source: trunk/c++_tools/statistics/Pearson.cc @ 623

Last change on this file since 623 was 623, checked in by Peter, 15 years ago

fixes #112 and refs #123 added overloaded function score taking Target and DataLookupWeighted1D, which is needed for InputRanker?.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 2.2 KB
Line 
1// $Id: Pearson.cc 623 2006-09-05 02:13:12Z peter $
2
3#include <c++_tools/statistics/Pearson.h>
4#include <c++_tools/statistics/AveragerPair.h>
5#include <c++_tools/statistics/AveragerPairWeighted.h>
6#include <c++_tools/utility/vector.h>
7#include <c++_tools/classifier/DataLookupWeighted1D.h>
8#include <c++_tools/classifier/Target.h>
9
10#include <cmath>
11#include <gsl/gsl_cdf.h>
12
13
14namespace theplu {
15namespace statistics { 
16
17  Pearson::Pearson(bool b) 
18    : Score(b), r_(0), nof_samples_(0)
19  {
20  }
21
22  double Pearson::p_value() const
23  {
24    if(weighted_)
25      return 1;
26    if(nof_samples_<2){
27      std::cerr << "Warning: Only " << nof_samples_ << "samples. " 
28                << "Need at lest 3.\n";
29      return 1;
30    }
31
32    double t = sqrt(nof_samples_ - 2)*fabs(r_) /sqrt(1-r_*r_);
33    double p = gsl_cdf_tdist_Q(t, nof_samples_ -2 );
34    if (absolute_)
35      return 2*p;
36    if (r_<0)
37      return 1-p;
38    return p;
39
40  }
41
42  double Pearson::score(const classifier::Target& target, 
43                        const utility::vector& value)
44  {
45    weighted_=false;
46    AveragerPair ap;
47    for (size_t i=0; i<target.size(); i++){
48      if (target.binary(i))
49        ap.add(1, value(i));
50      else
51        ap.add(-1, value(i));
52      nof_samples_ = target.size();
53    }
54    r_ = ap.correlation();
55    if (r_<0 && absolute_)
56      return -r_;
57     
58    return r_;
59  } 
60   
61  double Pearson::score(const classifier::Target& target, 
62                        const classifier::DataLookupWeighted1D& value)
63  {
64    weighted_=true;
65    AveragerPairWeighted ap;
66    for (size_t i=0; i<target.size(); i++){
67      if (target.binary(i))
68        ap.add(1, value.data(i),1,value.weight(i));
69      else
70        ap.add(-1, value.data(i),1,value.weight(i));
71      nof_samples_ = target.size();
72    }
73    r_ = ap.correlation();
74    if (r_<0 && absolute_)
75      return -r_;
76     
77    return r_;
78  }
79
80  double Pearson::score(const classifier::Target& target, 
81                        const utility::vector& value,
82                        const utility::vector& weight)
83  {
84    weighted_=true;
85    AveragerPairWeighted ap;
86    for (size_t i=0; i<target.size(); i++){
87      if (target.binary(i))
88        ap.add(1, value(i),1,weight(i));
89      else
90        ap.add(-1, value(i),1,weight(i));
91      nof_samples_ = target.size();
92    }
93    r_ = ap.correlation();
94    if (r_<0 && absolute_)
95      return -r_;
96     
97    return r_;
98  }
99
100}} // of namespace statistics and namespace theplu
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.