source: trunk/plugin/conf/xsd/mascot_search_results_2.xsd @ 4507

Last change on this file since 4507 was 4507, checked in by Fredrik Levander, 10 years ago

Fixes #813. Updated mascot results retrieval to use new version of http client.
Changed results retrieval to avoid retrieving results twice.
Updated apache http client jars.
Updated mascot xml results schema
Updated mascot search plugin so that import is using function in results retrieval plug-in.
Removed StreamGobbler? code since it was not used.
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Id
File size: 39.6 KB
Line 
1<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
2<!--
3  @(#)$Source: /vol/cvsroot/mascot/xml/schema/mascot_search_results_2.xsd,v $
4  @(#)$Revision: 1.18 $
5  @(#)$Name:  $
6-->
7<xs:schema xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema" xmlns:msr="http://www.matrixscience.com/xmlns/schema/mascot_search_results_2" targetNamespace="http://www.matrixscience.com/xmlns/schema/mascot_search_results_2" elementFormDefault="qualified" attributeFormDefault="unqualified">
8  <xs:element name="mascot_search_results">
9    <xs:annotation>
10      <xs:documentation>Structured information parsed from a single Mascot search result file</xs:documentation>
11    </xs:annotation>
12    <xs:complexType>
13      <xs:sequence>
14        <xs:element name="header" minOccurs="0">
15          <xs:annotation>
16            <xs:documentation>Information about the search</xs:documentation>
17          </xs:annotation>
18          <xs:complexType>
19            <xs:sequence>
20              <xs:element name="COM" type="xs:string">
21                <xs:annotation>
22                  <xs:documentation>Search title</xs:documentation>
23                </xs:annotation>
24              </xs:element>
25              <xs:element name="Date" type="xs:dateTime">
26                <xs:annotation>
27                  <xs:documentation>UTC date and time</xs:documentation>
28                </xs:annotation>
29              </xs:element>
30              <xs:element name="USERNAME" type="xs:string">
31                <xs:annotation>
32                  <xs:documentation>User name</xs:documentation>
33                </xs:annotation>
34              </xs:element>
35              <xs:element name="USEREMAIL" type="xs:string">
36                <xs:annotation>
37                  <xs:documentation>User email address</xs:documentation>
38                </xs:annotation>
39              </xs:element>
40              <xs:element name="URI" type="xs:anyURI">
41                <xs:annotation>
42                  <xs:documentation>URI for result report</xs:documentation>
43                </xs:annotation>
44              </xs:element>
45              <xs:element name="FILENAME" type="xs:string">
46                <xs:annotation>
47                  <xs:documentation>File path to MS data</xs:documentation>
48                </xs:annotation>
49              </xs:element>
50              <xs:element name="FORMAT" type="xs:string">
51                <xs:annotation>
52                  <xs:documentation>MS/MS peak list format</xs:documentation>
53                </xs:annotation>
54              </xs:element>
55              <xs:element name="SEARCH" type="xs:string">
56                <xs:annotation>
57                  <xs:documentation>Search type (from form)</xs:documentation>
58                </xs:annotation>
59              </xs:element>
60              <xs:element name="MascotVer" type="xs:string">
61                <xs:annotation>
62                  <xs:documentation>Mascot version</xs:documentation>
63                </xs:annotation>
64              </xs:element>
65              <xs:element name="DB" type="xs:string">
66                <xs:annotation>
67                  <xs:documentation>Sequence database name</xs:documentation>
68                </xs:annotation>
69              </xs:element>
70              <xs:element name="FastaVer" type="xs:string">
71                <xs:annotation>
72                  <xs:documentation>Fasta file name</xs:documentation>
73                </xs:annotation>
74              </xs:element>
75              <xs:element name="NumSeqs" type="xs:long">
76                <xs:annotation>
77                  <xs:documentation>Total number of entries in sequence database</xs:documentation>
78                </xs:annotation>
79              </xs:element>
80              <xs:element name="NumResidues" type="xs:long">
81                <xs:annotation>
82                  <xs:documentation>Total number of residues in sequence database</xs:documentation>
83                </xs:annotation>
84              </xs:element>
85              <xs:element name="NumSeqsAfterTax" type="xs:long">
86                <xs:annotation>
87                  <xs:documentation>Number of sequences after application of taxonomy filter</xs:documentation>
88                </xs:annotation>
89              </xs:element>
90              <xs:element name="error_tolerant_num" minOccurs="0">
91                <xs:annotation>
92                  <xs:documentation>Number of entries searched in error tolerant mode</xs:documentation>
93                </xs:annotation>
94                <xs:simpleType>
95                  <xs:restriction base="xs:long">
96                    <xs:minInclusive value="1"/>
97                  </xs:restriction>
98                </xs:simpleType>
99              </xs:element>
100              <xs:element name="NumQueries">
101                <xs:annotation>
102                  <xs:documentation>Number of queries</xs:documentation>
103                </xs:annotation>
104                <xs:simpleType>
105                  <xs:restriction base="xs:long">
106                    <xs:minInclusive value="1"/>
107                  </xs:restriction>
108                </xs:simpleType>
109              </xs:element>
110              <xs:element name="warning" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">
111                <xs:annotation>
112                  <xs:documentation>Warning messages</xs:documentation>
113                </xs:annotation>
114                <xs:complexType>
115                  <xs:simpleContent>
116                    <xs:extension base="xs:string">
117                      <xs:attribute name="number" type="xs:integer" use="required"/>
118                    </xs:extension>
119                  </xs:simpleContent>
120                </xs:complexType>
121              </xs:element>
122            </xs:sequence>
123          </xs:complexType>
