Changeset 3853


Ignore:
Timestamp:
Sep 15, 2010, 3:06:31 PM (13 years ago)
Author:
Gregory Vincic
Message:

Refs #698. Removing newStringSelectBox2 method from FormFactory

Location:
trunk/client/servlet/src/org/proteios
Files:
1 added
4 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/client/servlet/src/org/proteios/action/hit/HitsComparisonReport.java

    r3849 r3853  
    4343import org.proteios.gui.TitledWindow;
    4444import org.proteios.gui.Toolbar;
    45 import org.proteios.gui.form.Form;
     45import org.proteios.gui.form.*;
    4646import org.proteios.gui.layout.RowLayout;
    4747import org.proteios.gui.ColumnContainer;
    … …  
    6666    extends ProteiosAction<HitsComparisonReport>
    6767{
     68  public static final VString VNONREQUIRED_FILENAME = new VString("fileName",0, 255, false);
    6869  public static final VInteger VHITSELECTION1PROJECTID = new VInteger("hitSelection1ProjectId", 1, true);
    6970  public static final VInteger VHITSELECTION2PROJECTID = new VInteger("hitSelection2ProjectId", 1, true);
    … …  
    126127    //
    127128    // Get form
    128     Form form = getFormFactory().getHitsComparisonReportForm(
    129       project, project1, project2, filenamePrefixDefault);
     129    Form form = new HitComparisonForm(project, project1, project2, filenamePrefixDefault);
    130130    String pageTitle = new String("HitsComparisonReport");
    131131    Title title = new Title(pageTitle);

  • trunk/client/servlet/src/org/proteios/gui/form/FormFactory.java

    r3852 r3853  
    19111911    VString validStringParam = VNONREQUIRED_SAMPLE_STATE;
    19121912    List<Option> optionList = new ArrayList<Option>();
    1913     optionList.add(new Option("emulsion", "emulsion"));
     1913    optionList.add(new Option("emulsion", "emulsion").setSelected(true));
    19141914    optionList.add(new Option("gas", "gas"));
    19151915    optionList.add(new Option("liquid", "liquid"));
    … …  
    19181918    optionList.add(new Option("suspension", "suspension"));
    19191919    String selected = new String("emulsion");
    1920     Select<VString> stateSelectBox = newStringSelectBox2(validStringParam,
    1921       optionList, selected);
     1920    Select<VString> stateSelectBox = new Select<VString>(validStringParam,  optionList);
     1921  stateSelectBox.selectOption(selected);
    19221922    stateSelectBox.setLabel("SampleState");
    19231923    sampleInputFS.add(stateSelectBox);
    … …  
    21492149
    21502150
    2151     private Select<VString> selectMultiSelectionExternalGelId(DbControl dc,
    2152       Project project, VString vStringParam)
    2153   {
    2154     Select<VString> select = new Select<VString>(vStringParam);
    2155     select.setMultiple(true);
    2156     select.setLabel("GelExternalId");
    2157     if (dc != null && dc.isConnected())
    2158     {
    2159       List<String> gelIdList = Hit.getUniqueGelIds(project, dc);
    2160       /*
    2161        * Add select options for unique gel ids
    2162        */
    2163       for (int i = 0; i < gelIdList.size(); i++)
    2164       {
    2165         // Get plate id
    2166         String gelId = gelIdList.get(i);
    2167         if (gelId != null)
    2168         {
    2169           // Add option for plate id
    2170           Option o = new Option("" + gelId);
    2171           o.setContent(gelId);
    2172           select.addOption(o);
    2173         }
    2174       }
    2175     }
    2176     /*
    2177      * Add dummy option with message if no real options available.
