source: trunk/plugin/conf/xsd/mascot_search_results_2.xsd @ 4262

Last change on this file since 4262 was 4262, checked in by Fredrik Levander, 12 years ago

mascot schema update
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Id
File size: 38.7 KB
Line 
1<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
2<!--
3  @(#)$Source: /vol/cvsroot/mascot/xml/schema/mascot_search_results_2.xsd,v $
4  @(#)$Revision: 1.15 $
5  @(#)$Name:  $
6-->
7<xs:schema xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema" xmlns:msr="http://www.matrixscience.com/xmlns/schema/mascot_search_results_2" targetNamespace="http://www.matrixscience.com/xmlns/schema/mascot_search_results_2" elementFormDefault="qualified" attributeFormDefault="unqualified">
8  <xs:element name="mascot_search_results">
9    <xs:annotation>
10      <xs:documentation>Structured information parsed from a single Mascot search result file</xs:documentation>
11    </xs:annotation>
12    <xs:complexType>
13      <xs:sequence>
14        <xs:element name="header" minOccurs="0">
15          <xs:annotation>
16            <xs:documentation>Information about the search</xs:documentation>
17          </xs:annotation>
18          <xs:complexType>
19            <xs:sequence>
20              <xs:element name="COM" type="xs:string">
21                <xs:annotation>
22                  <xs:documentation>Search title</xs:documentation>
23                </xs:annotation>
24              </xs:element>
25              <xs:element name="Date" type="xs:dateTime">
26                <xs:annotation>
27                  <xs:documentation>UTC date and time</xs:documentation>
28                </xs:annotation>
29              </xs:element>
30              <xs:element name="USERNAME" type="xs:string">
31                <xs:annotation>
32                  <xs:documentation>User name</xs:documentation>
33                </xs:annotation>
34              </xs:element>
35              <xs:element name="USEREMAIL" type="xs:string">
36                <xs:annotation>
37                  <xs:documentation>User email address</xs:documentation>
38                </xs:annotation>
39              </xs:element>
40              <xs:element name="URI" type="xs:anyURI">
41                <xs:annotation>
42                  <xs:documentation>URI for result report</xs:documentation>
43                </xs:annotation>
44              </xs:element>
45              <xs:element name="FILENAME" type="xs:string">
46                <xs:annotation>
47                  <xs:documentation>File path to MS data</xs:documentation>
48                </xs:annotation>
49              </xs:element>
50              <xs:element name="FORMAT" type="xs:string">
51                <xs:annotation>
52                  <xs:documentation>MS/MS peak list format</xs:documentation>
53                </xs:annotation>
54              </xs:element>
55              <xs:element name="SEARCH" type="xs:string">
56                <xs:annotation>
57                  <xs:documentation>Search type (from form)</xs:documentation>
58                </xs:annotation>
59              </xs:element>
60              <xs:element name="MascotVer" type="xs:string">
61                <xs:annotation>
62                  <xs:documentation>Mascot version</xs:documentation>
63                </xs:annotation>
64              </xs:element>
65              <xs:element name="DB" type="xs:string">
66                <xs:annotation>
67                  <xs:documentation>Sequence database name</xs:documentation>
68                </xs:annotation>
69              </xs:element>
70              <xs:element name="FastaVer" type="xs:string">
71                <xs:annotation>
72                  <xs:documentation>Fasta file name</xs:documentation>
73                </xs:annotation>
74              </xs:element>
75              <xs:element name="NumSeqs" type="xs:long">
76                <xs:annotation>
77                  <xs:documentation>Total number of entries in sequence database</xs:documentation>
78                </xs:annotation>
79              </xs:element>
80              <xs:element name="NumResidues" type="xs:long">
81                <xs:annotation>
82                  <xs:documentation>Total number of residues in sequence database</xs:documentation>
83                </xs:annotation>
84              </xs:element>
85              <xs:element name="NumSeqsAfterTax" type="xs:long">
86                <xs:annotation>
87                  <xs:documentation>Number of sequences after application of taxonomy filter</xs:documentation>
88                </xs:annotation>
89              </xs:element>
90              <xs:element name="error_tolerant_num" minOccurs="0">
91                <xs:annotation>
92                  <xs:documentation>Number of entries searched in error tolerant mode</xs:documentation>
93                </xs:annotation>
94                <xs:simpleType>
95                  <xs:restriction base="xs:long">
96                    <xs:minInclusive value="1"/>
97                  </xs:restriction>
98                </xs:simpleType>
99              </xs:element>
100              <xs:element name="NumQueries">
101                <xs:annotation>
102                  <xs:documentation>Number of queries</xs:documentation>
103                </xs:annotation>
104                <xs:simpleType>
105                  <xs:restriction base="xs:long">
106                    <xs:minInclusive value="1"/>
107                  </xs:restriction>
108                </xs:simpleType>
109              </xs:element>
110              <xs:element name="warning" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">
111                <xs:annotation>
112                  <xs:documentation>Warning messages</xs:documentation>
113                </xs:annotation>
114                <xs:complexType>
115                  <xs:simpleContent>
116                    <xs:extension base="xs:string">
117                      <xs:attribute name="number" type="xs:integer" use="required"/>
118                    </xs:extension>
119                  </xs:simpleContent>
120                </xs:complexType>
121              </xs:element>
122            </xs:sequence>
123          </xs:complexType>
124        </xs:element>
125        <xs:element name="decoy" minOccurs="0">
126          <xs:annotation>
127            <xs:documentation>Decoy search statistics</xs:documentation>