124        </xs:element>
125        <xs:element name="decoy" minOccurs="0">
126          <xs:annotation>
127            <xs:documentation>Decoy search statistics</xs:documentation>
128          </xs:annotation>
129          <xs:complexType>
130            <xs:sequence>
131              <xs:element name="NumHitsAboveIdentity" type="xs:long" minOccurs="0">
132                <xs:annotation>
133                  <xs:documentation>Number of matches above identity threshold in search of real database</xs:documentation>
134                </xs:annotation>
135              </xs:element>
136              <xs:element name="NumDecoyHitsAboveIdentity" type="xs:long" minOccurs="0">
137                <xs:annotation>
138                  <xs:documentation>Number of matches above identity threshold in search of decoy database</xs:documentation>
139                </xs:annotation>
140              </xs:element>
141              <xs:element name="NumHitsAboveHomology" type="xs:long" minOccurs="0">
142                <xs:annotation>
143                  <xs:documentation>Number of matches above homology threshold in search of real database, (MS/MS only)</xs:documentation>
144                </xs:annotation>
145              </xs:element>
146              <xs:element name="NumDecoyHitsAboveHomology" type="xs:long" minOccurs="0">
147                <xs:annotation>
148                  <xs:documentation>Number of matches above homology threshold in search of decoy database, (MS/MS only)</xs:documentation>
149                </xs:annotation>
150              </xs:element>
151              <xs:element name="HighestScoreProtein" type="xs:double" minOccurs="0">
152                <xs:annotation>
153                  <xs:documentation>Highest protein score in search of real database, (PMF only)</xs:documentation>
154                </xs:annotation>
155              </xs:element>
156              <xs:element name="HighestScoreDecoyProtein" type="xs:double" minOccurs="0">
157                <xs:annotation>
158                  <xs:documentation>Highest protein score in search of decoy database, (PMF only)</xs:documentation>
159                </xs:annotation>
160              </xs:element>
161            </xs:sequence>
162          </xs:complexType>
163        </xs:element>
164        <xs:element name="fixed_mods" minOccurs="0">
165          <xs:annotation>
166            <xs:documentation>Summary of fixed modification info.</xs:documentation>
167          </xs:annotation>
168          <xs:complexType>
169            <xs:sequence>
170              <xs:element name="modification" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">
171                <xs:complexType>
172                  <xs:sequence>
173                    <xs:element name="name" type="xs:string">
174                      <xs:annotation>
175                        <xs:documentation>modification name</xs:documentation>
176                      </xs:annotation>
177                    </xs:element>
178                    <xs:element name="delta" type="xs:double">
179                      <xs:annotation>
180                        <xs:documentation>mass delta</xs:documentation>
181                      </xs:annotation>
182                    </xs:element>
183                    <xs:element name="neutral_loss" type="xs:double" minOccurs="0">
184                      <xs:annotation>
185                        <xs:documentation>Neutral loss</xs:documentation>
186                      </xs:annotation>
187                    </xs:element>
188                  </xs:sequence>
189                  <xs:attribute name="identifier" type="xs:string" use="required"/>
190                </xs:complexType>
191              </xs:element>
192            </xs:sequence>
193          </xs:complexType>
194        </xs:element>
195        <xs:element name="variable_mods" minOccurs="0">
196          <xs:annotation>
197            <xs:documentation>Summary of variable modification info.</xs:documentation>
198          </xs:annotation>
199          <xs:complexType>
200            <xs:sequence>
201              <xs:element name="modification" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">
202                <xs:complexType>
203                  <xs:sequence>
204                    <xs:element name="name" type="xs:string">
205                      <xs:annotation>
206                        <xs:documentation>modification name</xs:documentation>
207                      </xs:annotation>
208                    </xs:element>
209                    <xs:element name="delta" type="xs:double">
210                      <xs:annotation>
211                        <xs:documentation>mass delta</xs:documentation>
212                      </xs:annotation>
213                    </xs:element>
214                    <xs:element name="neutral_loss" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">
215                      <xs:annotation>
216                        <xs:documentation>Neutral loss</xs:documentation>
217                      </xs:annotation>
218                      <xs:complexType>
219                        <xs:simpleContent>
220                          <xs:extension base="xs:double">
221                            <xs:attribute name="identifier" type="xs:string" use="required"/>
222                          </xs:extension>
223                        </xs:simpleContent>
224                      </xs:complexType>
225                    </xs:element>
226                  </xs:sequence>
227                  <xs:attribute name="identifier" type="xs:string" use="required"/>
228                </xs:complexType>
229              </xs:element>
230            </xs:sequence>
231          </xs:complexType>
232        </xs:element>
233        <xs:element name="search_parameters" minOccurs="0">
234          <xs:annotation>
235            <xs:documentation>Search parameters</xs:documentation>
236          </xs:annotation>
237          <xs:complexType>
238            <xs:sequence>
239              <xs:element name="TAXONOMY" type="xs:string">
240                <xs:annotation>
241                  <xs:documentation>Taxonomy filter</xs:documentation>
242                </xs:annotation>
243              </xs:element>
244              <xs:element name="CLE" type="xs:string">
245                <xs:annotation>
246                  <xs:documentation>Enzyme</xs:documentation>
247                </xs:annotation>
248              </xs:element>
249              <xs:element name="PFA">
250                <xs:annotation>