    2178      */
    2179     if (select.getOptions().size() == 0)
    2180     {
    2181       Option noGelId = new Option("0");
    2182       noGelId.setContent("No gel external ID available");
    2183       select.addOption(noGelId);
    2184       select.setDisabled(true);
    2185     }
    2186     return select;
    2187   }
    2188 
    21892151
    21902152  public Select<VString> selectLocalSampleIdWithAllOption(DbControl dc,
    … …  
    22022164  }
    22032165
    2204 
    2205   public Select<VString> selectMultiSelectionLocalSampleId(DbControl dc,
    2206       Project project, VString vStringParam)
    2207   {
    2208     Select<VString> select = new Select<VString>(vStringParam);
    2209     select.setMultiple(true);
    2210     select.setLabel("LocalSampleId");
    2211     if (dc != null && dc.isConnected())
    2212     {
    2213       List<String> localSampleIdList = Hit.getUniqueLocalSampleIds(
    2214         project, dc);
    2215       // Check if valid local sample id values exist
    2216       boolean validValuesExist = false;
    2217       if (localSampleIdList != null)
    2218       {
    2219         for (int i = 0; i < localSampleIdList.size(); i++)
    2220         {
    2221           log
    2222             .debug("localSampleIdList.get(" + i + ") = " + localSampleIdList
    2223               .get(i));
    2224           // Get local sample id
    2225           String localSampleId = localSampleIdList.get(i);
    2226           if (localSampleId != null)
    2227           {
    2228             validValuesExist = true;
    2229             continue;
    2230           }
    2231         }
    2232       }
    2233       /*
    2234        * Add dummy option with empty string as value
    2235        */
    2236       Option dummyLocalSampleId = new Option("");
    2237       if (!validValuesExist)
    2238       {
    2239         dummyLocalSampleId.setContent("No local sample ID available");
    2240         select.addOption(dummyLocalSampleId);
    2241       }
    2242       /*
    2243        * Add select options for unique local sample ids
    2244        */
    2245       for (int i = 0; i < localSampleIdList.size(); i++)
    2246       {
    2247         // Get local sample id
    2248         String localSampleId = localSampleIdList.get(i);
    2249         if (localSampleId != null)
    2250         {
    2251           // Add option for local sample id
    2252           Option o = new Option("" + localSampleId);
    2253           o.setContent(localSampleId);
    2254           select.addOption(o);
    2255         }
    2256       }
    2257       /*
    2258        * Disable select box if no valid options
    2259        */
    2260       if (!validValuesExist)
    2261       {
    2262         select.setDisabled(true);
    2263       }
    2264     }
    2265     return select;
    2266   }
    2267 
    2268 
    2269   public Select<VString> selectMultiSelectionFractionId(DbControl dc,
    2270       Project project, VString vStringParam)
    2271   {
    2272     Select<VString> select = new Select<VString>(vStringParam);
    2273     select.setMultiple(true);
    2274     select.setLabel("FractionId");
    2275     if (dc != null && dc.isConnected())
    2276     {
    2277       List<String> fractionIdList = Hit.getUniqueFractionIds(project, dc);
    2278       // Check if valid fraction id values exist
    2279       boolean validValuesExist = false;
    2280       if (fractionIdList != null)
    2281       {
    2282         for (int i = 0; i < fractionIdList.size(); i++)
    2283         {
    2284           // Get fraction id
    2285           String fractionId = fractionIdList.get(i);
    2286           if (fractionId != null)
    2287           {
    2288             validValuesExist = true;
    2289             continue;
    2290           }
    2291         }
    2292       }
    2293       /*
    2294        * Add dummy option with empty string as value
    2295        */
    2296       Option dummyFractionId = new Option("");
    2297       if (!validValuesExist)
    2298       {
    2299         dummyFractionId.setContent("No fraction ID available");
    2300         select.addOption(dummyFractionId);
    2301       }
    2302       /*
    2303        * Add select options for unique fraction ids
    2304        */
    2305       for (int i = 0; i < fractionIdList.size(); i++)
    2306       {
    2307         // Get fraction id
    2308         String fractionId = fractionIdList.get(i);
    2309         if (fractionId != null)
    2310         {
    2311           // Add option for fraction id
    2312           Option o = new Option("" + fractionId);
    2313           o.setContent(fractionId);
    2314           select.addOption(o);
    2315         }
    2316       }
    2317       /*
    2318        * Disable select box if no valid options
    2319        */
    2320       if (!validValuesExist)
    2321       {
    2322         select.setDisabled(true);
    2323       }
    2324     }
    2325     return select;
    2326   }
    23272166
    23282167
    … …  
    23552194 // Cleaning up from here
    23562195
    2357   public Form getHitsComparisonReportForm(Project project, Project project1,
