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Feb 1, 2008, 7:12:35 PM (13 years ago)
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Peter
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passing VectorBase? in statistics::Score - refs #256

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trunk/yat/statistics
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  • trunk/yat/statistics/AUC.cc

    r1000 r1023  
    1 
    21// $Id$
    32
     
    2928#include "yat/classifier/Target.h"
    3029#include "yat/utility/stl_utility.h"
    31 #include "yat/utility/vector.h"
     30#include "yat/utility/VectorBase.h"
    3231
    3332#include <cassert>
     
    4645
    4746  double AUC::score(const classifier::Target& target,
    48                     const utility::vector& value) const
     47                    const utility::VectorBase& value) const
    4948  {
    5049    assert(target.size()==value.size());
     
    7776
    7877  double AUC::score(const classifier::Target& target,
    79                     const utility::vector& value,
    80                     const utility::vector& weight) const
     78                    const utility::VectorBase& value,
     79                    const utility::VectorBase& weight) const
    8180  {
    8281    assert(target.size()==value.size());
  • trunk/yat/statistics/AUC.h

    r1000 r1023  
    3939}
    4040namespace utility {
    41   class vector;
     41  class VectorBase;
    4242}
    4343namespace statistics { 
     
    6464    ///
    6565    double score(const classifier::Target& target,
    66                  const utility::vector& value) const;
     66                 const utility::VectorBase& value) const;
    6767   
    6868    /**
     
    9494    */
    9595    double score(const classifier::Target& target,
    96                  const utility::vector& value,
    97                  const utility::vector& weight) const;
     96                 const utility::VectorBase& value,
     97                 const utility::VectorBase& weight) const;
    9898
    9999  private:
  • trunk/yat/statistics/FoldChange.cc

    r1000 r1023  
    4242
    4343  double FoldChange::score(const classifier::Target& target,
    44                            const utility::vector& value) const
     44                           const utility::VectorBase& value) const
    4545  {
    4646    Averager pos;
     
    7676
    7777  double FoldChange::score(const classifier::Target& target,
    78                            const utility::vector& value,
    79                            const utility::vector& weight) const
     78                           const utility::VectorBase& value,
     79                           const utility::VectorBase& weight) const
    8080  {
    8181    AveragerWeighted pos;
  • trunk/yat/statistics/FoldChange.h

    r1000 r1023  
    3131namespace theplu {
    3232namespace yat {
    33 
    34   class utility::vector;
    35 
     33  class utility::VectorBase;
    3634namespace statistics {
    3735
     
    5553    ///
    5654    double score(const classifier::Target& target,
    57                  const utility::vector& value) const;
     55                 const utility::VectorBase& value) const;
    5856 
    5957    ///
     
    7472    ///
    7573    double score(const classifier::Target& target,
    76                  const utility::vector& value,
    77                  const utility::vector& weight) const;
     74                 const utility::VectorBase& value,
     75                 const utility::VectorBase& weight) const;
    7876 
    7977  private:
  • trunk/yat/statistics/Pearson.cc

    r1000 r1023  
    2727#include "AveragerPair.h"
    2828#include "AveragerPairWeighted.h"
    29 #include "yat/utility/vector.h"
     29#include "yat/utility/VectorBase.h"
    3030#include "yat/classifier/DataLookupWeighted1D.h"
    3131#include "yat/classifier/Target.h"
     
    4747
    4848  double Pearson::score(const classifier::Target& target,
    49                         const utility::vector& value) const
     49                        const utility::VectorBase& value) const
    5050  {
    5151    AveragerPair ap;
     
    7979
    8080  double Pearson::score(const classifier::Target& target,
    81                         const utility::vector& value,
    82                         const utility::vector& weight) const
     81                        const utility::VectorBase& value,
     82                        const utility::VectorBase& weight) const
    8383  {
    8484    AveragerPairWeighted ap;
  • trunk/yat/statistics/Pearson.h

    r1000 r1023  
    3232namespace yat {
    3333namespace utility {
    34   class vector;
     34  class VectorBase;
    3535}
    3636namespace statistics { 
     
