Changeset 301 for trunk/lib


Ignore:
Timestamp:
Apr 30, 2005, 3:39:27 PM (17 years ago)
Author:
Peter
Message:

modified includes in tests

Location:
trunk/lib
Files:
27 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/lib/gslapi/matrix.cc

    r295 r301  
    5252    u_int nof_rows = 0;
    5353    std::vector<double> v;
    54     for (nof_rows = 0; cpptools::read_to_double(is, v); nof_rows++) {
     54    for (nof_rows = 0; utility::read_to_double(is, v); nof_rows++) {
    5555   
    5656      // Ignoring empty lines

  • trunk/lib/gslapi/utility.cc

    r298 r301  
    3333  {
    3434    vector vec(invec);
    35     theplu::cpptools::random_singleton*
    36       rnd=theplu::cpptools::random_singleton::get_instance();
     35    utility::random_singleton*
     36      rnd=utility::random_singleton::get_instance();
    3737    for (size_t i=0; i<vec.size(); i++){
    3838      size_t index = rnd->get_uniform_int(vec.size()-i);

  • trunk/lib/statistics/ROC.cc

    r295 r301  
    151151    }
    152152    std::sort(value_.begin(),value_.end(),
    153          cpptools::pair_value_compare<double, double>());
     153         utility::pair_value_compare<double, double>());
    154154  }
    155155

  • trunk/lib/svm/ConsensusInputRanker.cc

    r298 r301  
    4444    //sort medians and assign id_ and rank_
    4545    sort(median.begin(), median.end(),
    46          cpptools::pair_value_compare<size_t, double>());
     46         utility::pair_value_compare<size_t, double>());
    4747    id_.resize(data.rows());
    4848    rank_.resize(data.rows());
    … …  
    8181    //sort medians and assign id_ and rank_
    8282    sort(median.begin(), median.end(),
    83          cpptools::pair_value_compare<size_t, double>());
     83         utility::pair_value_compare<size_t, double>());
    8484    id_.resize(data.rows());
    8585    rank_.resize(data.rows());

  • trunk/lib/svm/CrossValidation.cc

    r295 r301  
    2424    }
    2525
    26     cpptools::my_uniform_rng a;
     26    utility::my_uniform_rng a;
    2727    random_shuffle(index_negative_.begin(), index_negative_.end(), a);
    2828    random_shuffle(index_positive_.begin(), index_positive_.end(), a);
    … …  
    3333    if (count_==k_){
    3434      count_=0;
    35       cpptools::my_uniform_rng a;
     35      utility::my_uniform_rng a;
    3636      random_shuffle(index_negative_.begin(), index_negative_.end(), a);
    3737      random_shuffle(index_positive_.begin(), index_positive_.end(), a);
    … …  
    5757  }
    5858 
    59 }} // of namespace cpptools and namespace theplu
     59}} // of namespace svm and namespace theplu

  • trunk/lib/svm/InputRanker.cc

    r295 r301  
    4949    //sort the scores and assign id_ and rank_
    5050    sort(score.begin(), score.end(),
    51          cpptools::pair_value_compare<size_t, double>());
     51         utility::pair_value_compare<size_t, double>());
    5252   
    5353    for (size_t i=0; i<nof_genes; i++){
    … …  
    8484    //sort the scores and assign id_ and rank_
    8585    sort(score.begin(), score.end(),
    86          cpptools::pair_value_compare<size_t, double>());
     86         utility::pair_value_compare<size_t, double>());
    8787
    8888    for (size_t i=0; i<nof_genes; i++){

  • trunk/lib/svm/SVM.cc

    r295 r301  
    7474    for (size_t i=0; i<E.size(); i++)
    7575      tmp[i]=i;
    76     cpptools::my_uniform_rng a;
     76    utility::my_uniform_rng a;
    7777    random_shuffle(tmp.begin(), tmp.end(), a);
    7878    for (size_t i=0; i<tmp.size(); i++){
    … …  
    212212   
    213213
    214 }} // of namespace cpptools and namespace theplu
     214}} // of namespace svm and namespace theplu