    2358       Project project2, String filenamePrefixDefault)
    2359   {
    2360     DbControl dc = project.getDbControl();
    2361     Form form = new Form("comparisonOfHitsReportForm");
    2362     //
    2363     // Settings for project 1 hits
    2364     //
    2365     Fieldset project1FilterSettingsFS = new Fieldset();
    2366     project1FilterSettingsFS.setTitle(
    2367       "HitsComparisonReportFilterSettings1");
    2368     form.addFieldset(project1FilterSettingsFS);
    2369     //
    2370     TextField<Integer> project1IdF = new TextField<Integer>(HitsComparisonReport.VHITSELECTION1PROJECTID);
    2371     project1FilterSettingsFS.add(project1IdF);
    2372     project1IdF.setDisabled(true);
    2373     project1IdF.setLabel("HitsComparisonReportProject1Id");
    2374     project1IdF.setValue(project1.getId());
    2375     //
    2376     TextField<String> project1NameF = new DummyField();
    2377     project1FilterSettingsFS.add(project1NameF);
    2378     project1NameF.setDisabled(true);
    2379     project1NameF.setLabel("HitsComparisonReportProject1Name");
    2380     project1NameF.setValue(project1.getName());
    2381     //
    2382     int maxNumVisible = 5;
    2383     if (dc != null && dc.isConnected())
    2384     {
    2385       Select<VString> select = selectMultiSelectionExternalGelId(dc,
    2386         project1, HitsComparisonReport.VHITSELECTION1GELEXTERNALID);
    2387       select.setMaxSize(maxNumVisible);
    2388       project1FilterSettingsFS.add(select);
    2389 
    2390       select = selectMultiSelectionLocalSampleId(dc,
    2391         project1, HitsComparisonReport.VHITSELECTION1LOCALSAMPLEID);
    2392       select.setMaxSize(maxNumVisible);
    2393       project1FilterSettingsFS.add(select);
    2394 
    2395       select = selectMultiSelectionFractionId(dc,
    2396         project1, HitsComparisonReport.VHITSELECTION1FRACTIONID);
    2397       select.setLabel("FractionIdOptional");
    2398       select.setMaxSize(maxNumVisible);
    2399       project1FilterSettingsFS.add(select);
    2400     }
    2401     //
    2402     TextField<Float> project1FdrF = new TextField<Float>(HitsComparisonReport.VHITSELECTION1CUTOFF);
    2403     project1FdrF.setValue(new Float(0.01));
    2404     project1FdrF.setLabel("HitsComparisonReportProject1CombinedFDRUpperCutoff");
    2405     project1FilterSettingsFS.add(project1FdrF);
    2406     //
    2407     // Settings for project 2 hits
    2408     //
    2409     Fieldset project2FilterSettingsFS = new Fieldset();
    2410     project2FilterSettingsFS.setTitle(
    2411       "HitsComparisonReportFilterSettings2");
    2412     form.addFieldset(project2FilterSettingsFS);
    2413     //
    2414     TextField<Integer> project2IdF = new TextField<Integer>(HitsComparisonReport.VHITSELECTION2PROJECTID);
    2415     project2FilterSettingsFS.add(project2IdF);
    2416     project2IdF.setDisabled(true);
    2417     project2IdF.setLabel("HitsComparisonReportProject2Id");
    2418     project2IdF.setValue(project2.getId());
    2419     //
    2420     TextField<String> project2NameF = new DummyField();
    2421     project2FilterSettingsFS.add(project2NameF);
    2422     project2NameF.setDisabled(true);
    2423     project2NameF.setLabel("HitsComparisonReportProject2Name");
    2424     project2NameF.setValue(project2.getName());
    2425     //
    2426     if (dc != null && dc.isConnected())
    2427     {
    2428       Select<VString> select = selectMultiSelectionExternalGelId(dc,
    2429         project2, HitsComparisonReport.VHITSELECTION2GELEXTERNALID);
    2430       select.setMaxSize(maxNumVisible);
    2431       project2FilterSettingsFS.add(select);
    2432 
    2433       select = selectMultiSelectionLocalSampleId(dc,
    2434         project2, HitsComparisonReport.VHITSELECTION2LOCALSAMPLEID);
    2435       select.setMaxSize(maxNumVisible);
    2436       project2FilterSettingsFS.add(select);
    2437 
    2438       select = selectMultiSelectionFractionId(dc,
    2439         project2, HitsComparisonReport.VHITSELECTION2FRACTIONID);
    2440       select.setLabel("FractionIdOptional");
    2441       select.setMaxSize(maxNumVisible);
    2442       project2FilterSettingsFS.add(select);
    2443     }
    2444     //
    2445     TextField<Float> project2FdrF = new TextField<Float>(
    2446       HitsComparisonReport.VHITSELECTION2CUTOFF);
    2447     project2FdrF.setValue(new Float(0.01));
    2448     project2FdrF
    2449       .setLabel("HitsComparisonReportProject2CombinedFDRUpperCutoff");
    2450     project2FilterSettingsFS.add(project2FdrF);
    2451     //
    2452     // Hits comparison type (peptide/protein)
    2453     //
    2454     Fieldset hitComparisonTypeFS = new Fieldset();
    2455     hitComparisonTypeFS.setTitle(
    2456       "HitsComparisonReportComparisonType");
    2457     form.addFieldset(hitComparisonTypeFS);
    2458     //
    2459     VString validStringParam = HitsComparisonReport.VHITSCOMPARISONTYPE;
    2460     List<Option> optionList = new ArrayList<Option>();
    2461     optionList.add(new Option("peptide", "Peptide"));
    2462     optionList.add(new Option("protein", "Protein"));
    2463     String selected = "peptide";