128          </xs:annotation>
129          <xs:complexType>
130            <xs:sequence>
131              <xs:element name="NumHitsAboveIdentity" type="xs:long" minOccurs="0">
132                <xs:annotation>
133                  <xs:documentation>Number of matches above identity threshold in search of real database</xs:documentation>
134                </xs:annotation>
135              </xs:element>
136              <xs:element name="NumDecoyHitsAboveIdentity" type="xs:long" minOccurs="0">
137                <xs:annotation>
138                  <xs:documentation>Number of matches above identity threshold in search of decoy database</xs:documentation>
139                </xs:annotation>
140              </xs:element>
141              <xs:element name="NumHitsAboveHomology" type="xs:long" minOccurs="0">
142                <xs:annotation>
143                  <xs:documentation>Number of matches above homology threshold in search of real database, (MS/MS only)</xs:documentation>
144                </xs:annotation>
145              </xs:element>
146              <xs:element name="NumDecoyHitsAboveHomology" type="xs:long" minOccurs="0">
147                <xs:annotation>
148                  <xs:documentation>Number of matches above homology threshold in search of decoy database, (MS/MS only)</xs:documentation>
149                </xs:annotation>
150              </xs:element>
151              <xs:element name="HighestScoreProtein" type="xs:double" minOccurs="0">
152                <xs:annotation>
153                  <xs:documentation>Highest protein score in search of real database, (PMF only)</xs:documentation>
154                </xs:annotation>
155              </xs:element>
156              <xs:element name="HighestScoreDecoyProtein" type="xs:double" minOccurs="0">
157                <xs:annotation>
158                  <xs:documentation>Highest protein score in search of decoy database, (PMF only)</xs:documentation>
159                </xs:annotation>
160              </xs:element>
161            </xs:sequence>
162          </xs:complexType>
163        </xs:element>
164        <xs:element name="fixed_mods" minOccurs="0">
165          <xs:annotation>
166            <xs:documentation>Summary of fixed modification info.</xs:documentation>
167          </xs:annotation>
168          <xs:complexType>
169            <xs:sequence>
170              <xs:element name="modification" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">
171                <xs:complexType>
172                  <xs:sequence>
173                    <xs:element name="name" type="xs:string">
174                      <xs:annotation>
175                        <xs:documentation>modification name</xs:documentation>
176                      </xs:annotation>
177                    </xs:element>
178                    <xs:element name="delta" type="xs:double">
179                      <xs:annotation>
180                        <xs:documentation>mass delta</xs:documentation>
181                      </xs:annotation>
182                    </xs:element>
183                    <xs:element name="neutral_loss" type="xs:double" minOccurs="0">
184                      <xs:annotation>
185                        <xs:documentation>Neutral loss</xs:documentation>
186                      </xs:annotation>
187                    </xs:element>
188                  </xs:sequence>
189                  <xs:attribute name="identifier" type="xs:string" use="required"/>
190                </xs:complexType>
191              </xs:element>
192            </xs:sequence>
193          </xs:complexType>
194        </xs:element>
195        <xs:element name="variable_mods" minOccurs="0">
196          <xs:annotation>
197            <xs:documentation>Summary of variable modification info.</xs:documentation>
198          </xs:annotation>
199          <xs:complexType>
200            <xs:sequence>
201              <xs:element name="modification" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">
202                <xs:complexType>
203                  <xs:sequence>
204                    <xs:element name="name" type="xs:string">
205                      <xs:annotation>
206                        <xs:documentation>modification name</xs:documentation>
207                      </xs:annotation>
208                    </xs:element>
209                    <xs:element name="delta" type="xs:double">
210                      <xs:annotation>
211                        <xs:documentation>mass delta</xs:documentation>
212                      </xs:annotation>
213                    </xs:element>
214                    <xs:element name="neutral_loss" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">
215                      <xs:annotation>
216                        <xs:documentation>Neutral loss</xs:documentation>
217                      </xs:annotation>
218                      <xs:complexType>
219                        <xs:simpleContent>
220                          <xs:extension base="xs:double">
221                            <xs:attribute name="identifier" type="xs:string" use="required"/>
222                          </xs:extension>
223                        </xs:simpleContent>
224                      </xs:complexType>
225                    </xs:element>
226                  </xs:sequence>
227                  <xs:attribute name="identifier" type="xs:string" use="required"/>
228                </xs:complexType>
229              </xs:element>
230            </xs:sequence>
231          </xs:complexType>
232        </xs:element>
233        <xs:element name="search_parameters" minOccurs="0">
234          <xs:annotation>
235            <xs:documentation>Search parameters</xs:documentation>
236          </xs:annotation>
237          <xs:complexType>
238            <xs:sequence>
239              <xs:element name="TAXONOMY" type="xs:string">
240                <xs:annotation>
241                  <xs:documentation>Taxonomy filter</xs:documentation>
242                </xs:annotation>
243              </xs:element>
244              <xs:element name="CLE" type="xs:string">
245                <xs:annotation>
246                  <xs:documentation>Enzyme</xs:documentation>
247                </xs:annotation>
248              </xs:element>
249              <xs:element name="PFA">
250                <xs:annotation>