251                  <xs:documentation>Maximum number of missed cleavages</xs:documentation>
252                </xs:annotation>
253                <xs:simpleType>
254                  <xs:restriction base="xs:integer">
255                    <xs:minInclusive value="0"/>
256                    <xs:maxInclusive value="9"/>
257                  </xs:restriction>
258                </xs:simpleType>
259              </xs:element>
260              <xs:element name="MODS" type="xs:string">
261                <xs:annotation>
262                  <xs:documentation>Fixed modifications</xs:documentation>
263                </xs:annotation>
264              </xs:element>
265              <xs:element name="ICAT" type="xs:boolean" minOccurs="0">
266                <xs:annotation>
267                  <xs:documentation>ICAT experiment</xs:documentation>
268                </xs:annotation>
269              </xs:element>
270              <xs:element name="QUANTITATION" type="xs:string" minOccurs="0">
271                <xs:annotation>
272                  <xs:documentation>Quantitation method</xs:documentation>
273                </xs:annotation>
274              </xs:element>
275              <xs:element name="IT_MODS" type="xs:string">
276                <xs:annotation>
277                  <xs:documentation>Variable modifications</xs:documentation>
278                </xs:annotation>
279              </xs:element>
280              <xs:element name="TOL" type="xs:double">
281                <xs:annotation>
282                  <xs:documentation>Peptide mass tolerance</xs:documentation>
283                </xs:annotation>
284              </xs:element>
285              <xs:element name="TOLU">
286                <xs:annotation>
287                  <xs:documentation>Peptide mass tolerance units</xs:documentation>
288                </xs:annotation>
289                <xs:simpleType>
290                  <xs:restriction base="xs:string">
291                    <xs:enumeration value="Da"/>
292                    <xs:enumeration value="ppm"/>
293                    <xs:enumeration value="%"/>
294                    <xs:enumeration value="mmu"/>
295                  </xs:restriction>
296                </xs:simpleType>
297              </xs:element>
298              <xs:element name="CHARGE" type="xs:string" minOccurs="0">
299                <xs:annotation>
300                  <xs:documentation>Peptide charge state</xs:documentation>
301                </xs:annotation>
302              </xs:element>
303              <xs:element name="ITOL" type="xs:double" minOccurs="0">
304                <xs:annotation>
305                  <xs:documentation>Fragment mass tolerance</xs:documentation>
306                </xs:annotation>
307              </xs:element>
308              <xs:element name="ITOLU" minOccurs="0">
309                <xs:annotation>
310                  <xs:documentation>Fragment mass tolerance units</xs:documentation>
311                </xs:annotation>
312                <xs:simpleType>
313                  <xs:restriction base="xs:string">
314                    <xs:enumeration value="Da"/>
315                    <xs:enumeration value="mmu"/>
316                  </xs:restriction>
317                </xs:simpleType>
318              </xs:element>
319              <xs:element name="MASS" type="xs:string">
320                <xs:annotation>
321                  <xs:documentation>Monoisotopic or average</xs:documentation>
322                </xs:annotation>
323              </xs:element>
324              <xs:element name="SEG" type="xs:double" minOccurs="0">
325                <xs:annotation>
326                  <xs:documentation>Protein mass window</xs:documentation>
327                </xs:annotation>
328              </xs:element>
329              <xs:element name="INSTRUMENT" type="xs:string" minOccurs="0">
330                <xs:annotation>
331                  <xs:documentation>Type of instrument</xs:documentation>
332                </xs:annotation>
333              </xs:element>
334              <xs:element name="PEP_ISOTOPE_ERROR" type="xs:integer" minOccurs="0">
335                <xs:annotation>
336                  <xs:documentation>Isotope error mode</xs:documentation>
337                </xs:annotation>
338              </xs:element>
339              <xs:element name="DECOY" type="xs:boolean" minOccurs="0">
340                <xs:annotation>
341                  <xs:documentation>Decoy database also searched</xs:documentation>
342                </xs:annotation>
343              </xs:element>
344              <xs:element name="user_parameter" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">
345                <xs:annotation>
346                  <xs:documentation>User defined parameters</xs:documentation>
347                </xs:annotation>
348                <xs:complexType>
349                  <xs:simpleContent>
350                    <xs:extension base="xs:string">
351                      <xs:attribute name="name" type="xs:string" use="required"/>
352                    </xs:extension>
353                  </xs:simpleContent>
354                </xs:complexType>
355              </xs:element>
356            </xs:sequence>
357          </xs:complexType>
358        </xs:element>
359        <xs:element name="format_parameters" minOccurs="0">
360          <xs:annotation>
361            <xs:documentation>Report formatting parameters</xs:documentation>
362          </xs:annotation>
363          <xs:complexType>
364            <xs:sequence>
365              <xs:element name="sigthreshold" default="0.05">
366                <xs:annotation>
367                  <xs:documentation>Significance threshold</xs:documentation>
368                </xs:annotation>
369                <xs:simpleType>
370                  <xs:restriction base="xs:double">
371                    <xs:minInclusive value="0"/>
372                    <xs:maxInclusive value="1"/>
373                  </xs:restriction>
374                </xs:simpleType>
375              </xs:element>
376              <xs:element name="REPORT" type="xs:long" default="0">
377                <xs:annotation>
378                  <xs:documentation>Max number of hits to report</xs:documentation>
379                </xs:annotation>
380              </xs:element>
381              <xs:element name="mudpit" type="xs:boolean" default="0" minOccurs="0">
382                <xs:annotation>
383                  <xs:documentation>Use MudPIT protein scoring</xs:documentation>
384                </xs:annotation>
385              </xs:element>