    2464     Select<VString> comparisonTypeSelectBox = newStringSelectBox2(
    2465       validStringParam, optionList, selected);
    2466     comparisonTypeSelectBox
    2467       .setLabel("HitsComparisonReportComparisonTypeSelect");
    2468     hitComparisonTypeFS.add(comparisonTypeSelectBox);
    2469     //
    2470     // Hits comparison protein settings
    2471     //
    2472     Fieldset hitComparisonProteinSettingsFS = new Fieldset();
    2473     hitComparisonProteinSettingsFS.setTitle(
    2474       "HitsComparisonReportProteinSettings");
    2475     form.addFieldset(hitComparisonProteinSettingsFS);
    2476     //
    2477     Checkbox<VBoolean> ignoreCombinedFDRUpperCutoffCB = new Checkbox<VBoolean>(
    2478       HitsComparisonReport.VIGNORECOMBINEDFDRUPPERCUTOFF);
    2479     ignoreCombinedFDRUpperCutoffCB
    2480       .setLabel("HitsComparisonIgnoreCombinedFDRUpperCutoff");
    2481     ignoreCombinedFDRUpperCutoffCB.setValue("true");
    2482     ignoreCombinedFDRUpperCutoffCB.isChecked(true);
    2483     hitComparisonProteinSettingsFS.add(ignoreCombinedFDRUpperCutoffCB);
    2484     //
    2485     // Get score types from Hit query
    2486     List<String> scoreTypeList1 = Hit.getUniqueScoreTypes(project1, dc);
    2487     List<String> scoreTypeList2 = Hit.getUniqueScoreTypes(project2, dc);
    2488     // Combine score type lists
    2489     List<String> scoreTypeList = new ArrayList<String>(0);
    2490     if (scoreTypeList1 != null && scoreTypeList1.size() > 0)
    2491     {
    2492       for (String scoreType1 : scoreTypeList1)
    2493       {
    2494         // Beware of null strings in list
    2495         if (scoreType1 == null)
    2496         {
    2497           continue;
    2498         }
    2499         scoreTypeList.add(scoreType1);
    2500       }
    2501     }
    2502     if (scoreTypeList2 != null && scoreTypeList2.size() > 0)
    2503     {
    2504       for (String scoreType2 : scoreTypeList2)
    2505       {
    2506         // Beware of null strings in list
    2507         if (scoreType2 == null)
    2508         {
    2509           continue;
    2510         }
    2511         if (!scoreTypeList.contains(scoreType2))
    2512         {
    2513           scoreTypeList.add(scoreType2);
    2514         }
    2515       }
    2516     }
    2517     // Add score type settings select boxes
    2518     validStringParam = HitsComparisonReport.VHITSCOMPARISONSCORETYPE;
    2519     optionList = new ArrayList<Option>();
    2520     if (scoreTypeList != null && scoreTypeList.size() > 0)
    2521     {
    2522       for (String scoreType : scoreTypeList)
    2523       {
    2524         // Beware of null strings in list
    2525         if (scoreType == null)
    2526         {
    2527           continue;
    2528         }
    2529         optionList.add(new Option(scoreType, scoreType));
    2530       }
    2531     }
    2532     selected = "Proteios Protein";
    2533     Select<VString> comparisonScoreTypeSelectBox = newStringSelectBox2(
    2534       validStringParam, optionList, selected);
    2535     comparisonScoreTypeSelectBox
    2536       .setLabel("HitsComparisonReportScoreTypeSelect");
    2537     hitComparisonProteinSettingsFS.add(comparisonScoreTypeSelectBox);
    2538     //
    2539     Checkbox<VBoolean> onlyUseLeadingProteinsCB = new Checkbox<VBoolean>(
    2540       HitsComparisonReport.VONLYUSELEADINGPROTEINS);
    2541     onlyUseLeadingProteinsCB
    2542       .setLabel("HitsComparisonOnlyUseLeadingProteins");
    2543     onlyUseLeadingProteinsCB.setValue("true");
    2544     onlyUseLeadingProteinsCB.isChecked(true);
    2545     hitComparisonProteinSettingsFS.add(onlyUseLeadingProteinsCB);
    2546     //
    2547     // Hits comparison forward field (hidden)
    2548     //
    2549     TextField<String> forwardF = new ForwardField();
    2550     forwardF.setValue(actionFactory
    2551       .getId(CreateHitsComparisonReportJob.class));
    2552     hitComparisonTypeFS.add(forwardF);
    2553     //
    2554     // Hits comparison output
    2555     //
    2556     Fieldset comparisonOfHitsOutputFS = new Fieldset();
    2557     comparisonOfHitsOutputFS.setTitle(
    2558       "HitsComparisonReportOutput");
    2559     form.addFieldset(comparisonOfHitsOutputFS);
    2560     //
    2561     TextField<String> nameF = new TextField<String>(VNONREQUIRED_FILENAME);
    2562     nameF.setValue(filenamePrefixDefault);
    2563     nameF.setLabel("OutputFileNamePrefix");
    2564     comparisonOfHitsOutputFS.add(nameF);
    2565     //
    2566     Checkbox<VBoolean> appendExtraPrefixCB = new Checkbox<VBoolean>(
    2567       CreateHitsComparisonReportJob.VEXTRAPREFIX);
    2568     appendExtraPrefixCB.setLabel("HitsComparisonExtraPrefix");
    2569     appendExtraPrefixCB.setValue("true");
    2570     appendExtraPrefixCB.isChecked(false);
    2571     comparisonOfHitsOutputFS.add(appendExtraPrefixCB);
    2572     //
    2573     return form;
    2574   }
    2575 
    2576 
    25772196  public Form getPrideExportForm(Project project, String filenamePrefixDefault)
    25782197  {
    … …  
    27582377  }
    27592378
    2760 
    2761   /**
    2762    * Returns a select box for selecting a string value.