251                  <xs:documentation>Maximum number of missed cleavages</xs:documentation>
252                </xs:annotation>
253                <xs:simpleType>
254                  <xs:restriction base="xs:integer">
255                    <xs:minInclusive value="0"/>
256                    <xs:maxInclusive value="9"/>
257                  </xs:restriction>
258                </xs:simpleType>
259              </xs:element>
260              <xs:element name="MODS" type="xs:string">
261                <xs:annotation>
262                  <xs:documentation>Fixed modifications</xs:documentation>
263                </xs:annotation>
264              </xs:element>
265              <xs:element name="ICAT" type="xs:boolean" minOccurs="0">
266                <xs:annotation>
267                  <xs:documentation>ICAT experiment</xs:documentation>
268                </xs:annotation>
269              </xs:element>
270              <xs:element name="QUANTITATION" type="xs:string" minOccurs="0">
271                <xs:annotation>
272                  <xs:documentation>Quantitation method</xs:documentation>
273                </xs:annotation>
274              </xs:element>
275              <xs:element name="IT_MODS" type="xs:string">
276                <xs:annotation>
277                  <xs:documentation>Variable modifications</xs:documentation>
278                </xs:annotation>
279              </xs:element>
280              <xs:element name="TOL" type="xs:double">
281                <xs:annotation>
282                  <xs:documentation>Peptide mass tolerance</xs:documentation>
283                </xs:annotation>
284              </xs:element>
285              <xs:element name="TOLU">
286                <xs:annotation>
287                  <xs:documentation>Peptide mass tolerance units</xs:documentation>
288                </xs:annotation>
289                <xs:simpleType>
290                  <xs:restriction base="xs:string">
291                    <xs:enumeration value="Da"/>
292                    <xs:enumeration value="ppm"/>
293                    <xs:enumeration value="%"/>
294                    <xs:enumeration value="mmu"/>
295                  </xs:restriction>
296                </xs:simpleType>
297              </xs:element>
298              <xs:element name="CHARGE" type="xs:string" minOccurs="0">
299                <xs:annotation>
300                  <xs:documentation>Peptide charge state</xs:documentation>
301                </xs:annotation>
302              </xs:element>
303              <xs:element name="ITOL" type="xs:double" minOccurs="0">
304                <xs:annotation>
305                  <xs:documentation>Fragment mass tolerance</xs:documentation>
306                </xs:annotation>
307              </xs:element>
308              <xs:element name="ITOLU" minOccurs="0">
309                <xs:annotation>
310                  <xs:documentation>Fragment mass tolerance units</xs:documentation>
311                </xs:annotation>
312                <xs:simpleType>
313                  <xs:restriction base="xs:string">
314                    <xs:enumeration value="Da"/>
315                    <xs:enumeration value="mmu"/>
316                  </xs:restriction>
317                </xs:simpleType>
318              </xs:element>
319              <xs:element name="MASS" type="xs:string">
320                <xs:annotation>
321                  <xs:documentation>Monoisotopic or average</xs:documentation>
322                </xs:annotation>
323              </xs:element>
324              <xs:element name="SEG" type="xs:double" minOccurs="0">
325                <xs:annotation>
326                  <xs:documentation>Protein mass window</xs:documentation>
327                </xs:annotation>
328              </xs:element>
329              <xs:element name="INSTRUMENT" type="xs:string" minOccurs="0">
330                <xs:annotation>
331                  <xs:documentation>Type of instrument</xs:documentation>
332                </xs:annotation>
333              </xs:element>
334              <xs:element name="PEP_ISOTOPE_ERROR" type="xs:integer" minOccurs="0">
335                <xs:annotation>
336                  <xs:documentation>Isotope error mode</xs:documentation>
337                </xs:annotation>
338              </xs:element>
339              <xs:element name="DECOY" type="xs:boolean" minOccurs="0">
340                <xs:annotation>
341                  <xs:documentation>Decoy database also searched</xs:documentation>
342                </xs:annotation>
343              </xs:element>
344              <xs:element name="user_parameter" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">
345                <xs:annotation>
346                  <xs:documentation>User defined parameters</xs:documentation>
347                </xs:annotation>
348                <xs:complexType>
349                  <xs:simpleContent>
350                    <xs:extension base="xs:string">
351                      <xs:attribute name="name" type="xs:string" use="required"/>
352                    </xs:extension>
353                  </xs:simpleContent>
354                </xs:complexType>
355              </xs:element>
356            </xs:sequence>
357          </xs:complexType>
358        </xs:element>
359        <xs:element name="format_parameters" minOccurs="0">
360          <xs:annotation>
361            <xs:documentation>Report formatting parameters</xs:documentation>
362          </xs:annotation>
363          <xs:complexType>
364            <xs:sequence>
365              <xs:element name="sigthreshold" default="0.05">
366                <xs:annotation>
367                  <xs:documentation>Significance threshold</xs:documentation>
368                </xs:annotation>
369                <xs:simpleType>
370                  <xs:restriction base="xs:double">
371                    <xs:minInclusive value="0"/>
372                    <xs:maxInclusive value="1"/>
373                  </xs:restriction>
374                </xs:simpleType>
375              </xs:element>
376              <xs:element name="REPORT" type="xs:long" default="0">
377                <xs:annotation>
378                  <xs:documentation>Max number of hits to report</xs:documentation>
379                </xs:annotation>
380              </xs:element>
381              <xs:element name="mudpit" type="xs:boolean" default="0" minOccurs="0">
