str1;
    197225  std::string str2;
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.