    6161    */
    6262    double score(const classifier::Target& target,
    63                  const utility::vector& value) const;
     63                 const utility::VectorBase& value) const;
    6464
    6565    /**
     
    8585    */
    8686    double score(const classifier::Target& target,
    87                  const utility::vector& value,
    88                  const utility::vector& weight) const;
     87                 const utility::VectorBase& value,
     88                 const utility::VectorBase& weight) const;
    8989
    9090  };
  • trunk/yat/statistics/SAMScore.cc

    r1000 r1023  
    2828#include "yat/classifier/DataLookupWeighted1D.h"
    2929#include "yat/classifier/Target.h"
    30 #include "yat/utility/vector.h"
     30#include "yat/utility/VectorBase.h"
    3131
    3232#include <cmath>
     
    4242
    4343  double SAMScore::score(const classifier::Target& target,
    44                          const utility::vector& value) const
     44                         const utility::VectorBase& value) const
    4545  {
    4646    statistics::Averager positive;
     
    7272
    7373  double SAMScore::score(const classifier::Target& target,
    74                          const utility::vector& value,
    75                          const utility::vector& weight) const
     74                         const utility::VectorBase& value,
     75                         const utility::VectorBase& weight) const
    7676  {
    7777    statistics::AveragerWeighted positive;
  • trunk/yat/statistics/SAMScore.h

    r1000 r1023  
    3333namespace yat {
    3434  namespace utility {
    35     class vector;
     35    class VectorBase;
    3636  }
    3737  namespace classifier {
     
    7171    */
    7272    double score(const classifier::Target& target,
    73                  const utility::vector& value) const;
     73                 const utility::VectorBase& value) const;
    7474
    7575    /**
     
    9999    */
    100100    double score(const classifier::Target& target,
    101                  const utility::vector& value,
    102                  const utility::vector& weight) const;         
     101                 const utility::VectorBase& value,
     102                 const utility::VectorBase& weight) const;         
    103103  private:
    104104    double s0_;
  • trunk/yat/statistics/SNRScore.cc

    r1000 r1023  
    2828#include "yat/classifier/DataLookupWeighted1D.h"
    2929#include "yat/classifier/Target.h"
    30 #include "yat/utility/vector.h"
     30#include "yat/utility/VectorBase.h"
    3131
    3232#include <cassert>
     
    4646
    4747  double SNRScore::score(const classifier::Target& target,
    48                          const utility::vector& value) const
     48                         const utility::VectorBase& value) const
    4949  {
    5050    statistics::Averager positive;
     
    9191
    9292  double SNRScore::score(const classifier::Target& target,
    93                     const utility::vector& value,
    94                     const utility::vector& weight) const
     93                    const utility::VectorBase& value,
     94                    const utility::VectorBase& weight) const
    9595  {
    9696    statistics::AveragerWeighted positive;
  • trunk/yat/statistics/SNRScore.h

    r1000 r1023  
    3333  namespace yat {
    3434    namespace utility {
    35       class vector;
     35      class VectorBase;
    3636    }
    3737    namespace classifier {
     
    7272        */
    7373        double score(const classifier::Target& target,
    74                      const utility::vector& value) const;
     74                     const utility::VectorBase& value) const;
    7575       
    7676        /**
     
    9494        */
    9595        double score(const classifier::Target& target,
    96                      const utility::vector& value,
    97                      const utility::vector& weight) const;         
     96                     const utility::VectorBase& value,
     97                     const utility::VectorBase& weight) const;         
    9898       
    9999      };
  • trunk/yat/statistics/Score.h

    r1000 r1023  
    3535}
    3636namespace utility {
    37   class vector;
     37  class VectorBase;
    3838}
    3939namespace statistics {
     
    6868    virtual double
    6969    score(const classifier::Target& target,
    70           const utility::vector& value) const = 0;
     70          const utility::VectorBase& value) const = 0;
    7171 
    7272    ///
     
