Changeset 1139


Ignore:
Timestamp:
Feb 24, 2008, 2:59:27 AM (16 years ago)
Author:
Peter
Message:

iterators in PearsonCorrelation? interface

Location:
trunk/yat/statistics
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/yat/statistics/PearsonCorrelation.cc

    r1049 r1139  
    5757  }
    5858
    59   double PearsonCorrelation::score(const classifier::Target& target,
    60                                    const utility::VectorBase& value)
    61   {
    62     nof_samples_ = value.size();
    63     Pearson pearson;
    64     return pearson.score(target,value);
    65   }
    66    
    67   double
    68   PearsonCorrelation::score(const classifier::Target& target,
    69                             const classifier::DataLookupWeighted1D& value)
    70   {
    71     // Peter what should nof_samples be in weighted case?
    72     nof_samples_=0;
    73     Pearson pearson;
    74     return pearson.score(target,value);
    75   }
    76 
    77   double PearsonCorrelation::score(const classifier::Target& target,
    78                                    const utility::VectorBase& value,
    79                                    const utility::VectorBase& weight)
    80   {
    81     // Peter what should nof_samples be in weighted case?
    82     nof_samples_ = 0;
    83     Pearson pearson;
    84     return pearson.score(target,value);
    85   }
    86 
    8759}}} // of namespace statistics, yat, and theplu

  • trunk/yat/statistics/PearsonCorrelation.h

    r1125 r1139  
    77  Copyright (C) 2004, 2005 Peter Johansson
    88  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Markus Ringnér, Peter Johansson
    9   Copyright (C) 2007 Peter Johansson
     9  Copyright (C) 2007, 2008 Peter Johansson
    1010
    1111  This file is part of the yat library, http://trac.thep.lu.se/yat
    … …  
    2727*/
    2828
    29 #include "Score.h"
     29#include "AveragerPair.h"
     30#include "AveragerPairWeighted.h"
     31#include "yat/classifier/Target.h"
     32#include "yat/utility/iterator_traits.h"
     33
    3034
    3135namespace theplu {
    … …  
    5660       \f$ \frac{\vert \sum_i(x_i-\bar{x})(y_i-\bar{y})\vert
    5761       }{\sqrt{\sum_i (x_i-\bar{x})^2\sum_i (x_i-\bar{x})^2}} \f$.
     62
     63
     64       If ForwardIterator is weighted correlation is calculated as
     65       \f$ \frac{\vert \sum_iw^2_i(x_i-\bar{x})(y_i-\bar{y})\vert }
     66       {\sqrt{\sum_iw^2_i(x_i-\bar{x})^2\sum_iw^2_i(y_i-\bar{y})^2}}
     67       \f$, where \f$ m_x = \frac{\sum w_ix_i}{\sum w_i} \f$ and \f$
     68       m_x = \frac{\sum w_ix_i}{\sum w_i} \f$. This expression is
     69       chosen to get a correlation equal to unity when \a x and \a y
     70       are equal.
     71
    5872       @return Pearson correlation, if absolute=true absolute value
    5973       of Pearson is used.
    6074    */
     75    template<typename ForwardIterator>
    6176    double score(const classifier::Target& target,
    62                  const utility::VectorBase& value);
     77                 ForwardIterator first, ForwardIterator last);
    6378   
    6479    /**
    … …  
    6883       m_x = \frac{\sum w_ix_i}{\sum w_i} \f$. This expression is
    6984       chosen to get a correlation equal to unity when \a x and \a y
    70        are equal. @return absolute value of weighted version of
    71        Pearson correlation.
     85       are equal.
     86
     87       \return absolute value of weighted version of Pearson
     88       correlation.
     89
     90       \note ietartors must be non-weighted
    7291    */
     92    template<typename ForwardIterator1, typename ForwardIterator2>
    7393    double score(const classifier::Target& target,
    74                  const classifier::DataLookupWeighted1D& value);
    75    
    76     /**
    77        \f$ \frac{\vert \sum_iw^2_i(x_i-\bar{x})(y_i-\bar{y})\vert }
    78        {\sqrt{\sum_iw^2_i(x_i-\bar{x})^2\sum_iw^2_i(y_i-\bar{y})^2}}
    79        \f$, where \f$ m_x = \frac{\sum w_ix_i}{\sum w_i} \f$ and \f$
    80        m_x = \frac{\sum w_ix_i}{\sum w_i} \f$. This expression is
    81        chosen to get a correlation equal to unity when \a x and \a y
    82        are equal. @return absolute value of weighted version of
    83        Pearson correlation.
    84     */
    85     double score(const classifier::Target& target,
    86                  const utility::VectorBase& value,
    87                  const utility::VectorBase& weight);
     94                 ForwardIterator1 first1, ForwardIterator1 last1,
     95                 ForwardIterator2 first2);
    8896   
    8997    /**
    … …  
    103111    int nof_samples_;
    104112   
     113    template<typename ForwardIterator>
     114    double score(const classifier::Target& target,
     115                 ForwardIterator first, ForwardIterator last,
     116                 utility::unweighted_iterator_tag);
     117   
     118    template<typename ForwardIterator>
     119    double score(const classifier::Target& target,
     120                 ForwardIterator first, ForwardIterator last,
     121                 utility::weighted_iterator_tag);
     122   
    105123  };
     124 
     125  template<typename ForwardIterator>
     126  double PearsonCorrelation::score(const classifier::Target& target,
     127                                   ForwardIterator first,
     128                                   ForwardIterator last)
     129  {
     130    nof_samples_ = target.size();
     131      using utility::yat_assert;
     132      yat_assert<std::runtime_error>("PearsonCorrelation: sizes mismatch");
     133      r_ = score(target, first, last,
     134                 utility::iterator_traits<ForwardIterator>::type());
     135      return r_;
     136  }
     137   
     138
     139  template<typename ForwardIterator>
     140  double PearsonCorrelation::score(const classifier::Target& target,
     141                                   ForwardIterator first,
     142                                   ForwardIterator last,
     143                                   utility::unweighted_iterator_tag tag)
     144   
     145  {
     146    AveragerPair ap;
     147    for (size_t i=0; first!=last; ++first, ++i)
     148      ap.add(target.binary(i), *first);
     149    nof_samples_ = ap.n();
     150    return ap.correlation();
     151  }
     152   
     153
     154  template<typename ForwardIterator>
     155  double PearsonCorrelation::score(const classifier::Target& target,
     156                                   ForwardIterator first,
     157                                   ForwardIterator last,
     158                                   utility::weighted_iterator_tag tag)
     159   
     160  {
     161    AveragerPairWeighted ap;
     162    for (size_t i=0; first!=last; ++first, ++i)
     163      ap.add(target.binary(i), first.data(), 1.0, first.weight());
     164    nof_samples_ = ap.n();
     165    return ap.correlation();
     166  }
     167   
     168  template<typename ForwardIterator1, typename ForwardIterator2>
     169  double PearsonCorrelation::score(const classifier::Target& target,
     170                                   ForwardIterator1 first1,
     171                                   ForwardIterator1 last1,
     172                                   ForwardIterator2 first2)
     173  {
     174    utility::check_iterator_is_unweighted(first1);
     175    utility::check_iterator_is_unweighted(first2);
     176    AveragerPairWeighted ap;
     177    for (size_t i=0; first1!=last1; ++first1, ++i, ++first2)
     178      ap.add(target.binary(i), *first1, 1.0, *first2);
     179    nof_samples_ = ap.n();
     180    r_ = ap.correlation();
     181  }
    106182 
    107183}}} // of namespace statistics, yat, and theplu
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.