Changeset 4347


Ignore:
Timestamp:
Sep 6, 2012, 1:59:50 PM (10 years ago)
Author:
marianne
Message:

Refs #774. Sequence propagation update.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/plugin/src/org/proteios/plugins/FeatureSequencePropagator.java

    r4343 r4347  
    170170      // find landmarks
    171171      int percentageForRegression = 10;
     172     
     173      //minimum number of overlapping sequences allowed for alignment
     174      int MIN_NBR_MATCHING_SEQ = 20;
    172175
    173176      Project project = (Project) job.getValue("project");
     
    256259              dc.close();
    257260            }
     261            writer.close();
    258262            response.setAborted();
    259263            return;
     
    452456                dc.close();
    453457              }
     458              writer.close();
    454459              response.setAborted();
    455460              return;
     
    555560            writer.println("Total number of matches: "
    556561                + totNbrMatches);
    557 
    558             if (totNbrMatches < 100) {
     562            log.debug("Total number of matches: "
     563                + totNbrMatches);
     564
     565            if (totNbrMatches < MIN_NBR_MATCHING_SEQ) {
    559566
    560567              writer.println("There are too few common sequences for file "
     
    792799                dc.close();
    793800              }
     801              writer.close();
    794802              response.setAborted();
    795803              return;
     
    974982              dcFile.disconnect();
    975983              dcFile.reconnect();
     984             
    976985
    977986              if (progress != null) {
     
    10621071              + currentNbrALignments + " of "
    10631072              + totNbrAlignments + "."); 
    1064          
    1065          
     1073          log.debug("Ending alignment at file-pair "
     1074              + currentNbrALignments + " of "
     1075              + totNbrAlignments + "."); 
     1076
     1077
    10661078        }
    10671079
     
    13031315        writer.println("===============================");
    13041316        writer.println();
    1305 
     1317       
     1318        dc.commit();
    13061319        dc = sc.newDbControl();
    13071320
     
    25652578    if (h == null) {
    25662579      String fseq = f.getPeptideSequence();
    2567       if (fseq.contains(" ")) {
    2568         fseq = fseq.substring(0, fseq.lastIndexOf(' '));
     2580      if (fseq.contains("delta")) {
     2581        fseq = fseq.substring(0, fseq.lastIndexOf(" "));
    25692582      }
    25702583      for (Feature f3 : allFeaturesSeq) {
    25712584        String f3seq = f3.getPeptideSequence();
    2572         if (f3seq.contains(" ")) {
    2573           f3seq = f3seq.substring(0, f3seq.lastIndexOf(' '));
     2585        if (f3seq.contains("delta")) {
     2586          f3seq = f3seq.substring(0, f3seq.lastIndexOf(" "));
    25742587        }
    25752588
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.