386              <xs:element name="ignoreionsscorebelow" default="0" minOccurs="0">
387                <xs:annotation>
388                  <xs:documentation>Ions score lower threshold</xs:documentation>
389                </xs:annotation>
390                <xs:simpleType>
391                  <xs:restriction base="xs:double">
392                    <xs:minInclusive value="0"/>
393                  </xs:restriction>
394                </xs:simpleType>
395              </xs:element>
396              <xs:element name="show_same_sets" type="xs:boolean" default="0">
397                <xs:annotation>
398                  <xs:documentation>Show all proteins that match the same set of peptides</xs:documentation>
399                </xs:annotation>
400              </xs:element>
401              <xs:element name="showsubsets" type="xs:double" default="0">
402                <xs:annotation>
403                  <xs:documentation>Show any proteins that match a sub-set of peptides</xs:documentation>
404                </xs:annotation>
405              </xs:element>
406              <xs:element name="show_unassigned" type="xs:boolean" default="0" minOccurs="0">
407                <xs:annotation>
408                  <xs:documentation>Show peptide matches not
409assigned to protein hits</xs:documentation>
410                </xs:annotation>
411              </xs:element>
412              <xs:element name="requireboldred" type="xs:boolean" default="0" minOccurs="0">
413                <xs:annotation>
414                  <xs:documentation>Require proteins to include at least one bold, red match</xs:documentation>
415                </xs:annotation>
416              </xs:element>
417              <xs:element name="UNIGENE" type="xs:string" minOccurs="0">
418                <xs:annotation>
419                  <xs:documentation>Cluster matches using the UniGene index for this species</xs:documentation>
420                </xs:annotation>
421              </xs:element>
422              <xs:element name="use_homology" type="xs:boolean" default="0" minOccurs="0">
423                <xs:annotation>
424                  <xs:documentation>If false, use identity threshold for calculating expect values. If true, use homology threshold</xs:documentation>
425                </xs:annotation>
426              </xs:element>
427              <xs:element name="group_family" type="xs:boolean" default="0" minOccurs="0">
428                <xs:annotation>
429                  <xs:documentation>If true, group proteins into families</xs:documentation>
430                </xs:annotation>
431              </xs:element>
432              <xs:element name="percolate" type="xs:boolean" default="0" minOccurs="0">
433                <xs:annotation>
434                  <xs:documentation>If true, recalculate scores and expect values using Percolator</xs:documentation>
435                </xs:annotation>
436              </xs:element>
437                            <xs:element name="preferred_taxonomy" type="xs:string" minOccurs="0">
438                                <xs:annotation>
439                                    <xs:documentation>Taxonomy to prefer when two or more proteins match the same set of peptides or when protein entry in database represents multiple sequences</xs:documentation>
440                                </xs:annotation>
441                            </xs:element>
442            </xs:sequence>
443          </xs:complexType>
444        </xs:element>
445        <xs:element name="masses" minOccurs="0">
446          <xs:complexType>
447            <xs:sequence>
448              <xs:element name="mass" minOccurs="26" maxOccurs="unbounded">
449                <xs:annotation>
450                  <xs:documentation>Mass values for elements, residues, termini, and variable modifications</xs:documentation>
451                </xs:annotation>
452                <xs:complexType>
453                  <xs:simpleContent>
454                    <xs:extension base="xs:double">
455                      <xs:attribute name="name" type="xs:string" use="required"/>
456                    </xs:extension>
457                  </xs:simpleContent>
458                </xs:complexType>
459              </xs:element>
460            </xs:sequence>
461          </xs:complexType>
462        </xs:element>
463        <xs:element name="hits" minOccurs="0">
464          <xs:annotation>
465            <xs:documentation>The search results</xs:documentation>
466          </xs:annotation>
467          <xs:complexType>
468            <xs:sequence>
469              <xs:element name="hit" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">
470                <xs:annotation>
471                  <xs:documentation>Hits are numbered consecutively, but there may be no hits</xs:documentation>
472                </xs:annotation>
473                <xs:complexType>
474                  <xs:sequence>
475                    <xs:element name="protein" maxOccurs="unbounded">
476                      <xs:annotation>
477                        <xs:documentation>Each hit corresponds to one or more homologous proteins </xs:documentation>
478                      </xs:annotation>
479                      <xs:complexType>
480                        <xs:sequence>
481                          <xs:element name="prot_desc" type="xs:string" minOccurs="0">
482                            <xs:annotation>
483                              <xs:documentation>Description from Fasta title</xs:documentation>
484                            </xs:annotation>
485                          </xs:element>
486                          <xs:element name="prot_score" minOccurs="0">
487                            <xs:annotation>
488                              <xs:documentation>Mascot protein score </xs:documentation>
489                            </xs:annotation>
490                            <xs:simpleType>
491                              <xs:restriction base="xs:double">
492                                <xs:minInclusive value="0"/>
493                              </xs:restriction>
494                            </xs:simpleType>
495                          </xs:element>
496                          <xs:element name="prot_thresh" minOccurs="0">
497                            <xs:annotation>
498                              <xs:documentation>Protein score significance threshold (PMF only)</xs:documentation>
499                            </xs:annotation>
500                            <xs:simpleType>
