Changeset 267


Ignore:
Timestamp:
Apr 11, 2005, 6:59:40 PM (16 years ago)
Author:
Peter
Message:

modified names of variables

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/src/Alignment.cc

    r265 r267  
    1515                         const double gap)
    1616  {
    17     gslapi::matrix s(s.rows()+1,s.columns()+1);
     17    gslapi::matrix m(s.rows()+1,s.columns()+1);
    1818    // Init upper and left border of matrix
    19     for (size_t i=1; i<s.rows(); i++)
    20       s(i,0)=-i*gap;
    21     for (size_t i=1; i<s.columns(); i++)
    22       s(0,i)=-i*gap;
     19    for (size_t i=1; i<m.rows(); i++)
     20      m(i,0)=-i*gap;
     21    for (size_t i=1; i<m.columns(); i++)
     22      m(0,i)=-i*gap;
    2323    // choice(i,j) tells us how we came to s(i,j). 1 is diagonal, 2
    2424    // vertical, and 3 horizontal,
    25     gslapi::matrix choice(s.rows(),s.columns());
     25    gslapi::matrix choice(m.rows(),m.columns());
    2626
    2727    // Calculating NeedlemanWunsch matrix
    28     for (size_t i=1; i<s.rows(); i++)
    29       for (size_t j=1; j<s.columns(); j++){
    30         if (s(i-1,j-1) + s(i-1,j-1) > s(i-1,j)-gap &&
    31             s(i-1,j-1) + s(i-1,j-1) > s(i,j-1)-gap){
    32           s(i,j)=s(i-1,j-1) + s(i-1,j-1);
     28    for (size_t i=1; i<m.rows(); i++)
     29      for (size_t j=1; j<m.columns(); j++){
     30        if (m(i-1,j-1) + s(i-1,j-1) > m(i-1,j)-gap &&
     31            m(i-1,j-1) + s(i-1,j-1) > m(i,j-1)-gap){
     32          m(i,j)=m(i-1,j-1) + s(i-1,j-1);
    3333          choice(i,j)=1;
    3434        }
    35         else if (s(i-1,j) > s(i,j-1)){
    36           s(i,j)=s(i-1,j)-gap;
     35        else if (m(i-1,j) > m(i,j-1)){
     36          m(i,j)=m(i-1,j)-gap;
    3737          choice(i,j)=2;
    3838        }
    3939        else{
    40           s(i,j)=s(i,j-1)-gap;
     40          m(i,j)=m(i,j-1)-gap;
    4141          choice(i,j)=3;
    4242        }
    4343      }
    4444    // Going backwards to find best path
    45     size_t i = s.rows()-1;
    46     size_t j= s.columns()-1;
     45    size_t i = m.rows()-1;
     46    size_t j= m.columns()-1;
    4747    path.resize(0);
    4848    while (i && j){
     
    5858    }
    5959
    60     return s(s.rows()-1,s.columns()-1);
     60    return m(m.rows()-1,m.columns()-1);
    6161  }
    6262
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.