382                <xs:annotation>
383                  <xs:documentation>Use MudPIT protein scoring</xs:documentation>
384                </xs:annotation>
385              </xs:element>
386              <xs:element name="ignoreionsscorebelow" default="0" minOccurs="0">
387                <xs:annotation>
388                  <xs:documentation>Ions score lower threshold</xs:documentation>
389                </xs:annotation>
390                <xs:simpleType>
391                  <xs:restriction base="xs:double">
392                    <xs:minInclusive value="0"/>
393                  </xs:restriction>
394                </xs:simpleType>
395              </xs:element>
396              <xs:element name="show_same_sets" type="xs:boolean" default="0">
397                <xs:annotation>
398                  <xs:documentation>Show all proteins that match the same set of peptides</xs:documentation>
399                </xs:annotation>
400              </xs:element>
401              <xs:element name="showsubsets" type="xs:double" default="0">
402                <xs:annotation>
403                  <xs:documentation>Show any proteins that match a sub-set of peptides</xs:documentation>
404                </xs:annotation>
405              </xs:element>
406              <xs:element name="show_unassigned" type="xs:boolean" default="0" minOccurs="0">
407                <xs:annotation>
408                  <xs:documentation>Show peptide matches not
409assigned to protein hits</xs:documentation>
410                </xs:annotation>
411              </xs:element>
412              <xs:element name="requireboldred" type="xs:boolean" default="0" minOccurs="0">
413                <xs:annotation>
414                  <xs:documentation>Require proteins to include at least one bold, red match</xs:documentation>
415                </xs:annotation>
416              </xs:element>
417              <xs:element name="UNIGENE" type="xs:string" minOccurs="0">
418                <xs:annotation>
419                  <xs:documentation>Cluster matches using the UniGene index for this species</xs:documentation>
420                </xs:annotation>
421              </xs:element>
422              <xs:element name="use_homology" type="xs:boolean" default="0" minOccurs="0">
423                <xs:annotation>
424                  <xs:documentation>If false, use identity threshold for calculating expect values. If true, use homology threshold</xs:documentation>
425                </xs:annotation>
426              </xs:element>
427              <xs:element name="group_family" type="xs:boolean" default="0" minOccurs="0">
428                <xs:annotation>
429                  <xs:documentation>If true, group proteins into families</xs:documentation>
430                </xs:annotation>
431              </xs:element>
432              <xs:element name="percolate" type="xs:boolean" default="0" minOccurs="0">
433                <xs:annotation>
434                  <xs:documentation>If true, recalculate scores and expect values using Percolator</xs:documentation>
435                </xs:annotation>
436              </xs:element>
437            </xs:sequence>
438          </xs:complexType>
439        </xs:element>
440        <xs:element name="masses" minOccurs="0">
441          <xs:complexType>
442            <xs:sequence>
443              <xs:element name="mass" minOccurs="26" maxOccurs="unbounded">
444                <xs:annotation>
445                  <xs:documentation>Mass values for elements, residues, termini, and variable modifications</xs:documentation>
446                </xs:annotation>
447                <xs:complexType>
448                  <xs:simpleContent>
449                    <xs:extension base="xs:double">
450                      <xs:attribute name="name" type="xs:string" use="required"/>
451                    </xs:extension>
452                  </xs:simpleContent>
453                </xs:complexType>
454              </xs:element>
455            </xs:sequence>
456          </xs:complexType>
457        </xs:element>
458        <xs:element name="hits" minOccurs="0">
459          <xs:annotation>
460            <xs:documentation>The search results</xs:documentation>
461          </xs:annotation>
462          <xs:complexType>
463            <xs:sequence>
464              <xs:element name="hit" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">
465                <xs:annotation>
466                  <xs:documentation>Hits are numbered consecutively, but there may be no hits</xs:documentation>
467                </xs:annotation>
468                <xs:complexType>
469                  <xs:sequence>
470                    <xs:element name="protein" maxOccurs="unbounded">
471                      <xs:annotation>
472                        <xs:documentation>Each hit corresponds to one or more homologous proteins </xs:documentation>
473                      </xs:annotation>
474                      <xs:complexType>
475                        <xs:sequence>
476                          <xs:element name="prot_desc" type="xs:string" minOccurs="0">
477                            <xs:annotation>
478                              <xs:documentation>Description from Fasta title</xs:documentation>
479                            </xs:annotation>
480                          </xs:element>
481                          <xs:element name="prot_score" minOccurs="0">
482                            <xs:annotation>
483                              <xs:documentation>Mascot protein score </xs:documentation>
484                            </xs:annotation>
485                            <xs:simpleType>
486                              <xs:restriction base="xs:double">
487                                <xs:minInclusive value="0"/>
488                              </xs:restriction>
489                            </xs:simpleType>
490                          </xs:element>
491                          <xs:element name="prot_thresh" minOccurs="0">
492                            <xs:annotation>
493                              <xs:documentation>Protein score significance threshold (PMF only)</xs:documentation>
494                            </xs:annotation>
495                            <xs:simpleType>
496                              <xs:restriction base="xs:double">
497                                <xs:minInclusive value="0"/>
498                              </xs:restriction>