501                              <xs:restriction base="xs:double">
502                                <xs:minInclusive value="0"/>
503                              </xs:restriction>
504                            </xs:simpleType>
505                          </xs:element>
506                          <xs:element name="prot_expect" minOccurs="0">
507                            <xs:annotation>
508                              <xs:documentation>Expectation value corresponding to protein score (PMF only)</xs:documentation>
509                            </xs:annotation>
510                            <xs:simpleType>
511                              <xs:restriction base="xs:double">
512                                <xs:minInclusive value="0"/>
513                              </xs:restriction>
514                            </xs:simpleType>
515                          </xs:element>
516                          <xs:element name="prot_mass" minOccurs="0">
517                            <xs:annotation>
518                              <xs:documentation>Protein mass</xs:documentation>
519                            </xs:annotation>
520                            <xs:simpleType>
521                              <xs:restriction base="xs:double">
522                                <xs:minInclusive value="0"/>
523                              </xs:restriction>
524                            </xs:simpleType>
525                          </xs:element>
526                          <xs:element name="prot_matches" minOccurs="0">
527                            <xs:annotation>
528                              <xs:documentation>Number of peptide matches</xs:documentation>
529                            </xs:annotation>
530                            <xs:simpleType>
531                              <xs:restriction base="xs:long">
532                                <xs:minInclusive value="1"/>
533                              </xs:restriction>
534                            </xs:simpleType>
535                          </xs:element>
536                          <xs:element name="prot_matches_sig" minOccurs="0">
537                            <xs:annotation>
538                              <xs:documentation>Number of peptide matches at or above significance threshold</xs:documentation>
539                            </xs:annotation>
540                            <xs:simpleType>
541                              <xs:restriction base="xs:long">
542                                <xs:minInclusive value="0"/>
543                              </xs:restriction>
544                            </xs:simpleType>
545                          </xs:element>
546                          <xs:element name="prot_sequences" minOccurs="0">
547                            <xs:annotation>
548                              <xs:documentation>Number of distinct peptide sequences</xs:documentation>
549                            </xs:annotation>
550                            <xs:simpleType>
551                              <xs:restriction base="xs:long">
552                                <xs:minInclusive value="1"/>
553                              </xs:restriction>
554                            </xs:simpleType>
555                          </xs:element>
556                          <xs:element name="prot_sequences_sig" minOccurs="0">
557                            <xs:annotation>
558                              <xs:documentation>Number of distinct peptide sequences at or above significance threshold</xs:documentation>
559                            </xs:annotation>
560                            <xs:simpleType>
561                              <xs:restriction base="xs:long">
562                                <xs:minInclusive value="0"/>
563                              </xs:restriction>
564                            </xs:simpleType>
565                          </xs:element>
566                          <xs:element name="prot_cover" minOccurs="0">
567                            <xs:annotation>
568                              <xs:documentation>Percentage coverage</xs:documentation>
569                            </xs:annotation>
570                            <xs:simpleType>
571                              <xs:restriction base="xs:double">
572                                <xs:minInclusive value="0"/>
573                              </xs:restriction>
574                            </xs:simpleType>
575                          </xs:element>
576                          <xs:element name="prot_len" minOccurs="0">
577                            <xs:annotation>
578                              <xs:documentation>Length in residues</xs:documentation>
579                            </xs:annotation>
580                            <xs:simpleType>
581                              <xs:restriction base="xs:long">
582                                <xs:minInclusive value="1"/>
583                              </xs:restriction>
584                            </xs:simpleType>
585                          </xs:element>
586                          <xs:element name="prot_pi" minOccurs="0">
587                            <xs:annotation>
588                              <xs:documentation>Calculated pI value</xs:documentation>
589                            </xs:annotation>
590                            <xs:simpleType>
591                              <xs:restriction base="xs:double">
592                                <xs:minInclusive value="0"/>
593                              </xs:restriction>
594                            </xs:simpleType>
595                          </xs:element>
596                          <xs:element name="prot_tax_str" type="xs:string" minOccurs="0">
597                            <xs:annotation>
598                              <xs:documentation>Taxonomy</xs:documentation>
599                            </xs:annotation>
600                          </xs:element>
601                          <xs:element name="prot_tax_id" type="xs:long" minOccurs="0">
602                            <xs:annotation>
603                              <xs:documentation>Taxonomy ID</xs:documentation>
604                            </xs:annotation>
605                          </xs:element>
606                          <xs:element name="prot_seq" type="xs:string" minOccurs="0">
607                            <xs:annotation>
608                              <xs:documentation>Protein sequence</xs:documentation>
609                            </xs:annotation>
610                          </xs:element>
