Changeset 265 for trunk/src/Alignment.cc


Ignore:
Timestamp:
Apr 11, 2005, 5:46:00 PM (17 years ago)
Author:
Peter
Message:

doc added and some changes of variable names

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/src/Alignment.cc

    r261 r265  
    1111namespace alignment {
    1212
    13   double NeedlemanWunsch(const gslapi::matrix& dot_matrix,
     13  double NeedlemanWunsch(const gslapi::matrix& s,
    1414                         std::vector<std::pair<size_t, size_t> >& path,
    15                          const double mismatch)
     15                         const double gap)
    1616  {
    17     gslapi::matrix s(dot_matrix.rows()+1,dot_matrix.columns()+1);
     17    gslapi::matrix s(s.rows()+1,s.columns()+1);
    1818    // Init upper and left border of matrix
    1919    for (size_t i=1; i<s.rows(); i++)
    20       s(i,0)=-i*mismatch;
     20      s(i,0)=-i*gap;
    2121    for (size_t i=1; i<s.columns(); i++)
    22       s(0,i)=-i*mismatch;
     22      s(0,i)=-i*gap;
    2323    // choice(i,j) tells us how we came to s(i,j). 1 is diagonal, 2
    2424    // vertical, and 3 horizontal,
     
    2828    for (size_t i=1; i<s.rows(); i++)
    2929      for (size_t j=1; j<s.columns(); j++){
    30         if (s(i-1,j-1) + dot_matrix(i-1,j-1) > s(i-1,j)-mismatch &&
    31             s(i-1,j-1) + dot_matrix(i-1,j-1) > s(i,j-1)-mismatch){
    32           s(i,j)=s(i-1,j-1) + dot_matrix(i-1,j-1);
     30        if (s(i-1,j-1) + s(i-1,j-1) > s(i-1,j)-gap &&
     31            s(i-1,j-1) + s(i-1,j-1) > s(i,j-1)-gap){
     32          s(i,j)=s(i-1,j-1) + s(i-1,j-1);
    3333          choice(i,j)=1;
    3434        }
    3535        else if (s(i-1,j) > s(i,j-1)){
    36           s(i,j)=s(i-1,j)-mismatch;
     36          s(i,j)=s(i-1,j)-gap;
    3737          choice(i,j)=2;
    3838        }
    3939        else{
    40           s(i,j)=s(i,j-1)-mismatch;
     40          s(i,j)=s(i,j-1)-gap;
    4141          choice(i,j)=3;
    4242        }
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.