    108108    virtual double
    109109    score(const classifier::Target& target,
    110           const utility::vector& value,
    111           const utility::vector& weight) const = 0;
     110          const utility::VectorBase& value,
     111          const utility::VectorBase& weight) const = 0;
    112112
    113113    ///
  • trunk/yat/statistics/WilcoxonFoldChange.cc

    r1000 r1023  
    4444
    4545  double WilcoxonFoldChange::score(const classifier::Target& target,
    46                                    const utility::vector& value) const
     46                                   const utility::VectorBase& value) const
    4747  {
    4848    std::vector<double> distance;
     
    7171
    7272  double WilcoxonFoldChange::score(const classifier::Target& target,
    73                                    const utility::vector& value,
    74                                    const utility::vector& weight) const
     73                                   const utility::VectorBase& value,
     74                                   const utility::VectorBase& weight) const
    7575  {
    7676    std::cerr << " WilcoxonFoldChange::score  not implemented" << std::endl;
  • trunk/yat/statistics/WilcoxonFoldChange.h

    r1000 r1023  
    3232namespace yat {
    3333  namespace utility {
    34     class vector;
     34    class VectorBase;
    3535  }
    3636namespace statistics {
     
    5555    ///
    5656    double score(const classifier::Target& target,
    57                  const utility::vector& value) const;
     57                 const utility::VectorBase& value) const;
    5858 
    5959    ///
     
    7878    ///
    7979    double score(const classifier::Target& target,
    80                  const utility::vector& value,
    81                  const utility::vector& weight) const;
     80                 const utility::VectorBase& value,
     81                 const utility::VectorBase& weight) const;
    8282 
    8383  private:
  • trunk/yat/statistics/tScore.cc

    r1000 r1023  
    3131#include "yat/classifier/DataLookupWeighted1D.h"
    3232#include "yat/classifier/Target.h"
    33 #include "yat/utility/vector.h"
     33#include "yat/utility/VectorBase.h"
    3434
    3535#include <cassert>
     
    4747
    4848  double tScore::score(const classifier::Target& target,
    49                        const utility::vector& value) const
     49                       const utility::VectorBase& value) const
    5050  {
    5151    return score(target, value, NULL);
     
    5454
    5555  double tScore::score(const classifier::Target& target,
    56                        const utility::vector& value,
     56                       const utility::VectorBase& value,
    5757                       double* dof) const
    5858  {
     
    9393
    9494  double tScore::score(const classifier::Target& target,
    95                        const utility::vector& value,
    96                        const utility::vector& weight) const
     95                       const utility::VectorBase& value,
     96                       const utility::VectorBase& weight) const
    9797  {
    9898    return score(target, value, weight, NULL);
     
    101101
    102102  double tScore::score(const classifier::Target& target,
    103                        const utility::vector& value,
    104                        const utility::vector& weight,
     103                       const utility::VectorBase& value,
     104                       const utility::VectorBase& weight,
    105105                       double* dof) const
    106106  {
  • trunk/yat/statistics/tScore.h

    r1000 r1023  
    3434namespace theplu {
    3535namespace yat {
    36   namespace utility {
    37     class vector;
    38   }
     36namespace utility {
     37  class VectorBase;
     38}
    3939namespace statistics { 
    4040
     
    6969    */
    7070    double score(const classifier::Target& target,
    71                  const utility::vector& value) const;
     71                 const utility::VectorBase& value) const;
    7272
    7373    /**
     
    8989    */
    9090    double score(const classifier::Target& target,
    91                  const utility::vector& value, double* dof) const;
     91                 const utility::VectorBase& value, double* dof) const;
    9292
    9393    /**
     
    145145    */
    146146    double score(const classifier::Target& target,
    147                  const utility::vector& value,
    148                  const utility::vector& weight) const;
     147                 const utility::VectorBase& value,
     148                 const utility::VectorBase& weight) const;
    149149
    150150    /**
     
    168168    */
    169169    double score(const classifier::Target& target,
    170                  const utility::vector& value,
    171                  const utility::vector& weight,
     170                 const utility::VectorBase& value,
     171                 const utility::VectorBase& weight,
    172172                 double* dof=0) const;
    173173
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.