611                          <xs:element name="peptide" type="msr:peptideType" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded"/>
612                          <xs:element name="prot_empai" type="xs:double" minOccurs="0">
613                            <xs:annotation>
614                              <xs:documentation>emPAI value (MS/MS primary hit only)</xs:documentation>
615                            </xs:annotation>
616                          </xs:element>
617                          <xs:element name="quant_prot_ratio" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">
618                            <xs:annotation>
619                              <xs:documentation>Protein quantitation ratio (MS/MS primary hit only)</xs:documentation>
620                            </xs:annotation>
621                            <xs:complexType>
622                              <xs:attribute name="name" type="xs:string" use="required"/>
623                              <xs:attribute name="ratio" type="xs:string" use="optional"/>
624                              <xs:attribute name="n" type="xs:string" use="optional"/>
625                              <xs:attribute name="sd" type="xs:string" use="optional"/>
626                              <xs:attribute name="significant" type="xs:string" use="optional"/>
627                            </xs:complexType>
628                          </xs:element>
629                        </xs:sequence>
630                        <xs:attribute name="accession" type="xs:string" use="required"/>
631                        <xs:attribute name="member" type="xs:string" use="optional"/>
632                      </xs:complexType>
633                    </xs:element>
634                  </xs:sequence>
635                  <xs:attribute name="number" type="xs:long" use="required"/>
636                </xs:complexType>
637              </xs:element>
638            </xs:sequence>
639          </xs:complexType>
640        </xs:element>
641        <xs:element name="unassigned" minOccurs="0">
642          <xs:annotation>
643            <xs:documentation>Peptide matches not assigned to proteins</xs:documentation>
644          </xs:annotation>
645          <xs:complexType>
646            <xs:sequence>
647              <xs:element name="u_peptide" type="msr:peptideType" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded"/>
648            </xs:sequence>
649          </xs:complexType>
650        </xs:element>
651        <xs:element name="queries" minOccurs="0">
652          <xs:annotation>
653            <xs:documentation>Query level information</xs:documentation>
654          </xs:annotation>
655          <xs:complexType>
656            <xs:sequence>
657              <xs:element name="query" maxOccurs="unbounded">
658                <xs:complexType>
659                  <xs:sequence>
660                    <xs:element name="query_moverz" type="xs:double">
661                      <xs:annotation>
662                        <xs:documentation>Supplied m/z</xs:documentation>
663                      </xs:annotation>
664                    </xs:element>
665                    <xs:element name="query_charge" type="xs:string">
666                      <xs:annotation>
667                        <xs:documentation>Supplied charge (string that may contain a list of charges)</xs:documentation>
668                      </xs:annotation>
669                    </xs:element>
670                    <xs:element name="query_intensity" type="xs:double" minOccurs="0">
671                      <xs:annotation>
672                        <xs:documentation>Supplied precursor intensity</xs:documentation>
673                      </xs:annotation>
674                    </xs:element>
675                    <xs:element name="StringTitle" type="xs:string" minOccurs="0">
676                      <xs:annotation>
677                        <xs:documentation>Scan title</xs:documentation>
678                      </xs:annotation>
679                    </xs:element>
680                    <xs:element name="SCANS" type="xs:string" minOccurs="0">
681                      <xs:annotation>
682                        <xs:documentation>Scan number range</xs:documentation>
683                      </xs:annotation>
684                    </xs:element>
685                    <xs:element name="RTINSECONDS" type="xs:string" minOccurs="0">
686                      <xs:annotation>
687                        <xs:documentation>Retention time range</xs:documentation>
688                      </xs:annotation>
689                    </xs:element>
690                    <xs:element name="qual_tol" type="xs:string" minOccurs="0">
691                      <xs:annotation>
692                        <xs:documentation>peptol() qualifier</xs:documentation>
693                      </xs:annotation>
694                    </xs:element>
695                    <xs:element name="qual_seq" minOccurs="0" maxOccurs="20">
696                      <xs:annotation>
697                        <xs:documentation>seq() qualifier</xs:documentation>
698                      </xs:annotation>
699                      <xs:complexType>
700                        <xs:simpleContent>
701                          <xs:extension base="xs:string">
702                            <xs:attribute name="number" type="xs:integer" use="required"/>
703                          </xs:extension>
704                        </xs:simpleContent>
705                      </xs:complexType>
706                    </xs:element>
707                    <xs:element name="qual_comp" minOccurs="0" maxOccurs="20">
708                      <xs:annotation>
709                        <xs:documentation>comp() qualifier</xs:documentation>
710                      </xs:annotation>
711                      <xs:complexType>
712                        <xs:simpleContent>
713                          <xs:extension base="xs:string">
714                            <xs:attribute name="number" type="xs:integer" use="required"/>
715                          </xs:extension>
716                        </xs:simpleContent>
717                      </xs:complexType>
718                    </xs:element>
719                    <xs:element name="qual_tag" minOccurs="0" maxOccurs="20">
720                      <xs:annotation>
721                        <xs:documentation>tag() or etag() qualifier</xs:documentation>
722                      </xs:annotation>
723                      <xs:complexType>
724                        <xs:simpleContent>
725                          <xs:extension base="xs:string">
