Changeset 4360


Ignore:
Timestamp:
Oct 22, 2012, 1:07:12 PM (10 years ago)
Author:
Fredrik Levander
Message:

Refs #773. Added logging.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/plugin/src/org/proteios/plugins/CombinedHitsReport.java

    r4350 r4360  
    186186        for (int i = 0; i < score_types.length; i++)
    187187        {
    188           log
    189             .debug("score_types[" + i + "] = \"" + score_types[i] + "\"");
     188          log.debug("score_types[" + i + "] = \"" + score_types[i] + "\"");
    190189        }
    191190        for (int i = 0; i < compareE.length; i++)
     
    245244    catch (PermissionDeniedException e)
    246245    {
    247       log
    248         .warn("You do not have permission to write to directory " + outCoreDir
    249           .getName() + ": " + e);
     246      log.warn("You do not have permission to write to directory " + outCoreDir
     247        .getName() + ": " + e);
    250248      throw new BaseException(e);
    251249    }
     
    259257     * Extract basename and optional fileextension, including ".".
    260258     */
    261     log
    262       .info("CombinedHitsReport:: doExport(): coreFilename = \"" + coreFilename + "\"");
     259    log.info("CombinedHitsReport:: doExport(): coreFilename = \"" + coreFilename + "\"");
    263260    String basename = new String(coreFilename);
    264261    // If there was no file name suffix we add the following:
     
    276273      }
    277274    }
    278     log
    279       .info("CombinedHitsReport:: doExport(): basename = \"" + basename + "\"");
    280     log
    281       .info("CombinedHitsReport:: doExport(): fileextension = \"" + fileextension + "\"");
     275    log.info("CombinedHitsReport:: doExport(): basename = \"" + basename + "\"");
     276    log.info("CombinedHitsReport:: doExport(): fileextension = \"" + fileextension + "\"");
    282277    int counter = 0;
    283278    coreFilename = basename + fileextension;
     
    298293      }
    299294      counterStr = counterStr + Integer.toString(counter);
    300       log
    301         .info("CombinedHitsReport:: doExport(): counterStr = \"" + counterStr + "\"");
     295      log.info("CombinedHitsReport:: doExport(): counterStr = \"" + counterStr + "\"");
    302296      /*
    303297       * Get new trial core filename.
    304298       */
    305299      coreFilename = basename + counterStr + fileextension;
    306       log
    307         .info("CombinedHitsReport:: doExport(): trial coreFilename = \"" + coreFilename + "\"");
     300      log.info("CombinedHitsReport:: doExport(): trial coreFilename = \"" + coreFilename + "\"");
    308301    }
    309302    /*
     
    359352        if (!localSampleId.equals("all"))
    360353        {
    361           hitQuery.restrictPermanent(Restrictions.eq(Hql
    362             .property("localSampleId"), Expressions
    363             .parameter("localSampleId")));
     354          hitQuery.restrictPermanent(Restrictions.eq(
     355            Hql.property("localSampleId"),
     356            Expressions.parameter("localSampleId")));
    364357          hitQuery.setPermanentParameter("localSampleId",
    365358            localSampleId, null);
     
    370363        // Gel data
    371364        log.info("CombinedHitsReport: Gel ID " + gelExternalId);
    372         hitQuery.restrictPermanent(Restrictions.eq(Hql
    373           .property("gelExternalId"), Expressions
    374           .parameter("gelExternalId")));
     365        hitQuery.restrictPermanent(Restrictions.eq(
     366          Hql.property("gelExternalId"),
     367          Expressions.parameter("gelExternalId")));
    375368        hitQuery.setPermanentParameter("gelExternalId", gelExternalId,
    376369          null);
     
    477470              if (seqstart.contains(" "))
    478471              {
    479                 seqstart = seqstart.substring(0, seqstart
    480                   .indexOf(' '));
     472                seqstart = seqstart.substring(0,
     473                  seqstart.indexOf(' '));
    481474              }
    482475            }
     
    560553                Integer currentFileId = currenthit
    561554                  .getPeakListFile().getId();
    562                 log
    563                   .debug("File ID:" + currentFileId + " spectrum: " + currenthit
    564                     .getSpectrumStringId() + " description: " + currenthit
    565                     .getDescription());
     555                log.debug("File ID:" + currentFileId + " spectrum: " + currenthit
     556                  .getSpectrumStringId() + " description: " + currenthit
     557                  .getDescription());
    566558                // If there is a sample id we sort on input
    567559                // filename
     
    690682                  (50 * i / score_types.length),
    691683                  "Query " + (i + 1) + " of " + score_types.length + " processing hit " + querycount + " of " + queryhits);
     684              if (querycount % 5000 == 0)
     685                log.debug("Percent:" + (50 * i / score_types.length) + " Query " + (i + 1) + " of " + score_types.length + " processing hit " + querycount + " of " + queryhits);
    692686            }
    693687          }
     
    776770      {
    777771        db_entries = 100000;
    778         log
    779           .warn("CombinedHitsReport: Couldn't find number of db_entries");
     772        log.warn("CombinedHitsReport: Couldn't find number of db_entries");
    780773      }
    781774      // double total_number = db_entries * decoyPart * spots;
     
    799792      int combinedHitsSize = combinedHits.size();
    800793      int revCombinedHitsSize = revCombinedHits.size();
    801       int forward_idx=0;
    802       int reverse_idx=0;
     794      int forward_idx = 0;
     795      int reverse_idx = 0;
    803796      for (int i = 0; i < combinedHitsSize; i++)
    804797      {
    805         //int forwardCount = 0;
     798        // int forwardCount = 0;
    806799        int count = combinedHits.get(i).count;
    807800        for (int j = forward_idx; j < combinedHitsSize; j++)
     
    809802          if (count >= combinedHits.get(j).count)
    810803          {
    811             forward_idx=j;
     804            forward_idx = j;
    812805          }
    813806          else
    814807            break;
    815808        }
    816         //int reverseCount = 0;
     809        // int reverseCount = 0;
    817810        for (int j = reverse_idx; j < revCombinedHitsSize; j++)
    818811        {
    819812          if (count >= revCombinedHits.get(j).count)
    820813          {
    821             reverse_idx=j;
     814            reverse_idx = j;
    822815          }
    823816          else
     
    847840      if (keepDecoys)
    848841      {
    849         forward_idx=0;
    850         reverse_idx=0;
     842        forward_idx = 0;
     843        reverse_idx = 0;
    851844        for (int i = 0; i < revCombinedHitsSize; i++)
    852845        {
     
    856849            if (count >= combinedHits.get(j).count)
    857850            {
    858               forward_idx=j;
     851              forward_idx = j;
    859852            }
    860853            else
     
    865858            if (count >= revCombinedHits.get(j).count)
    866859            {
    867               reverse_idx=j;
     860              reverse_idx = j;
    868861            }
    869862            else
     
    10131006    File searchFile = currenthit.getIdentificationResultFile();
    10141007    ItemQuery<SpectrumSearch> ssQuery = SpectrumSearch.getQuery();
    1015     ssQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("resultFile"), Hql
    1016       .entity(searchFile)));
     1008    ssQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("resultFile"),
     1009      Hql.entity(searchFile)));
    10171010    ItemResultIterator<SpectrumSearch> ssit = ssQuery.iterate(dc);
    10181011    if (ssit.hasNext())
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.