    2763    *
    2764    * @param validParam VString Valid VString parameter coupled to select box.
    2765    * @param optionList List<Option> Option list of options.
    2766    * @param selected String Value of selected option.
    2767    * @return Select<VString> A select box for selecting a string value.
    2768    */
    2769   private Select<VString> newStringSelectBox2(VString validParam,
    2770       List<Option> optionList, String selected)
    2771   {
    2772     Select<VString> select = new Select<VString>(validParam);
    2773     select.setLabel(validParam.getName());
    2774     // Add options in list order
    2775     if (optionList != null)
    2776     {
    2777       for (int i = 0; i < optionList.size(); i++)
    2778       {
    2779         if (optionList.get(i) != null)
    2780         {
    2781           select.addOption(optionList.get(i));
    2782         }
    2783       }
    2784     }
    2785     // Set selected option
    2786     if (selected != null)
    2787     {
    2788       if (select.getOptions() != null)
    2789       {
    2790         for (int i = 0; i < select.getOptions().size(); i++)
    2791         {
    2792           if (select.getOptions().get(i).getValue().equals(selected))
    2793           {
    2794             select.getOptions().get(i).setSelected(true);
    2795           }
    2796         }
    2797       }
    2798     }
    2799     return select;
    2800   }
    28012379
    28022380
    … …  
    30232601      }
    30242602    }
    3025     Select<VString> searchTypeSelectBox = newStringSelectBox2(
    3026       validStringParam, optionList, selected);
     2603    Select<VString> searchTypeSelectBox = new Select<VString>(validStringParam, optionList);
     2604  searchTypeSelectBox.selectOption(selected);
    30272605    searchTypeSelectBox.setLabel("MascotSearchTypeSelect");
    30282606    if (mascotParameterSetStorage != null)
    … …  
    34683046    }
    34693047    selected = mascotParameterSet.getDb();
    3470     Select<VString> sequenceLibrarySelectBox = newStringSelectBox2(
    3471       validStringParam, optionList, selected);
     3048    Select<VString> sequenceLibrarySelectBox = new Select<VString>(validStringParam, optionList);
     3049   sequenceLibrarySelectBox.selectOption(selected);
    34723050    sequenceLibrarySelectBox.setLabel("MascotSequenceLibrarySelect");
    34733051    generalFS.add(sequenceLibrarySelectBox);
    … …  
    34873065    }
    34883066    selected = mascotParameterSet.getSpecies();
    3489     Select<VString> speciesSelectBox = newStringSelectBox2(validStringParam, optionList, selected);
     3067    Select<VString> speciesSelectBox = new Select<VString>(validStringParam, optionList);
     3068  speciesSelectBox.selectOption(selected);
    34903069    speciesSelectBox.setLabel("MascotSpecies");
    34913070    generalFS.add(speciesSelectBox);
    … …  
    35053084    }
    35063085    selected = mascotParameterSet.getEnzyme();
    3507     Select<VString> enzymeSelectBox = newStringSelectBox2(validStringParam, optionList, selected);
     3086    Select<VString> enzymeSelectBox = new Select<VString>(validStringParam, optionList);
     3087  enzymeSelectBox.selectOption(selected);
    35083088    enzymeSelectBox.setLabel("MascotEnzymeSelect");
    35093089    generalFS.add(enzymeSelectBox);
    … …  
    35233103    }
    35243104    selected = mascotParameterSet.getMissedCleavages();
    3525     Select<VString> missedCleavagesSelectBox = newStringSelectBox2(validStringParam, optionList, selected);
     3105    Select<VString> missedCleavagesSelectBox = new Select<VString>(validStringParam, optionList);
     3106  missedCleavagesSelectBox.selectOption(selected);
    35263107    missedCleavagesSelectBox.setLabel("MascotMissedCleavagesSelect");
    35273108    generalFS.add(missedCleavagesSelectBox);
    … …  
    35823163      }
    35833164      selected = mascotParameterSet.getQuantitation();
    3584       Select<VString> quantitationSelectBox = newStringSelectBox2(validStringParam, optionList, selected);
     3165      Select<VString> quantitationSelectBox = new Select<VString>(validStringParam, optionList);
     3166    quantitationSelectBox.selectOption(selected);
    35853167      quantitationSelectBox.setLabel("MascotQuantitationSelect");
    35863168      generalFS.add(quantitationSelectBox);
    … …  
    36123194    }
    36133195    selected = mascotParameterSet.getPepTolUnit();
    3614     Select<VString> peptideTolUnitSelectBox = newStringSelectBox2(validStringParam, optionList, selected);
     3196    Select<VString> peptideTolUnitSelectBox = new Select<VString>(validStringParam, optionList);
     3197  peptideTolUnitSelectBox.selectOption(selected);
    36153198    peptideTolUnitSelectBox.setLabel("MascotPeptideToleranceUnitSelect");