726                            <xs:attribute name="number" type="xs:integer" use="required"/>
727                          </xs:extension>
728                        </xs:simpleContent>
729                      </xs:complexType>
730                    </xs:element>
731                    <xs:element name="query_TOL" type="xs:double" minOccurs="0">
732                      <xs:annotation>
733                        <xs:documentation>Peptide mass tolerance</xs:documentation>
734                      </xs:annotation>
735                    </xs:element>
736                    <xs:element name="query_TOLU" minOccurs="0">
737                      <xs:annotation>
738                        <xs:documentation>Peptide mass tolerance units</xs:documentation>
739                      </xs:annotation>
740                      <xs:simpleType>
741                        <xs:restriction base="xs:string">
742                          <xs:enumeration value="Da"/>
743                          <xs:enumeration value="ppm"/>
744                          <xs:enumeration value="%"/>
745                          <xs:enumeration value="mmu"/>
746                        </xs:restriction>
747                      </xs:simpleType>
748                    </xs:element>
749                    <xs:element name="query_IT_MODS" type="xs:string" minOccurs="0">
750                      <xs:annotation>
751                        <xs:documentation>Variable modifications</xs:documentation>
752                      </xs:annotation>
753                    </xs:element>
754                    <xs:element name="query_INSTRUMENT" type="xs:string" minOccurs="0">
755                      <xs:annotation>
756                        <xs:documentation>Type of instrument</xs:documentation>
757                      </xs:annotation>
758                    </xs:element>
759                    <xs:element name="TotalIonsIntensity" type="xs:double" minOccurs="0">
760                      <xs:annotation>
761                        <xs:documentation>Sum of all the ions intensities</xs:documentation>
762                      </xs:annotation>
763                    </xs:element>
764                    <xs:element name="NumVals" type="xs:long" minOccurs="0">
765                      <xs:annotation>
766                        <xs:documentation>Total number of ions</xs:documentation>
767                      </xs:annotation>
768                    </xs:element>
769                    <xs:element name="StringIons1" type="xs:string" minOccurs="0">
770                      <xs:annotation>
771                        <xs:documentation>Peak list for ions 1 as a string (any series)</xs:documentation>
772                      </xs:annotation>
773                    </xs:element>
774                    <xs:element name="StringIons2" type="xs:string" minOccurs="0">
775                      <xs:annotation>
776                        <xs:documentation>Peak list for ions 2 as a string (N-term series)</xs:documentation>
777                      </xs:annotation>
778                    </xs:element>
779                    <xs:element name="StringIons3" type="xs:string" minOccurs="0">
780                      <xs:annotation>
781                        <xs:documentation>Peak list for ions 3 as a string (C-term series)</xs:documentation>
782                      </xs:annotation>
783                    </xs:element>
784                    <xs:element name="q_peptide" type="msr:peptideType" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded"/>
785                  </xs:sequence>
786                  <xs:attribute name="number" type="xs:long" use="required"/>
787                </xs:complexType>
788              </xs:element>
789            </xs:sequence>
790          </xs:complexType>
791        </xs:element>
792      </xs:sequence>
793      <xs:attribute name="majorVersion" type="xs:unsignedShort" use="required" fixed="2"/>
794      <xs:attribute name="minorVersion" type="msr:minorVersion_t" use="required"/>
795    </xs:complexType>
796  </xs:element>
797  <xs:complexType name="peptideType">
798    <xs:annotation>
799      <xs:documentation>Peptide match details</xs:documentation>
800    </xs:annotation>
801    <xs:sequence>
802      <xs:element name="pep_exp_mz" type="xs:double">
803        <xs:annotation>
804          <xs:documentation>Experimental m/z</xs:documentation>
805        </xs:annotation>
806      </xs:element>
807      <xs:element name="pep_exp_mr" type="xs:double" minOccurs="0">
808        <xs:annotation>
809          <xs:documentation>Experimental Mr</xs:documentation>
810        </xs:annotation>
811      </xs:element>
812      <xs:element name="pep_exp_z" minOccurs="0">
813        <xs:annotation>
814          <xs:documentation>Experimental charge</xs:documentation>
815        </xs:annotation>
816        <xs:simpleType>
817          <xs:restriction base="xs:integer"/>
818        </xs:simpleType>
819      </xs:element>
820      <xs:element name="pep_calc_mr" minOccurs="0">
821        <xs:annotation>
822          <xs:documentation>Calculated Mr</xs:documentation>
823        </xs:annotation>
824        <xs:simpleType>
825          <xs:restriction base="xs:double">
826            <xs:minInclusive value="0"/>
827          </xs:restriction>
828        </xs:simpleType>
829      </xs:element>
830      <xs:element name="pep_delta" type="xs:double" minOccurs="0">
831        <xs:annotation>
832          <xs:documentation>Mass error (calculated Mr - experimental Mr)</xs:documentation>
833        </xs:annotation>
834      </xs:element>
835      <xs:element name="pep_start" minOccurs="0">
836        <xs:annotation>
837          <xs:documentation>1 based residue count of peptide start position</xs:documentation>
838        </xs:annotation>
839        <xs:simpleType>
840          <xs:restriction base="xs:long">
841            <xs:minInclusive value="1"/>
842          </xs:restriction>
843        </xs:simpleType>
844      </xs:element>
845      <xs:element name="pep_end" minOccurs="0">
846        <xs:annotation>
847          <xs:documentation>1 based residue count of peptide end position</xs:documentation>
848        </xs:annotation>
849        <xs:simpleType>
850          <xs:restriction base="xs:long">
851            <xs:minInclusive value="1"/>
852          </xs:restriction>
853        </xs:simpleType>
854      </xs:element>
855      <xs:element name="pep_miss" minOccurs="0">
856        <xs:annotation>
857          <xs:documentation>Number of missed cleavages</xs:documentation>
858        </xs:annotation>