499                            </xs:simpleType>
500                          </xs:element>
501                          <xs:element name="prot_expect" minOccurs="0">
502                            <xs:annotation>
503                              <xs:documentation>Expectation value corresponding to protein score (PMF only)</xs:documentation>
504                            </xs:annotation>
505                            <xs:simpleType>
506                              <xs:restriction base="xs:double">
507                                <xs:minInclusive value="0"/>
508                              </xs:restriction>
509                            </xs:simpleType>
510                          </xs:element>
511                          <xs:element name="prot_mass" minOccurs="0">
512                            <xs:annotation>
513                              <xs:documentation>Protein mass</xs:documentation>
514                            </xs:annotation>
515                            <xs:simpleType>
516                              <xs:restriction base="xs:double">
517                                <xs:minInclusive value="0"/>
518                              </xs:restriction>
519                            </xs:simpleType>
520                          </xs:element>
521                          <xs:element name="prot_matches" minOccurs="0">
522                            <xs:annotation>
523                              <xs:documentation>Number of peptide matches</xs:documentation>
524                            </xs:annotation>
525                            <xs:simpleType>
526                              <xs:restriction base="xs:long">
527                                <xs:minInclusive value="1"/>
528                              </xs:restriction>
529                            </xs:simpleType>
530                          </xs:element>
531                          <xs:element name="prot_matches_sig" minOccurs="0">
532                            <xs:annotation>
533                              <xs:documentation>Number of peptide matches at or above significance threshold</xs:documentation>
534                            </xs:annotation>
535                            <xs:simpleType>
536                              <xs:restriction base="xs:long">
537                                <xs:minInclusive value="0"/>
538                              </xs:restriction>
539                            </xs:simpleType>
540                          </xs:element>
541                          <xs:element name="prot_sequences" minOccurs="0">
542                            <xs:annotation>
543                              <xs:documentation>Number of distinct peptide sequences</xs:documentation>
544                            </xs:annotation>
545                            <xs:simpleType>
546                              <xs:restriction base="xs:long">
547                                <xs:minInclusive value="1"/>
548                              </xs:restriction>
549                            </xs:simpleType>
550                          </xs:element>
551                          <xs:element name="prot_sequences_sig" minOccurs="0">
552                            <xs:annotation>
553                              <xs:documentation>Number of distinct peptide sequences at or above significance threshold</xs:documentation>
554                            </xs:annotation>
555                            <xs:simpleType>
556                              <xs:restriction base="xs:long">
557                                <xs:minInclusive value="0"/>
558                              </xs:restriction>
559                            </xs:simpleType>
560                          </xs:element>
561                          <xs:element name="prot_cover" minOccurs="0">
562                            <xs:annotation>
563                              <xs:documentation>Percentage coverage</xs:documentation>
564                            </xs:annotation>
565                            <xs:simpleType>
566                              <xs:restriction base="xs:double">
567                                <xs:minInclusive value="0"/>
568                              </xs:restriction>
569                            </xs:simpleType>
570                          </xs:element>
571                          <xs:element name="prot_len" minOccurs="0">
572                            <xs:annotation>
573                              <xs:documentation>Length in residues</xs:documentation>
574                            </xs:annotation>
575                            <xs:simpleType>
576                              <xs:restriction base="xs:long">
577                                <xs:minInclusive value="1"/>
578                              </xs:restriction>
579                            </xs:simpleType>
580                          </xs:element>
581                          <xs:element name="prot_pi" minOccurs="0">
582                            <xs:annotation>
583                              <xs:documentation>Calculated pI value</xs:documentation>
584                            </xs:annotation>
585                            <xs:simpleType>
586                              <xs:restriction base="xs:double">
587                                <xs:minInclusive value="0"/>
588                              </xs:restriction>
589                            </xs:simpleType>
590                          </xs:element>
591                          <xs:element name="prot_tax_str" type="xs:string" minOccurs="0">
592                            <xs:annotation>
593                              <xs:documentation>Taxonomy</xs:documentation>
594                            </xs:annotation>
595                          </xs:element>
596                          <xs:element name="prot_tax_id" type="xs:long" minOccurs="0">
597                            <xs:annotation>
598                              <xs:documentation>Taxonomy ID</xs:documentation>
599                            </xs:annotation>
600                          </xs:element>
601                          <xs:element name="prot_seq" type="xs:string" minOccurs="0">
602                            <xs:annotation>
603                              <xs:documentation>Protein sequence</xs:documentation>
604                            </xs:annotation>
605                          </xs:element>