    36163199    generalFS.add(peptideTolUnitSelectBox);
    … …  
    36323215      }
    36333216      selected = mascotParameterSet.getPeptideIsotopeError();
    3634       Select<VString> peptideIsotopeErrorSelectBox = newStringSelectBox2(
    3635         validStringParam, optionList, selected);
     3217      Select<VString> peptideIsotopeErrorSelectBox = new Select<VString>(
     3218        validStringParam, optionList);
     3219  peptideIsotopeErrorSelectBox.selectOption( selected);
    36363220      peptideIsotopeErrorSelectBox
    36373221        .setLabel("MascotPeptideIsotopeErrorSelect");
    … …  
    36573241      }
    36583242      selected = mascotParameterSet.getMsMsTolUnit();
    3659       Select<VString> msMsTolUnitSelectBox = newStringSelectBox2(
    3660         validStringParam, optionList, selected);
     3243      Select<VString> msMsTolUnitSelectBox = new Select<VString>(
     3244        validStringParam, optionList);
     3245  msMsTolUnitSelectBox.selectOption( selected);
    36613246      msMsTolUnitSelectBox.setLabel("MascotMsMsToleranceUnitSelect");
    36623247      generalFS.add(msMsTolUnitSelectBox);
    … …  
    36763261      }
    36773262      selected = mascotParameterSet.getPeptideCharge();
    3678       Select<VString> peptideChargeSelectBox = newStringSelectBox2(
    3679         validStringParam, optionList, selected);
     3263      Select<VString> peptideChargeSelectBox = new Select<VString>(
     3264        validStringParam, optionList);
     3265  peptideChargeSelectBox.selectOption( selected);
    36803266      peptideChargeSelectBox.setLabel("MascotPeptideChargeSelect");
    36813267      generalFS.add(peptideChargeSelectBox);
    … …  
    36923278      }
    36933279      selected = mascotParameterSet.getMassIonType();
    3694       Select<VString> massIonTypeSelectBox = newStringSelectBox2(
    3695         validStringParam, optionList, selected);
     3280      Select<VString> massIonTypeSelectBox = new Select<VString>(
     3281        validStringParam, optionList);
     3282  massIonTypeSelectBox.selectOption( selected);
    36963283      massIonTypeSelectBox.setLabel("MascotMassIonTypeSelect");
    36973284      generalFS.add(massIonTypeSelectBox);
    … …  
    37063293    }
    37073294    selected = mascotParameterSet.getMassType();
    3708     Select<VString> massTypeSelectBox = newStringSelectBox2(
    3709       validStringParam, optionList, selected);
     3295    Select<VString> massTypeSelectBox = new Select<VString>(
     3296      validStringParam, optionList);
     3297  massTypeSelectBox.selectOption( selected);
    37103298    massTypeSelectBox.setLabel("MascotMassTypeSelect");
    37113299    generalFS.add(massTypeSelectBox);
    … …  
    37253313      }
    37263314      selected = mascotParameterSet.getDataFormat();
    3727       Select<VString> dataFormatSelectBox = newStringSelectBox2(
    3728         validStringParam, optionList, selected);
     3315      Select<VString> dataFormatSelectBox = new Select<VString>(
     3316        validStringParam, optionList);
     3317  dataFormatSelectBox.selectOption( selected);
    37293318      dataFormatSelectBox.setLabel("MascotDataFormatSelect");
    37303319      generalFS.add(dataFormatSelectBox);
    … …  
    37603349      }
    37613350      selected = mascotParameterSet.getInstrument();
    3762       Select<VString> instrumentSelectBox = newStringSelectBox2(validStringParam, optionList, selected);
     3351      Select<VString> instrumentSelectBox = new Select<VString>(validStringParam, optionList);
     3352  instrumentSelectBox.selectOption( selected);
    37633353      instrumentSelectBox.setLabel("MascotInstrumentSelect");
    37643354      generalFS.add(instrumentSelectBox);
    … …  
    38043394    }
    38053395    selected = mascotParameterSet.getReportTop();
    3806     Select<VString> reportTopSelectBox = newStringSelectBox2(validStringParam, optionList, selected);
     3396    Select<VString> reportTopSelectBox = new Select<VString>(validStringParam, optionList);
     3397  reportTopSelectBox.selectOption( selected);
    38073398    reportTopSelectBox.setLabel("MascotReportTopSelect");
    38083399    generalFS.add(reportTopSelectBox);
    … …  
    38873478      .add(new Option("etd", "ETD (electron transfer dissociation)"));
    38883479    String selected = new String("iontrap");
    3889     Select<VString> searchSpectrumTypeSelectBox = newStringSelectBox2(
    3890       validStringParam, optionList, selected);
     3480    Select<VString> searchSpectrumTypeSelectBox = new Select<VString>(
     3481      validStringParam, optionList);
     3482  searchSpectrumTypeSelectBox.selectOption( selected);
    38913483    searchSpectrumTypeSelectBox.setLabel("OMSSASearchSpectrumTypeSelect");
    38923484    if (omssaParameterSetStorage != null)