859        <xs:simpleType>
860          <xs:restriction base="xs:integer">
861            <xs:minInclusive value="0"/>
862            <xs:maxInclusive value="9"/>
863          </xs:restriction>
864        </xs:simpleType>
865      </xs:element>
866      <xs:element name="pep_score" minOccurs="0">
867        <xs:annotation>
868          <xs:documentation>Mascot ions score</xs:documentation>
869        </xs:annotation>
870        <xs:simpleType>
871          <xs:restriction base="xs:double">
872            <xs:minInclusive value="0"/>
873          </xs:restriction>
874        </xs:simpleType>
875      </xs:element>
876      <xs:element name="pep_homol" type="xs:double" minOccurs="0">
877        <xs:annotation>
878          <xs:documentation>Homology threshold (MS/MS only)</xs:documentation>
879        </xs:annotation>
880      </xs:element>
881      <xs:element name="pep_ident" type="xs:double" minOccurs="0">
882        <xs:annotation>
883          <xs:documentation>Identity threshold (MS/MS only)</xs:documentation>
884        </xs:annotation>
885      </xs:element>
886      <xs:element name="pep_expect" minOccurs="0">
887        <xs:annotation>
888          <xs:documentation>Expectation value corresponding to ions score</xs:documentation>
889        </xs:annotation>
890        <xs:simpleType>
891          <xs:restriction base="xs:double">
892            <xs:minInclusive value="0"/>
893          </xs:restriction>
894        </xs:simpleType>
895      </xs:element>
896      <xs:element name="pep_res_before" type="xs:string" minOccurs="0">
897        <xs:annotation>
898          <xs:documentation>The preceding residue, - if peptide is N-term of protein</xs:documentation>
899        </xs:annotation>
900      </xs:element>
901      <xs:element name="pep_seq" type="xs:string" minOccurs="0">
902        <xs:annotation>
903          <xs:documentation>Sequence</xs:documentation>
904        </xs:annotation>
905      </xs:element>
906      <xs:element name="pep_res_after" type="xs:string" minOccurs="0">
907        <xs:annotation>
908          <xs:documentation>The following residue, - if peptide is C-term of protein</xs:documentation>
909        </xs:annotation>
910      </xs:element>
911      <xs:element name="pep_frame" minOccurs="0">
912        <xs:annotation>
913          <xs:documentation>Frame number for translation of NA sequence</xs:documentation>
914        </xs:annotation>
915        <xs:simpleType>
916          <xs:restriction base="xs:integer">
917            <xs:minInclusive value="1"/>
918            <xs:maxInclusive value="6"/>
919          </xs:restriction>
920        </xs:simpleType>
921      </xs:element>
922      <xs:element name="pep_var_mod" type="xs:string" minOccurs="0">
923        <xs:annotation>
924          <xs:documentation>Variable modification names as CSV </xs:documentation>
925        </xs:annotation>
926      </xs:element>
927      <xs:element name="pep_var_mod_pos" type="xs:string" minOccurs="0">
928        <xs:annotation>
929          <xs:documentation>Variable modifications encoded as string</xs:documentation>
930        </xs:annotation>
931      </xs:element>
932      <xs:element name="pep_summed_mod_pos" type="xs:string" minOccurs="0">
933        <xs:annotation>
934          <xs:documentation>Summed modifications encoded as string</xs:documentation>
935        </xs:annotation>
936      </xs:element>
937      <xs:element name="pep_var_mod_conf" type="xs:string" minOccurs="0">
938        <xs:annotation>
939          <xs:documentation>Variable modification site analysis confidence (percentage between 0% and 100%)</xs:documentation>
940        </xs:annotation>
941      </xs:element>
942      <xs:element name="pep_num_match" type="xs:long" minOccurs="0">
943        <xs:annotation>
944          <xs:documentation>Number of fragment ion matches used for scoring</xs:documentation>
945        </xs:annotation>
946      </xs:element>
947      <xs:element name="pep_scan_title" type="xs:string" minOccurs="0">
948        <xs:annotation>
949          <xs:documentation>Query level scan title</xs:documentation>
950        </xs:annotation>
951      </xs:element>
952      <xs:element name="quant_pep_ratio" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">
953        <xs:annotation>
954          <xs:documentation>Peptide quantitation ratio (MS/MS primary hit only)</xs:documentation>
955        </xs:annotation>
956        <xs:complexType>
957          <xs:attribute name="name" type="xs:string" use="required"/>
958          <xs:attribute name="ratio" type="xs:string" use="optional"/>
959        </xs:complexType>
960      </xs:element>
961      <xs:element name="quant_pep_intensity" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">
962        <xs:annotation>
963          <xs:documentation>Peptide quantitation component intensity (MS/MS primary hit only)</xs:documentation>
964        </xs:annotation>
965        <xs:complexType>
966          <xs:attribute name="name" type="xs:string" use="required"/>
967          <xs:attribute name="intensity" type="xs:string" use="optional"/>
968        </xs:complexType>
969      </xs:element>
970    </xs:sequence>
971    <xs:attribute name="query" type="xs:long" use="required">
972      <xs:annotation>
973        <xs:documentation>1-based query number</xs:documentation>
974      </xs:annotation>
975    </xs:attribute>
976    <xs:attribute name="rank" type="xs:long" use="optional">
977      <xs:annotation>
978        <xs:documentation>Rank for this match, from 1 to 10</xs:documentation>
979      </xs:annotation>
980    </xs:attribute>
981    <xs:attribute name="isbold" type="xs:boolean" use="optional">
982      <xs:annotation>
983        <xs:documentation>True if this is the highest scoring protein hit containing any match to this query</xs:documentation>
984      </xs:annotation>
985    </xs:attribute>
986    <xs:attribute name="isunique" type="xs:boolean" use="optional">
987      <xs:annotation>
988        <xs:documentation>True if this peptide sequence is unique to this protein hit (which may contain several same-set and sub-set proteins</xs:documentation>
989      </xs:annotation>
990    </xs:attribute>
991  </xs:complexType>
992  <xs:simpleType name="minorVersion_t">
993    <xs:annotation>
994      <xs:documentation>Schema minor version number</xs:documentation>
995    </xs:annotation>
996    <xs:restriction base="xs:unsignedShort">
997      <xs:maxInclusive value="2"/>
998    </xs:restriction>
999  </xs:simpleType>
1000</xs:schema>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.