606                          <xs:element name="peptide" type="msr:peptideType" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded"/>
607                          <xs:element name="prot_empai" type="xs:double" minOccurs="0">
608                            <xs:annotation>
609                              <xs:documentation>emPAI value (MS/MS primary hit only)</xs:documentation>
610                            </xs:annotation>
611                          </xs:element>
612                          <xs:element name="quant_prot_ratio" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">
613                            <xs:annotation>
614                              <xs:documentation>Protein quantitation ratio (MS/MS primary hit only)</xs:documentation>
615                            </xs:annotation>
616                            <xs:complexType>
617                              <xs:attribute name="name" type="xs:string" use="required"/>
618                              <xs:attribute name="ratio" type="xs:string" use="optional"/>
619                              <xs:attribute name="n" type="xs:string" use="optional"/>
620                              <xs:attribute name="sd" type="xs:string" use="optional"/>
621                              <xs:attribute name="significant" type="xs:string" use="optional"/>
622                            </xs:complexType>
623                          </xs:element>
624                        </xs:sequence>
625                        <xs:attribute name="accession" type="xs:string" use="required"/>
626                        <xs:attribute name="member" type="xs:string" use="optional"/>
627                      </xs:complexType>
628                    </xs:element>
629                  </xs:sequence>
630                  <xs:attribute name="number" type="xs:long" use="required"/>
631                </xs:complexType>
632              </xs:element>
633            </xs:sequence>
634          </xs:complexType>
635        </xs:element>
636        <xs:element name="unassigned" minOccurs="0">
637          <xs:annotation>
638            <xs:documentation>Peptide matches not assigned to proteins</xs:documentation>
639          </xs:annotation>
640          <xs:complexType>
641            <xs:sequence>
642              <xs:element name="u_peptide" type="msr:peptideType" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded"/>
643            </xs:sequence>
644          </xs:complexType>
645        </xs:element>
646        <xs:element name="queries" minOccurs="0">
647          <xs:annotation>
648            <xs:documentation>Query level information</xs:documentation>
649          </xs:annotation>
650          <xs:complexType>
651            <xs:sequence>
652              <xs:element name="query" maxOccurs="unbounded">
653                <xs:complexType>
654                  <xs:sequence>
655                    <xs:element name="query_moverz" type="xs:double">
656                      <xs:annotation>
657                        <xs:documentation>Supplied m/z</xs:documentation>
658                      </xs:annotation>
659                    </xs:element>
660                    <xs:element name="query_charge" type="xs:string">
661                      <xs:annotation>
662                        <xs:documentation>Supplied charge (string that may contain a list of charges)</xs:documentation>
663                      </xs:annotation>
664                    </xs:element>
665                    <xs:element name="query_intensity" type="xs:double" minOccurs="0">
666                      <xs:annotation>
667                        <xs:documentation>Supplied precursor intensity</xs:documentation>
668                      </xs:annotation>
669                    </xs:element>
670                    <xs:element name="StringTitle" type="xs:string" minOccurs="0">
671                      <xs:annotation>
672                        <xs:documentation>Scan title</xs:documentation>
673                      </xs:annotation>
674                    </xs:element>
675                    <xs:element name="SCANS" type="xs:string" minOccurs="0">
676                      <xs:annotation>
677                        <xs:documentation>Scan number range</xs:documentation>
678                      </xs:annotation>
679                    </xs:element>
680                    <xs:element name="RTINSECONDS" type="xs:string" minOccurs="0">
681                      <xs:annotation>
682                        <xs:documentation>Retention time range</xs:documentation>
683                      </xs:annotation>
684                    </xs:element>
685                    <xs:element name="qual_tol" type="xs:string" minOccurs="0">
686                      <xs:annotation>
687                        <xs:documentation>peptol() qualifier</xs:documentation>
688                      </xs:annotation>
689                    </xs:element>
690                    <xs:element name="qual_seq" minOccurs="0" maxOccurs="20">
691                      <xs:annotation>
692                        <xs:documentation>seq() qualifier</xs:documentation>
693                      </xs:annotation>
694                      <xs:complexType>
695                        <xs:simpleContent>
696                          <xs:extension base="xs:string">
697                            <xs:attribute name="number" type="xs:integer" use="required"/>
698                          </xs:extension>
699                        </xs:simpleContent>
700                      </xs:complexType>
701                    </xs:element>
702                    <xs:element name="qual_comp" minOccurs="0" maxOccurs="20">
703                      <xs:annotation>
704                        <xs:documentation>comp() qualifier</xs:documentation>
705                      </xs:annotation>
706                      <xs:complexType>
707                        <xs:simpleContent>
708                          <xs:extension base="xs:string">
709                            <xs:attribute name="number" type="xs:integer" use="required"/>
710                          </xs:extension>
711                        </xs:simpleContent>
712                      </xs:complexType>
713                    </xs:element>
714                    <xs:element name="qual_tag" minOccurs="0" maxOccurs="20">
715                      <xs:annotation>
716                        <xs:documentation>tag() or etag() qualifier</xs:documentation>