    … …  
    43093901    }
    43103902    selected = omssaParameterSet.getEnzyme();
    4311     Select<VString> enzymeSelectBox = newStringSelectBox2(validStringParam,
    4312       optionList, selected);
     3903    Select<VString> enzymeSelectBox = new Select<VString>(validStringParam,
     3904      optionList);
     3905  enzymeSelectBox.selectOption( selected);
    43133906    enzymeSelectBox.setLabel("OMSSAEnzymeSelect");
    43143907    generalFS.add(enzymeSelectBox);
    … …  
    43293922    }
    43303923    selected = omssaParameterSet.getDb();
    4331     Select<VString> sequenceLibrarySelectBox = newStringSelectBox2(
    4332       validStringParam, optionList, selected);
     3924    Select<VString> sequenceLibrarySelectBox = new Select<VString>(
     3925      validStringParam, optionList);
     3926  sequenceLibrarySelectBox.selectOption( selected);
    43333927    sequenceLibrarySelectBox.setLabel("OMSSASequenceLibrarySelect");
    43343928    generalFS.add(sequenceLibrarySelectBox);
    … …  
    44394033    }
    44404034    selected = omssaParameterSet.getPrecursorSearchType();
    4441     Select<VString> precursorMassSearchTypeSelectBox = newStringSelectBox2(
    4442       validStringParam, optionList, selected);
     4035    Select<VString> precursorMassSearchTypeSelectBox = new Select<VString>(
     4036      validStringParam, optionList);
     4037  precursorMassSearchTypeSelectBox.selectOption( selected);
    44434038    precursorMassSearchTypeSelectBox.setLabel("OMSSAPrecursorMassSearchTypeSelect");
    44444039    generalFS.add(precursorMassSearchTypeSelectBox);
    … …  
    44514046    }
    44524047    selected = omssaParameterSet.getProductSearchType();
    4453     Select<VString> productMassSearchTypeSelectBox = newStringSelectBox2(
    4454       validStringParam, optionList, selected);
     4048    Select<VString> productMassSearchTypeSelectBox = new Select<VString>(
     4049      validStringParam, optionList);
     4050  productMassSearchTypeSelectBox.selectOption( selected);
    44554051    productMassSearchTypeSelectBox
    44564052      .setLabel("OMSSAProductMassSearchTypeSelect");
    … …  
    44894085    }
    44904086    selected = omssaParameterSet.getIonsToSearch1();
    4491     Select<VString> ionsToSearch1SelectBox = newStringSelectBox2(validStringParam, optionList, selected);
     4087    Select<VString> ionsToSearch1SelectBox = new Select<VString>(validStringParam, optionList);
     4088  ionsToSearch1SelectBox.selectOption( selected);
    44924089    ionsToSearch1SelectBox.setLabel("OMSSAIonsToSearch1Select");
    44934090    generalFS.add(ionsToSearch1SelectBox);
    … …  
    45004097    }
    45014098    selected = omssaParameterSet.getIonsToSearch2();
    4502     Select<VString> ionsToSearch2SelectBox = newStringSelectBox2(validStringParam, optionList, selected);
     4099    Select<VString> ionsToSearch2SelectBox = new Select<VString>(validStringParam, optionList);
     4100  ionsToSearch2SelectBox.selectOption( selected);
    45034101    ionsToSearch2SelectBox.setLabel("OMSSAIonsToSearch2Select");
    45044102    generalFS.add(ionsToSearch2SelectBox);
    … …  
    45174115    }
    45184116    selected = omssaParameterSet.getZDep();
    4519     Select<VString> zDepSelectBox = newStringSelectBox2(validStringParam, optionList, selected);
     4117    Select<VString> zDepSelectBox = new Select<VString>(validStringParam, optionList);
     4118  zDepSelectBox.selectOption( selected);
    45204119    zDepSelectBox.setLabel("OMSSAZDepSelect");
    45214120    extraFS.add(zDepSelectBox);
    … …  
    46304229    optionList.add(new Option("false", "false"));
    46314230    selected = omssaParameterSet.getNMethionineAttribute();
    4632     Select<VString> nMethionineSelectBox = newStringSelectBox2(validStringParam, optionList, selected);
     4231    Select<VString> nMethionineSelectBox = new Select<VString>(validStringParam, optionList);
     4232  nMethionineSelectBox.selectOption( selected);
    46334233    nMethionineSelectBox.setLabel("OMSSANMethionineSelect");
    46344234    extraFS.add(nMethionineSelectBox);
    … …  
    55205120    }
    55215121    selected = xTandemParameterSet.getListPathDefaultParameters();
    5522     Select<VString> listPathDefaultParametersSelectBox = newStringSelectBox2(validStringParam, optionList, selected);
     5122    Select<VString> listPathDefaultParametersSelectBox = new Select<VString>(validStringParam, optionList);
     5123  listPathDefaultParametersSelectBox.selectOption( selected);
    55235124    listPathDefaultParametersSelectBox.setLabel("XTandemListPathDefaultParameters");
    55245125    listPathDefaultParametersSelectBox.setMultiple(false);
    … …  
    56805281    }
    56815282    selected = xTandemParameterSet.getResidueModificationMass();
