Changeset 488


Ignore:
Timestamp:
Jan 4, 2006, 6:30:45 PM (16 years ago)
Author:
Peter
Message:

made Score classes ignoring data points with weight zero

Location:
trunk/lib/statistics
Files:
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/lib/statistics/Fisher.cc

    r475 r488  
    138138    double Fisher::score(const classifier::Target& target,
    139139                         const gslapi::vector& value,
    140                          const gslapi::vector& weighted)
     140                         const gslapi::vector& weight)
    141141  {
    142142    weighted_=true;
     
    145145      if (class_one(target(i)))
    146146        if (value(i)>value_cutoff_)
    147           a_+=value(i);
     147          a_+=weight(i);
    148148        else
    149           c_+=value(i);
     149          c_+=weight(i);
    150150      else
    151151        if (value(i)>value_cutoff_)
    152           b_+=value(i);
     152          b_+=weight(i);
    153153        else
    154           d_+=value(i);
     154          d_+=weight(i);
    155155       
    156156    // If a column sum or a row sum is zero, the table is non-sense
  • trunk/lib/statistics/ROC.cc

    r475 r488  
    113113    vec_pair_.reserve(target.size());
    114114    for (unsigned int i=0; i<target.size(); i++)
    115       vec_pair_.push_back(std::make_pair(target(i),value(i)));
     115      if (weight(i))
     116        vec_pair_.push_back(std::make_pair(target(i),value(i)));
     117
    116118    std::sort(vec_pair_.begin(),vec_pair_.end(),
    117119              utility::pair_value_compare<int, double>());
  • trunk/lib/statistics/WilcoxonFoldChange.cc

    r475 r488  
    88#include <cmath>
    99#include <vector>
     10#include <iostream>
    1011
    1112namespace theplu {
     
    2728    weighted_=false;
    2829    for (size_t i=0; i<target.size(); i++) {
    29       for (size_t j=0; i<j; j++) {
    30         if (target(i)==target(j)) continue;
     30      if (target(i)!=1) continue;
     31      for (size_t j=0; j<target.size(); j++) {
     32        if (target(j)==1) continue;
    3133        distance.push_back(value(i)-value(j));
    3234      }
     
    4143                                   const gslapi::vector& weight)
    4244  {
     45    std::cerr << " WilcoxonFoldChange::score  not implemented" << std::endl;
    4346    return 0;
    4447  }
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.