717                      </xs:annotation>
718                      <xs:complexType>
719                        <xs:simpleContent>
720                          <xs:extension base="xs:string">
721                            <xs:attribute name="number" type="xs:integer" use="required"/>
722                          </xs:extension>
723                        </xs:simpleContent>
724                      </xs:complexType>
725                    </xs:element>
726                    <xs:element name="query_TOL" type="xs:double" minOccurs="0">
727                      <xs:annotation>
728                        <xs:documentation>Peptide mass tolerance</xs:documentation>
729                      </xs:annotation>
730                    </xs:element>
731                    <xs:element name="query_TOLU" minOccurs="0">
732                      <xs:annotation>
733                        <xs:documentation>Peptide mass tolerance units</xs:documentation>
734                      </xs:annotation>
735                      <xs:simpleType>
736                        <xs:restriction base="xs:string">
737                          <xs:enumeration value="Da"/>
738                          <xs:enumeration value="ppm"/>
739                          <xs:enumeration value="%"/>
740                          <xs:enumeration value="mmu"/>
741                        </xs:restriction>
742                      </xs:simpleType>
743                    </xs:element>
744                    <xs:element name="query_IT_MODS" type="xs:string" minOccurs="0">
745                      <xs:annotation>
746                        <xs:documentation>Variable modifications</xs:documentation>
747                      </xs:annotation>
748                    </xs:element>
749                    <xs:element name="query_INSTRUMENT" type="xs:string" minOccurs="0">
750                      <xs:annotation>
751                        <xs:documentation>Type of instrument</xs:documentation>
752                      </xs:annotation>
753                    </xs:element>
754                    <xs:element name="TotalIonsIntensity" type="xs:double" minOccurs="0">
755                      <xs:annotation>
756                        <xs:documentation>Sum of all the ions intensities</xs:documentation>
757                      </xs:annotation>
758                    </xs:element>
759                    <xs:element name="NumVals" type="xs:long" minOccurs="0">
760                      <xs:annotation>
761                        <xs:documentation>Total number of ions</xs:documentation>
762                      </xs:annotation>
763                    </xs:element>
764                    <xs:element name="StringIons1" type="xs:string" minOccurs="0">
765                      <xs:annotation>
766                        <xs:documentation>Peak list for ions 1 as a string (any series)</xs:documentation>
767                      </xs:annotation>
768                    </xs:element>
769                    <xs:element name="StringIons2" type="xs:string" minOccurs="0">
770                      <xs:annotation>
771                        <xs:documentation>Peak list for ions 2 as a string (N-term series)</xs:documentation>
772                      </xs:annotation>
773                    </xs:element>
774                    <xs:element name="StringIons3" type="xs:string" minOccurs="0">
775                      <xs:annotation>
776                        <xs:documentation>Peak list for ions 3 as a string (C-term series)</xs:documentation>
777                      </xs:annotation>
778                    </xs:element>
779                    <xs:element name="q_peptide" type="msr:peptideType" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded"/>
780                  </xs:sequence>
781                  <xs:attribute name="number" type="xs:long" use="required"/>
782                </xs:complexType>
783              </xs:element>
784            </xs:sequence>
785          </xs:complexType>
786        </xs:element>
787      </xs:sequence>
788      <xs:attribute name="majorVersion" type="xs:unsignedShort" use="required" fixed="2"/>
789      <xs:attribute name="minorVersion" type="msr:minorVersion_t" use="required"/>
790    </xs:complexType>
791  </xs:element>
792  <xs:complexType name="peptideType">
793    <xs:annotation>
794      <xs:documentation>Peptide match details</xs:documentation>
795    </xs:annotation>
796    <xs:sequence>
797      <xs:element name="pep_exp_mz" type="xs:double">
798        <xs:annotation>
799          <xs:documentation>Experimental m/z</xs:documentation>
800        </xs:annotation>
801      </xs:element>
802      <xs:element name="pep_exp_mr" type="xs:double" minOccurs="0">
803        <xs:annotation>
804          <xs:documentation>Experimental Mr</xs:documentation>
805        </xs:annotation>
806      </xs:element>
807      <xs:element name="pep_exp_z" minOccurs="0">
808        <xs:annotation>
809          <xs:documentation>Experimental charge</xs:documentation>
810        </xs:annotation>
811        <xs:simpleType>
812          <xs:restriction base="xs:integer"/>
813        </xs:simpleType>
814      </xs:element>
815      <xs:element name="pep_calc_mr" minOccurs="0">
816        <xs:annotation>
817          <xs:documentation>Calculated Mr</xs:documentation>
818        </xs:annotation>
819        <xs:simpleType>
820          <xs:restriction base="xs:double">
821            <xs:minInclusive value="0"/>
822          </xs:restriction>
823        </xs:simpleType>
824      </xs:element>
825      <xs:element name="pep_delta" type="xs:double" minOccurs="0">
826        <xs:annotation>
827          <xs:documentation>Mass error (calculated Mr - experimental Mr)</xs:documentation>
828        </xs:annotation>
829      </xs:element>
830      <xs:element name="pep_start" minOccurs="0">
831        <xs:annotation>
832          <xs:documentation>1 based residue count of peptide start position</xs:documentation>
833        </xs:annotation>
834        <xs:simpleType>
835          <xs:restriction base="xs:long">
836            <xs:minInclusive value="1"/>
837          </xs:restriction>
838        </xs:simpleType>
839      </xs:element>
840      <xs:element name="pep_end" minOccurs="0">
841        <xs:annotation>
842          <xs:documentation>1 based residue count of peptide end position</xs:documentation>
843        </xs:annotation>