    5682     Select<VString> residueModificationMassSelectBox = newStringSelectBox2(
    5683       validStringParam, optionList, selected);
     5283    Select<VString> residueModificationMassSelectBox = new Select<VString>(
     5284      validStringParam, optionList);
     5285  residueModificationMassSelectBox.selectOption( selected);
    56845286    residueModificationMassSelectBox
    56855287      .setLabel("XTandemResidueModificationMassSelect");
    … …  
    58285430    }
    58295431    selected = xTandemParameterSet.getProteinTaxon();
    5830     // Select<VString> taxon = newStringSelectBox2(validStringParam,
    5831     // optionList, selected);
    58325432    selectedList = listStringToStringList(selected, ",\\ ");
    58335433    Select<VString> taxon = newStringMultipleSelectBox(validStringParam,
    … …  
    59035503    }
    59045504    selected = xTandemParameterSet.getProteinCleavageSite();
    5905     Select<VString> proteinCleavageSiteSelectBox = newStringSelectBox2(
    5906       validStringParam, optionList, selected);
     5505    Select<VString> proteinCleavageSiteSelectBox = new Select<VString>(
     5506      validStringParam, optionList);
     5507  proteinCleavageSiteSelectBox.selectOption( selected);
    59075508    proteinCleavageSiteSelectBox
    59085509      .setLabel("XTandemProteinCleavageSiteSelect");
    … …  
    62065807    optionList.add(new Option("k-score", "k-score"));
    62075808    selected = xTandemParameterSet.getScoringAlgorithm();
    6208     Select<VString> algorithmSelectBox = newStringSelectBox2(
    6209       validStringParam, optionList, selected);
     5809    Select<VString> algorithmSelectBox = new Select<VString>(
     5810      validStringParam, optionList);
     5811  algorithmSelectBox.selectOption( selected);
    62105812    scoringFS.add(algorithmSelectBox);
    62115813    /*
    … …  
    63925994    }
    63935995    selected = pikeSourceDatabase;
    6394     Select<VString> sourceDatabaseSelectBox = newStringSelectBox2(
    6395       validStringParam, optionList, selected);
     5996    Select<VString> sourceDatabaseSelectBox = new Select<VString>(
     5997      validStringParam, optionList);
     5998  sourceDatabaseSelectBox.selectOption( selected);
    63965999    sourceDatabaseSelectBox.setLabel("PIKESourceDatabaseSelect");
    63976000    inputFS.add(sourceDatabaseSelectBox);
    … …  
    64326035    optionList.add(new Option("0", "no"));
    64336036    selected = pikeGeneOntologyCheck;
    6434     Select<VString> geneOntologyCheckSelectBox = newStringSelectBox2(
    6435       validStringParam, optionList, selected);
     6037    Select<VString> geneOntologyCheckSelectBox = new Select<VString>(
     6038      validStringParam, optionList);
     6039  geneOntologyCheckSelectBox.selectOption( selected);
    64366040    geneOntologyCheckSelectBox.setLabel("PIKEGeneOntologyCheckSelect");
    64376041    inputFS.add(geneOntologyCheckSelectBox);
    … …  
    64556059    }
    64566060    selected = pikeInputFileType;
    6457     Select<VString> inputFileTypeSelectBox = newStringSelectBox2(
    6458       validStringParam, optionList, selected);
     6061    Select<VString> inputFileTypeSelectBox = new Select<VString>(
     6062      validStringParam, optionList);
     6063  inputFileTypeSelectBox.selectOption( selected);
    64596064    inputFileTypeSelectBox.setLabel("PIKEInputFileTypeSelect");
    64606065    inputFS.add(inputFileTypeSelectBox);

  • trunk/client/servlet/src/org/proteios/gui/form/Option.java

    r3404 r3853  
    106106
    107107
    108   public void setSelected(boolean selected)
     108  public Option setSelected(boolean selected)
    109109  {
    110110    this.selected = selected;
     111  return this;
    111112  }
    112113}

  • trunk/client/servlet/src/org/proteios/gui/form/Select.java

    r3850 r3853  
    5555  }
    5656
     57 public Select(D param, List<Option> options)
     58  {
     59    this(param);
     60    setLabel(param.getName());
     61  this.options = options;
     62  }
    5763
    5864  public String getName()
    … …  
    6066    return name;
    6167  }
    62 
    6368
    6469  public void setName(String name)
    … …  
    128133  }
    129134
     135 /**
     136  Sets all options matching the given value to selected
     137 */
     138 public void selectOption(String value)
     139 {
     140    // Set selected option
     141    if (value != null)
     142    {
     143      if (getOptions() != null)
     144      {
     145        for( Option opt : getOptions())
     146        {
     147          if (opt.getValue().equals(value))
     148          {
     149            opt.setSelected(true);
     150          }
     151        }
     152      }
     153    }
     154  }
     155
    130156}
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.