  • trunk/lib/utility/Alignment.cc

    r295 r301  
    88
    99namespace theplu {
    10 namespace cpptools {
     10namespace utility {
    1111namespace alignment {
    1212
    … …  
    6161  }
    6262
    63 }}} // of namespace alignment namespace cpptools and namespace theplu
     63}}} // of namespace alignment namespace utility and namespace theplu

  • trunk/lib/utility/Alignment.h

    r295 r301  
    1313}
    1414
    15 namespace cpptools {
     15namespace utility {
    1616// Jari, this should probably go somewhere else for doxygen to process.
    1717///
    … …  
    4646                         const double gap);
    4747
    48 }}} // of namespace alignment namespace cpptools and namespace theplu
     48}}} // of namespace alignment namespace utility and namespace theplu
    4949
    5050#endif

  • trunk/lib/utility/FileIO.cc

    r295 r301  
    88
    99namespace theplu {
    10 namespace cpptools {
     10namespace utility {
    1111
    1212  int FileIO::access_rights(const std::string& path,
    … …  
    3333  }
    3434
    35 }} // of namespace cpptools and namespace theplu
     35}} // of namespace utility and namespace theplu

  • trunk/lib/utility/FileIO.h

    r295 r301  
    77
    88namespace theplu {
    9 namespace cpptools {
     9namespace utility {
    1010
    1111  ///
    … …  
    3434  };
    3535
    36 }} // of namespace cpptools and namespace theplu
     36}} // of namespace utility and namespace theplu
    3737
    3838#endif

  • trunk/lib/utility/Merge.cc

    r295 r301  
    1414
    1515namespace theplu {
    16 namespace cpptools {
     16namespace utility {
    1717
    1818  using namespace std;
    … …  
    117117  }
    118118
    119 }} // of namespace cpptools and namespace theplu
     119}} // of namespace utility and namespace theplu

  • trunk/lib/utility/Merge.h

    r295 r301  
    55
    66#include <c++_tools/gslapi/matrix.h>
    7 //#include <c++_tools/gslapi/vector.h>
    87
    98#include <iostream>
    … …  
    1413
    1514namespace theplu {
    16 namespace cpptools {
     15namespace utility {
    1716
    1817  using namespace std;
    … …  
    7372  };
    7473
    75 }} // of namespace cpptools and namespace theplu
     74}} // of namespace utility and namespace theplu
    7675
    7776#endif

  • trunk/lib/utility/NNI.cc

    r295 r301  
    1111
    1212namespace theplu {
    13 namespace cpptools {
     13namespace utility {
    1414
    1515  using namespace std;
    … …  
    7272
    7373
    74 }} // of namespace cpptools and namespace theplu
     74}} // of namespace utility and namespace theplu

  • trunk/lib/utility/NNI.h

    r295 r301  
    1111
    1212namespace theplu {
    13 namespace cpptools {
     13namespace utility {
    1414
    1515  using namespace std;
    … …  
    100100  };
    101101
    102 }} // of namespace cpptools and namespace theplu
     102}} // of namespace utility and namespace theplu
    103103
    104104#endif

  • trunk/lib/utility/PCA.cc

    r295 r301  
    1010
    1111namespace theplu {
    12 namespace cpptools { 
     12namespace utility { 
    1313
    1414  //PCA::PCA() : process_( false ), explained_calc_( false ){}
    … …  
    2929
    3030  // Single value decompose the data matrix
    31   std::auto_ptr<cpptools::SVD> pSVD( new cpptools::SVD( A_center ) );
     31  std::auto_ptr<SVD> pSVD( new SVD( A_center ) );
    3232  pSVD->decompose();
    3333  gslapi::matrix U = pSVD->U();
    … …  
    7777
    7878  // Single value decompose the data matrix
    79   std::auto_ptr<cpptools::SVD> pSVD( new cpptools::SVD( A_center ) );
     79  std::auto_ptr<SVD> pSVD( new SVD( A_center ) );
    8080  pSVD->decompose();
    8181  gslapi::matrix U = pSVD->U();
    … …  
    215215}
    216216
    217 }} // of namespace cpptools and namespace theplu
     217}} // of namespace utility and namespace theplu