844        <xs:simpleType>
845          <xs:restriction base="xs:long">
846            <xs:minInclusive value="1"/>
847          </xs:restriction>
848        </xs:simpleType>
849      </xs:element>
850      <xs:element name="pep_miss" minOccurs="0">
851        <xs:annotation>
852          <xs:documentation>Number of missed cleavages</xs:documentation>
853        </xs:annotation>
854        <xs:simpleType>
855          <xs:restriction base="xs:integer">
856            <xs:minInclusive value="0"/>
857            <xs:maxInclusive value="9"/>
858          </xs:restriction>
859        </xs:simpleType>
860      </xs:element>
861      <xs:element name="pep_score" minOccurs="0">
862        <xs:annotation>
863          <xs:documentation>Mascot ions score</xs:documentation>
864        </xs:annotation>
865        <xs:simpleType>
866          <xs:restriction base="xs:double">
867            <xs:minInclusive value="0"/>
868          </xs:restriction>
869        </xs:simpleType>
870      </xs:element>
871      <xs:element name="pep_homol" type="xs:double" minOccurs="0">
872        <xs:annotation>
873          <xs:documentation>Homology threshold (MS/MS only)</xs:documentation>
874        </xs:annotation>
875      </xs:element>
876      <xs:element name="pep_ident" type="xs:double" minOccurs="0">
877        <xs:annotation>
878          <xs:documentation>Identity threshold (MS/MS only)</xs:documentation>
879        </xs:annotation>
880      </xs:element>
881      <xs:element name="pep_expect" minOccurs="0">
882        <xs:annotation>
883          <xs:documentation>Expectation value corresponding to ions score</xs:documentation>
884        </xs:annotation>
885        <xs:simpleType>
886          <xs:restriction base="xs:double">
887            <xs:minInclusive value="0"/>
888          </xs:restriction>
889        </xs:simpleType>
890      </xs:element>
891      <xs:element name="pep_res_before" type="xs:string" minOccurs="0">
892        <xs:annotation>
893          <xs:documentation>The preceding residue, - if peptide is N-term of protein</xs:documentation>
894        </xs:annotation>
895      </xs:element>
896      <xs:element name="pep_seq" type="xs:string" minOccurs="0">
897        <xs:annotation>
898          <xs:documentation>Sequence</xs:documentation>
899        </xs:annotation>
900      </xs:element>
901      <xs:element name="pep_res_after" type="xs:string" minOccurs="0">
902        <xs:annotation>
903          <xs:documentation>The following residue, - if peptide is C-term of protein</xs:documentation>
904        </xs:annotation>
905      </xs:element>
906      <xs:element name="pep_frame" minOccurs="0">
907        <xs:annotation>
908          <xs:documentation>Frame number for translation of NA sequence</xs:documentation>
909        </xs:annotation>
910        <xs:simpleType>
911          <xs:restriction base="xs:integer">
912            <xs:minInclusive value="1"/>
913            <xs:maxInclusive value="6"/>
914          </xs:restriction>
915        </xs:simpleType>
916      </xs:element>
917      <xs:element name="pep_var_mod" type="xs:string" minOccurs="0">
918        <xs:annotation>
919          <xs:documentation>Variable modification names as CSV </xs:documentation>
920        </xs:annotation>
921      </xs:element>
922      <xs:element name="pep_var_mod_pos" type="xs:string" minOccurs="0">
923        <xs:annotation>
924          <xs:documentation>Variable modifications encoded as string</xs:documentation>
925        </xs:annotation>
926      </xs:element>
927      <xs:element name="pep_num_match" type="xs:long" minOccurs="0">
928        <xs:annotation>
929          <xs:documentation>Number of fragment ion matches used for scoring</xs:documentation>
930        </xs:annotation>
931      </xs:element>
932      <xs:element name="pep_scan_title" type="xs:string" minOccurs="0">
933        <xs:annotation>
934          <xs:documentation>Query level scan title</xs:documentation>
935        </xs:annotation>
936      </xs:element>
937      <xs:element name="quant_pep_ratio" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">
938        <xs:annotation>
939          <xs:documentation>Peptide quantitation ratio (MS/MS primary hit only)</xs:documentation>
940        </xs:annotation>
941        <xs:complexType>
942          <xs:attribute name="name" type="xs:string" use="required"/>
943          <xs:attribute name="ratio" type="xs:string" use="optional"/>
944        </xs:complexType>
945      </xs:element>
946      <xs:element name="quant_pep_intensity" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">
947        <xs:annotation>
948          <xs:documentation>Peptide quantitation component intensity (MS/MS primary hit only)</xs:documentation>
949        </xs:annotation>
950        <xs:complexType>
951          <xs:attribute name="name" type="xs:string" use="required"/>
952          <xs:attribute name="intensity" type="xs:string" use="optional"/>
953        </xs:complexType>
954      </xs:element>
955    </xs:sequence>
956    <xs:attribute name="query" type="xs:long" use="required">
957      <xs:annotation>
958        <xs:documentation>1-based query number</xs:documentation>
959      </xs:annotation>
960    </xs:attribute>
961    <xs:attribute name="rank" type="xs:long" use="optional">
962      <xs:annotation>
963        <xs:documentation>Rank for this match, from 1 to 10</xs:documentation>
964      </xs:annotation>
965    </xs:attribute>
966    <xs:attribute name="isbold" type="xs:boolean" use="optional">
967      <xs:annotation>
968        <xs:documentation>True if this is the highest scoring protein hit containing any match to this query</xs:documentation>
969      </xs:annotation>
970    </xs:attribute>
971    <xs:attribute name="isunique" type="xs:boolean" use="optional">
972      <xs:annotation>
973        <xs:documentation>True if this peptide sequence is unique to this protein hit (which may contain several same-set and sub-set proteins</xs:documentation>
974      </xs:annotation>
975    </xs:attribute>
976  </xs:complexType>
977  <xs:simpleType name="minorVersion_t">
978    <xs:annotation>
979      <xs:documentation>Schema minor version number</xs:documentation>
980    </xs:annotation>
981    <xs:restriction base="xs:unsignedShort">
982      <xs:maxInclusive value="2"/>
983    </xs:restriction>
984  </xs:simpleType>
985</xs:schema>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.