  • trunk/lib/utility/PCA.h

    r295 r301  
    1616
    1717namespace theplu {
    18 namespace cpptools {
     18namespace utility {
    1919
    2020  /**
    … …  
    132132  }; // class PCA 
    133133 
    134 }} // of namespace cpptools and namespace theplu
     134}} // of namespace utility and namespace theplu
    135135
    136136#endif

  • trunk/lib/utility/SVD.cc

    r295 r301  
    55
    66namespace theplu {
    7 namespace cpptools {
     7namespace utility {
    88
    99
    … …  
    6262
    6363
    64 }} // of namespace cpptools and namespace theplu
     64}} // of namespace utility and namespace theplu

  • trunk/lib/utility/SVD.h

    r295 r301  
    1515/// namespace.
    1616///
    17 namespace cpptools {
     17namespace utility {
    1818
    1919  // Jari check that interface is complete
    … …  
    128128  }; 
    129129
    130 }} // of namespace cpptools and namespace theplu
     130}} // of namespace utility and namespace theplu
    131131
    132132#endif

  • trunk/lib/utility/WeNNI.cc

    r295 r301  
    1010
    1111namespace theplu {
    12 namespace cpptools {
     12namespace utility {
    1313
    1414
    … …  
    6363
    6464
    65 }} // of namespace cpptools and namespace theplu
     65}} // of namespace utility and namespace theplu

  • trunk/lib/utility/WeNNI.h

    r295 r301  
    1313
    1414namespace theplu {
    15 namespace cpptools {
     15namespace utility {
    1616
    1717  using namespace std;
    … …  
    5555  };
    5656
    57 }} // of namespace cpptools and namespace theplu
     57}} // of namespace utility and namespace theplu
    5858
    5959#endif

  • trunk/lib/utility/kNNI.cc

    r295 r301  
    1111
    1212namespace theplu {
    13 namespace cpptools {
     13namespace utility {
    1414
    1515  kNNI::kNNI(const gslapi::matrix& matrix,const gslapi::matrix& flag,
    … …  
    6767
    6868
    69 }} // of namespace cpptools and namespace theplu
     69}} // of namespace utility and namespace theplu

  • trunk/lib/utility/kNNI.h

    r295 r301  
    1010
    1111namespace theplu {
    12 namespace cpptools {
     12namespace utility {
    1313
    1414  ///
    … …  
    4242  };
    4343
    44 }} // of namespace cpptools and namespace theplu
     44}} // of namespace utility and namespace theplu
    4545
    4646#endif

  • trunk/lib/utility/random_singleton.cc

    r295 r301  
    44
    55namespace theplu {
    6 namespace cpptools { 
     6namespace utility { 
    77
    88// Static members
    … …  
    5757}
    5858
    59 }} // of namespace cpptools and namespace theplu
     59}} // of namespace utility and namespace theplu

  • trunk/lib/utility/random_singleton.h

    r295 r301  
    1313
    1414namespace theplu {
    15 namespace cpptools { 
     15namespace utility { 
    1616
    1717  /**
    … …  
    215215}
    216216
    217 }} // of namespace cpptools and namespace theplu
     217}} // of namespace utility and namespace theplu
    218218
    219219#endif

  • trunk/lib/utility/stl_utility.cc

    r295 r301  
    99
    1010namespace theplu {
    11 namespace cpptools {
     11namespace utility {
    1212
    1313  bool is_float(const std::string& s)
    … …  
    117117
    118118
    119 }} // end of namespace cpptools and namespace thep
     119}} // end of namespace utility and namespace thep
    120120

  • trunk/lib/utility/stl_utility.h

    r295 r301  
    1717
    1818namespace theplu {
    19 namespace cpptools {
     19namespace utility {
    2020
    2121  ///
    … …  
    8585
    8686
    87 }} // of namespace cpptools and namespace theplu
     87}} // of namespace utility and namespace theplu
    8888
    8989#endif
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.